seq1 = pF1KB5736.tfa, 2208 bp
seq2 = pF1KB5736/gi568815581r_7125868.tfa (gi568815581r:7125868_7334262), 208395 bp

>pF1KB5736 2208
>gi568815581r:7125868_7334262 (Chr17)

(complement)

1-194  (100001-100194)   100% ->
195-264  (103466-103535)   100% ->
265-410  (103833-103978)   100% ->
411-520  (104108-104217)   100% ->
521-656  (104320-104455)   99% ->
657-747  (104585-104675)   100% ->
748-817  (104816-104885)   100% ->
818-957  (104989-105128)   99% ->
958-1034  (105218-105294)   100% ->
1035-1102  (106219-106286)   100% ->
1103-1231  (106480-106608)   100% ->
1232-1363  (106728-106859)   100% ->
1364-1543  (106994-107173)   100% ->
1544-1762  (107624-107842)   99% ->
1763-2208  (107950-108395)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGTAGCAGCACTGGGGGCGGTGGGGTTGGGGAGACGAAGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGTAGCAGCACTGGGGGCGGTGGGGTTGGGGAGACGAAGGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTACCACCTGGATGAGGAAGAGACTCCCTACCTGGTGAAGATCCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTACCACCTGGATGAGGAAGAGACTCCCTACCTGGTGAAGATCCCTGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCGAGCGCATCACCCTCGGCGATTTCAAGAGCGTCCTGCAGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCGAGCGCATCACCCTCGGCGATTTCAAGAGCGTCCTGCAGCGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGGCGCCAAGTACTTTTTCAAGTCTATGGATCAGGATTTCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100151 GCGGGCGCCAAGTACTTTTTCAAGTCTATGGATCAGGATTTCGGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195    GGTGGTGAAGGAAGAAATTTCAGATGACAACGCCCGCCTCCCCTGCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103463 CAGGGTGGTGAAGGAAGAAATTTCAGATGACAACGCCCGCCTCCCCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAACGGAAGGGTGGTATCCTGG         CTGGTGTCCTCAGATAAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103513 TCAACGGAAGGGTGGTATCCTGGGTA...TAGCTGGTGTCCTCAGATAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCCAACCCGAGATGGCCCCTCCAGTCCATGAGCCTCGGGCAGAACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 CCCCAACCCGAGATGGCCCCTCCAGTCCATGAGCCTCGGGCAGAACTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTCCAGCCCCACCTTTACCTCCTTTGCCACCCGAGAGGACCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 GCCTCCAGCCCCACCTTTACCTCCTTTGCCACCCGAGAGGACCAGCGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGGGACTCAAGGCCTCCATCCTTCCA         CCCTAATGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103951 TTGGGGACTCAAGGCCTCCATCCTTCCAGTG...CAGCCCTAATGTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCAGCCATGAGAATCTGGAGCCTGAGACAGAAACCGAGTCAGTAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104121 AGCAGCCATGAGAATCTGGAGCCTGAGACAGAAACCGAGTCAGTAGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGAGGCGGGAGCGGCCTCGCAGGAGAGACAGCAGTGAGCATGGCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104171 ACTGAGGCGGGAGCGGCCTCGCAGGAGAGACAGCAGTGAGCATGGCGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       CTGGGGGCCACAGGACTGGTGGCCCCTCAAGGCTGGAGCGCCAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104221 ...TAGCTGGGGGCCACAGGACTGGTGGCCCCTCAAGGCTGGAGCGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGCCGGATACGAGAGCTCCTCTACCCTCATGACCAGCGAGCTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104364 CTGGCCGGATACGAGAGCTCCTCTACCCTCATGACCAGCGAGCTGGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACCAGTCTGGGGGACTCGGACGAGGAGGACACCATGAGCAG        
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104414 TACCAGCCTGGGGGACTCGGACGAGGAGGACACCATGAGCAGGTG...TA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    657  GTTCAGCAGCTCCACGGAGCAGAGCAGTGCCTCCCGCCTCCTTAAGCGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104584 GGTTCAGCAGCTCCACGGAGCAGAGCAGTGCCTCCCGCCTCCTTAAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACCGGCGGCGAAGGAAGCAGAGGCCACCCCGCCTGGAGAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104634 CACCGGCGGCGAAGGAAGCAGAGGCCACCCCGCCTGGAGAGGGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    748  ACGTCATCCTTCAGCAGCGTCACAGATTCCACAATGTCTCTCAATATCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 GACGTCATCCTTCAGCAGCGTCACAGATTCCACAATGTCTCTCAATATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCACAGTCACGCTAAACATGG         AGAAGTACAACTTCCTGGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104865 TCACAGTCACGCTAAACATGGGTA...CAGAGAAGTACAACTTCCTGGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATCTCCATTGTTGGCCAAAGCAATGAGCGGGGAGACGGAGGCATCTACAT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 105009 ATCTCCATTGTTGGCCAGAGCAATGAGCGGGGAGACGGAGGCATCTACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGCTCCATCATGAAGGGTGGGGCTGTGGCGGCCGACGGGCGCATTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105059 TGGCTCCATCATGAAGGGTGGGGCTGTGGCGGCCGACGGGCGCATTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGGGGACATGCTTTTGCAG         GTGAATGACATGAACTTTGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 105109 CAGGGGACATGCTTTTGCAGGTG...CAGGTGAATGACATGAACTTTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AACATGAGCAACGATGACGCTGTGCGGGTGCTGAGGGACATTGTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105239 