seq1 = pF1KB5773.tfa, 2466 bp
seq2 = pF1KB5773/gi568815583f_90785046.tfa (gi568815583f:90785046_90995555), 210510 bp

>pF1KB5773 2466
>gi568815583f:90785046_90995555 (Chr15)

1-213  (100001-100213)   100% ->
214-387  (100367-100540)   100% ->
388-484  (101916-102012)   100% ->
485-668  (102142-102325)   99% ->
669-806  (104261-104398)   100% ->
807-926  (104472-104591)   100% ->
927-1049  (104795-104917)   100% ->
1050-1236  (105047-105233)   100% ->
1237-1320  (105356-105439)   100% ->
1321-1530  (105937-106146)   100% ->
1531-1653  (106509-106631)   100% ->
1654-1707  (107013-107066)   100% ->
1708-1826  (107662-107780)   100% ->
1827-1921  (108055-108149)   100% ->
1922-2045  (108246-108369)   100% ->
2046-2203  (108609-108766)   100% ->
2204-2326  (108891-109013)   100% ->
2327-2466  (110371-110510)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTCTCTTCCGAGCTGTGCAGCCCCCAGGGCCACGGGGTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTTCTCTTCCGAGCTGTGCAGCCCCCAGGGCCACGGGGTCCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAAATGCAGGAGGCCGAGCTTCGTCTACTGGAGGGCATGAGAAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAAATGCAGGAGGCCGAGCTTCGTCTACTGGAGGGCATGAGAAAGTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCCAGCGGGTCAAGAGTGACAGGGAGTATGCAGGACTGCTTCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCCAGCGGGTCAAGAGTGACAGGGAGTATGCAGGACTGCTTCACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGTCCCTGCAGGACAGTGGGGGCCAGAGCCGGGCCATCAGCCCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGTCCCTGCAGGACAGTGGGGGCCAGAGCCGGGCCATCAGCCCTGACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCATCAGTCAG         TCCTGGGCTGAGATCACCAGCCAAACTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCATCAGTCAGGTG...TAGTCCTGGGCTGAGATCACCAGCCAAACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGCCTGAGCCGCTTGCTGCGGCAGCACGCAGAGGATCTGAACTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100395 AGGGCCTGAGCCGCTTGCTGCGGCAGCACGCAGAGGATCTGAACTCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCCTGAGCAAGCTGAGCCTGCTCATCCGGGAACGGCAGCAGCTTCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 CCCCTGAGCAAGCTGAGCCTGCTCATCCGGGAACGGCAGCAGCTTCGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACCTACAGCGAGCAGTGGCAGCAGCTGCAGCAGGAGCTCACCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100495 GACCTACAGCGAGCAGTGGCAGCAGCTGCAGCAGGAGCTCACCAAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388      ACCCACAGCCAGGACATTGAGAAGCTGAAGAGCCAGTACCGAGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 ..TAGACCCACAGCCAGGACATTGAGAAGCTGAAGAGCCAGTACCGAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGCACGGGACAGTGCCCAAGCCAAGCGCAAGTACCAGGAGGCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101961 CTGGCACGGGACAGTGCCCAAGCCAAGCGCAAGTACCAGGAGGCCAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AG         ACAAGGACCGTGACAAGGCCAAGGACAAGTATGTGCGCA
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 102011 AGGTT...CAGACAAGGACCGTGACAAGGCTAAGGACAAGTATGTGCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTGTGGAAGCTCTTTGCTCACCACAACCGCTATGTGCTGGGCGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102181 GCCTGTGGAAGCTCTTTGCTCACCACAACCGCTATGTGCTGGGCGTGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGCGCAGCTACACCACCAGCACCACCACCAGCTCCTGCTGCCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102231 GCTGCGCAGCTACACCACCAGCACCACCACCAGCTCCTGCTGCCCGGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTGCGGTCACTGCAGGACCTGCACGAGGAGATGGCTTGCATCCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102281 GCTGCGGTCACTGCAGGACCTGCACGAGGAGATGGCTTGCATCCTGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    669     GAAGGAGATCCTGCAGGAATACCTGGAGATTAGCAGCCTGGTGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102331 .CAGGAAGGAGATCCTGCAGGAATACCTGGAGATTAGCAGCCTGGTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATGAGGTGGTGGCCATTCACCGGGAGATGGCTGCAGCTGCTGCCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104307 GATGAGGTGGTGGCCATTCACCGGGAGATGGCTGCAGCTGCTGCCCGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCAGCCTGAGGCTGAGTACCAAGGCTTCCTGCGACAGTATGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104357 CCAGCCTGAGGCTGAGTACCAAGGCTTCCTGCGACAGTATGGGTA...CA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807  GTCCGCACCTGACGTCCCACCCTGTGTCACGTTCGATGAGTCACTGCTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104471 GGTCCGCACCTGACGTCCCACCCTGTGTCACGTTCGATGAGTCACTGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGGAGGGTGAACCGCTGGAGCCTGGGGAGCTCCAGCTGAACGAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104521 GAGGAGGGTGAACCGCTGGAGCCTGGGGAGCTCCAGCTGAACGAGCTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGTGGAGAGCGTGCAGCACAC         GCTGACCTCAGTGACAGATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104571 TGTGGAGAGCGTGCAGCACACGTG...CAGGCTGACCTCAGTGACAGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCTGGCTGTGGCCACCGAGATGGTGTTCAGGCGGCAGGAGATGGTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 AGCTGGCTGTGGCCACCGAGATGGTGTTCAGGCGGCAGGAGATGGTTACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAGCTGCAACAGGAGCTCCGGAATGAAGAGGAGAACACCCACCCCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104865 CAGCTGCAACAGGAGCTCCGGAATGAAGAGGAGAACACCCACCCCCGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCG         GGTGCAGCTGCTGGGCAAGAGGCAAGTGCTGCAAGAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104915 GCGGTG...CAGGGTGCAGCTGCTGGGCAAGAGGCAAGTGCTGCAAGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACTGCAGGGGCTGCAGGTAGCGCTGTGCAGCCAGGCCAAGCTGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105085 CACTGCAGGGGCTGCAGGTAGCGCTGTGCAGCCAGGCCAAGCTGCAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGCAGGAGTTGCTGCAGACCAAGCTGGAGCACCTGGGCCCCGGCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105135 CAGCAGGAGTTGCTGCAGACCAAGCTGGAGCACCTGGGCCCCGGCGAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCCGCCTGTGCTGCTCCTGCAGGATGACCGCCACTCCACGTCGTCCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105185 CCCGCCTGTGCTGCTCCTGCAGGATGACCGCCACTCCACGTCGTCCTCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237         GAGCAGGAGCGAGAGGGGGGAAGGACACCCACGCTGGAGATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105235 TG...CAGGAGCAGGAGCGAGAGGGGGGAAGGACACCCACGCTGGAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTTAAGAGCCACATCTCAGGAATCTTCCGCCCCAAGTTCTCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105398 CTTAAGAGCCACATCTCAGGAATCTTCCGCCCCAAGTTCTCGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1321  CTCCCTCCACCGCTGCAGCTCATTCCGGAGGTGCAGAAGCCCCTGCATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105936 GCTCCCTCCACCGCTGCAGCTCATTCCGGAGGTGCAGAAGCCCCTGCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCAGCTGTGGTACCACGGGGCCATCCCGAGGGCAGAGGTGGCTGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105986 AGCAGCTGTGGTACCACGGGGCCATCCCGAGGGCAGAGGTGGCTGAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTGGTGCACTCTGGGGACTTCCTGGTGCGGGAGAGCCAGGGCAAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106036 CTGGTGCACTCTGGGGACTTCCTGGTGCGGGAGAGCCAGGGCAAGCAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTACGTGCTGTCGGTGCTGTGGGATGGTCTGCCCCGGCACTTCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106086 GTACGTGCTGTCGGTGCTGTGGGATGGTCTGCCCCGGCACTTCATCATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGTCCTTGGAT         AACCTGTACCGACTGGAAGGGGAAGGCTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106136 AGTCCTTGGATGTG...CAGAACCTGTACCGACTGGAAGGGGAAGGCTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCTAGCATTCCTTTGCTCATCGACCACCTACTGAGCACCCAGCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106539 CCTAGCATTCCTTTGCTCATCGACCACCTACTGAGCACCCAGCAGCCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CACCAAGAAGAGTGGTGTTGTCCTGCACAGGGCTGTGCCCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106589 CACCAAGAAGAGTGGTGTTGTCCTGCACAGGGCTGTGCCCAAGGTG...