seq1 = pF1KB5755.tfa, 2430 bp
seq2 = pF1KB5755/gi568815592f_160602305.tfa (gi568815592f:160602305_160853058), 250754 bp

>pF1KB5755 2430
>gi568815592f:160602305_160853058 (Chr6)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-185  (104103-104238)   100% ->
186-292  (105396-105502)   100% ->
293-407  (108773-108887)   100% ->
408-547  (110682-110821)   100% ->
548-668  (112490-112610)   100% ->
669-787  (114341-114459)   100% ->
788-950  (115990-116152)   100% ->
951-1096  (116389-116534)   100% ->
1097-1256  (120104-120263)   100% ->
1257-1438  (128747-128928)   100% ->
1439-1587  (129441-129589)   100% ->
1588-1681  (131691-131784)   100% ->
1682-1802  (134583-134703)   100% ->
1803-1877  (136234-136308)   100% ->
1878-2018  (136764-136904)   100% ->
2019-2125  (139007-139113)   99% ->
2126-2271  (149811-149956)   100% ->
2272-2430  (150596-150754)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACATAAGGAAGTGGTTCTTCTACTTCTTTTATTTCTGAAATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGAACATAAGGAAGTGGTTCTTCTACTTCTTTTATTTCTGAAATCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GTCAAGGAGAGCCTCTGGATGACTATGTGAATACCCAGGGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...TAGGTCAAGGAGAGCCTCTGGATGACTATGTGAATACCCAGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTCACTGTTCAGTGTCACTAAGAAGCAGCTGGGAGCAGGAAGTATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104145 CTTCACTGTTCAGTGTCACTAAGAAGCAGCTGGGAGCAGGAAGTATAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAATGTGCAGCAAAATGTGAGGAGGACGAAGAATTCACCTGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104195 GAATGTGCAGCAAAATGTGAGGAGGACGAAGAATTCACCTGCAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GGCATTCCAATATCACAGTAAAGAGCAACAATGTGTGATAATGGCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105393 CAGGGCATTCCAATATCACAGTAAAGAGCAACAATGTGTGATAATGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAACAGGAAGTCCTCCATAATCATTAGGATGAGAGATGTAGTTTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105443 AAAACAGGAAGTCCTCCATAATCATTAGGATGAGAGATGTAGTTTTATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAGAAAG         TGTATCTCTCAGAGTGCAAGACTGGGAATGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105493 GAAAAGAAAGGTG...CAGTGTATCTCTCAGAGTGCAAGACTGGGAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAGAACTACAGAGGGACGATGTCCAAAACAAAAAATGGCATCACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108804 AAAGAACTACAGAGGGACGATGTCCAAAACAAAAAATGGCATCACCTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAAATGGAGTTCCACTTCTCCCCACAGACCTAG         ATTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108854 AAAAATGGAGTTCCACTTCTCCCCACAGACCTAGGTA...CAGATTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTGCTACACACCCCTCAGAGGGACTGGAGGAGAACTACTGCAGGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110689 CCTGCTACACACCCCTCAGAGGGACTGGAGGAGAACTACTGCAGGAATCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGACAACGATCCGCAGGGGCCCTGGTGCTATACTACTGATCCAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110739 AGACAACGATCCGCAGGGGCCCTGGTGCTATACTACTGATCCAGAAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GATATGACTACTGCGACATTCTTGAGTGTGAAG         AGGAATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110789 GATATGACTACTGCGACATTCTTGAGTGTGAAGGTC...CAGAGGAATGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATGCATTGCAGTGGAGAAAACTATGACGGCAAAATTTCCAAGACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112498 ATGCATTGCAGTGGAGAAAACTATGACGGCAAAATTTCCAAGACCATGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGACTGGAATGCCAGGCCTGGGACTCTCAGAGCCCACACGCTCATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112548 TGGACTGGAATGCCAGGCCTGGGACTCTCAGAGCCCACACGCTCATGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACATTCCTTCCAA         ATTTCCAAACAAGAACCTGAAGAAGAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 