seq1 = pF1KB5785.tfa, 2403 bp
seq2 = pF1KB5785/gi568815597r_151192855.tfa (gi568815597r:151192855_151416481), 223627 bp

>pF1KB5785 2403
>gi568815597r:151192855_151416481 (Chr1)

(complement)

1-909  (100001-100909)   99% ->
910-1137  (108681-108908)   100% ->
1138-1365  (110119-110346)   100% ->
1366-1475  (112832-112941)   100% ->
1476-1580  (114184-114288)   100% ->
1581-1704  (114515-114638)   100% ->
1705-1970  (117409-117674)   100% ->
1971-2103  (121941-122073)   100% ->
2104-2224  (122344-122464)   100% ->
2225-2403  (123449-123627)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGATACAGTAGTGGAGCCTGCCCCCTTGAAGCCAACTTCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGATACAGTAGTGGAGCCTGCCCCCTTGAAGCCAACTTCTGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTTCTGGCCCACCAGGGAATAATGGGGGGTCCCTGCTAAGTGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTTCTGGCCCACCAGGGAATAATGGGGGGTCCCTGCTAAGTGTCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGGGGGTCGGGGAACTATCAGTGATTGACCCTGAGGTGGCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGGGGGTCGGGGAACTATCAGTGATTGACCCTGAGGTGGCCCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTGCCAGGAGGTGTTGGAGAAAGTCAAGCTTTTGCATGGAGGCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTGCCAGGAGGTGTTGGAGAAAGTCAAGCTTTTGCATGGAGGCGTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTCTCTAGCAGAGGCACCCCACTGGAGTTGGTCAATGGGGATGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTCTCTAGCAGAGGCACCCCACTGGAGTTGGTCAATGGGGATGGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAGTGAGATCCGTTGCCTAGATGATCCACCTGCCCAGATCAGGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAGTGAGATCCGTTGCCTAGATGATCCACCTGCCCAGATCAGGGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGATGAGATGGGGGCCGCTGTGGCCTCAGGCACAGCCAAAGGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAAGATGAGATGGGGGCCGCTGTGGCCTCAGGCACAGCCAAAGGAGCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAGACGGCGGCAGAACAACTCAGCTAAACAGTCTTGGCTGCTGAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAGACGGCGGCAGAACAACTCAGCTAAACAGTCTTGGCTGCTGAGGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGAGTCAAAACTGTTTGACATCTCCATGGCCATTTCATACCTGTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGAGTCAAAACTGTTTGACATCTCCATGGCCATTTCATACCTGTATAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCAAGGAGCCTGGAGTACAAGCCTACATTGGCAACCGGCTCTTCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCAAGGAGCCTGGAGTACAAGCCTACATTGGCAACCGGCTCTTCTGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCGCAACGAGGACGTGGACTTCTATCTGCCCCAGTTGCTTAACATGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TCGCAACGAGGACGTGGACTTCTATCTGCCCCAGTTGCTTAACATGTACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCACATGGATGAGGACGTGGGTGATGCCATTAAGCCCTACATAGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCACATGGATGAGGACGTGGGTGATGCCATTAAGCCCTACATAGTCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGTTGCCGCCAGAGCATTAACTTTTCCCTCCAGTGTGCCCTGTTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGTTGCCGCCAGAGCATTAACTTTTCCCTCCAGTGTGCCCTGTTGCTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCCTATTCTTCAGACATGCACATTTCCACTCAACGACACTCCCGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCCTATTCTTCAGACATGCACATTTCCACTCAACGACACTCCCGTGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAGCTACGGAAGCTGATCCTCTCAGATGAGCTAAAGCCAGCTCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAGCTACGGAAGCTGATCCTCTCAGATGAGCTAAAGCCAGCTCACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAGAGGGAGCTGCCCTCCTTGAGCCCGGCCCCTGATACAGGGCTGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100751 AAGAGGGAGCTGCCCTCCTTGAGCCCGGCCCCTGACACAGGGCTGTCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCCAAAAGGACTCACCAGCGCTCTAAGTCAGATGCCACTGCCAGCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCCAAAAGGACTCACCAGCGCTCTAAGTCAGATGCCACTGCCAGCATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GTCTCAGCAGCAACCTGAAACGAACAGCCAGCAACCCTAAAGTGGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTCTCAGCAGCAACCTGAAACGAACAGCCAGCAACCCTAAAGTGGAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGATGAG         CCTGTTCGACTGGCTCCTGAGAGAGAATTCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGATGAGGTA...TAGCCTGTTCGACTGGCTCCTGAGAGAGAATTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAGTCCCTGATGGCGATCGGCAAGCGGCTGGCCACGCTCCCCACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 CAAGTCCCTGATGGCGATCGGCAAGCGGCTGGCCACGCTCCCCACCAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGCAGAAAACACAGAGGCTGATCTCAGAGCTCTCCCTGCTCAACCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108763 AGCAGAAAACACAGAGGCTGATCTCAGAGCTCTCCCTGCTCAACCATAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTCCCTGCCCGAGTCTGGCTGCCCACTGCTGGCTTTGACCACCACGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 CTCCCTGCCCGAGTCTGGCTGCCCACTGCTGGCTTTGACCACCACGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCGTGTACCCCACACACAGGCTGTTGTCCTCAACTCCAAGGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108863 CCGTGTACCCCACACACAGGCTGTTGTCCTCAACTCCAAGGACAAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138      GCTCCCTACCTGATTTATGTGGAAGTCCTTGAATGTGAAAACTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108913 ..CAGGCTCCCTACCTGATTTATGTGGAAGTCCTTGAATGTGAAAACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GACACCACCAGTGTCCCTGCCCGGATCCCCGAGAACCGAATTCGGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110164 