AACATGAGCAACGATGACGCTGTGCGGGTGCTGAGGGACATTGTGCACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCTGG         CCCCATTGTGCTGACTGTGGCCAAGTGCTGGGATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105289 GCCTGGGTG...TAGCCCCATTGTGCTGACTGTGGCCAAGTGCTGGGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCTCTCCTCAGGCCTATTTCACTCTCCCCCGAA         ATGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106254 CCTCTCCTCAGGCCTATTTCACTCTCCCCCGAAGTG...CAGATGAGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCCAGCCAATTGACCCTGCTGCCTGGGTGTCCCATTCCGCGGCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106488 ATCCAGCCAATTGACCCTGCTGCCTGGGTGTCCCATTCCGCGGCTCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGGCACCTTCCCAGCCTATCCAGGTTCCTCCTCCATGAGCACCATTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106538 TGGCACCTTCCCAGCCTATCCAGGTTCCTCCTCCATGAGCACCATTACAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTGGATCGTCTTTGCCTGATG         GCTGTGAAGGCCGGGGTCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106588 CTGGATCGTCTTTGCCTGATGGTG...CAGGCTGTGAAGGCCGGGGTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TCCGTCCATACGGACATGGCATCGGTGACCAAGGCCATGGCAGCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106748 TCCGTCCATACGGACATGGCATCGGTGACCAAGGCCATGGCAGCTCCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GTCTGGACTGGAAGTCCGGGACCGCATGTGGCTCAAGATCACCATCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106798 GTCTGGACTGGAAGTCCGGGACCGCATGTGGCTCAAGATCACCATCCCTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATGCCTTTCTGG         GCTCGGATGTGGTTGACTGGCTCTACCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106848 ATGCCTTTCTGGGTA...CAGGCTCGGATGTGGTTGACTGGCTCTACCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CACGTGGAGGGCTTTCCTGAGCGGCGGGAGGCCCGCAAGTATGCCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107023 CACGTGGAGGGCTTTCCTGAGCGGCGGGAGGCCCGCAAGTATGCCAGCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GCTGCTCAAAGCAGGCCTGATCCGACACACCGTCAACAAGATCACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107073 GCTGCTCAAAGCAGGCCTGATCCGACACACCGTCAACAAGATCACCTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTGAGCAGTGCTATTACGTCTTCGGAGACCTCAGTGGTGGCTGTGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107123 CTGAGCAGTGCTATTACGTCTTCGGAGACCTCAGTGGTGGCTGTGAGAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 T         ACCTAGTCAACCTGTCTCTCAATGACAACGATGGCTCCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107173 TGTA...CAGACCTAGTCAACCTGTCTCTCAATGACAACGATGGCTCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGGGGCTTCAGACCAGGATACCCTGGCTCCTCTGCCTGGGGCCACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107664 TGGGGCTTCAGACCAGGATACCCTGGCTCCTCTGCCTGGGGCCACCCCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GGCCCCTGCTGCCCACTTTCTCCTACCAGTACCCTGCCCCACACCCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 107714 GGCCCCTGCTGCCCACTTTCTCCTACCAATACCCTGCCCCACACCCCTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 AGCCCGCAGCCTCCACCCTACCATGAGCTTTCATCTTACACCTATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107764 AGCCCGCAGCCTCCACCCTACCATGAGCTTTCATCTTACACCTATGGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGGCAGTGCCAGCAGCCAGCATAGTGAGG         GCAGCCGGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107814 GGGCAGTGCCAGCAGCCAGCATAGTGAGGGTA...CAGGCAGCCGGAGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GTGGGTCGACACGGAGTGATGGGGGGGCAGGGCGCACGGGGAGGCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107962 GTGGGTCGACACGGAGTGATGGGGGGGCAGGGCGCACGGGGAGGCCCGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 GAGCGGGCCCCCGAGTCCAAGTCCGGCAGTGGCAGTGAGTCTGAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108012 GAGCGGGCCCCCGAGTCCAAGTCCGGCAGTGGCAGTGAGTCTGAGCCCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAGCCGAGGGGGCAGCCTTCGGCGGGGTGGGGAAGCAAGTGGGACTAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108062 CAGCCGAGGGGGCAGCCTTCGGCGGGGTGGGGAAGCAAGTGGGACTAGCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ATGGGGGCCCTCCTCCATCCAGAGGCTCAACTGGGGGTGCCCCTAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108112 ATGGGGGCCCTCCTCCATCCAGAGGCTCAACTGGGGGTGCCCCTAATCTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CGAGCCCACCCAGGGCTCCATCCCTATGGACCGCCCCCTGGCATGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108162 CGAGCCCACCCAGGGCTCCATCCCTATGGACCGCCCCCTGGCATGGCCCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CCCCTACAACCCCATGATGGTGGTCATGATGCCCCCACCTCCACCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108212 CCCCTACAACCCCATGATGGTGGTCATGATGCCCCCACCTCCACCTCCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TCCCTCCAGCAGTGCAGCCTCCGGGGGCCCCTCCAGTCAGAGACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108262 TCCCTCCAGCAGTGCAGCCTCCGGGGGCCCCTCCAGTCAGAGACCTGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 TCTGTGCCCCCAGAACTGACAGCCAGCCGCCAAAGCTTCCACATGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108312 TCTGTGCCCCCAGAACTGACAGCCAGCCGCCAAAGCTTCCACATGGCCAT

   2300     .    :    .    :    .    :
   2175 GGGCAATCCCAGCGAGTTCTTTGTGGATGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108362 GGGCAATCCCAGCGAGTTCTTTGTGGATGTTATG