seq1 = pF1KB5713.tfa, 2355 bp
seq2 = pF1KB5713/gi568815594f_101690881.tfa (gi568815594f:101690881_102173740), 482860 bp

>pF1KB5713 2355
>gi568815594f:101690881_102173740 (Chr4)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-469  (138928-139326)   99% ->
470-624  (164155-164309)   100% ->
625-763  (171646-171784)   100% ->
764-903  (179625-179764)   100% ->
904-1009  (204425-204530)   100% ->
1010-1206  (227113-227309)   100% ->
1207-1285  (330634-330712)   100% ->
1286-1594  (334321-334629)   100% ->
1595-1900  (339080-339385)   100% ->
1901-1969  (352959-353027)   98% ->
1970-2148  (369331-369509)   100% ->
2149-2212  (372195-372258)   100% ->
2213-2242  (380395-380424)   100% ->
2243-2298  (381465-381520)   100% ->
2299-2355  (382804-382860)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCAGCAGCGCCAGGCAAGGGGCTTGGGAGCCCGGACCCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCAGCAGCGCCAGGCAAGGGGCTTGGGAGCCCGGACCCCGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCGGCCCAGCGCCCCCAG         GAAATACAAAAGATATAATAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 CTGCGGCCCAGCGCCCCCAGGTG...CAGGAAATACAAAAGATATAATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATATATGAAGAAGATGCTGAGGAATGGGCTCTGTACTTGACAGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138949 TGATATATGAAGAAGATGCTGAGGAATGGGCTCTGTACTTGACAGAAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTTACATGTTGTGAAAAGGGAAGCCATCCTGTTATATCGCTTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138999 TTTTTACATGTTGTGAAAAGGGAAGCCATCCTGTTATATCGCTTGGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCTCTTTTCGGCATTTGGAGTTGCTGAACTTAACGTCTTACAAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139049 TTTCTCTTTTCGGCATTTGGAGTTGCTGAACTTAACGTCTTACAAATGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTTTTGATATTATCAAATAGCCTGCTTAGAGACCTAACTCCAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139099 AACTTTTGATATTATCAAATAGCCTGCTTAGAGACCTAACTCCAAAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTCAGTTTCTGGAAAAGATACTTCATTCACCAAAAAGTGTAGTTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139149 TGTCAGTTTCTGGAAAAGATACTTCATTCACCAAAAAGTGTAGTTACTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTTTGTGGAGTGAAGAGTTCAGATCAGCTCTATGAATTATTAAATATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 139199 GCTTTGTGGAGTGAAGAGTTCAGATCAGCTCTATGAATTACTAAATATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCAAAGCAGATGGGAGATCTCAACTGAACAGGAACCTGAAGACTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139249 CTCAAAGCAGATGGGAGATCTCAACTGAACAGGAACCTGAAGACTACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTGTAATCCAGAGTATCATATTCAAAG         ATTCTGAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 139299 TCTGTAATCCAGAGTATCATATTCAAAGGTA...TAGATTCTGAAGACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTTGAGGTCAACATTCCAACAGACCTACGAGCAAAACATTCTGGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164168 CTTTGAGGTCAACATTCCAACAGACCTACGAGCAAAACATTCTGGGGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAAGTGAGAGAAAGGAAATTGAAGAACTATCAGAAGCTTCAAGAAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164218 TAAGTGAGAGAAAGGAAATTGAAGAACTATCAGAAGCTTCAAGAAACACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATACCACTAGCAGTGGTGCTTCCCACTGAAATTCCATGTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 164268 ATACCACTAGCAGTGGTGCTTCCCACTGAAATTCCATGTGAGGTC...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    625  AATCCTGGTGAAATATTCATAATTTTGAGAGATGAAGTAATTGGTGATA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171645 GAATCCTGGTGAAATATTCATAATTTTGAGAGATGAAGTAATTGGTGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTGTAGAGGTTGAATTTACATCAAGTAATAAGCGCATTAGAACACGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171695 CTGTAGAGGTTGAATTTACATCAAGTAATAAGCGCATTAGAACACGGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCCTTTGGAATAAGAAAGTCTGGTGCATGAAAGCTTTAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 171745 