seq1 = pF1KB5741.tfa, 2397 bp
seq2 = pF1KB5741/gi568815595r_124663626.tfa (gi568815595r:124663626_124987000), 323375 bp

>pF1KB5741 2397
>gi568815595r:124663626_124987000 (Chr3)

(complement)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-156  (113470-113555)   100% ->
157-361  (127555-127759)   100% ->
362-611  (138443-138692)   100% ->
612-780  (145450-145618)   100% ->
781-942  (165527-165688)   100% ->
943-1038  (167167-167262)   100% ->
1039-1128  (169291-169380)   100% ->
1129-1263  (177845-177979)   100% ->
1264-1693  (190184-190613)   100% ->
1694-1916  (213089-213311)   100% ->
1917-2017  (217888-217988)   100% ->
2018-2137  (220656-220775)   100% ->
2138-2304  (222444-222610)   100% ->
2305-2397  (223283-223375)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGCGGGCCCCGGCGCCGCTGTACGCCTGCCTCCTGGGGCTCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGCGGGCCCCGGCGCCGCTGTACGCCTGCCTCCTGGGGCTCTGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCTGCCCCGGCTCGCAG         GTCTCAACATATGCACTAGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GCTCCTGCCCCGGCTCGCAGGTA...AAGGTCTCAACATATGCACTAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAGTGCCACCTCATGTGAAGAATGTCTGCTAATCCACCCAAAATGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113491 GAAGTGCCACCTCATGTGAAGAATGTCTGCTAATCCACCCAAAATGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGTGCTCCAAAGAG         GACTTCGGAAGCCCACGGTCCATCAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113541 TGGTGCTCCAAAGAGGTA...TAGGACTTCGGAAGCCCACGGTCCATCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCTCGGTGTGATCTGAGGGCAAACCTTGTCAAAAATGGCTGTGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127581 CTCTCGGTGTGATCTGAGGGCAAACCTTGTCAAAAATGGCTGTGGAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATAGAGAGCCCAGCCAGCAGCTTCCATGTCCTGAGGAGCCTGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127631 AGATAGAGAGCCCAGCCAGCAGCTTCCATGTCCTGAGGAGCCTGCCCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAGCAAGGGTTCGGGCTCTGCAGGCTGGGACGTCATTCAGATGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127681 AGCAGCAAGGGTTCGGGCTCTGCAGGCTGGGACGTCATTCAGATGACACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAGGAGATTGCCGTGAACCTCCGGCCCG         GTGACAAGACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 127731 ACAGGAGATTGCCGTGAACCTCCGGCCCGGTG...CAGGTGACAAGACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCTTCCAGCTACAGGTTCGCCAGGTGGAGGACTATCCTGTGGACCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138455 CCTTCCAGCTACAGGTTCGCCAGGTGGAGGACTATCCTGTGGACCTGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCTGATGGACCTCTCCCTGTCCATGAAGGATGACTTGGACAATATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138505 TACCTGATGGACCTCTCCCTGTCCATGAAGGATGACTTGGACAATATCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGCCTGGGCACCAAACTCGCGGAGGAGATGAGGAAGCTCACCAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138555 GAGCCTGGGCACCAAACTCGCGGAGGAGATGAGGAAGCTCACCAGCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCGGTTGGGATTTGGGTCTTTTGTTGATAAGGACATCTCTCCTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138605 TCCGGTTGGGATTTGGGTCTTTTGTTGATAAGGACATCTCTCCTTTCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACACGGCACCGAGGTACCAGACCAATCCGTGCATTGG         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138655 TACACGGCACCGAGGTACCAGACCAATCCGTGCATTGGGTA...TAGTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGTTGTTTCCAAATTGCGTCCCCTCCTTTGGGTTCCGCCATCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145453 CAAGTTGTTTCCAAATTGCGTCCCCTCCTTTGGGTTCCGCCATCTGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTCTCACAGACAGAGTGGACAGCTTCAATGAGGAAGTTCGGAAACAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145503 