seq1 = pF1KB5718.tfa, 2172 bp
seq2 = pF1KB5718/gi568815594f_143237189.tfa (gi568815594f:143237189_143569186), 331998 bp

>pF1KB5718 2172
>gi568815594f:143237189_143569186 (Chr4)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-367  (178289-178583)   100% ->
368-593  (196303-196528)   100% ->
594-1195  (200811-201412)   100% ->
1196-1281  (202614-202699)   100% ->
1282-1585  (202891-203194)   100% ->
1586-1675  (220492-220581)   100% ->
1676-1769  (222197-222290)   100% ->
1770-1893  (223176-223299)   100% ->
1894-2016  (228915-229037)   100% ->
2017-2172  (231843-231998)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGTGGTGAAGTGGTCTGCTCCGGATGGCTCCGCAAGTCCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGGTGGTGAAGTGGTCTGCTCCGGATGGCTCCGCAAGTCCCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAAAAAGTTGAAGCGTTAT         GCATGGAAGAGGAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 GGAGAAAAAGTTGAAGCGTTATGTA...TAGGCATGGAAGAGGAGATGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCGTGTTACGCAGTGGCCGTTTAACTGGAGATCCAGATGTTTTGGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178308 TCGTGTTACGCAGTGGCCGTTTAACTGGAGATCCAGATGTTTTGGAATAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAAAAATGATCATGCCAAGAAGCCTATTCGTATTATTGATTTAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178358 TACAAAAATGATCATGCCAAGAAGCCTATTCGTATTATTGATTTAAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATGTCAACAAGTAGATGCTGGATTGACATTTAACAAAAAAGAGTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178408 ATGTCAACAAGTAGATGCTGGATTGACATTTAACAAAAAAGAGTTTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGCTACATTTTTGATATCAACACTATTGACCGGATTTTCTACTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178458 ACAGCTACATTTTTGATATCAACACTATTGACCGGATTTTCTACTTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGACAGCGAGGAGGAGATGAATAAGTGGGTTCGTTGTATTTGTGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178508 GCAGACAGCGAGGAGGAGATGAATAAGTGGGTTCGTTGTATTTGTGACAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGTGGGTTTAATCCAACAGAAGAAG         ATCCTGTGAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 178558 CTGTGGGTTTAATCCAACAGAAGAAGGTA...CAGATCCTGTGAAGCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGGCAGCTCTTTACAAGCACCAGCTGATTTACCTTTAGCTATAAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196318 CTGGCAGCTCTTTACAAGCACCAGCTGATTTACCTTTAGCTATAAATACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCACCACCATCCACCCAGGCAGATTCATCCTCTGCTACTCTACCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196368 GCACCACCATCCACCCAGGCAGATTCATCCTCTGCTACTCTACCTCCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATATCAGCTAATCAATGTTCCACCACACCTGGAAACTCTTGGCATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196418 ATATCAGCTAATCAATGTTCCACCACACCTGGAAACTCTTGGCATTCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGATCCTCAAGACTACCTGTTGCTCATCAACTGTCAAAGCAAGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196468 AGGATCCTCAAGACTACCTGTTGCTCATCAACTGTCAAAGCAAGAAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAACCCACCAG         AACGCATGCTGATTCTGCAAAATCCACCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 196518 GAACCCACCAGGTA...TAGAACGCATGCTGATTCTGCAAAATCCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCTGAAACAGACTGCAATGATAACGTCCCTTCTCATAAAAATCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200841 TTCTGAAACAGACTGCAATGATAACGTCCCTTCTCATAAAAATCCTGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTCCCAGAGCAAACATGGAATGAATGGCTTTTTTCAGCAGCAAATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200891 CCTCCCAGAGCAAACATGGAATGAATGGCTTTTTTCAGCAGCAAATGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TACGACTCTCCACCTTCACGTGCCCCATCTGCTTCAGTTGACTCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200941 TACGACTCTCCACCTTCACGTGCCCCATCTGCTTCAGTTGACTCCAGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TTATAACCTGCCCAGGAGTTATTCCCATGATGTTTTACCAAAGGTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200991 TTATAACCTGCCCAGGAGTTATTCCCATGATGTTTTACCAAAGGTGTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CATCAAGTACTGAAGCAGATGGAGAACTCTATGTTTTTAATACCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201041 CATCAAGTACTGAAGCAGATGGAGAACTCTATGTTTTTAATACCCCATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGGACATCGAGTGTAGAGACTCAAATGAGGCATGTATCTATTAGTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201091 GGGACATCGAGTGTAGAGACTCAAATGAGGCATGTATCTATTAGTTATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CATTCCTCCAACACCTGGTAATACTTATCAGATTCCACGAACATTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201141 CATTCCTCCAACACCTGGTAATACTTATCAGATTCCACGAACATTTCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAGGAACCTTGGGACAGACATCAAAGCTAGACACTATTCCAGATATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201191 AAGGAACCTTGGGACAGACATCAAAGCTAGACACTATTCCAGATATTCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCACCTCGGCCACCGAAACCACATCCAGCTCATGACCGATCTCCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201241 