seq1 = pF1KB5781.tfa, 2478 bp
seq2 = pF1KB5781/gi568815580f_36029934.tfa (gi568815580f:36029934_36274638), 244705 bp

>pF1KB5781 2478
>gi568815580f:36029934_36274638 (Chr18)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-217  (103305-103383)   100% ->
218-288  (106374-106444)   100% ->
289-445  (108337-108493)   100% ->
446-523  (108862-108939)   100% ->
524-588  (111204-111268)   100% ->
589-655  (112348-112414)   100% ->
656-796  (112893-113033)   100% ->
797-892  (115006-115101)   100% ->
893-993  (116015-116115)   100% ->
994-1125  (116317-116448)   100% ->
1126-1275  (124917-125066)   100% ->
1276-1464  (126533-126721)   100% ->
1465-1534  (128902-128971)   100% ->
1535-1630  (129802-129897)   100% ->
1631-1688  (130025-130082)   100% ->
1689-1761  (130999-131071)   100% ->
1762-1954  (134542-134734)   100% ->
1955-2076  (137168-137289)   100% ->
2077-2210  (140130-140263)   100% ->
2211-2324  (141114-141227)   100% ->
2325-2478  (144552-144705)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCACCCGTGCTGGAGACTTCTCACGTGTTTTGCTGCCCAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCACCCGTGCTGGAGACTTCTCACGTGTTTTGCTGCCCAAACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCGGGGAGTCCTGAACTGGAGCTCTGGGCCCAGAGGACTTCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGCGGGGAGTCCTGAACTGGAGCTCTGGGCCCAGAGGACTTCTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGCACGTCCTGCTCCGTGGTGCTCTATGACCCCCTG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TTGGCACGTCCTGCTCCGTGGTGCTCTATGACCCCCTGGTA...AAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGGTTGTTGTTACCAACTTGAATGGTCACACCGCCCGAGTCAATTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103308 AGGGTTGTTGTTACCAACTTGAATGGTCACACCGCCCGAGTCAATTGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGTGGATTTGTAAACAGGATGGCT         CCCCTTCTACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103358 ACAGTGGATTTGTAAACAGGATGGCTGTA...CAGCCCCTTCTACTGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGTTTCTGGAGGATCTGATAATCAAGTGATTCACTGGGAAATAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106389 TAGTTTCTGGAGGATCTGATAATCAAGTGATTCACTGGGAAATAGAGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATCAG         CTTTTAAAAGCAGTGCATCTTCAAGGCCATGAAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106439 AATCAGGTG...CAGCTTTTAAAAGCAGTGCATCTTCAAGGCCATGAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCTGTTTATGCGGTGCATGCTGTTTACCAGAGGAGGACATCAGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108372 ACCTGTTTATGCGGTGCATGCTGTTTACCAGAGGAGGACATCAGATCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATTATGTACACTGATCGTTTCTGCAGCTGCAGATTCTGCTGTTCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108422 CATTATGTACACTGATCGTTTCTGCAGCTGCAGATTCTGCTGTTCGACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGGTCTAAAAAGGGTCCAGAAG         TAATGTGCCTTCAGACTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108472 TGGTCTAAAAAGGGTCCAGAAGGTA...TAGTAATGTGCCTTCAGACTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAACTTTGGAAATGGATTTGCTTTGGCTCTCTGCTTATCTTTTTTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108881 AAACTTTGGAAATGGATTTGCTTTGGCTCTCTGCTTATCTTTTTTGCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATACTGATG         TACCAATATTAGCATGTGGCAATGATGATTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108931 ATACTGATGGTG...CAGTACCAATATTAGCATGTGGCAATGATGATTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAATTCACATATTTGCTCAACAAAATGATCAG         TTTCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111236 AGAATTCACATATTTGCTCAACAAAATGATCAGGTA...TAGTTTCAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGTGCTTTCTCTCTGTGGACATGAGGATTGGATTAGAGGAGTGGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112356 AGTGCTTTCTCTCTGTGGACATGAGGATTGGATTAGAGGAGTGGAATGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGCCTTTG         GTAGAGATCTTTTCCTAGCAAGCTGTTCACAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112406 