CTCTCACAGACAGAGTGGACAGCTTCAATGAGGAAGTTCGGAAACAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGTCCCGGAACCGAGATGCCCCTGAGGGGGGCTTTGATGCAGTACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145553 GTGTCCCGGAACCGAGATGCCCCTGAGGGGGGCTTTGATGCAGTACTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGCAGCCGTCTGCAAG         GAGAAGATTGGCTGGCGAAAGGATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 145603 GGCAGCCGTCTGCAAGGTA...CAGGAGAAGATTGGCTGGCGAAAGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CACTGCATTTGCTGGTGTTCACAACAGATGATGTGCCCCACATCGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165552 CACTGCATTTGCTGGTGTTCACAACAGATGATGTGCCCCACATCGCATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGGAAAATTGGGAGGCCTGGTGCAGCCACACGATGGCCAGTGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165602 GATGGAAAATTGGGAGGCCTGGTGCAGCCACACGATGGCCAGTGCCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAACGAGGCCAACGAGTACACTGCATCCAACCAGATG         GACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 165652 GAACGAGGCCAACGAGTACACTGCATCCAACCAGATGGTG...TAGGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATCCATCCCTTGCCTTGCTTGGAGAGAAATTGGCAGAGAACAACATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167171 ATCCATCCCTTGCCTTGCTTGGAGAGAAATTGGCAGAGAACAACATCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCATCTTTGCAGTGACAAAAAACCATTATATGCTGTACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 167221 CTCATCTTTGCAGTGACAAAAAACCATTATATGCTGTACAAGGTA...AA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1039  AATTTTACAGCCCTGATACCTGGAACAACGGTGGAGATTTTAGATGGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169290 GAATTTTACAGCCCTGATACCTGGAACAACGGTGGAGATTTTAGATGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACTCCAAAAATATTATTCAACTGATTATTAATGCATACAAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 169340 ACTCCAAAAATATTATTCAACTGATTATTAATGCATACAATGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTATCCGGTCTAAAGTGGAGTTGTCAGTCTGGGATCAGCCTGAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177845 AGTATCCGGTCTAAAGTGGAGTTGTCAGTCTGGGATCAGCCTGAGGATCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAATCTCTTCTTTACTGCTACCTGCCAAGATGGGGTATCCTATCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177895 TAATCTCTTCTTTACTGCTACCTGCCAAGATGGGGTATCCTATCCTGGTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAGGAAGTGTGAGGGTCTGAAGATTGGGGACACG         GCATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 177945 AGAGGAAGTGTGAGGGTCTGAAGATTGGGGACACGGTA...CAGGCATCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTTGAAGTATCATTGGAGGCCCGAAGCTGTCCCAGCAGACACACGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190190 TTTGAAGTATCATTGGAGGCCCGAAGCTGTCCCAGCAGACACACGGAGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGTGTTTGCCCTGCGGCCGGTGGGATTCCGGGACAGCCTGGAGGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190240 TGTGTTTGCCCTGCGGCCGGTGGGATTCCGGGACAGCCTGGAGGTGGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCACCTACAACTGCACGTGCGGCTGCAGCGTGGGGCTGGAACCCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190290 TCACCTACAACTGCACGTGCGGCTGCAGCGTGGGGCTGGAACCCAACAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCCAGGTGCAACGGGAGCGGGACCTATGTCTGCGGCCTGTGTGAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190340 GCCAGGTGCAACGGGAGCGGGACCTATGTCTGCGGCCTGTGTGAGTGCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCCCGGCTACCTGGGCACCAGGTGCGAGTGCCAGGATGGGGAGAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190390 CCCCGGCTACCTGGGCACCAGGTGCGAGTGCCAGGATGGGGAGAACCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCGTGTACCAGAACCTGTGCCGGGAGGCAGAGGGCAAGCCACTGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190440 