112598 ACATTCCTTCCAAGTA...CAGATTTCCAAACAAGAACCTGAAGAAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACTGTCGTAACCCCGATAGGGAGCTGCGGCCTTGGTGTTTCACCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114369 TACTGTCGTAACCCCGATAGGGAGCTGCGGCCTTGGTGTTTCACCACCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCCAACAAGCGCTGGGAACTTTGTGACATCCCCCGCTGCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114419 CCCCAACAAGCGCTGGGAACTTTGTGACATCCCCCGCTGCAGTG...AAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAACACCTCCACCATCTTCTGGTCCCACCTACCAGTGTCTGAAGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115990 CAACACCTCCACCATCTTCTGGTCCCACCTACCAGTGTCTGAAGGGAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGTGAAAACTATCGCGGGAATGTGGCTGTTACCGTGTCCGGGCACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116040 GGTGAAAACTATCGCGGGAATGTGGCTGTTACCGTGTCCGGGCACACCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCAGCACTGGAGTGCACAGACCCCTCACACACATAACAGGACACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116090 TCAGCACTGGAGTGCACAGACCCCTCACACACATAACAGGACACCAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACTTCCCCTGCAA         AAATTTGGATGAAAACTACTGCCGCAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116140 ACTTCCCCTGCAAGTA...CAGAAATTTGGATGAAAACTACTGCCGCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCTGACGGAAAAAGGGCCCCATGGTGCCATACAACCAACAGCCAAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116417 CCTGACGGAAAAAGGGCCCCATGGTGCCATACAACCAACAGCCAAGTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTGGGAGTACTGTAAGATACCGTCCTGTGACTCCTCCCCAGTATCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116467 GTGGGAGTACTGTAAGATACCGTCCTGTGACTCCTCCCCAGTATCCACGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AACAATTGGCTCCCACAG         CACCACCTGAGCTAACCCCTGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 116517 AACAATTGGCTCCCACAGGTA...CAGCACCACCTGAGCTAACCCCTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTCCAGGACTGCTACCATGGTGATGGACAGAGCTACCGAGGCACATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120127 GTCCAGGACTGCTACCATGGTGATGGACAGAGCTACCGAGGCACATCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CACCACCACCACAGGAAAGAAGTGTCAGTCTTGGTCATCTATGACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120177 CACCACCACCACAGGAAAGAAGTGTCAGTCTTGGTCATCTATGACACCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACCGGCACCAGAAGACCCCAGAAAACTACCCAAATGC         TGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120227 ACCGGCACCAGAAGACCCCAGAAAACTACCCAAATGCGTA...CAGTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTGACAATGAACTACTGCAGGAATCCAGATGCCGATAAAGGCCCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128751 CTGACAATGAACTACTGCAGGAATCCAGATGCCGATAAAGGCCCCTGGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTTTACCACAGACCCCAGCGTCAGGTGGGAGTACTGCAACCTGAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128801 TTTTACCACAGACCCCAGCGTCAGGTGGGAGTACTGCAACCTGAAAAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCTCAGGAACAGAAGCGAGTGTTGTAGCACCTCCGCCTGTTGTCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128851 GCTCAGGAACAGAAGCGAGTGTTGTAGCACCTCCGCCTGTTGTCCTGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCAGATGTAGAGACTCCTTCCGAAGAAG         ACTGTATGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 128901 CCAGATGTAGAGACTCCTTCCGAAGAAGGTA...CAGACTGTATGTTTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GAATGGGAAAGGATACCGAGGCAAGAGGGCGACCACTGTTACTGGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129454 GAATGGGAAAGGATACCGAGGCAAGAGGGCGACCACTGTTACTGGGACGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CATGCCAGGACTGGGCTGCCCAGGAGCCCCATAGACACAGCATTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129504 CATGCCAGGACTGGGCTGCCCAGGAGCCCCATAGACACAGCATTTTCACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCAGAGACAAATCCACGGGCGGGTCTGGAAAAAAAT         TACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 129554 CCAGAGACAAATCCACGGGCGGGTCTGGAAAAAAATGTA...CAGTACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCGTAACCCTGATGGTGATGTAGGTGGTCCCTGGTGCTACACGACAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131696 CCGTAACCCTGATGGTGATGTAGGTGGTCCCTGGTGCTACACGACAAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CAAGAAAACTTTACGACTACTGTGATGTCCCTCAGTGTG         CG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 131746 CAAGAAAACTTTACGACTACTGTGATGTCCCTCAGTGTGGTA...CAGCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCCCCTTCATTTGATTGTGGGAAGCCTCAAGTGGAGCCGAAGAAATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134585 GCCCCTTCATTTGATTGTGGGAAGCCTCAAGTGGAGCCGAAGAAATGTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGAAGGGTTGTAGGGGGGTGTGTGGCCCACCCACATTCCTGGCCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134635 TGGAAGGGTTGTAGGGGGGTGTGTGGCCCACCCACATTCCTGGCCCTGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AAGTCAGTCTTAGAACAAG         GTTTGGAATGCACTTCTGTGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 134685 AAGTCAGTCTTAGAACAAGGTA...CAGGTTTGGAATGCACTTCTGTGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GGCACCTTGATATCCCCAGAGTGGGTGTTGACTGCTGCCCACTGCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136256 GGCACCTTGATATCCCCAGAGTGGGTGTTGACTGCTGCCCACTGCTTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GAA         GTCCCCAAGGCCTTCATCCTACAAGGTCATCCTGGGTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136306 GAAGTA...TAGGTCCCCAAGGCCTTCATCCTACAAGGTCATCCTGGGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CACACCAAGAAGTGAATCTCGAACCGCATGTTCAGGAAATAGAAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136802 CACACCAAGAAGTGAATCTCGAACCGCATGTTCAGGAAATAGAAGTGTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AGGCTGTTCTTGGAGCCCACACGAAAAGATATTGCCTTGCTAAAGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136852 AGGCTGTTCTTGGAGCCCACACGAAAAGATATTGCCTTGCTAAAGCTAAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CAG         TCCTGCCGACATCACTGACAAAGTAATCCCAGCTTGTC
        |||>>>...>>>|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 136902 CAGGTA...CAGTCCTGCCGTCATCACTGACAAAGTAATCCCAGCTTGTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TGCCATCCCCAAATTATGTGGTCGCTGACCGGACCGAATGTTTCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139045 TGCCATCCCCAAATTATGTGGTCGCTGACCGGACCGAATGTTTCATCACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GGCTGGGGAGAAACCCAAG         GTACTTTTGGAGCTGGCCTTCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139095 GGCTGGGGAGAAACCCAAGGTG...CAGGTACTTTTGGAGCTGGCCTTCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CAAGGAAGCCCAGCTCCCTGTGATTGAGAATAAAGTGTGCAATCGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149833 CAAGGAAGCCCAGCTCCCTGTGATTGAGAATAAAGTGTGCAATCGCTATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 AGTTTCTGAATGGAAGAGTCCAATCCACCGAACTCTGTGCTGGGCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149883 AGTTTCTGAATGGAAGAGTCCAATCCACCGAACTCTGTGCTGGGCATTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCCGGAGGCACTGACAGTTGCCAG         GGTGACAGTGGAGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 149933 GCCGGAGGCACTGACAGTTGCCAGGTA...TAGGGTGACAGTGGAGGTCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 TCTGGTTTGCTTCGAGAAGGACAAATACATTTTACAAGGAGTCACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150613 TCTGGTTTGCTTCGAGAAGGACAAATACATTTTACAAGGAGTCACTTCTT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 GGGGTCTTGGCTGTGCACGCCCCAATAAGCCTGGTGTCTATGTTCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150663 GGGGTCTTGGCTGTGCACGCCCCAATAAGCCTGGTGTCTATGTTCGTGTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TCAAGGTTTGTTACTTGGATTGAGGGAGTGATGAGAAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150713 TCAAGGTTTGTTACTTGGATTGAGGGAGTGATGAGAAATAAT