seq1 = pF1KB5791.tfa, 2490 bp
seq2 = pF1KB5791/gi568815597r_169490151.tfa (gi568815597r:169490151_169719220), 229070 bp

>pF1KB5791 2490
>gi568815597r:169490151_169719220 (Chr1)

(complement)

1-94  (100000-100092)   98% ->
95-481  (101807-102193)   100% ->
482-589  (105528-105635)   100% ->
590-775  (106107-106292)   100% ->
776-961  (106819-107004)   100% ->
962-1147  (107544-107729)   99% ->
1148-1333  (109532-109717)   100% ->
1334-1519  (112087-112272)   100% ->
1520-1705  (116010-116195)   100% ->
1706-1891  (122045-122230)   99% ->
1892-2101  (123087-123296)   100% ->
2102-2287  (124344-124529)   100% ->
2288-2407  (125497-125616)   100% ->
2408-2438  (127765-127795)   100% ->
2439-2490  (129019-129070)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACTGCCAAATAGCCATCTTGTACCAGAGATTCCAGAGAGTGGT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCCAACTGCCAAATAGCCATCTTGTACCAGAGATTCCAGAGAGTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGGAATTTCCCAACTCCTTTGCTTCAGTGCCCTGATCTCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100049 CTTTGGAATTTCCCAACTCCTTTGCTTCAGTGCCCTGATCTCTGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    AACTAACAAACCAGAAAGAAGTGGCAGCATGGACTTATCATTACAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101804 TAGAACTAACAAACCAGAAAGAAGTGGCAGCATGGACTTATCATTACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAAAAGCATACTCATGGAATATTTCCCGTAAATACTGCCAGAATCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 ACAAAAGCATACTCATGGAATATTTCCCGTAAATACTGCCAGAATCGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACAGACTTAGTGGCCATCCAGAATAAAAATGAAATTGATTACCTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101904 CACAGACTTAGTGGCCATCCAGAATAAAAATGAAATTGATTACCTCAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTCCTACCCTACTACAGCTCCTACTACTGGATTGGGATCCGAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 AGGTCCTACCCTACTACAGCTCCTACTACTGGATTGGGATCCGAAAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATAAGACATGGACATGGGTGGGAACCAAAAAGGCTCTCACCAACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102004 AATAAGACATGGACATGGGTGGGAACCAAAAAGGCTCTCACCAACGAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAGAACTGGGCTGATAATGAACCTAACAACAAAAGGAACAACGAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102054 TGAGAACTGGGCTGATAATGAACCTAACAACAAAAGGAACAACGAGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCGTGGAGATATACATCAAGAGTCCGTCAGCCCCTGGCAAGTGGAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102104 GCGTGGAGATATACATCAAGAGTCCGTCAGCCCCTGGCAAGTGGAATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCACTGCTTGAAGAAAAAGCACGCATTGTGTTACACAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102154 GAGCACTGCTTGAAGAAAAAGCACGCATTGTGTTACACAGGTA...CAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCTGCCAGGACATGTCCTGCAGCAAACAAGGAGAGTGCCTCGAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105529 CTCCTGCCAGGACATGTCCTGCAGCAAACAAGGAGAGTGCCTCGAGACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGGGAACTACACCTGCTCCTGTTACCCTGGATTCTATGGGCCAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105579 TCGGGAACTACACCTGCTCCTGTTACCCTGGATTCTATGGGCCAGAATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAATACG         TGAGAGAGTGTGGAGAACTTGAGCTCCCTCAACA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105629 GAATACGGTG...CAGTGAGAGAGTGTGGAGAACTTGAGCTCCCTCAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGTGCTCATGAACTGCAGCCACCCTCTGGGAAACTTCTCTTTTAACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106141 CGTGCTCATGAACTGCAGCCACCCTCTGGGAAACTTCTCTTTTAACTCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGTGCAGCTTCCACTGCACTGACGGGTACCAAGTAAATGGGCCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106191 AGTGCAGCTTCCACTGCACTGACGGGTACCAAGTAAATGGGCCCAGCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGGAATGCTTGGCTTCTGGAATCTGGACAAATAAGCCTCCACAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106241 