CAGCCTTTGGTC...TAGGTAGAGATCTTTTCCTAGCAAGCTGTTCACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GATTGCCTGATAAGAATATGGAAGCTGTATATAAAGTCAACATCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112925 GATTGCCTGATAAGAATATGGAAGCTGTATATAAAGTCAACATCTTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACTCAGGATGACGATAACATAAGACTGAAAGAAAATACTTTTACCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112975 AACTCAGGATGACGATAACATAAGACTGAAAGAAAATACTTTTACCATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAAATGAAA         GTGTTAAAATAGCATTTGCTGTTACTCTGGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113025 AAAATGAAAGTG...TAGGTGTTAAAATAGCATTTGCTGTTACTCTGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACAGTGCTAGCCGGTCATGAAAACTGGGTAAATGCAGTTCACTGGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115038 ACAGTGCTAGCCGGTCATGAAAACTGGGTAAATGCAGTTCACTGGCAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTGTTTTACAAAG         ATGGTGTCCTACAGCAGCCAGTGAGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115088 TGTGTTTTACAAAGGTA...TAGATGGTGTCCTACAGCAGCCAGTGAGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TATTATCTGCTTCCATGGATAAAACCATGATTCTCTGGGCTCCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116042 TATTATCTGCTTCCATGGATAAAACCATGATTCTCTGGGCTCCAGATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAGTCAGGAGTTTGGCTAGAACAG         GTTCGAGTAGGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116092 GAGTCAGGAGTTTGGCTAGAACAGGTA...CAGGTTCGAGTAGGTGAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 AGGTGGGAATACTTTGGGATTTTATGATTGCCAGTTCAATGAAGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116334 AGGTGGGAATACTTTGGGATTTTATGATTGCCAGTTCAATGAAGATGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCATGATCATTGCTCATGCTTTCCACGGAGCGTTGCACCTTTGGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116384 CCATGATCATTGCTCATGCTTTCCACGGAGCGTTGCACCTTTGGAAACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AATACAGTTAACCCA         AGAGAGTGGACTCCAGAGATTGTCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116434 AATACAGTTAACCCAGTA...CAGAGAGAGTGGACTCCAGAGATTGTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTCAGGACACTTTGATGGTGTCCAAGACCTAGTCTGGGATCCAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124943 TTCAGGACACTTTGATGGTGTCCAAGACCTAGTCTGGGATCCAGAAGGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AATTTATTATCACTGTTGGTACTGATCAGACAACTAGACTTTTTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124993 AATTTATTATCACTGTTGGTACTGATCAGACAACTAGACTTTTTGCTCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGGAAGAGAAAAGACCAATCACAG         GTGACTTGGCATGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 125043 TGGAAGAGAAAAGACCAATCACAGGTA...CAGGTGACTTGGCATGAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGCAAGGCCTCAGATACATGGGTATGACCTGAAATGTTTGGCAATGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126550 TGCAAGGCCTCAGATACATGGGTATGACCTGAAATGTTTGGCAATGATTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATCGGTTTCAGTTTGTATCTGGAGCAGATGAAAAAGTTCTTCGGGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126600 ATCGGTTTCAGTTTGTATCTGGAGCAGATGAAAAAGTTCTTCGGGTTTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TCTGCACCTCGGAATTTTGTGGAAAATTTTTGTGCCATTACAGGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126650 TCTGCACCTCGGAATTTTGTGGAAAATTTTTGTGCCATTACAGGACAATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ACTGAATCATGTGCTCTGTAAT         CAAGATAGTGATCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 126700 ACTGAATCATGTGCTCTGTAATGTG...TAGCAAGATAGTGATCTTCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAGGAGCCACTGTCCCTGCATTGGGATTATCAAATAAAGCTGTCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128921 AAGGAGCCACTGTCCCTGCATTGGGATTATCAAATAAAGCTGTCTTTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 G         GAGATATAGCTTCTCAGCCTTCTGATGAAGAGGAGCTGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128971 GGTA...TAGGAGATATAGCTTCTCAGCCTTCTGATGAAGAGGAGCTGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AACTAGTACTGGTTTTGAGTATCAGCAGGTGGCCTTTCAGCCCTCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129842 