GACACCACCAGTGTCCCTGCCCGGATCCCCGAGAACCGAATTCGGAGTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAGGTCCGTAGAAAACTTGCCCGAATGTGGTATTACCCATGAGCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110214 GAGGTCCGTAGAAAACTTGCCCGAATGTGGTATTACCCATGAGCAGCGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CTGGCAGCTTCAGCACTGTGCCCAACTATGACAACGATGATGAGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110264 CTGGCAGCTTCAGCACTGTGCCCAACTATGACAACGATGATGAGGCCTGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCGGTGGATGACATAGGCGAGCTGCAAGTGGAG         CTCCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110314 TCGGTGGATGACATAGGCGAGCTGCAAGTGGAGGTG...CAGCTCCCCGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AGTGCATACCAACAGCTGTGACAACATCTCCCAGTTCTCTGTGGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112840 AGTGCATACCAACAGCTGTGACAACATCTCCCAGTTCTCTGTGGACAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCACCAGCCAGGAGAGCAAGGAGCCTGTGTTCATTGCAGCAGGGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112890 TCACCAGCCAGGAGAGCAAGGAGCCTGTGTTCATTGCAGCAGGGGACATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CG         CCGGCGCCTTTCGGAACAGCTGGCTCATACCCCGACAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112940 CGGTA...CAGCCGGCGCCTTTCGGAACAGCTGGCTCATACCCCGACAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CTTCAAACGAGACCCAGAAGATCCTTCTGCAGTTGCTCTCAAAGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114223 CTTCAAACGAGACCCAGAAGATCCTTCTGCAGTTGCTCTCAAAGAGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GGCAGGAGAAAGTACG         GCGGATCAGAGAGGGCTCCCCCTAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114273 GGCAGGAGAAAGTACGGTG...CAGGCGGATCAGAGAGGGCTCCCCCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GGCCATCTCCCCAATTGGCGGCTCCTGTCAGTCATTGTCAAGTGTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114540 GGCCATCTCCCCAATTGGCGGCTCCTGTCAGTCATTGTCAAGTGTGGGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGACCTTCGGCAAGAGCTTCTGGCCTTTCAGGTGTTGAAGCAACTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114590 TGACCTTCGGCAAGAGCTTCTGGCCTTTCAGGTGTTGAAGCAACTGCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1705         TCCATTTGGGAACAGGAGCGAGTGCCCCTTTGGATCAAGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114640 TA...CAGTCCATTTGGGAACAGGAGCGAGTGCCCCTTTGGATCAAGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 TACAAGATTCTTGTGATTTCGGCTGATAGTGGCATGATTGAACCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117451 TACAAGATTCTTGTGATTTCGGCTGATAGTGGCATGATTGAACCAGTGGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CAATGCTGTGTCCATCCATCAGGTGAAGAAACAGTCACAGCTCTCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117501 CAATGCTGTGTCCATCCATCAGGTGAAGAAACAGTCACAGCTCTCCTTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TCGATTACTTCCTACAGGAGCACGGCAGTTACACCACTGAGGCATTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117551 TCGATTACTTCCTACAGGAGCACGGCAGTTACACCACTGAGGCATTCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 AGTGCACAGCGCAATTTTGTGCAAAGTTGTGCTGGGTACTGCTTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117601 AGTGCACAGCGCAATTTTGTGCAAAGTTGTGCTGGGTACTGCTTGGTCTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CTACCTGCTGCAAGTCAAGGACAG         ACACAATGGGAATATCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 117651 CTACCTGCTGCAAGTCAAGGACAGGTA...CAGACACAATGGGAATATCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TTTTGGACGCAGAAGGCCACATCATCCACATCGACTTTGGCTTCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121958 TTTTGGACGCAGAAGGCCACATCATCCACATCGACTTTGGCTTCATCCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 TCCAGCTCACCCCGAAATCTGGGCTTTGAGACGTCAGCCTTTAAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122008 TCCAGCTCACCCCGAAATCTGGGCTTTGAGACGTCAGCCTTTAAGCTGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CACAGAGTTTGTGGAT         GTGATGGGCGGCCTGGATGGCGACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 122058 CACAGAGTTTGTGGATGTG...CAGGTGATGGGCGGCCTGGATGGCGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 TGTTCAACTACTATAAGATGCTGATGCTGCAAGGGCTGATTGCCGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122369 TGTTCAACTACTATAAGATGCTGATGCTGCAAGGGCTGATTGCCGCTCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 AAACACATGGACAAGGTGGTGCAGATCGTGGAGATCATGCAGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 122419 AAACACATGGACAAGGTGGTGCAGATCGTGGAGATCATGCAGCAAGGTG.

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225      GTTCTCAGCTTCCTTGCTTCCATGGCTCCAGCACCATTCGAAACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122469 ..CAGGTTCTCAGCTTCCTTGCTTCCATGGCTCCAGCACCATTCGAAACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TCAAAGAGAGGTTCCACATGAGCATGACTGAGGAGCAGCTGCAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123494 TCAAAGAGAGGTTCCACATGAGCATGACTGAGGAGCAGCTGCAGCTGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 GTGGAGCAGATGGTGGATGGCAGTATGCGGTCTATCACCACCAAACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123544 GTGGAGCAGATGGTGGATGGCAGTATGCGGTCTATCACCACCAAACTCTA

   2450     .    :    .    :    .    :
   2370 TGACGGCTTCCAGTACCTCACCAACGGCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123594 TGACGGCTTCCAGTACCTCACCAACGGCATCATG