seq1 = pF1KB5794.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KB5794/gi568815596r_36749459.tfa (gi568815596r:36749459_37066463), 317005 bp

>pF1KB5794 2340
>gi568815596r:36749459_37066463 (Chr2)

(complement)

1-234  (100001-100234)   100% ->
235-338  (141256-141359)   100% ->
339-412  (150313-150386)   100% ->
413-491  (160846-160924)   100% ->
492-659  (163713-163880)   100% ->
660-795  (166806-166941)   100% ->
796-931  (172431-172566)   100% ->
932-1042  (179638-179748)   100% ->
1043-1186  (182389-182532)   100% ->
1187-1323  (188437-188573)   100% ->
1324-1499  (196735-196910)   100% ->
1500-1547  (198603-198650)   100% ->
1548-1669  (205211-205332)   100% ->
1670-1837  (208441-208608)   100% ->
1838-1978  (211112-211252)   100% ->
1979-2086  (215357-215464)   100% ->
2087-2173  (216664-216750)   100% ->
2174-2340  (216839-217005)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAGCAGGCGGGTCCCGGCGTCTTCTTCAGCAACAACCACCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGAGCAGGCGGGTCCCGGCGTCTTCTTCAGCAACAACCACCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGGCGGTGCCAAGGGGCTCGGGCCTCTGGCGGAGGCTGCCGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGGCGGTGCCAAGGGGCTCGGGCCTCTGGCGGAGGCTGCCGCGGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGACGGGGCGGCTGCGGCGGGGGCGGCCCGAGCCCAGTACAGTCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGACGGGGCGGCTGCGGCGGGGGCGGCCCGAGCCCAGTACAGTCTCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGATCCTGCACTTCCTGCAGCACGAGTGGGCCCGCTTCGAGGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGATCCTGCACTTCCTGCAGCACGAGTGGGCCCGCTTCGAGGTGGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCCAGTGGGAGGTGGAGCGGGCGGAGCTGCAG         GCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100201 AGCCCAGTGGGAGGTGGAGCGGGCGGAGCTGCAGGTA...CAGGCCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGCCTTCCTGCAGGGAGAAAGGAAGGGCCAAGAAAATTTGAAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141263 TTGCCTTCCTGCAGGGAGAAAGGAAGGGCCAAGAAAATTTGAAGAAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGTGAGGAGGATCAAAATGTTGGAGTATGCTCTTAAACAGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 141313 CTTGTGAGGAGGATCAAAATGTTGGAGTATGCTCTTAAACAGGAAAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339       AGCCAAATACCACAAGTTGAAATACGGGACAGAATTGAATCAGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141363 ...TAGAGCCAAATACCACAAGTTGAAATACGGGACAGAATTGAATCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGATATGAAGCCTCCAAGCTATGATTCTG         ATGAAGGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 150357 GAGATATGAAGCCTCCAAGCTATGATTCTGGTA...TAGATGAAGGTAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAACAGAAGTGCAGCCACAACAAAACAGCCAGTTAATGTGGAAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160857 GAAACAGAAGTGCAGCCACAACAAAACAGCCAGTTAATGTGGAAACAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCGACAACTACTCAGACA         GTATCTACAGGAGGTGGGTTATA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 160907 TCGACAACTACTCAGACAGTA...CAGGTATCTACAGGAGGTGGGTTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGATACTATTCTAGATGTGAAATCTAAACGAGTGCGAGCTTTGTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163736 CAGATACTATTCTAGATGTGAAATCTAAACGAGTGCGAGCTTTGTTGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTTCAAGTGATGTCACGGACAGGGAAGATGACAAAAATCAGGACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163786 TTTTCAAGTGATGTCACGGACAGGGAAGATGACAAAAATCAGGACTCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTAAATGGCACAGAGGCTGAAGTTAAAGAGACAGCAATGATTGC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 163836 TGTAAATGGCACAGAGGCTGAAGTTAAAGAGACAGCAATGATTGCGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     AAAATCTGAGTTAACAGATTCTGCCTCCGTGCTGGATAATTTCAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163886 .CAGAAAATCTGAGTTAACAGATTCTGCCTCCGTGCTGGATAATTTCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCCTTGAAAGTGCAGCTGCAGATTTCAGTGATGAAGATGAAGATGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166852 TTCCTTGAAAGTGCAGCTGCAGATTTCAGTGATGAAGATGAAGATGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTTGATGGAAGAGAGAAAAGCGTCATTGATACTTCAACA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 166902 TGTTGATGGAAGAGAGAAAAGCGTCATTGATACTTCAACAGTG...TAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGTTAGGAAAAAAGCATTGCCTGACAGCGGTGAAGATCGAGATACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172432 TTGTTAGGAAAAAAGCATTGCCTGACAGCGGTGAAGATCGAGATACAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGCTCTAAAGGAGTTTGACTTCTTGGTTACATCAGAGGAAGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172482 GAAGCTCTAAAGGAGTTTGACTTCTTGGTTACATCAGAGGAAGGAGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGAATCTAGAAGTGCAGGCGATGGAACAGACTGGG         AAAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 172532 TGAATCTAGAAGTGCAGGCGATGGAACAGACTGGGGTA...TAGAAAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGACCAGTGTCTCATGCCTGAAGCCTGGAATGTGGACCAGGGAGTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179644 AAGACCAGTGTCTCATGCCTGAAGCCTGGAATGTGGACCAGGGAGTAATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCAAACTCAAGGAACAATACAAAAAGGAGAGAAAGGGGAAAAAGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179694 ACCAAACTCAAGGAACAATACAAAAAGGAGAGAAAGGGGAAAAAGGGGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAAGA         GGCCCAATAGGTCAAAACTACAAGATATGCTTGCTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179744 GAAGAGTA...TAGGGCCCAATAGGTCAAAACTACAAGATATGCTTGCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATTTGAGAGATGTTGATGAACTTCCTTCATTGCAGCCATCTGTGGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182425 ATTTGAGAGATGTTGATGAACTTCCTTCATTGCAGCCATCTGTGGGTTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCTTCCAGACCCAGCAGCTCCAGGCTTCCTGAACATGAAATTAATAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182475 CCTTCCAGACCCAGCAGCTCCAGGCTTCCTGAACATGAAATTAATAGGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGATGAAG         TGGAAGCATTGACATTTCCTCCTTCTTCTGGAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 182525 AGATGAAGGTA...CAGTGGAAGCATTGACATTTCCTCCTTCTTCTGGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTCATTCATCATGGGAGCAGATGAAGCCCTTGAAAGTGAACTGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188470 AGTCATTCATCATGGGAGCAGATGAAGCCCTTGAAAGTGAACTGGGACTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGAGAACTAGCAGGCCTTACGGTGGCCAATGAAGCAGACTCACTAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188520 GGAGAACTAGCAGGCCTTACGGTGGCCAATGAAGCAGACTCACTAACTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGAT         ATAGCAAACAATAAAGATGCATTGAGGAAGACATGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188570 TGATGTA...TAGATAGCAAACAATAAAGATGCATTGAGGAAGACATGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACCCTAAGTTTACATTGAGAAGTCACTTTGATGGCATCCGAGCCCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196772 ACCCTAAGTTTACATTGAGAAGTCACTTTGATGGCATCCGAGCCCTTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTCCATCCCATTGAGCCTGTTTTGATAACAGCATCAGAGGATCACACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196822 TTCCATCCCATTGAGCCTGTTTTGATAACAGCATCAGAGGATCACACATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AAAAATGTGGAATTTACAGAAAACAGCCCCAGCCAAAAA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 196872 AAAAATGTGGAATTTACAGAAAACAGCCCCAGCCAAAAAGTG...TAGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCACTTCTCTTGATGTAGAACCTATCTATACATTCAGAGCCCATAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 198605 GCACTTCTCTTGATGTAGAACCTATCTATACATTCAGAGCCCATAAGTA.

