seq1 = pF1KB5746.tfa, 2238 bp
seq2 = pF1KB5746/gi568815575f_49969926.tfa (gi568815575f:49969926_50192216), 222291 bp

>pF1KB5746 2238
>gi568815575f:49969926_50192216 (ChrX)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-205  (102564-102663)   100% ->
206-393  (105870-106057)   100% ->
394-516  (110669-110791)   100% ->
517-723  (111716-111922)   99% ->
724-804  (116055-116135)   100% ->
805-1347  (116403-116945)   100% ->
1348-1534  (118773-118959)   100% ->
1535-1933  (120191-120589)   100% ->
1934-2150  (120745-120961)   100% ->
2151-2238  (122204-122291)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTTCTTGGAGGAGCCAATCCCTGGTGTAGGGACCTATGATGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTTCTTGGAGGAGCCAATCCCTGGTGTAGGGACCTATGATGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATACAATTGATTGGGTGAGAGAGAAGTCTCGAGACCGGGATAGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATACAATTGATTGGGTGAGAGAGAAGTCTCGAGACCGGGATAGGCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGAG         ATTACCAATAAAAGCAAAGAGTCAACATGGGCCTTA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGAGGTA...TAGATTACCAATAAAAGCAAAGAGTCAACATGGGCCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCACAGTGTGAGTGATGCTTTTTCCGGCTGGTTGTTGATGCTCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102600 ATTCACAGTGTGAGTGATGCTTTTTCCGGCTGGTTGTTGATGCTCCTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGCTTTTATCAG         GTTCGTTAGCTGGTTTGATAGACATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102650 TGGGCTTTTATCAGGTA...CAGGTTCGTTAGCTGGTTTGATAGACATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCTCATTGGATGACAGACTTAAAAGAAGGTATATGCACAGGGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105897 CTGCTCATTGGATGACAGACTTAAAAGAAGGTATATGCACAGGGGGATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGTTTAACCATGAACATTGTTGCTGGAACTCTGAGCATGTCACCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105947 TGGTTTAACCATGAACATTGTTGCTGGAACTCTGAGCATGTCACCTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGAGAGACAAATGTCCAGAGTGGAATAGTTGGTCCCAGCTTATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105997 AGAGAGAGACAAATGTCCAGAGTGGAATAGTTGGTCCCAGCTTATCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCACAGATGAG         GGAGCCTTTGCCTACATAGTCAATTATTTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106047 GCACAGATGAGGTA...CAGGGAGCCTTTGCCTACATAGTCAATTATTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGTACGTCCTCTGGGCTCTCCTATTTGCCTTCCTTGCCGTATCTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110699 ATGTACGTCCTCTGGGCTCTCCTATTTGCCTTCCTTGCCGTATCTCTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGGTGTTTGCGCCTTATGCCTGTGGCTCTGGAATCCCTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110749 CAAGGTGTTTGCGCCTTATGCCTGTGGCTCTGGAATCCCTGAGGTG...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   ATAAAAACTATCTTGAGTGGTTTCATTATTAGGGGCTATTTGGGTAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111714 AGATAAAAACTATCTTGAGTGGTTTCATTATTAGGGGCTATTTGGGTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGACTCTGGTTATCAAAACCATCACCTTGGTGCTGGCAGTGTCGTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 111764 TGGACTCTGGTTATCAAAACCATCACCTTGGTGCTGGCAGTGTCATCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTGAGCCTGGGCAAAGAGGGCCCTCTAGTGCACGTGGCTTGCTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111814 CTTGAGCCTGGGCAAAGAGGGCCCTCTAGTGCACGTGGCTTGCTGCTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGAACATCCTGTGCCACTGCTTCAACAAATACAGGAAGAATGAAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111864 GGAACATCCTGTGCCACTGCTTCAACAAATACAGGAAGAATGAAGCCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCAGAGAG         GTCTTGTCGGCTGCAGCAGCAGCTGGTGTATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111914 CGCAGAGAGGTA...TAGGTCTTGTCGGCTGCAGCAGCAGCTGGTGTATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTAGCCTTTGGAGCACCTATAGGTGGAGTATTATTCAGCCTTGAAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116087 TGTAGCCTTTGGAGCACCTATAGGTGGAGTATTATTCAGCCTTGAAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805         GTCAGCTACTATTTTCCCCTCAAAACATTGTGGCGTTCATTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116137 TA...TAGGTCAGCTACTATTTTCCCCTCAAAACATTGTGGCGTTCATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGCTGCCTTGGTGGCAGCATTCACTCTACGCTCCATCAATCCATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116445 TTTGCTGCCTTGGTGGCAGCATTCACTCTACGCTCCATCAATCCATTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAACAGCCGCCTGGTACTATTTTATGTGGAGTTTCACACCCCATGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116495 GAACAGCCGCCTGGTACTATTTTATGTGGAGTTTCACACCCCATGGCATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTTTGAGCTCGTGCCATTCATTCTGCTGGGCATATTTGGTGGTCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116545 TCTTTGAGCTCGTGCCATTCATTCTGCTGGGCATATTTGGTGGTCTGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGAGCACTGTTTATCCGCACAAACATTGCCTGGTGTCGGAAGCGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116595 