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1654   GACAAGTGGGTGCTGAACCATGAGGACCTGGTGTTGGGTGAGCAGATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107011 AGGACAAGTGGGTGCTGAACCATGAGGACCTGGTGTTGGGTGAGCAGATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGACGG         GGGAACTTTGGCGAAGTGTTCAGCGGACGCCTGCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107061 GGACGGGTG...CAGGGGAACTTTGGCGAAGTGTTCAGCGGACGCCTGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGCCGACAACACCCTGGTGGCGGTGAAGTCTTGTCGAGAGACGCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107697 AGCCGACAACACCCTGGTGGCGGTGAAGTCTTGTCGAGAGACGCTCCCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CTGACCTCAAGGCCAAGTTTCTACAGGAAGCGAG         GATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107747 CTGACCTCAAGGCCAAGTTTCTACAGGAAGCGAGGTG...CAGGATCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAGCAGTACAGCCACCCCAACATCGTGCGTCTCATTGGTGTCTGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108062 AAGCAGTACAGCCACCCCAACATCGTGCGTCTCATTGGTGTCTGCACCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GAAGCAGCCCATCTACATCGTCATGGAGCTTGTGCAGG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108112 GAAGCAGCCCATCTACATCGTCATGGAGCTTGTGCAGGGTG...CAGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GCGACTTCCTGACCTTCCTCCGCACGGAGGGGGCCCGCCTGCGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108249 GCGACTTCCTGACCTTCCTCCGCACGGAGGGGGCCCGCCTGCGGGTGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACTCTGCTGCAGATGGTGGGGGATGCAGCTGCTGGCATGGAGTACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108299 ACTCTGCTGCAGATGGTGGGGGATGCAGCTGCTGGCATGGAGTACCTGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GAGCAAGTGCTGCATCCACCG         GGACCTGGCTGCTCGGAACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108349 GAGCAAGTGCTGCATCCACCGGTG...CAGGGACCTGGCTGCTCGGAACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GCCTGGTGACAGAGAAGAATGTCCTGAAGATCAGTGACTTTGGGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108629 GCCTGGTGACAGAGAAGAATGTCCTGAAGATCAGTGACTTTGGGATGTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CGAGAGGAAGCCGATGGGGTCTATGCAGCCTCAGGGGGCCTCAGACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108679 CGAGAGGAAGCCGATGGGGTCTATGCAGCCTCAGGGGGCCTCAGACAAGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CCCCGTGAAGTGGACCGCACCTGAGGCCCTTAACTACG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108729 CCCCGTGAAGTGGACCGCACCTGAGGCCCTTAACTACGGTA...CAGGCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GCTACTCCTCCGAAAGCGACGTGTGGAGCTTTGGCATCTTGCTCTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 GCTACTCCTCCGAAAGCGACGTGTGGAGCTTTGGCATCTTGCTCTGGGAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ACCTTCAGCCTGGGGGCCTCCCCCTATCCCAACCTCAGCAATCAGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 ACCTTCAGCCTGGGGGCCTCCCCCTATCCCAACCTCAGCAATCAGCAGAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 ACGGGAGTTTGTGGAGAAGG         GGGGCCGTCTGCCCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108994 ACGGGAGTTTGTGGAGAAGGGTA...CAGGGGGCCGTCTGCCCTGCCCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AGCTGTGTCCTGATGCCGTGTTCAGGCTCATGGAGCAGTGCTGGGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110392 AGCTGTGTCCTGATGCCGTGTTCAGGCTCATGGAGCAGTGCTGGGCCTAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 GAGCCTGGGCAGCGGCCCAGCTTCAGCACCATCTACCAGGAGCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110442 GAGCCTGGGCAGCGGCCCAGCTTCAGCACCATCTACCAGGAGCTGCAGAG

   2600     .    :    .
   2448 CATCCGAAAGCGGCATCGG
        |||||||||||||||||||
 110492 CATCCGAAAGCGGCATCGG