seq1 = pF1KB5744.tfa, 2238 bp
seq2 = pF1KB5744/gi568815592f_46693399.tfa (gi568815592f:46693399_46939133), 245735 bp

>pF1KB5744 2238
>gi568815592f:46693399_46939133 (Chr6)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-94  (100154-100178)   100% ->
95-145  (100268-100318)   100% ->
146-186  (105208-105248)   100% ->
187-262  (105708-105783)   100% ->
263-380  (116022-116139)   100% ->
381-556  (126131-126306)   100% ->
557-778  (131874-132095)   99% ->
779-928  (132956-133105)   100% ->
929-1144  (135958-136173)   100% ->
1145-1609  (139676-140140)   99% ->
1610-1783  (141180-141353)   99% ->
1784-2084  (141851-142151)   100% ->
2085-2238  (145582-145735)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTGGATTAGATCCACTTGCATTCTCTTTTTTACCTTGCTTTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTGGATTAGATCCACTTGCATTCTCTTTTTTACCTTGCTTTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCACATAGCAGCTGTACCG         ATTAAGTATCTTCCTGAAGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CCACATAGCAGCTGTACCGGTA...CAGATTAAGTATCTTCCTGAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATG         TACATGATGCAGATTTTGGTGAACAGAAGGATATTTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100176 ATGGTA...CAGTACATGATGCAGATTTTGGTGAACAGAAGGATATTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAATCAATTTAG         CTGCAGGCTTGGACCTCTTTCAAGGGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100306 GAAATCAATTTAGGTG...CAGCTGCAGGCTTGGACCTCTTTCAAGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CATCCTCTTGCAG         AAATCCAGAAATGGCCTGAGAGACCCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105236 CATCCTCTTGCAGGTG...CAGAAATCCAGAAATGGCCTGAGAGACCCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 ACACCAGGTGGACGTTCCCCATTCCTTACATCTTGGCTGATAATTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105736 ACACCAGGTGGACGTTCCCCATTCCTTACATCTTGGCTGATAATTTGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    263        GGCTGAATGCTAAAGGAGCCATTCTGTATGCCTTTGAGATGTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105786 A...CAGGGCTGAATGCTAAAGGAGCCATTCTGTATGCCTTTGAGATGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 CCGTCTCAAGTCCTGTGTGGATTTCAAGCCCTATGAAGGAGAGAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116065 CCGTCTCAAGTCCTGTGTGGATTTCAAGCCCTATGAAGGAGAGAGCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ATATCATATTTCAACAGTTTGATGG         GTGCTGGTCTGAGGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116115 ATATCATATTTCAACAGTTTGATGGGTT...AAGGTGCTGGTCTGAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GGTGACCAACATGTGGGACAGAACATTTCCATTGGCCAAGGATGTGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126147 GGTGACCAACATGTGGGACAGAACATTTCCATTGGCCAAGGATGTGCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 TAAGGCCATCATAGAACACGAGATCCTGCATGCTTTGGGATTTTACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126197 TAAGGCCATCATAGAACACGAGATCCTGCATGCTTTGGGATTTTACCACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGCAGTCAAGGACGGACCGGGATGATTATGTGAACATCTGGTGGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126247 AGCAGTCAAGGACGGACCGGGATGATTATGTGAACATCTGGTGGGACCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATTCTTTCAG         GTTACCAGCACAACTTTGACACCTATGATGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 126297 ATTCTTTCAGGTG...CAGGTTACCAGCACAACTTTGACACCTATGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TAGCTTAATCACAGACCTCAATACACCCTATGATTATGAGTCTTTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131905 TAGCTTAATCACAGACCTCAATACACCCTATGATTATGAGTCTTTGATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACTACCAGCCTTTCTCATTTAACAAGAATGCAAGTGTTCCCACCATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131955 ACTACCAGCCTTTCTCATTTAACAAGAATGCAAGTGTTCCCACCATCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCCAAGATCCCTGAGTTTAACTCCATTATCGGACAACGCCTGGATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 132005 GCCAAGATCCCTGAGTTTAACTCCATTATCGGACAGCGCCTGGATTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGCCATTGATTTAGAGAGGCTGAACCGAATGTACAATTGCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132055 TGCCATTGATTTAGAGAGGCTGAACCGAATGTACAATTGCAGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCACAACTCACACTCTTTTGGACCACTGTACTTTTGAGAAGGCAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132956 CCACAACTCACACTCTTTTGGACCACTGTACTTTTGAGAAGGCAAACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGTGGAATGATTCAGGGCACCAGAGATGACACTGACTGGGCCCATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133006 TGTGGAATGATTCAGGGCACCAGAGATGACACTGACTGGGCCCATCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAGTGCTCAGGCTGGAGAAGTGGATCACACCTTGTTGGGACAATGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133056 CAGTGCTCAGGCTGGAGAAGTGGATCACACCTTGTTGGGACAATGCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929          GTGCCGGCTACTTCATGCAGTTCAGCACCAGCTCGGGGTCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133106 GTC...TAGGTGCCGGCTACTTCATGCAGTTCAGCACCAGCTCGGGGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCGGAAGAGGCAGCCCTACTGGAGTCTCGGATTCTTTACCCAAAGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135999 