GCGTGTACCAGAACCTGTGCCGGGAGGCAGAGGGCAAGCCACTGTGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GGGCGTGGGGACTGCAGCTGCAACCAGTGCTCCTGCTTCGAGAGCGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190490 GGGCGTGGGGACTGCAGCTGCAACCAGTGCTCCTGCTTCGAGAGCGAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGCAAGATCTATGGGCCTTTCTGTGAGTGCGACAACTTCTCCTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190540 TGGCAAGATCTATGGGCCTTTCTGTGAGTGCGACAACTTCTCCTGTGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GGAACAAGGGAGTCCTCTGCTCAG         GCCATGGCGAGTGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 190590 GGAACAAGGGAGTCCTCTGCTCAGGTA...TAGGCCATGGCGAGTGTCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TGCGGGGAATGCAAGTGCCATGCAGGTTACATCGGGGACAACTGTAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213106 TGCGGGGAATGCAAGTGCCATGCAGGTTACATCGGGGACAACTGTAACTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CTCGACAGACATCAGCACATGCCGGGGCAGAGATGGCCAGATCTGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213156 CTCGACAGACATCAGCACATGCCGGGGCAGAGATGGCCAGATCTGCAGCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 AGCGTGGGCACTGTCTCTGTGGGCAGTGCCAATGCACGGAGCCGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213206 AGCGTGGGCACTGTCTCTGTGGGCAGTGCCAATGCACGGAGCCGGGGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TTTGGGGAGATGTGTGAGAAGTGCCCCACCTGCCCGGATGCATGCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213256 TTTGGGGAGATGTGTGAGAAGTGCCCCACCTGCCCGGATGCATGCAGCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CAAGAG         AGATTGCGTCGAGTGCCTGCTGCTCCACTCTGGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213306 CAAGAGGTA...AAGAGATTGCGTCGAGTGCCTGCTGCTCCACTCTGGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AACCTGACAACCAGACCTGCCACAGCCTATGCAGGGATGAGGTGATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217923 AACCTGACAACCAGACCTGCCACAGCCTATGCAGGGATGAGGTGATCACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TGGGTGGACACCATCG         TGAAAGATGACCAGGAGGCTGTGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 217973 TGGGTGGACACCATCGGTG...CAGTGAAAGATGACCAGGAGGCTGTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 ATGTTTCTACAAAACCGCCAAGGACTGCGTCATGATGTTCACCTATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220681 ATGTTTCTACAAAACCGCCAAGGACTGCGTCATGATGTTCACCTATGTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AGCTCCCCAGTGGGAAGTCCAACCTGACCGTCCTCAGGGAGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 220731 AGCTCCCCAGTGGGAAGTCCAACCTGACCGTCCTCAGGGAGCCAGGTA..

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138     AGTGTGGAAACACCCCCAACGCCATGACCATCCTCCTGGCTGTGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220781 .CAGAGTGTGGAAACACCCCCAACGCCATGACCATCCTCCTGGCTGTGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CGGTAGCATCCTCCTTGTTGGGCTTGCACTCCTGGCTATCTGGAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222490 CGGTAGCATCCTCCTTGTTGGGCTTGCACTCCTGGCTATCTGGAAGCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TTGTCACCATCCACGACCGGAGGGAGTTTGCAAAGTTTCAGAGCGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222540 TTGTCACCATCCACGACCGGAGGGAGTTTGCAAAGTTTCAGAGCGAGCGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 TCCAGGGCCCGCTATGAAATG         GCTTCAAATCCATTATACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 222590 TCCAGGGCCCGCTATGAAATGGTA...TAGGCTTCAAATCCATTATACAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 AAAGCCTATCTCCACGCACACTGTGGACTTCACCTTCAACAAGTTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223303 AAAGCCTATCTCCACGCACACTGTGGACTTCACCTTCAACAAGTTCAACA

   2500     .    :    .    :
   2375 AATCCTACAATGGCACTGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||
 223353 AATCCTACAATGGCACTGTGGAC