CCACCTCGGCCACCGAAACCACATCCAGCTCATGACCGATCTCCTGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AACGTGTAGTATCCCACGCACCGCCTCAGACACTGACAGTAGTTACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201291 AACGTGTAGTATCCCACGCACCGCCTCAGACACTGACAGTAGTTACTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCCCTACAGCAGGGATGTCGCCTTCACGTAGTAATACCATTTCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201341 TCCCTACAGCAGGGATGTCGCCTTCACGTAGTAATACCATTTCCACTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GATTTAAACAAATTGCGAAAAG         ATGCTAGTTCTCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 201391 GATTTAAACAAATTGCGAAAAGGTC...TAGATGCTAGTTCTCAAGACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTATGATATTCCACGAGCATTTCCAAGTGATAGATCTAGTTCACTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202633 CTATGATATTCCACGAGCATTTCCAAGTGATAGATCTAGTTCACTTGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCTTCCATAACCACTTT         AAAGTCAAAAATGTGTTGACAGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 202683 GCTTCCATAACCACTTTGTA...TAGAAAGTCAAAAATGTGTTGACAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GGAAGTGTTTCAAGTGAAGAACTGGATGAAAATTACGTCCCAATGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202915 GGAAGTGTTTCAAGTGAAGAACTGGATGAAAATTACGTCCCAATGAATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CAATTCACCACCACGACAACATTCCAGCAGTTTTACAGAACCAATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202965 CAATTCACCACCACGACAACATTCCAGCAGTTTTACAGAACCAATTCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AAGCAAATTATGTGCCAATGACTCCAGGAACATTTGATTTTTCCTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203015 AAGCAAATTATGTGCCAATGACTCCAGGAACATTTGATTTTTCCTCATTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GGAATGCAAGTTCCTCCTCCTGCTCATATGGGCTTCAGGTCCAGCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203065 GGAATGCAAGTTCCTCCTCCTGCTCATATGGGCTTCAGGTCCAGCCCAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AACCCCTCCCAGAAGGCCAGTTCCTGTTGCAGACTGTGAACCACCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203115 AACCCCTCCCAGAAGGCCAGTTCCTGTTGCAGACTGTGAACCACCCCCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TGGATAGGAACCTCAAGCCAGACAGAAAAG         GTCAAAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 203165 TGGATAGGAACCTCAAGCCAGACAGAAAAGGTA...TAGGTCAAAGTCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AAAATTTTAAGACTCAAACCCCATGGTTTAGAGCGAACTGATTCACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220503 AAAATTTTAAGACTCAAACCCCATGGTTTAGAGCGAACTGATTCACAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CATAGGTGACTTTGCTACAAGAAGAAAGG         TCAAGCCAGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 220553 CATAGGTGACTTTGCTACAAGAAGAAAGGGTA...CAGTCAAGCCAGCGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CTTTAGAAATAAAACCTTTGCCAGAATGGGAAGAATTACAAGCCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222209 CTTTAGAAATAAAACCTTTGCCAGAATGGGAAGAATTACAAGCCCCAGTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 AGATCTCCCATCACTAGGAGTTTTGCTCGAGA         CTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 222259 AGATCTCCCATCACTAGGAGTTTTGCTCGAGAGTA...TAGCTCTTCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GTTTCCCATGTCCCCCCGACCAGATTCAGTGCATAGCACAACTTCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223185 GTTTCCCATGTCCCCCCGACCAGATTCAGTGCATAGCACAACTTCAAGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 GTGACTCACACGACAGTGAAGAGAATTATGTTCCCATGAACCCAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223235 GTGACTCACACGACAGTGAAGAGAATTATGTTCCCATGAACCCAAACCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 TCCAGTGAAGACCCA         AATCTCTTTGGCAGTAACAGTCTTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 223285 TCCAGTGAAGACCCAGTA...CAGAATCTCTTTGGCAGTAACAGTCTTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 TGGAGGAAGCAGCCCTATGATCAAGCCCAAAGGAGACAAACAGGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228941 TGGAGGAAGCAGCCCTATGATCAAGCCCAAAGGAGACAAACAGGTGGAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 ACTTAGATCTCGACTTAGATTCTGGGAAATCCACACCACCACGTAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 228991 ACTTAGATCTCGACTTAGATTCTGGGAAATCCACACCACCACGTAAGGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2017       CAAAAGAGCAGTGGCTCAGGCAGCAGTGTAGCAGATGAGAGAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229041 ...TAGCAAAAGAGCAGTGGCTCAGGCAGCAGTGTAGCAGATGAGAGAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGATTATGTTGTTGTTGACCAACAGAAGACCTTGGCTCTAAAGAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231887 GGATTATGTTGTTGTTGACCAACAGAAGACCTTGGCTCTAAAGAGTACCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GGGAAGCCTGGACAGATGGGAGACAGTCCACAGAATCAGAAACGCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231937 GGGAAGCCTGGACAGATGGGAGACAGTCCACAGAATCAGAAACGCCAGCG

   2250     .    :
   2161 AAGAGTGTGAAA
        ||||||||||||
 231987 AAGAGTGTGAAA