seq1 = pF1KB5738.tfa, 2220 bp
seq2 = pF1KB5738/gi568815596f_15495144.tfa (gi568815596f:15495144_15730903), 235760 bp

>pF1KB5738 2220
>gi568815596f:15495144_15730903 (Chr2)

1-16  (96791-96806)   100% ->
17-68  (100002-100053)   100% ->
69-132  (100347-100410)   100% ->
133-162  (101591-101620)   100% ->
163-259  (102232-102328)   100% ->
260-307  (104526-104573)   100% ->
308-391  (107405-107488)   100% ->
392-475  (108049-108132)   100% ->
476-552  (108671-108747)   100% ->
553-625  (109294-109366)   100% ->
626-702  (110807-110883)   100% ->
703-817  (111007-111121)   100% ->
818-956  (112032-112170)   99% ->
957-1017  (118081-118141)   100% ->
1018-1116  (122101-122199)   100% ->
1117-1206  (123038-123127)   100% ->
1207-1395  (125065-125253)   100% ->
1396-1447  (125922-125973)   100% ->
1448-1594  (128293-128439)   100% ->
1595-1686  (131911-132002)   100% ->
1687-1759  (133302-133374)   100% ->
1760-1832  (133495-133567)   100% ->
1833-1875  (133654-133696)   100% ->
1876-1971  (134459-134554)   100% ->
1972-2092  (134847-134967)   100% ->
2093-2220  (135633-135760)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCCTTCTCCG         AGATGGGTGTAATGCCTGAGATTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  96791 ATGGCGGCCTTCTCCGGTG...CAGAGATGGGTGTAATGCCTGAGATTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACAAGCTGTGGAAGAGATGGATTGGCT         CCTCCCAACTGATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100027 ACAAGCTGTGGAAGAGATGGATTGGCTGTA...TAGCCTCCCAACTGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TCCAGGCTGAATCTATCCCATTGATCTTAGGAGGAGGTGATGTACTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100361 TCCAGGCTGAATCTATCCCATTGATCTTAGGAGGAGGTGATGTACTTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133          GCTGCAGAAACAGGAAGTGGCAAAACTGGT         GC
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100411 GTA...CAGGCTGCAGAAACAGGAAGTGGCAAAACTGGTGTA...TAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    165 TTTTAGTATTCCAGTTATCCAGATAGTTTATGAAACTCTGAAAGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102234 TTTTAGTATTCCAGTTATCCAGATAGTTTATGAAACTCTGAAAGACCAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AGGAAGGCAAAAAAGGAAAAACAACAATTAAAACTGGTGCTTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102284 AGGAAGGCAAAAAAGGAAAAACAACAATTAAAACTGGTGCTTCAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    260     TGCTGAACAAATGGCAGATGAACCCATATGACAGAGGATCTGCTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102334 .TAGTGCTGAACAAATGGCAGATGAACCCATATGACAGAGGATCTGCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 TG         CAATTGGGTCAGATGGTCTTTGTTGTCAAAGCAGAGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104572 TGGTA...CAGCAATTGGGTCAGATGGTCTTTGTTGTCAAAGCAGAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 TAAAGGAATGGCATGGGTGTAGAGCTACTAAAGGATTAATGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107444 TAAAGGAATGGCATGGGTGTAGAGCTACTAAAGGATTAATGAAAGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392     GGAAACACTACTATGAAGTATCCTGTCATGACCAAGGGTTATGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107494 .TAGGGAAACACTACTATGAAGTATCCTGTCATGACCAAGGGTTATGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 GGTCGGGTGGTCTACCATGCAGGCCTCTTTGGACCTAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108095 GGTCGGGTGGTCTACCATGCAGGCCTCTTTGGACCTAGGTA...TAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 CTGACAAGTTTGGATTTGGCTTTGGTGGAACAGGAAAGAAATCCCATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108674 CTGACAAGTTTGGATTTGGCTTTGGTGGAACAGGAAAGAAATCCCATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    529 AAACAATTTGATAATTATGGAGAG         GAATTCACTATGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108724 