CTGGAATGCTTGGCTTCTGGAATCTGGACAAATAAGCCTCCACAGTGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AG         CTGCCCAGTGCCCACCCCTGAAGATTCCTGAACGAGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106291 AGGTA...TAGCTGCCCAGTGCCCACCCCTGAAGATTCCTGAACGAGGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACATGACCTGCCTTCATTCTGCAAAAGCATTCCAGCATCAGTCTAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106858 ACATGACCTGCCTTCATTCTGCAAAAGCATTCCAGCATCAGTCTAGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AGCTTCAGTTGTGAAGAGGGATTTGCATTAGTTGGACCGGAAGTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106908 AGCTTCAGTTGTGAAGAGGGATTTGCATTAGTTGGACCGGAAGTGGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 ATGCACAGCCTCGGGGGTATGGACAGCCCCAGCCCCAGTGTGTAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106958 ATGCACAGCCTCGGGGGTATGGACAGCCCCAGCCCCAGTGTGTAAAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962       CTGTGCAGTGTCAGCACCTGGAAGCCCCCAATGAAGGAACCATG
        ...>>>|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 107008 ...CAGCTGTGCAGTGTCAGCACCTGGAAGCCCCCAGTGAAGGAACCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACTGTGTTCATCCGCTCACTGCTTTTGCCTATGGCTCCAGCTGTAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107588 GACTGTGTTCATCCGCTCACTGCTTTTGCCTATGGCTCCAGCTGTAAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGAGTGCCAGCCCGGCTACAGAGTGAGGGGCTTGGACATGCTCCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107638 TGAGTGCCAGCCCGGCTACAGAGTGAGGGGCTTGGACATGCTCCGCTGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGACTCTGGACACTGGTCTGCACCCTTGCCAACCTGTGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107688 TTGACTCTGGACACTGGTCTGCACCCTTGCCAACCTGTGAGGGTA...TA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1148  CTATTTCGTGTGAGCCGCTGGAGAGTCCTGTCCACGGAAGCATGGATTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109531 GCTATTTCGTGTGAGCCGCTGGAGAGTCCTGTCCACGGAAGCATGGATTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTCTCCATCCTTGAGAGCGTTTCAGTATGACACCAACTGTAGCTTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109581 CTCTCCATCCTTGAGAGCGTTTCAGTATGACACCAACTGTAGCTTCCGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GTGCTGAAGGTTTCATGCTGAGAGGAGCCGATATAGTTCGGTGTGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109631 GTGCTGAAGGTTTCATGCTGAGAGGAGCCGATATAGTTCGGTGTGATAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTGGGACAGTGGACAGCACCAGCCCCAGTCTGTCAAG         CTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109681 TTGGGACAGTGGACAGCACCAGCCCCAGTCTGTCAAGGTA...TAGCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCAGTGCCAGGATCTCCCAGTTCCAAATGAGGCCCGGGTGAACTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112091 GCAGTGCCAGGATCTCCCAGTTCCAAATGAGGCCCGGGTGAACTGCTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ACCCCTTCGGTGCCTTTAGGTACCAGTCAGTCTGCAGCTTCACCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112141 ACCCCTTCGGTGCCTTTAGGTACCAGTCAGTCTGCAGCTTCACCTGCAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GAAGGCTTGCTCCTGGTGGGAGCAAGTGTGCTACAGTGCTTGGCTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112191 GAAGGCTTGCTCCTGGTGGGAGCAAGTGTGCTACAGTGCTTGGCTACTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AAACTGGAATTCTGTTCCTCCAGAATGCCAAG         CCATTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112241 AAACTGGAATTCTGTTCCTCCAGAATGCCAAGGTA...TAGCCATTCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCACACCTTTGCTAAGCCCTCAGAATGGAACAATGACCTGTGTTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116019 GCACACCTTTGCTAAGCCCTCAGAATGGAACAATGACCTGTGTTCAACCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CTTGGAAGTTCCAGTTATAAATCCACATGTCAATTCATCTGTGACGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116069 