GGAGCACTGTTTATCCGCACAAACATTGCCTGGTGTCGGAAGCGAAAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACCCAGTTGGGCAAGTATCCTGTTATAGAGGTACTCGTCGTGACAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116645 CACCCAGTTGGGCAAGTATCCTGTTATAGAGGTACTCGTCGTGACAGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCACTGCCATCCTGGCTTTCCCCAATGAATACACTCGGATGAGCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116695 TCACTGCCATCCTGGCTTTCCCCAATGAATACACTCGGATGAGCACAAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGCTCATTTCTGAGCTGTTTAATGACTGTGGCCTTCTGGACTCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116745 GAGCTCATTTCTGAGCTGTTTAATGACTGTGGCCTTCTGGACTCCTCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTCTGTGATTATGAGAACCGTTTCAACACAAGCAAAGGGGGTGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116795 GCTCTGTGATTATGAGAACCGTTTCAACACAAGCAAAGGGGGTGAACTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTGACAGACCGGCTGGCGTGGGAGTCTACAGTGCAATGTGGCAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116845 CTGACAGACCGGCTGGCGTGGGAGTCTACAGTGCAATGTGGCAGCTGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTAACACTCATACTGAAAATTGTCATTACTATATTCACCTTTGGCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116895 TTAACACTCATACTGAAAATTGTCATTACTATATTCACCTTTGGCATGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 G         ATCCCTTCTGGCCTCTTTATCCCTAGCATGGCTGTTGGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116945 GGTG...CAGATCCCTTCTGGCCTCTTTATCCCTAGCATGGCTGTTGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTATAGCAGGTCGACTTCTAGGAGTAGGAATGGAACAGCTGGCTTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118813 CTATAGCAGGTCGACTTCTAGGAGTAGGAATGGAACAGCTGGCTTATTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CACCAGGAATGGACCGTCTTCAATAGCTGGTGTAGTCAGGGAGCTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118863 CACCAGGAATGGACCGTCTTCAATAGCTGGTGTAGTCAGGGAGCTGATTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CATCACCCCCGGCCTTTATGCAATGGTTGGGGCTGCAGCCTGCTTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118913 CATCACCCCCGGCCTTTATGCAATGGTTGGGGCTGCAGCCTGCTTAGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1535       GTGGGGTGACTCGGATGACTGTTTCTCTTGTTGTCATAATGTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118963 ...CAGGTGGGGTGACTCGGATGACTGTTTCTCTTGTTGTCATAATGTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAACTGACTGGTGGCTTAGAATACATCGTGCCTCTGATGGCTGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120235 GAACTGACTGGTGGCTTAGAATACATCGTGCCTCTGATGGCTGCAGCCAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GACAAGCAAGTGGGTGGCAGATGCTCTTGGGCGGGAGGGCATCTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120285 GACAAGCAAGTGGGTGGCAGATGCTCTTGGGCGGGAGGGCATCTATGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CCCACATCCGTCTCAATGGATACCCCTTTCTTGAAGCCAAAGAAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120335 CCCACATCCGTCTCAATGGATACCCCTTTCTTGAAGCCAAAGAAGAGTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GCTCATAAGACCCTGGCAATGGATGTGATGAAACCCCGGAGAAATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120385 GCTCATAAGACCCTGGCAATGGATGTGATGAAACCCCGGAGAAATGATCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TTTGTTGACTGTCCTTACTCAGGACAGTATGACTGTGGAAGATGTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120435 TTTGTTGACTGTCCTTACTCAGGACAGTATGACTGTGGAAGATGTAGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CCATAATCAGTGAAACCACTTACAGTGGCTTCCCAGTGGTGGTATCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120485 CCATAATCAGTGAAACCACTTACAGTGGCTTCCCAGTGGTGGTATCCCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GAGTCCCAAAGACTTGTGGGCTTTGTCCTCCGAAGAGATCTCATTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120535 GAGTCCCAAAGACTTGTGGGCTTTGTCCTCCGAAGAGATCTCATTATTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 AATTG         AAAATGCTCGAAAGAAACAGGATGGGGTTGTTAGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120585 AATTGGTA...TAGAAAATGCTCGAAAGAAACAGGATGGGGTTGTTAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 CTTCCATCATTTATTTCACGGAGCATTCTCCTCCATTGCCACCATACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120781 CTTCCATCATTTATTTCACGGAGCATTCTCCTCCATTGCCACCATACACT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 CCACCCACTCTAAAGCTTCGGAACATCCTCGATCTCAGCCCCTTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120831 CCACCCACTCTAAAGCTTCGGAACATCCTCGATCTCAGCCCCTTCACTGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GACTGACCTTACACCCATGGAGATCGTAGTGGATATTTTCCGAAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120881 GACTGACCTTACACCCATGGAGATCGTAGTGGATATTTTCCGAAAGCTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 GACTGCGGCAGTGCCTGGTTACACACAACGG         GCGATTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120931 GACTGCGGCAGTGCCTGGTTACACACAACGGGTA...TAGGCGATTGCTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GGAATCATTACCAAAAAGGATGTGTTAAAGCATATAGCACAGATGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122214 GGAATCATTACCAAAAAGGATGTGTTAAAGCATATAGCACAGATGGCGAA

   2300     .    :    .    :    .
   2211 CCAAGATCCTGATTCCATTCTCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 122264 CCAAGATCCTGATTCCATTCTCTTCAAC