AAACAATTTGATAATTATGGAGAGGTA...TAGGAATTCACTATGCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570 TACCATTGGATGTTACCTGGATATAGATAAGGGACATGTCAAGTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109311 TACCATTGGATGTTACCTGGATATAGATAAGGGACATGTCAAGTTCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620 AAAATG         GAAAAGATCTTGGTCTGGCATTTGAAATACCACCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109361 AAAATGGTA...AAGGAAAAGATCTTGGTCTGGCATTTGAAATACCACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661 CATATGAAAAACCAAGCCCTCTTTCCTGCCTGTGTTTTGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110842 CATATGAAAAACCAAGCCCTCTTTCCTGCCTGTGTTTTGAAGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703  AATGCTGAACTGAAATTTAACTTCGGTGAAGAGGAATTTAAGTTTCCAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111006 GAATGCTGAACTGAAATTTAACTTCGGTGAAGAGGAATTTAAGTTTCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    752 CAAAAGATGGCTTTGTTGCTCTTTCCAAGGCACCGGATGGTTACATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 CAAAAGATGGCTTTGTTGCTCTTTCCAAGGCACCGGATGGTTACATTGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 AAATCACAGCACTCAG         GTAATGCACAGGTGACACAAACAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111106 AAATCACAGCACTCAGGTA...AAGGTAATGCACAGGTGACACAAACAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    843 GTTTCTCCCCAATGCTCCGAAAGCTCTCATTGTTGAACCTTCCCGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112057 GTTTCTCCCCAATGCTCCGAAAGCTCTCATTGTTGAACCTTCCCGGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TAGCTGAACAAACTTTGAATAACATCAAGCAGTTTAAGAAATACATTGAT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 112107 TAGCTGAACAAACTTTGAACAACATCAAGCAGTTTAAGAAATACATTGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    943 AATCCTAAATTAAG         GGAGCTTCTGATAATTGGAGGTGTTGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112157 AATCCTAAATTAAGGTA...CAGGGAGCTTCTGATAATTGGAGGTGTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 AGCCCGGGATCAGCTCTCTGTTTTGGAAAATGGA         GTAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 118108 AGCCCGGGATCAGCTCTCTGTTTTGGAAAATGGAGTA...CAGGTAGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025 TAGTTGTAGGTACTCCGGGAAGACTAGATGACTTGGTGTCAACTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122108 TAGTTGTAGGTACTCCGGGAAGACTAGATGACTTGGTGTCAACTGGAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 CTGAACTTATCTCAAGTTAGATTCCTGGTCCTGGATGAAGCT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 122158 CTGAACTTATCTCAAGTTAGATTCCTGGTCCTGGATGAAGCTGTA...CA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1117  GATGGGCTTCTTTCTCAAGGTTATTCTGATTTTATAAATAGGATGCACA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123037 GGATGGGCTTCTTTCTCAAGGTTATTCTGATTTTATAAATAGGATGCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 ATCAGATTCCTCAGGTTACCTCTGATGGAAAAAGACTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123087 ATCAGATTCCTCAGGTTACCTCTGATGGAAAAAGACTTCAGGTA...TAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207 GTGATTGTTTGCTCTGCCACTTTGCATTCTTTCGATGTAAAGAAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125065 GTGATTGTTTGCTCTGCCACTTTGCATTCTTTCGATGTAAAGAAACTGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 CGAGAAGATAATGCATTTTCCTACATGGGTTGACTTAAAAGGAGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125115 CGAGAAGATAATGCATTTTCCTACATGGGTTGACTTAAAAGGAGAAGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 CTGTTCCAGATACTGTACACCATGTTGTTGTCCCAGTAAATCCCAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125165 CTGTTCCAGATACTGTACACCATGTTGTTGTCCCAGTAAATCCCAAAACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 GACAGACTCTGGGAAAGGCTTGGAAAGAGCCACATTAGA         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125215 GACAGACTCTGGGAAAGGCTTGGAAAGAGCCACATTAGAGTA...TAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 