seq1 = pF1KB5715.tfa, 2361 bp
seq2 = pF1KB5715/gi568815591f_129089152.tfa (gi568815591f:129089152_129312448), 223297 bp

>pF1KB5715 2361
>gi568815591f:129089152_129312448 (Chr7)

1-331  (100001-100331)   100% ->
332-537  (114233-114438)   100% ->
538-747  (116052-116261)   100% ->
748-920  (116459-116631)   100% ->
921-1140  (116999-117218)   100% ->
1141-1264  (117313-117436)   99% ->
1265-1357  (119608-119700)   100% ->
1358-1466  (120138-120246)   100% ->
1467-1652  (121212-121397)   100% ->
1653-1801  (121814-121962)   100% ->
1802-1936  (122485-122619)   100% ->
1937-2361  (122873-123297)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTGCCCGCCCAGCGCGGGGGCCGGAGCTCCCGCTCCTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCTGCCCGCCCAGCGCGGGGGCCGGAGCTCCCGCTCCTGGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGGGGGACCCGGGCCGGGGGGCGGCCTCGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGGGGGACCCGGGCCGGGGGGCGGCCTCGAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAACGCGACCGGGCCTGGGCCTCGGAGCGCGGGCGGGAGCGCGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAACGCGACCGGGCCTGGGCCTCGGAGCGCGGGCGGGAGCGCGAGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGCGGCGGTGACTGGCCCTCCGCCGCCGCTGAGCCACTGCGGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGCGGCGGTGACTGGCCCTCCGCCGCCGCTGAGCCACTGCGGCCGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCCCCTGCGAGCCGCTGCGCTACAACGTGTGCCTGGGCTCGGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCCCCTGCGAGCCGCTGCGCTACAACGTGTGCCTGGGCTCGGTGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTACGGGGCCACCTCCACACTGCTGGCCGGAGACTCGGACTCCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTACGGGGCCACCTCCACACTGCTGGCCGGAGACTCGGACTCCCAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAAGCGCACGGCAAGCTCGTGCTCTGGTCGG         GCCTCCGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100301 GAAGCGCACGGCAAGCTCGTGCTCTGGTCGGGTA...CAGGCCTCCGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCCCCCCGCTGCTGGGCAGTGATCCAGCCCCTGCTGTGTGCCGTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114243 TGCCCCCCGCTGCTGGGCAGTGATCCAGCCCCTGCTGTGTGCCGTATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCCCAAGTGTGAGAATGACCGGGTGGAGCTGCCCAGCCGTACCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114293 TGCCCAAGTGTGAGAATGACCGGGTGGAGCTGCCCAGCCGTACCCTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGCCACCCGAGGCCCCTGTGCCATCGTGGAGAGGGAGCGGGGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114343 CAGGCCACCCGAGGCCCCTGTGCCATCGTGGAGAGGGAGCGGGGCTGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGACTTCCTGCGCTGCACTCCTGACCGCTTCCCTGAAGGCTGCACG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 114393 TGACTTCCTGCGCTGCACTCCTGACCGCTTCCCTGAAGGCTGCACGGTG.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538      AATGAGGTGCAGAACATCAAGTTCAACAGTTCAGGCCAGTGCGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114443 ..CAGAATGAGGTGCAGAACATCAAGTTCAACAGTTCAGGCCAGTGCGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGCCCTTGGTTCGGACAGACAACCCCAAGAGCTGGTACGAGGACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116097 GTGCCCTTGGTTCGGACAGACAACCCCAAGAGCTGGTACGAGGACGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGGCTGCGGCATCCAGTGCCAGAACCCGCTCTTCACAGAGGCTGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116147 GGGCTGCGGCATCCAGTGCCAGAACCCGCTCTTCACAGAGGCTGAGCACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGACATGCACAGCTACATCGCGGCCTTCGGGGCCGTCACGGGCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116197 AGGACATGCACAGCTACATCGCGGCCTTCGGGGCCGTCACGGGCCTCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACGCTCTTCACCCTG         GCCACATTCGTGGCTGACTGGCGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116247 ACGCTCTTCACCCTGGTC...TAGGCCACATTCGTGGCTGACTGGCGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTCGAATCGCTACCCTGCTGTTATTCTCTTCTACGTCAATGCGTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116485 CTCGAATCGCTACCCTGCTGTTATTCTCTTCTACGTCAATGCGTGCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTGTGGGCAGCATTGGCTGGCTGGCCCAGTTCATGGATGGTGCCCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116535 TTGTGGGCAGCATTGGCTGGCTGGCCCAGTTCATGGATGGTGCCCGCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GAGATCGTCTGCCGTGCAGATGGCACCATGAGGCTTGGGGAGCCCAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116585 GAGATCGTCTGCCGTGCAGATGGCACCATGAGGCTTGGGGAGCCCACGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921       CTCCAATGAGACTCTGTCCTGCGTCATCATCTTTGTCATCGTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116635 ...CAGCTCCAATGAGACTCTGTCCTGCGTCATCATCTTTGTCATCGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACTACGCCCTGATGGCTGGTGTGGTTTGGTTTGTGGTCCTCACCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117043 ACTACGCCCTGATGGCTGGTGTGGTTTGGTTTGTGGTCCTCACCTATGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TGGCACACTTCCTTCAAAGCCCTGGGCACCACCTACCAGCCTCTCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117093 TGGCACACTTCCTTCAAAGCCCTGGGCACCACCTACCAGCCTCTCTCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CAAGACCTCCTACTTCCACCTGCTCACCTGGTCACTCCCCTTTGTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117143 CAAGACCTCCTACTTCCACCTGCTCACCTGGTCACTCCCCTTTGTCCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTGTGGCAATCCTTGCTGTGGCGCAG         GTGGATGGGGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117193 CTGTGGCAATCCTTGCTGTGGCGCAGGTA...CAGGTGGATGGGGACTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GTGAGTGGCATTTGTTTTGTGGGCTACAAGAACTACCGATACCGTGCGGG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117328 GTGAGTGGGATTTGTTTTGTGGGCTACAAGAACTACCGATACCGTGCGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTTCGTGCTGGCCCCAATCGGCCTGGTGCTCATCGTGGGAGGCTACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117378 CTTCGTGCTGGCCCCAATCGGCCTGGTGCTCATCGTGGGAGGCTACTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCATCCGAG         GAGTCATGACTCTGTTCTCCATCAAGAGCAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117428 TCATCCGAGGTG...CAGGAGTCATGACTCTGTTCTCCATCAAGAGCAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CACCCCGGGCTGCTGAGTGAGAAGGCTGCCAGCAAGATCAACGAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119640 CACCCCGGGCTGCTGAGTGAGAAGGCTGCCAGCAAGATCAACGAGACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCTGCGCCTGG         GCATTTTTGGCTTCCTGGCCTTTGGCTTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119690 GCTGCGCCTGGGTG...CAGGCATTTTTGGCTTCCTGGCCTTTGGCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGCTCATTACCTTCAGCTGCCACTTCTACGACTTCTTCAACCAGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120168 TGCTCATTACCTTCAGCTGCCACTTCTACGACTTCTTCAACCAGGCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TGGGAGCGCAGCTTCCGGGACTATGTGCT         ATGTCAGGCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120218 TGGGAGCGCAGCTTCCGGGACTATGTGCTGTG...TAGATGTCAGGCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGTGACCATCGGGCTGCCCACCAAGCAGCCCATCCCTGACTGTGAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121224 TGTGACCATCGGGCTGCCCACCAAGCAGCCCATCCCTGACTGTGAGATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGAATCGCCCGAGCCTTCTGGTGGAGAAGATCAACCTGTTTGCCATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121274 AGAATCGCCCGAGCCTTCTGGTGGAGAAGATCAACCTGTTTGCCATGTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GGAACTGGCATCGCCATGAGCACCTGGGTCTGGACCAAGGCCACGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121324 GGAACTGGCATCGCCATGAGCACCTGGGTCTGGACCAAGGCCACGCTGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CATCTGGAGGCGTACCTGGTGCAG         GTTGACTGGGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121374 CATCTGGAGGCGTACCTGGTGCAGGTG...CAGGTTGACTGGGCAGAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 ACGATGAGCCAAAGCGGATCAAGAAGAGCAAGATGATTGCCAAGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121831 ACGATGAGCCAAAGCGGATCAAGAAGAGCAAGATGATTGCCAAGGCCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TCTAAGCGGCACGAGCTCCTGCAGAACCCAGGCCAGGAGCTGTCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121881 TCTAAGCGGCACGAGCTCCTGCAGAACCCAGGCCAGGAGCTGTCCTTCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CATGCACACTGTGTCCCACGACGGGCCCGTGG         CGGGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121931 CATGCACACTGTGTCCCACGACGGGCCCGTGGGTG...CAGCGGGCTTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CCTTTGACCTCAATGAGCCCTCAGCTGATGTCTCCTCTGCCTGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122494 CCTTTGACCTCAATGAGCCCTCAGCTGATGTCTCCTCTGCCTGGGCCCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CATGTCACCAAGATGGTGGCTCGGAGAGGAGCCATACTGCCCCAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122544 CATGTCACCAAGATGGTGGCTCGGAGAGGAGCCATACTGCCCCAGGATAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TTCTGTCACCCCTGTGGCAACTCCAG         TGCCCCCAGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122594 TTCTGTCACCCCTGTGGCAACTCCAGGTA...CAGTGCCCCCAGAGGAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 AAGCCAACCTGTGGCTGGTTGAGGCAGAGATCTCCCCAGAGCTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122888 AAGCCAACCTGTGGCTGGTTGAGGCAGAGATCTCCCCAGAGCTGCAGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 CGCCTGGGCCGGAAGAAGAAGAGGAGGAAGAGGAAGAAGGAGGTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122938 CGCCTGGGCCGGAAGAAGAAGAGGAGGAAGAGGAAGAAGGAGGTGTGCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GCTGGCGCCGCCCCCTGAGCTTCACCCCCCTGCCCCTGCCCCCAGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122988 GCTGGCGCCGCCCCCTGAGCTTCACCCCCCTGCCCCTGCCCCCAGTACCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TTCCTCGACTGCCTCAGCTGCCCCGGCAGAAATGCCTGGTGGCTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123038 TTCCTCGACTGCCTCAGCTGCCCCGGCAGAAATGCCTGGTGGCTGCAGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 GCCTGGGGAGCTGGGGACTCTTGCCGACAGGGAGCGTGGACCCTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123088 GCCTGGGGAGCTGGGGACTCTTGCCGACAGGGAGCGTGGACCCTGGTCTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CAACCCATTCTGCCCAGAGCCCAGTCCCCCTCAGGATCCATTTCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123138 CAACCCATTCTGCCCAGAGCCCAGTCCCCCTCAGGATCCATTTCTGCCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 GTGCACCGGCCCCCGTGGCATGGGCTCATGGCCGCCGACAGGGCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123188 GTGCACCGGCCCCCGTGGCATGGGCTCATGGCCGCCGACAGGGCCTGGGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 CCTATTCACTCCCGCACCAACCTGATGGACACAGAACTCATGGATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123238 CCTATTCACTCCCGCACCAACCTGATGGACACAGAACTCATGGATGCAGA

   2450     .    :
   2352 CTCGGACTTC
        ||||||||||
 123288 CTCGGACTTC