seq1 = pF1KB5764.tfa, 2268 bp
seq2 = pF1KB5764/gi568815595f_36893548.tfa (gi568815595f:36893548_37150650), 257103 bp

>pF1KB5764 2268
>gi568815595f:36893548_37150650 (Chr3)

1-116  (100001-100116)   100% ->
117-207  (103072-103162)   100% ->
208-306  (107408-107506)   100% ->
307-380  (110854-110927)   100% ->
381-453  (113444-113516)   100% ->
454-545  (115267-115358)   100% ->
546-588  (118273-118315)   100% ->
589-677  (118464-118552)   98% ->
678-790  (120885-120997)   100% ->
791-884  (123959-124052)   100% ->
885-1038  (126763-126916)   100% ->
1039-1409  (132090-132460)   100% ->
1410-1558  (135237-135385)   100% ->
1559-1667  (146639-146747)   100% ->
1668-1731  (148721-148784)   100% ->
1732-1896  (153972-154136)   100% ->
1897-1989  (154970-155062)   100% ->
1990-2103  (155357-155470)   100% ->
2104-2268  (156939-157103)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTTCGTGGCAGGGGTTATTCGGCGGCTGGACGAGACAGTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTTCGTGGCAGGGGTTATTCGGCGGCTGGACGAGACAGTGGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCATCGCGGCGGGGGAAGTTATCCAGCGGCCAGCTAATGCTATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCATCGCGGCGGGGGAAGTTATCCAGCGGCCAGCTAATGCTATCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGATGATTGAGAACTG         TTTAGATGCAAAATCCACAAGTATT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100101 AGATGATTGAGAACTGGTA...CAGTTTAGATGCAAAATCCACAAGTATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGTGATTGTTAAAGAGGGAGGCCTGAAGTTGATTCAGATCCAAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103097 CAAGTGATTGTTAAAGAGGGAGGCCTGAAGTTGATTCAGATCCAAGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCACCGGGATCAGG         AAAGAAGATCTGGATATTGTATGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103147 TGGCACCGGGATCAGGGTA...CAGAAAGAAGATCTGGATATTGTATGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAGGTTCACTACTAGTAAACTGCAGTCCTTTGAGGATTTAGCCAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107433 AAAGGTTCACTACTAGTAAACTGCAGTCCTTTGAGGATTTAGCCAGTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTACCTATGGCTTTCGAGGTGAG         GCTTTGGCCAGCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107483 TCTACCTATGGCTTTCGAGGTGAGGTA...TAGGCTTTGGCCAGCATAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCATGTGGCTCATGTTACTATTACAACGAAAACAGCTGATGGAAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110871 CCATGTGGCTCATGTTACTATTACAACGAAAACAGCTGATGGAAAGTGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATACAG         AGCAAGTTACTCAGATGGAAAACTGAAAGCCCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110921 CATACAGGTA...TAGAGCAAGTTACTCAGATGGAAAACTGAAAGCCCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTAAACCATGTGCTGGCAATCAAGGGACCCAGATCACG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113478 CCTAAACCATGTGCTGGCAATCAAGGGACCCAGATCACGGTA...CAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGAGGACCTTTTTTACAACATAGCCACGAGGAGAAAAGCTTTAAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115269 GGAGGACCTTTTTTACAACATAGCCACGAGGAGAAAAGCTTTAAAAAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAAGTGAAGAATATGGGAAAATTTTGGAAGTTGTTGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115319 CAAGTGAAGAATATGGGAAAATTTTGGAAGTTGTTGGCAGGTA...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TATTCAGTACACAATGCAGGCATTAGTTTCTCAGTTAAAAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118274 TATTCAGTACACAATGCAGGCATTAGTTTCTCAGTTAAAAAAGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589  CAAGGAGAGACAGTAGCTGATGTTAGGACACTACCCAATGCCTCAACCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118463 GCAAGGAGAGACAGTAGCTGATGTTAGGACACTACCCAATGCCTCAACCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGACAATATTCGCTCCGTCTTTGGAAATGCTGTTAGTCG         A
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118513 TGGACAATATTCGCTCCATCTTTGGAAATGCTGTTAGTCGGTA...TAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAACTGATAGAAATTGGATGTGAGGATAAAACCCTAGCCTTCAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120886 GAACTGATAGAAATTGGATGTGAGGATAAAACCCTAGCCTTCAAAATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGGTTACATATCCAATGCAAACTACTCAGTGAAGAAGTGCATCTTCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120936 TGGTTACATATCCAATGCAAACTACTCAGTGAAGAAGTGCATCTTCTTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCTTCATCAACC         ATCGTCTGGTAGAATCAACTTCCTTGAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 120986 TCTTCATCAACCGTA...TAGATCGTCTGGTAGAATCAACTTCCTTGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAAGCCATAGAAACAGTGTATGCAGCCTATTTGCCCAAAAACACACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123988 AAAGCCATAGAAACAGTGTATGCAGCCTATTTGCCCAAAAACACACACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ATTCCTGTACCTCAG         TTTAGAAATCAGTCCCCAGAATGTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124038 ATTCCTGTACCTCAGGTA...CAGTTTAGAAATCAGTCCCCAGAATGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ATGTTAATGTGCACCCCACAAAGCATGAAGTTCACTTCCTGCACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126789 ATGTTAATGTGCACCCCACAAAGCATGAAGTTCACTTCCTGCACGAGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGCATCCTGGAGCGGGTGCAGCAGCACATCGAGAGCAAGCTCCTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126839 AGCATCCTGGAGCGGGTGCAGCAGCACATCGAGAGCAAGCTCCTGGGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAATTCCTCCAGGATGTACTTCACCCAG         ACTTTGCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126889 CAATTCCTCCAGGATGTACTTCACCCAGGTC...CAGACTTTGCTACCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GACTTGCTGGCCCCTCTGGGGAGATGGTTAAATCCACAACAAGTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132103 GACTTGCTGGCCCCTCTGGGGAGATGGTTAAATCCACAACAAGTCTGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCGTCTTCTACTTCTGGAAGTAGTGATAAGGTCTATGCCCACCAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132153 TCGTCTTCTACTTCTGGAAGTAGTGATAAGGTCTATGCCCACCAGATGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TCGTACAGATTCCCGGGAACAGAAGCTTGATGCATTTCTGCAGCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132203 TCGTACAGATTCCCGGGAACAGAAGCTTGATGCATTTCTGCAGCCTCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCAAACCCCTGTCCAGTCAGCCCCAGGCCATTGTCACAGAGGATAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132253 GCAAACCCCTGTCCAGTCAGCCCCAGGCCATTGTCACAGAGGATAAGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GATATTTCTAGTGGCAGGGCTAGGCAGCAAGATGAGGAGATGCTTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132303 GATATTTCTAGTGGCAGGGCTAGGCAGCAAGATGAGGAGATGCTTGAACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CCCAGCCCCTGCTGAAGTGGCTGCCAAAAATCAGAGCTTGGAGGGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132353 CCCAGCCCCTGCTGAAGTGGCTGCCAAAAATCAGAGCTTGGAGGGGGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAACAAAGGGGACTTCAGAAATGTCAGAGAAGAGAGGACCTACTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132403 CAACAAAGGGGACTTCAGAAATGTCAGAGAAGAGAGGACCTACTTCCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AACCCCAG         AAAGAGACATCGGGAAGATTCTGATGTGGAAAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 132453 AACCCCAGGTA...CAGAAAGAGACATCGGGAAGATTCTGATGTGGAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGTGGAAGATGATTCCCGAAAGGAAATGACTGCAGCTTGTACCCCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135270 GGTGGAAGATGATTCCCGAAAGGAAATGACTGCAGCTTGTACCCCCCGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAAGGATCATTAACCTCACTAGTGTTTTGAGTCTCCAGGAAGAAATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135320 GAAGGATCATTAACCTCACTAGTGTTTTGAGTCTCCAGGAAGAAATTAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGCAGGGACATGAGG         TTCTCCGGGAGATGTTGCATAACCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 135370 GAGCAGGGACATGAGGGTA...CAGTTCTCCGGGAGATGTTGCATAACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTCCTTCGTGGGCTGTGTGAATCCTCAGTGGGCCTTGGCACAGCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146664 CTCCTTCGTGGGCTGTGTGAATCCTCAGTGGGCCTTGGCACAGCATCAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCAAGTTATACCTTCTCAACACCACCAAGCTTAG         TGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 146714 CCAAGTTATACCTTCTCAACACCACCAAGCTTAGGTA...CAGTGAAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTGTTCTACCAGATACTCATTTATGATTTTGCCAATTTTGGTGTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148728 CTGTTCTACCAGATACTCATTTATGATTTTGCCAATTTTGGTGTTCTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GTTATCG         GAGCCAGCACCGCTCTTTGACCTTGCCATGCTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148778 GTTATCGGTA...TAGGAGCCAGCACCGCTCTTTGACCTTGCCATGCTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCTTAGATAGTCCAGAGAGTGGCTGGACAGAGGAAGATGGTCCCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154006 CCTTAGATAGTCCAGAGAGTGGCTGGACAGAGGAAGATGGTCCCAAAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GGACTTGCTGAATACATTGTTGAGTTTCTGAAGAAGAAGGCTGAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154056 GGACTTGCTGAATACATTGTTGAGTTTCTGAAGAAGAAGGCTGAGATGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TGCAGACTATTTCTCTTTGGAAATTGATGAG         GAAGGGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 154106 TGCAGACTATTTCTCTTTGGAAATTGATGAGGTG...CAGGAAGGGAACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TGATTGGATTACCCCTTCTGATTGACAACTATGTGCCCCCTTTGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154980 TGATTGGATTACCCCTTCTGATTGACAACTATGTGCCCCCTTTGGAGGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 CTGCCTATCTTCATTCTTCGACTAGCCACTGAG         GTGAATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 155030 CTGCCTATCTTCATTCTTCGACTAGCCACTGAGGTC...CAGGTGAATTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GGACGAAGAAAAGGAATGTTTTGAAAGCCTCAGTAAAGAATGCGCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155365 GGACGAAGAAAAGGAATGTTTTGAAAGCCTCAGTAAAGAATGCGCTATGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TCTATTCCATCCGGAAGCAGTACATATCTGAGGAGTCGACCCTCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155415 TCTATTCCATCCGGAAGCAGTACATATCTGAGGAGTCGACCCTCTCAGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CAGCAG         AGTGAAGTGCCTGGCTCCATTCCAAACTCCTGGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155465 CAGCAGGTA...CAGAGTGAAGTGCCTGGCTCCATTCCAAACTCCTGGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 GTGGACTGTGGAACACATTGTCTATAAAGCCTTGCGCTCACACATTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156974 GTGGACTGTGGAACACATTGTCTATAAAGCCTTGCGCTCACACATTCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CTCCTAAACATTTCACAGAAGATGGAAATATCCTGCAGCTTGCTAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157024 CTCCTAAACATTTCACAGAAGATGGAAATATCCTGCAGCTTGCTAACCTG

   2400     .    :    .    :    .    :
   2239 CCTGATCTATACAAAGTCTTTGAGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 157074 CCTGATCTATACAAAGTCTTTGAGAGGTGT