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1548      AGGTCCAGTGCTTTGTGTGGTAATGAGCAGCAATGGTGAGCAGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198655 ..CAGAGGTCCAGTGCTTTGTGTGGTAATGAGCAGCAATGGTGAGCAGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTACAGTGGTGGTACTGATGGACTGATCCAGGGCTGGAATACCACTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205256 TTACAGTGGTGGTACTGATGGACTGATCCAGGGCTGGAATACCACTAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCAACATCGACCCCTATGATTCTTATG         ATCCTTCTGTTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 205306 CCAACATCGACCCCTATGATTCTTATGGTA...TAGATCCTTCTGTTTTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGAGGCCCTCTGCTAGGCCACACGGATGCAGTCTGGGGTTTGGCTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208455 CGAGGCCCTCTGCTAGGCCACACGGATGCAGTCTGGGGTTTGGCTTATAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGCAGCACATCAGCGTTTGTTGTCCTGTTCAGCAGATGGCACTCTGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208505 TGCAGCACATCAGCGTTTGTTGTCCTGTTCAGCAGATGGCACTCTGCGTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TATGGAATACAACTGAGGTTGCTCCAGCACTAAGTGTATTTAATGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208555 TATGGAATACAACTGAGGTTGCTCCAGCACTAAGTGTATTTAATGATACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAAG         AACTGGGAATCCCTGCCTCTGTGGATCTAGTGAGCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208605 AAAGGTA...CAGAACTGGGAATCCCTGCCTCTGTGGATCTAGTGAGCAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGACCCGAGCCATATGGTAGCATCATTCAGCAAGGGATATACAAGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211149 TGACCCGAGCCATATGGTAGCATCATTCAGCAAGGGATATACAAGCATTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TTAACATGGAAACACAACAACGCATTCTCACTTTAGAATCCAATGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211199 TTAACATGGAAACACAACAACGCATTCTCACTTTAGAATCCAATGTAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACAA         CAGCCAACTCTTCCTGCCAAATAAATAGAGTCATCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211249 ACAAGTA...TAGCAGCCAACTCTTCCTGCCAAATAAATAGAGTCATCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCATCCTACTCTTCCGATCAGCATCACTGCTCATGAAGACAGGCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215394 TCATCCTACTCTTCCGATCAGCATCACTGCTCATGAAGACAGGCACATCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AATTCTATGATAACAATACAG         GCAAACTGATCCACTCGATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 215444 AATTCTATGATAACAATACAGGTA...AAGGCAAACTGATCCACTCGATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GTAGCCCACCTAGAAGCTGTTACAAGTTTAGCAGTTGATCCCAATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216684 GTAGCCCACCTAGAAGCTGTTACAAGTTTAGCAGTTGATCCCAATGGCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TTACTTGATGTCTGGCA         GTCATGACTGTTCAATACGTTTAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 216734 TTACTTGATGTCTGGCAGTA...TAGGTCATGACTGTTCAATACGTTTAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GGAATCTAGAAAGTAAGACGTGTATCCAAGAATTCACAGCTCATCGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216863 GGAATCTAGAAAGTAAGACGTGTATCCAAGAATTCACAGCTCATCGAAAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AAGTTTGAAGAATCGATTCATGATGTAGCTTTCCACCCATCCAAATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216913 AAGTTTGAAGAATCGATTCATGATGTAGCTTTCCACCCATCCAAATGCTA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 TATAGCCAGTGCTGGAGCTGACGCACTGGCTAAAGTCTTTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216963 TATAGCCAGTGCTGGAGCTGACGCACTGGCTAAAGTCTTTGTA