AACTAGTACTGGTTTTGAGTATCAGCAGGTGGCCTTTCAGCCCTCCATAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TTACTG         AGCCTCCCACTGAGGATCATCTTCTGCAGAATACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129892 TTACTGGTA...TAGAGCCTCCCACTGAGGATCATCTTCTGCAGAATACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TTGTGGCCTGAAGTTCAAAAACT         ATATGGGCACGGTTATGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 130060 TTGTGGCCTGAAGTTCAAAAACTGTA...TAGATATGGGCACGGTTATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 AATATTTTGTGTTACTTGTAACAGTTCAAAGACTCTGCTTGCCTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131017 AATATTTTGTGTTACTTGTAACAGTTCAAAGACTCTGCTTGCCTCAGCTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 GTAAG         GCAGCTAAGAAAGAGCATGCAGCTATCATTCTTTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131067 GTAAGGTA...TAGGCAGCTAAGAAAGAGCATGCAGCTATCATTCTTTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 AACACTACATCTTGGAAACAGGTGCAGAATTTAGTTTTCCACAGTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134578 AACACTACATCTTGGAAACAGGTGCAGAATTTAGTTTTCCACAGTTTGAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 AGTCACGCAGATGGCCTTCTCACCTAATGAGAAGTTCTTACTAGCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134628 AGTCACGCAGATGGCCTTCTCACCTAATGAGAAGTTCTTACTAGCTGTTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CCAGAGATCGAACCTGGTCATTGTGGAAAAAGCAGGATACAATCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134678 CCAGAGATCGAACCTGGTCATTGTGGAAAAAGCAGGATACAATCTCACCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GAGTTCG         AGCCAGTTTTTAGTCTTTTTGCCTTCACCAACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134728 GAGTTCGGTA...CAGAGCCAGTTTTTAGTCTTTTTGCCTTCACCAACAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 AATTACTTCTGTGCACAGTAGAATTATTTGGTCTTGTGATTGGAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137202 AATTACTTCTGTGCACAGTAGAATTATTTGGTCTTGTGATTGGAGTCCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 ACAGCAAGTATTTCTTCACTGGGAGTCGAGACAAAAAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 137252 ACAGCAAGTATTTCTTCACTGGGAGTCGAGACAAAAAGGTA...TAGGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080 GTTGTCTGGGGTGAGTGCGACTCCACTGATGACTGTATTGAGCACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140133 GTTGTCTGGGGTGAGTGCGACTCCACTGATGACTGTATTGAGCACAACAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 TGGCCCCTGCTCCTCAGTCCTGGACGTGGGTGGGGCTGTGACAGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140183 TGGCCCCTGCTCCTCAGTCCTGGACGTGGGTGGGGCTGTGACAGCTGTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GCGTCTGCCCAGTGCTCCACCCTTCTCAACG         ATACGTGGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 140233 GCGTCTGCCCAGTGCTCCACCCTTCTCAACGGTC...CAGATACGTGGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 GCAGTAGGATTGGAGTGTGGAAAGATTTGCTTATATACCTGGAAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141124 GCAGTAGGATTGGAGTGTGGAAAGATTTGCTTATATACCTGGAAAAAGAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 TGATCAAGTTCCAGAAATAAATGACTGGACCCACTGTGTAGAAACAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141174 TGATCAAGTTCCAGAAATAAATGACTGGACCCACTGTGTAGAAACAAGTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 AAAG         CCAAAGTCATACACTGGCTATCAGAAAATTATGCTGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141224 AAAGGTA...TAGCCAAAGTCATACACTGGCTATCAGAAAATTATGCTGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 AAGAATTGCAGTGGAAAAACTGAACAGAAGGAAGCAGAAGGTGCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144589 AAGAATTGCAGTGGAAAAACTGAACAGAAGGAAGCAGAAGGTGCTGAGTG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2412 GTTACACTTTGCAAGCTGTGGTGAAGATCACACTGTGAAGATACACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144639 GTTACACTTTGCAAGCTGTGGTGAAGATCACACTGTGAAGATACACAGAG

   2650     .    :    .
   2462 TCAATAAATGTGCACTG
        |||||||||||||||||
 144689 TCAATAAATGTGCACTG