TGATGATGTACATGCAAAAGATAACACAAGACCTGGTGCTAATAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125924 TGATGATGTACATGCAAAAGATAACACAAGACCTGGTGCTAATAGTCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448          AGATGTGGTCTGAAGCTATTAAAATCCTGAAAGGGGAGTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125974 GTG...AAGAGATGTGGTCTGAAGCTATTAAAATCCTGAAAGGGGAGTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 GCTGTCCGGGCAATCAAGGAACATAAGATGGATCAAGCAATTATCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128334 GCTGTCCGGGCAATCAAGGAACATAAGATGGATCAAGCAATTATCTTCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539 TAGAACCAAAATTGACTGTGATAACTTGGAGCAGTACTTTATACAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128384 TAGAACCAAAATTGACTGTGATAACTTGGAGCAGTACTTTATACAACAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 GAGGAG         GACCTGATAAAAAAGGACACCAGTTCTCATGTGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128434 GAGGAGGTA...TAGGACCTGATAAAAAAGGACACCAGTTCTCATGTGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630 TGTCTTCATGGTGACAGAAAGCCTCATGAGAGAAAGCAAAACTTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131946 TGTCTTCATGGTGACAGAAAGCCTCATGAGAGAAAGCAAAACTTGGAAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1680 ATTTAAG         AAAGGAGATGTAAGATTCTTGATTTGCACAGATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131996 ATTTAAGGTA...TAGAAAGGAGATGTAAGATTCTTGATTTGCACAGATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1721 TAGCTGCTAGAGGAATTGATATCCACGGTGTTCCTTATG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133336 TAGCTGCTAGAGGAATTGATATCCACGGTGTTCCTTATGGTA...TAGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1762 ATAAATGTCACTCTGCCCGATGAAAAGCAAAACTACGTACATCGAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133497 ATAAATGTCACTCTGCCCGATGAAAAGCAAAACTACGTACATCGAATTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1812 CAGAGTAGGAAGAGCTGAAAG         GATGGGTCTGGCAATTTCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133547 CAGAGTAGGAAGAGCTGAAAGGTA...CAGGATGGGTCTGGCAATTTCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1853 TGGTGGCAACAGAAAAAGAAAAG         GTTTGGTACCATGTATGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133674 TGGTGGCAACAGAAAAAGAAAAGGTA...TAGGTTTGGTACCATGTATGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1894 AGCAGCCGTGGAAAAGGGTGTTATAACACAAGACTCAAGGAAGATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134477 AGCAGCCGTGGAAAAGGGTGTTATAACACAAGACTCAAGGAAGATGGAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1944 CTGTACCATATGGTACAACGAGATGCAG         TTACTATCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 134527 CTGTACCATATGGTACAACGAGATGCAGGTA...TAGTTACTATCTGAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1985 TAGAAGAACACCTGAACTGTACCATTTCTCAGGTTGAGCCGGATATAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134860 TAGAAGAACACCTGAACTGTACCATTTCTCAGGTTGAGCCGGATATAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2035 GTACCAGTGGATGAATTTGATGGGAAAGTTACCTACGGTCAGAAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134910 GTACCAGTGGATGAATTTGATGGGAAAGTTACCTACGGTCAGAAAAGGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2085 TGCTGGTG         GTGGAAGCTATAAAGGCCATGTGGATATTTTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134960 TGCTGGTGGTA...CAGGTGGAAGCTATAAAGGCCATGTGGATATTTTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2126 CACCTACTGTTCAAGAGTTGGCTGCCCTTGAAAAGGAGGCGCAGACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135666 CACCTACTGTTCAAGAGTTGGCTGCCCTTGAAAAGGAGGCGCAGACATCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2176 TTCCTGCATCTTGGCTACCTTCCTAACCAGCTGTTCAGAACCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135716 TTCCTGCATCTTGGCTACCTTCCTAACCAGCTGTTCAGAACCTTC