seq1 = pF1KB5763.tfa, 2448 bp
seq2 = pF1KB5763/gi568815581f_19278901.tfa (gi568815581f:19278901_19483228), 204328 bp

>pF1KB5763 2448
>gi568815581f:19278901_19483228 (Chr17)

1-232  (100001-100232)   100% ->
233-398  (100882-101047)   100% ->
399-1477  (101708-102786)   100% ->
1478-2163  (102881-103566)   100% ->
2164-2297  (103913-104046)   100% ->
2298-2448  (104178-104328)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGAGCCTCTGAAGGAGGAAGACGGCGAGGACGGCTCTGCGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGAGCCTCTGAAGGAGGAAGACGGCGAGGACGGCTCTGCGGAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCGGGCCCGTGAAGGCCGAACCCGCCCACACCGCTGCCTCTGTAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGGGCCCGTGAAGGCCGAACCCGCCCACACCGCTGCCTCTGTAGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGAACCTGGCCCTGCTTAAAGCCCGCTCCTTCGATGTGACCTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAAGAACCTGGCCCTGCTTAAAGCCCGCTCCTTCGATGTGACCTTTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGGCGACGAGTACGAGATCATCGAGACCATAGGCAACGGGGCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGGGCGACGAGTACGAGATCATCGAGACCATAGGCAACGGGGCCTATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTGGTGTCCTCCGCCCGCCGCCGCCTCACCG         GCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100201 AGTGGTGTCCTCCGCCCGCCGCCGCCTCACCGGTG...CAGGCCAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCCATCAAGAAGATCCCTAATGCTTTCGATGTGGTGACCAATGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 TGGCCATCAAGAAGATCCCTAATGCTTTCGATGTGGTGACCAATGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGACCCTCAGGGAGCTGAAGATCCTCAAGCACTTTAAACACGACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 CGGACCCTCAGGGAGCTGAAGATCCTCAAGCACTTTAAACACGACAACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCGCCATCAAGGACATCCTGAGGCCCACCGTGCCCTATGGCGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100991 CATCGCCATCAAGGACATCCTGAGGCCCACCGTGCCCTATGGCGAATTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AATCTGT         CTACGTGGTCCTGGACCTGATGGAAAGCGACCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101041 AATCTGTGTA...CAGCTACGTGGTCCTGGACCTGATGGAAAGCGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACCAGATCATCCACTCCTCACAGCCCCTCACACTGGAACACGTGCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101742 CACCAGATCATCCACTCCTCACAGCCCCTCACACTGGAACACGTGCGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTCCTGTACCAACTGCTGCGGGGCCTGAAGTACATGCACTCGGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101792 CTTCCTGTACCAACTGCTGCGGGGCCTGAAGTACATGCACTCGGCTCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATCCACCGTGACCTGAAGCCCTCCAACCTATTGGTGAATGAGAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101842 TCATCCACCGTGACCTGAAGCCCTCCAACCTATTGGTGAATGAGAACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGCTCAAGATTGGTGACTTTGGTATGGCTCGTGGCCTGTGCACCTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101892 GAGCTCAAGATTGGTGACTTTGGTATGGCTCGTGGCCTGTGCACCTCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CGCTGAACATCAGTACTTCATGACTGAGTATGTGGCCACGCGCTGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101942 CGCTGAACATCAGTACTTCATGACTGAGTATGTGGCCACGCGCTGGTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTGCGCCCGAGCTCATGCTCTCTTTGCATGAGTATACACAGGCTATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101992 GTGCGCCCGAGCTCATGCTCTCTTTGCATGAGTATACACAGGCTATTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTCTGGTCTGTGGGCTGCATCTTTGGTGAGATGCTGGCCCGGCGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102042 CTCTGGTCTGTGGGCTGCATCTTTGGTGAGATGCTGGCCCGGCGCCAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTTCCCAGGCAAAAACTATGTACACCAGCTACAGCTCATCATGATGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102092 CTTCCCAGGCAAAAACTATGTACACCAGCTACAGCTCATCATGATGGTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGGTACCCCATCACCAGCCGTGATTCAGGCTGTGGGGGCTGAGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102142 TGGGTACCCCATCACCAGCCGTGATTCAGGCTGTGGGGGCTGAGAGGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CGGGCCTATATCCAGAGCTTGCCACCACGCCAGCCTGTGCCCTGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102192 CGGGCCTATATCCAGAGCTTGCCACCACGCCAGCCTGTGCCCTGGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGTGTACCCAGGTGCCGACCGCCAGGCCCTATCACTGCTGGGTCGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102242 AGTGTACCCAGGTGCCGACCGCCAGGCCCTATCACTGCTGGGTCGCATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGCGTTTTGAGCCCAGCGCTCGCATCTCAGCAGCTGCTGCCCTTCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102292 TGCGTTTTGAGCCCAGCGCTCGCATCTCAGCAGCTGCTGCCCTTCGCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCTTTCCTGGCCAAGTACCATGATCCTGATGATGAGCCTGACTGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102342 CCTTTCCTGGCCAAGTACCATGATCCTGATGATGAGCCTGACTGTGCCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GCCCTTTGACTTTGCCTTTGACCGCGAAGCCCTCACTCGGGAGCGCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102392 GCCCTTTGACTTTGCCTTTGACCGCGAAGCCCTCACTCGGGAGCGCATTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGGAGGCCATTGTGGCTGAAATTGAGGACTTCCATGCAAGGCGTGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102442 AGGAGGCCATTGTGGCTGAAATTGAGGACTTCCATGCAAGGCGTGAGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ATCCGCCAACAGATCCGCTTCCAGCCTTCTCTACAGCCTGTGGCTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102492 