seq1 = pF1KB5734.tfa, 2205 bp
seq2 = pF1KB5734/gi568815586f_55836504.tfa (gi568815586f:55836504_56053765), 217262 bp

>pF1KB5734 2205
>gi568815586f:55836504_56053765 (Chr12)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-138  (100514-100587)   100% ->
139-274  (100905-101040)   100% ->
275-349  (101475-101549)   100% ->
350-399  (102008-102057)   100% ->
400-474  (102412-102486)   100% ->
475-594  (102683-102802)   100% ->
595-709  (102912-103026)   100% ->
710-798  (103579-103667)   100% ->
799-918  (103811-103930)   100% ->
919-1017  (104121-104219)   100% ->
1018-1101  (104394-104477)   100% ->
1102-1175  (104749-104822)   98% ->
1176-1250  (105007-105081)   100% ->
1251-1336  (105495-105580)   100% ->
1337-1426  (105671-105760)   100% ->
1427-1587  (115120-115280)   100% ->
1588-1652  (115532-115596)   100% ->
1653-1743  (115838-115928)   100% ->
1744-1942  (116231-116429)   100% ->
1943-2063  (116537-116657)   100% ->
2064-2124  (116847-116907)   100% ->
2125-2205  (117182-117262)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGGAGAGGGGCCTAATAAGCCCCAGTGATTTTGCCCAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGGAGAGGGGCCTAATAAGCCCCAGTGATTTTGCCCAGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAATACATGGAAT         ACTCCACCAAAAAGGTCAGTGATGTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAATACATGGAATGTG...TAGACTCCACCAAAAAGGTCAGTGATGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAAAGCTCTTCGAGGATGGCGAGATGGCTAAATATGTCCAAGGAGAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100541 TAAAGCTCTTCGAGGATGGCGAGATGGCTAAATATGTCCAAGGAGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GCCATTGGGTACGAGGGATTCCAGCAATTCCTGAAAATCTATCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100591 ...TAGGCCATTGGGTACGAGGGATTCCAGCAATTCCTGAAAATCTATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGAAGTGGATAATGTTCCCAGACACCTAAGCCTGGCACTGTTTCAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 CGAAGTGGATAATGTTCCCAGACACCTAAGCCTGGCACTGTTTCAATCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGAGACTGGTCACTGCTTAAATGAGACAAATGTGACAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100999 TTGAGACTGGTCACTGCTTAAATGAGACAAATGTGACAAAAGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  ATGTGGTGTGTCTCAATGATGTTTCCTGCTACTTTTCCCTTCTGGAGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 GATGTGGTGTGTCTCAATGATGTTTCCTGCTACTTTTCCCTTCTGGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGTCGGCCAGAAGACAAGTTAGAAT         TCACCTTCAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101524 TGGTCGGCCAGAAGACAAGTTAGAATGTG...CAGTCACCTTCAAGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACGACACGGACAGAAATGGGATCCTGGACAGCTCA         GAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102023 ACGACACGGACAGAAATGGGATCCTGGACAGCTCAGTG...CAGGAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GACAAAATTATCCTACAGATGATGCGAGTGGCTGAATACCTGGATTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102418 GACAAAATTATCCTACAGATGATGCGAGTGGCTGAATACCTGGATTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGTGTCTGAGCTGAGGCCG         ATTCTTCAGGAGATGATGAAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102468 TGTGTCTGAGCTGAGGCCGGTA...CAGATTCTTCAGGAGATGATGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AGATTGACTATGATGGCAGTGGCTCTGTCTCTCAAGCTGAGTGGGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 AGATTGACTATGATGGCAGTGGCTCTGTCTCTCAAGCTGAGTGGGTCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCTGGGGCCACCACCGTGCCACTGCTAGTGCTGCTGGGTCTGGAGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102755 GCTGGGGCCACCACCGTGCCACTGCTAGTGCTGCTGGGTCTGGAGATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595        ACTCTGAAGGACGACGGACAGCACATGTGGAGGCCCAAGAGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102805 G...TAGACTCTGAAGGACGACGGACAGCACATGTGGAGGCCCAAGAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TCCCCAGACCAGTCTACTGCAATCTGTGCGAGTCAAGCATTGGTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102955 TCCCCAGACCAGTCTACTGCAATCTGTGCGAGTCAAGCATTGGTCTTGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAACAGGGACTGAGCTGTAACC         TCTGTAAGTACACTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103005 AAACAGGGACTGAGCTGTAACCGTG...CAGTCTGTAAGTACACTGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CGACCAGTGTGCCATGAAAGCCCTGCCTTGTGAAGTCAGCACCTATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103598 CGACCAGTGTGCCATGAAAGCCCTGCCTTGTGAAGTCAGCACCTATGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGTCTCGGAAGGACATTGGT         GTCCAATCACATGTGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103648 AGTCTCGGAAGGACATTGGTGTG...AAGGTCCAATCACATGTGTGGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CGAGGAGGCTGTGAGTCCGGGCGCTGCGACCGCTGTCAGAAAAAGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103832 CGAGGAGGCTGTGAGTCCGGGCGCTGCGACCGCTGTCAGAAAAAGATCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GATCTACCACAGTCTGACCGGGCTGCATTGTGTATGGTGCCACCTAGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103882 GATCTACCACAGTCTGACCGGGCTGCATTGTGTATGGTGCCACCTAGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919         ATCCACGATGACTGCCTGCAAGCGGTGGGCCATGAGTGTGAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103932 TC...CAGATCCACGATGACTGCCTGCAAGCGGTGGGCCATGAGTGTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 TGTGGGCTGCTCCGGGATCACATCCTGCCTCCATCTTCCATCTATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104163 TGTGGGCTGCTCCGGGATCACATCCTGCCTCCATCTTCCATCTATCCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGTCCTG         GCCTCTGGACCGGATCGTAAAAATAGCAAAACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104213 TGTCCTGGTG...CAGGCCTCTGGACCGGATCGTAAAAATAGCAAAACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GCCAGAAGACCATGGATGATTTAAATTTGAGCACCTCTGAGGCTCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104428 GCCAGAAGACCATGGATGATTTAAATTTGAGCACCTCTGAGGCTCTGCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102          ATTGACCCTGTTCCTAACACCCACCCACTTCTCGTCTTTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104478 GTA...CAGATTGACCCTGTTCCTAACACCCACCCACTTCTCGTCTTTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CAATCCTAAGAGTGGCGGGAAGCAGGGGCAGAG         GGTGCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||>>>...>>>||||||||