CTTGGAAGTTCCAGTTATAAATCCACATGTCAATTCATCTGTGACGAGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 ATATTCTTTGTCTGGACCAGAAAGATTGGATTGTACTCGATCGGGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116119 ATATTCTTTGTCTGGACCAGAAAGATTGGATTGTACTCGATCGGGACGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 GGACAGACTCCCCACCAATGTGTGAAG         CCATCAAGTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116169 GGACAGACTCCCCACCAATGTGTGAAGGTA...TAGCCATCAAGTGCCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAACTCTTTGCCCCAGAGCAGGGCAGCCTGGATTGTTCTGACACTCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122059 GAACTCTTTGCCCCAGAGCAGGGCAGCCTGGATTGTTCTGACACTCGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AGAATTCAATGTTGGCTCCACCTGCCATTTCTCTTGTAACAACGGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 122109 AGAATTCAATGTTGGCTCCACCTGCCATTTCTCTTGTGACAACGGCTTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGCTGGAGGGGCCCAATAATGTGGAATGCACAACTTCTGGAAGATGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122159 AGCTGGAGGGGCCCAATAATGTGGAATGCACAACTTCTGGAAGATGGTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GCTACTCCACCAACCTGCAAAG         GCATAGCATCACTTCCTAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 122209 GCTACTCCACCAACCTGCAAAGGTA...CAGGCATAGCATCACTTCCTAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TCCAGGGGTGCAATGTCCAGCCCTCACCACTCCTGGGCAGGGAACCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123106 TCCAGGGGTGCAATGTCCAGCCCTCACCACTCCTGGGCAGGGAACCATGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ACTGTAGGCATCATCCGGGAACCTTTGGTTTTAATACCACTTGTTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123156 ACTGTAGGCATCATCCGGGAACCTTTGGTTTTAATACCACTTGTTACTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GGCTGCAACGCTGGATTCACACTCATAGGAGACAGCACTCTCAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123206 GGCTGCAACGCTGGATTCACACTCATAGGAGACAGCACTCTCAGCTGCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 ACCTTCAGGACAATGGACAGCAGTAACTCCAGCATGCAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123256 ACCTTCAGGACAATGGACAGCAGTAACTCCAGCATGCAGAGGTA...CAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 CTGTGAAATGCTCAGAACTACATGTTAATAAGCCAATAGCGATGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124344 CTGTGAAATGCTCAGAACTACATGTTAATAAGCCAATAGCGATGAACTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 TCCAACCTCTGGGGAAACTTCAGTTATGGATCAATCTGCTCTTTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124394 TCCAACCTCTGGGGAAACTTCAGTTATGGATCAATCTGCTCTTTCCATTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 TCTAGAGGGCCAGTTACTTAATGGCTCTGCACAAACAGCATGCCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124444 TCTAGAGGGCCAGTTACTTAATGGCTCTGCACAAACAGCATGCCAAGAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 ATGGCCACTGGTCAACTACCGTGCCAACCTGCCAAG         CAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 124494 ATGGCCACTGGTCAACTACCGTGCCAACCTGCCAAGGTA...TAGCAGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 CCATTGACTATCCAGGAAGCCCTGACTTACTTTGGTGGAGCGGTGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125502 CCATTGACTATCCAGGAAGCCCTGACTTACTTTGGTGGAGCGGTGGCTTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 TACGATAGGTCTGATAATGGGTGGGACGCTCCTGGCTTTGCTAAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125552 TACGATAGGTCTGATAATGGGTGGGACGCTCCTGGCTTTGCTAAGAAAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 GTTTCAGACAAAAAG         ATGATGGGAAATGCCCCTTGAATCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125602 GTTTCAGACAAAAAGGTA...TAGATGATGGGAAATGCCCCTTGAATCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 CACAG         CCACCTAGGAACATATGGAGTTTTTACAAACGCTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127791 CACAGGTA...TAGCCACCTAGGAACATATGGAGTTTTTACAAACGCTGC

   2600     .    :    .
   2475 ATTTGACCCGAGTCCT
        ||||||||||||||||
 129055 ATTTGACCCGAGTCCT