ATCCGCCAACAGATCCGCTTCCAGCCTTCTCTACAGCCTGTGGCTAGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCCTGGCTGTCCAGATGTTGAAATGCCCAGTCCCTGGGCTCCCAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102542 GCCTGGCTGTCCAGATGTTGAAATGCCCAGTCCCTGGGCTCCCAGTGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACTGTGCCATGGAGTCTCCACCACCAGCCCCGCCACCATGCCCCGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102592 ACTGTGCCATGGAGTCTCCACCACCAGCCCCGCCACCATGCCCCGGCCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCACCTGACACCATTGATCTGACCCTGCAGCCACCTCCACCAGTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102642 GCACCTGACACCATTGATCTGACCCTGCAGCCACCTCCACCAGTCAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GCCTGCCCCACCAAAGAAAGATGGTGCCATCTCAGACAATACTAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102692 GCCTGCCCCACCAAAGAAAGATGGTGCCATCTCAGACAATACTAAGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCCTTAAAGCTGCCCTGCTCAAGTCTTTGAGGAGCCGGCTCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102742 CCCTTAAAGCTGCCCTGCTCAAGTCTTTGAGGAGCCGGCTCAGAGGTG..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1478     ATGGCCCCAGCGCACCCCTGGAGGCTCCTGAGCCTCGGAAGCCGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102792 .CAGATGGCCCCAGCGCACCCCTGGAGGCTCCTGAGCCTCGGAAGCCGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GACAGCCCAGGAGCGCCAGCGGGAGCGGGAGGAGAAGCGGCGGAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102927 GACAGCCCAGGAGCGCCAGCGGGAGCGGGAGGAGAAGCGGCGGAGGCGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 AAGAACGAGCCAAGGAGCGGGAGAAACGGCGGCAGGAGCGGGAGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102977 AAGAACGAGCCAAGGAGCGGGAGAAACGGCGGCAGGAGCGGGAGCGAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 GAACGGGGGGCTGGGGCCTCTGGGGGCCCCTCCACTGACCCCTTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103027 GAACGGGGGGCTGGGGCCTCTGGGGGCCCCTCCACTGACCCCTTGGCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 ACTAGTGCTCAGTGACAATGACAGAAGCCTGTTGGAACGCTGGACTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103077 ACTAGTGCTCAGTGACAATGACAGAAGCCTGTTGGAACGCTGGACTCGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TGGCCCGGCCCGCAGCCCCAGCCCTCACCTCTGTGCCGGCCCCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103127 TGGCCCGGCCCGCAGCCCCAGCCCTCACCTCTGTGCCGGCCCCTGCCCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 GCGCCAACGCCAACCCCAACCCCAGTCCAACCTACCAGTCCTCCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103177 GCGCCAACGCCAACCCCAACCCCAGTCCAACCTACCAGTCCTCCTCCTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 CCCTGTAGCCCAGCCCACTGGCCCGCAACCACAATCTGCGGGCTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103227 CCCTGTAGCCCAGCCCACTGGCCCGCAACCACAATCTGCGGGCTCTACCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 CTGGCCCTGTACCCCAGCCTGCCTGCCCACCCCCTGGCCCTGCACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103277 CTGGCCCTGTACCCCAGCCTGCCTGCCCACCCCCTGGCCCTGCACCCCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 CCCACTGGCCCTCCTGGGCCCATCCCTGTCCCCGCGCCACCCCAGATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103327 CCCACTGGCCCTCCTGGGCCCATCCCTGTCCCCGCGCCACCCCAGATTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 CACCTCCACCAGCCTCCTGGCTGCCCAGTCACTTGTGCCACCCCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103377 CACCTCCACCAGCCTCCTGGCTGCCCAGTCACTTGTGCCACCCCCTGGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 TGCCTGGCTCCAGCACCCCAGGAGTTTTGCCTTACTTCCCACCTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103427 TGCCTGGCTCCAGCACCCCAGGAGTTTTGCCTTACTTCCCACCTGGCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 CCGCCCCCAGACGCCGGGGGAGCCCCTCAGTCTTCCATGTCAGAGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103477 CCGCCCCCAGACGCCGGGGGAGCCCCTCAGTCTTCCATGTCAGAGTCACC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 TGATGTCAACCTTGTGACCCAGCAGCTATCTAAGTCACAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103527 TGATGTCAACCTTGTGACCCAGCAGCTATCTAAGTCACAGGTG...CAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 TGGAGGACCCCCTGCCCCCTGTGTTCTCAGGCACACCAAAGGGCAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103914 TGGAGGACCCCCTGCCCCCTGTGTTCTCAGGCACACCAAAGGGCAGTGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 GCTGGCTACGGTGTTGGCTTTGACCTGGAGGAATTCTTAAACCAGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103964 GCTGGCTACGGTGTTGGCTTTGACCTGGAGGAATTCTTAAACCAGTCTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 CGACATGGGCGTGGCTGATGGGCCACAGGATGG         CCAGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104014 CGACATGGGCGTGGCTGATGGGCCACAGGATGGGTA...CAGCCAGGCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2306 ATTCAGCCTCTCTCTCAGCCTCCCTGCTTGCTGACTGGCTCGAAGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104186 ATTCAGCCTCTCTCTCAGCCTCCCTGCTTGCTGACTGGCTCGAAGGCCAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2356 GGCATGAACCCTGCCGATATTGAGTCCCTGCAGCGTGAGATCCAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104236 GGCATGAACCCTGCCGATATTGAGTCCCTGCAGCGTGAGATCCAGATGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2406 CTCCCCAATGCTGCTGGCTGACCTGCCTGACCTCCAGGACCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104286 CTCCCCAATGCTGCTGGCTGACCTGCCTGACCTCCAGGACCCC