 104790 CAATCCTAAGAGTGGCGGGAAGCAGGGGCAAAGGTG...CAGGGTGCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GGAAGTTCCAGTATATATTAAACCCTCGACAGGTGTTCAACCTCCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105015 GGAAGTTCCAGTATATATTAAACCCTCGACAGGTGTTCAACCTCCTAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GATGGTCCTGAGATAGG         GCTCCGATTATTCAAGGATGTTCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105065 GATGGTCCTGAGATAGGGTG...CAGGCTCCGATTATTCAAGGATGTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 TGATAGCCGGATTTTGGTGTGTGGTGGAGACGGCACAGTAGGCTGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105519 TGATAGCCGGATTTTGGTGTGTGGTGGAGACGGCACAGTAGGCTGGATTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TAGAGACCATTG         ACAAAGCTAACTTGCCAGTTTTGCCTCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105569 TAGAGACCATTGGTC...CAGACAAAGCTAACTTGCCAGTTTTGCCTCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GTTGCTGTGTTGCCCCTGGGTACTGGAAATGATCTGGCTCGATGCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105700 GTTGCTGTGTTGCCCCTGGGTACTGGAAATGATCTGGCTCGATGCCTAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 ATGGGGAGGAG         GTTATGAAGGACAGAATCTGGCAAAGATCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105750 ATGGGGAGGAGGTA...TAGGTTATGAAGGACAGAATCTGGCAAAGATCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TCAAGGATTTAGAGATGAGTAAAGTGGTACATATGGATCGATGGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115150 TCAAGGATTTAGAGATGAGTAAAGTGGTACATATGGATCGATGGTCTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GAGGTGATACCTCAACAAACTGAAGAAAAAAGTGACCCAGTCCCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115200 GAGGTGATACCTCAACAAACTGAAGAAAAAAGTGACCCAGTCCCCTTTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 AATCATCAATAACTACTTCTCTATTGGCGTG         GATGCCTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115250 AATCATCAATAACTACTTCTCTATTGGCGTGGTC...CAGGATGCCTCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 TTGCTCATCGATTCCACATCATGCGAGAGAAATATCCGGAGAAGTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115542 TTGCTCATCGATTCCACATCATGCGAGAGAAATATCCGGAGAAGTTCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1648 AGCAG         AATGAAGAACAAGCTATGGTACTTCGAATTTGCCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115592 AGCAGGTT...CAGAATGAAGAACAAGCTATGGTACTTCGAATTTGCCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 ATCTGAATCCATCTTCTCAACATGCAAAAAGCTGGAGGAGTCTTTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115874 ATCTGAATCCATCTTCTCAACATGCAAAAAGCTGGAGGAGTCTTTGACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1739 TTGAG         ATCTGTGGGAAACCGCTGGATCTGAGCAACCTGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115924 TTGAGGTG...CAGATCTGTGGGAAACCGCTGGATCTGAGCAACCTGTCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 CTAGAAGGCATCGCAGTGCTAAACATCCCTAGCATGCATGGTGGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116267 CTAGAAGGCATCGCAGTGCTAAACATCCCTAGCATGCATGGTGGCTCCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 CCTCTGGGGTGATACCAGGAGACCCCATGGGGATATCTATGGGATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116317 CCTCTGGGGTGATACCAGGAGACCCCATGGGGATATCTATGGGATCAACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 AGGCCTTAGGTGCTACAGCTAAAGTCATCACCGACCCTGATATCCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116367 AGGCCTTAGGTGCTACAGCTAAAGTCATCACCGACCCTGATATCCTGAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 ACCTGTGTACCAG         ACCTAAGTGACAAGAGACTGGAAGTGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116417 ACCTGTGTACCAGGTG...CAGACCTAAGTGACAAGAGACTGGAAGTGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 TGGGCTGGAGGGTGCAATTGAGATGGGCCAAATCTATACCAAGCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116565 TGGGCTGGAGGGTGCAATTGAGATGGGCCAAATCTATACCAAGCTCAAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 ATGCTGGACGTCGGCTGGCCAAGTGCTCTGAGATCACCTTCCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116615 ATGCTGGACGTCGGCTGGCCAAGTGCTCTGAGATCACCTTCCAGTA...T

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2064   CACCACAAAAACCCTTCCCATGCAAATTGACGGAGAACCCTGGATGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116845 AGCACCACAAAAACCCTTCCCATGCAAATTGACGGAGAACCCTGGATGCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2112 GACGCCCTGTACA         ATCAAGATCACCCACAAGAACCAGATGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116895 GACGCCCTGTACAGTG...CAGATCAAGATCACCCACAAGAACCAGATGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2153 CCATGCTCATGGGCCCACCCCCCCGCTCCACCAATTTCTTTGGCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117210 CCATGCTCATGGGCCCACCCCCCCGCTCCACCAATTTCTTTGGCTTCTTG

   2400 
   2203 AGC
        |||
 117260 AGC