GCGGAAGAGGCAGCCCTACTGGAGTCTCGGATTCTTTACCCAAAGAGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCAGCAGTGCCTGCAATTTTTCTATAAAATGACGGGAAGTCCTTCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136049 GCAGCAGTGCCTGCAATTTTTCTATAAAATGACGGGAAGTCCTTCAGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GACTCGTTGTCTGGGTCAGGAGGGATGACAGCACAGGCAATGTTCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136099 GACTCGTTGTCTGGGTCAGGAGGGATGACAGCACAGGCAATGTTCGCAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTGGTGAAGGTGCAGACTTTTCAAG         GAGATGATGACCACAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 136149 TTGGTGAAGGTGCAGACTTTTCAAGGTA...CAGGAGATGATGACCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTGGAAAATTGCCCATGTGGTGCTCAAAGAGGAACAGAAGTTTCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139692 TTGGAAAATTGCCCATGTGGTGCTCAAAGAGGAACAGAAGTTTCGCTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TTTTCCAGGGCACAAAAGGCGACCCTCAGAACTCAACTGGGGGAATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139742 TTTTCCAGGGCACAAAAGGCGACCCTCAGAACTCAACTGGGGGAATTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTAGATGACATCACTCTGACAGAAACCCCCTGCCCCACAGGGGTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139792 CTAGATGACATCACTCTGACAGAAACCCCCTGCCCCACAGGGGTCTGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGTCCGGAATTTCTCCCAAGTCCTTGAGAACACCAGCAAAGGGGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139842 AGTCCGGAATTTCTCCCAAGTCCTTGAGAACACCAGCAAAGGGGACAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTCAGAGCCCTCGATTCTACAATTCGGAGGGATATGGTTTTGGGTTAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 139892 TTCAGAGCCCTCGATTCTACAATTCGGAGGGATATGGTTTTGGGGTAACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTATACCCAAATAGCGGAGAAAGCTCTGGTTACTTGAGACTTGCTTTTCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139942 TTATACCCAAATAGCAGAGAAAGCTCTGGTTACTTGAGACTTGCTTTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGTGTGCAGTGGGGAGAACGATGCTATCCTGGAGTGGCCGGTAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139992 TGTGTGCAGTGGGGAGAACGATGCTATCCTGGAGTGGCCGGTAGAAAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GACAGGTGATAATTACCATCCTTGACCAGGAGCCTGATGTCCGGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140042 GACAGGTGATAATTACCATCCTTGACCAGGAGCCTGATGTCCGGAACAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ATGTCCTCAAGCATGGTGTTCACTACCTCGAAGTCGCACACATCTCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 140092 ATGTCCTCAAGCATGGTGTTCACTACCTCGAAGTCGCACACATCTCCAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610         CGATAAATGACACTGTCATCTGGGACAGGCCGTCCAGGGTGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140142 TG...CAGCGATAAATGACACTGTCATCTGGGACAGGCCGTCCAGGGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GAACCTATCATACAGACTGTAATTGTTTTAGAAGCATCGACTTGGGCTGG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141222 GAACCTATCATACGGACTGTAATTGTTTTAGAAGCATCGACTTGGGCTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTGGTTTCATTTCCCACCAAATGCTGAAAAGGAGGAGTTTCCTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141272 AGTGGTTTCATTTCCCACCAAATGCTGAAAAGGAGGAGTTTCCTGAAAAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGATGACCTCATCATATTTGTGGACTTTGAAG         ATATCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 141322 TGATGACCTCATCATATTTGTGGACTTTGAAGGTA...AAGATATCACCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ACCTCAGCCAGACTGAAGTTCCCACTAAAGGCAAAAGACTGAGCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141860 ACCTCAGCCAGACTGAAGTTCCCACTAAAGGCAAAAGACTGAGCCCCCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GGCCTCATTCTCCAAGGCCAGGAGCAGCAGGTCTCCGAAGAAGGTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141910 GGCCTCATTCTCCAAGGCCAGGAGCAGCAGGTCTCCGAAGAAGGTTCGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AAAGGCCATGTTAGAGGAAGCCCTACCTGTCAGCCTGAGCCAGGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141960 AAAGGCCATGTTAGAGGAAGCCCTACCTGTCAGCCTGAGCCAGGGGCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CCAGCCGACAGAAGCGGTCGGTGGAGAACACAGGCCCCCTGGAGGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142010 CCAGCCGACAGAAGCGGTCGGTGGAGAACACAGGCCCCCTGGAGGACCAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AACTGGCCACAGTACTTCAGAGACCCATGTGACCCAAACCCTTGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142060 AACTGGCCACAGTACTTCAGAGACCCATGTGACCCAAACCCTTGCCAAAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGACGGCATCTGTGTGAACGTGAAGGGGATGGCGAGCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 142110 TGACGGCATCTGTGTGAACGTGAAGGGGATGGCGAGCTGCAGGTA...CA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2085  GTGCATCTCTGGACATGCTTTCTTCTACACGGGGGAGCGCTGTCAGGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145581 GGTGCATCTCTGGACATGCTTTCTTCTACACGGGGGAGCGCTGTCAGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GTGCAGGTGCACGGCAGTGTCCTGGGCATGGTGATCGGAGGCACGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145631 GTGCAGGTGCACGGCAGTGTCCTGGGCATGGTGATCGGAGGCACGGCTGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CGTGATCTTCTTGACCTTCTCCATCATCGCCATCCTTTCCCAAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145681 CGTGATCTTCTTGACCTTCTCCATCATCGCCATCCTTTCCCAAAGGCCAA

   2350     .
   2234 GGAAG
        |||||
 145731 GGAAG