GCCCTTTGGAATAAGAAAGTCTGGTGCATGAAAGCTTTAGGTA...AAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTTCCTGCTGGTTCAGTCCATGTCAATGTCTACTGTGATGGAATCGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179626 GTTTCCTGCTGGTTCAGTCCATGTCAATGTCTACTGTGATGGAATCGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAGCTACAACCAAAATTAAGTACTACCCAACAGCAAAGGCAAAGGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179676 AAGCTACAACCAAAATTAAGTACTACCCAACAGCAAAGGCAAAGGAATGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTATTCAGAATGGCAGATTCAGGAGAGAGTTTGTGCCAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 179726 CTATTCAGAATGGCAGATTCAGGAGAGAGTTTGTGCCAGGTA...CAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAGCATTGAAGAACTTGATGGTGTCCTTACATCCATATTCAAACATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204427 TAGCATTGAAGAACTTGATGGTGTCCTTACATCCATATTCAAACATGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TACCATATTATGAGTTCCAGTCTCTTCAAACTGAAATTTGTTCTCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204477 TACCATATTATGAGTTCCAGTCTCTTCAAACTGAAATTTGTTCTCAAAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAAT         ATACTCATTTCAAAGAACTTCCAACTCTTCTCCACTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204527 AAATGTG...CAGATACTCATTTCAAAGAACTTCCAACTCTTCTCCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCAGCAAAATTTGGCTTAAAGAACCTGGCTATTCATTTGCTTCAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227150 TGCAGCAAAATTTGGCTTAAAGAACCTGGCTATTCATTTGCTTCAATGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CAGGAGCAACCTGGGCATCTAAGATGAAAAATATGGAGGGTTCAGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227200 CAGGAGCAACCTGGGCATCTAAGATGAAAAATATGGAGGGTTCAGACCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCACATATTGCTGAAAGGCATGGTCACAAAGAACTCAAGAAAATCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227250 GCACATATTGCTGAAAGGCATGGTCACAAAGAACTCAAGAAAATCTTCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGACTTTTCA         ATCCAAGAAATTGACATAAATAATGAGCAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 227300 AGACTTTTCAGTA...CAGATCCAAGAAATTGACATAAATAATGAGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AAAATGATTATGAAGAGGATATTGCCTCATTTTCCACATATATTCCTT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 330665 AAAATGATTATGAAGAGGATATTGCCTCATTTTCCACATATATTCCTTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286        CCACACAGAACCCAGCATTTCATCATGAAAGCAGGAAGACATA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330715 A...CAGCCACACAGAACCCAGCATTTCATCATGAAAGCAGGAAGACATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CGGGCAGAGTGCAGATGGAGCTGAGGCAAATGAAATGGAAGGGGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334364 CGGGCAGAGTGCAGATGGAGCTGAGGCAAATGAAATGGAAGGGGAAGGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AACAGAATGGATCAGGCATGGAGACCAAACACAGCCCACTAGAGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334414 AACAGAATGGATCAGGCATGGAGACCAAACACAGCCCACTAGAGGTTGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGTGAGAGTTCTGAAGACCAGTATGATGACTTGTATGTGTTCATTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334464 AGTGAGAGTTCTGAAGACCAGTATGATGACTTGTATGTGTTCATTCCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGCTGATCCAGAAAATAATTCACAAGAGCCACTCATGAGCAGCAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334514 TGCTGATCCAGAAAATAATTCACAAGAGCCACTCATGAGCAGCAGACCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTCTCCCCCCGCCGCGACCTGTAGCTAATGCCTTCCAACTGGAAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334564 CTCTCCCCCCGCCGCGACCTGTAGCTAATGCCTTCCAACTGGAAAGACCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CACTTCACCTTACCAG         GGACAATGGTGGAAGGCCAAATGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 334614 CACTTCACCTTACCAGGTA...CAGGGACAATGGTGGAAGGCCAAATGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AAGAAGTCAAAACTGGGGTCATCCTGGTGTTAGACAAGAAACAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339105 AAGAAGTCAAAACTGGGGTCATCCTGGTGTTAGACAAGAAACAGGAGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AACCCAAAGGAGAAAAAGAGAAGAAAGAAGAGGAAAAAGAGCAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339155 AACCCAAAGGAGAAAAAGAGAAGAAAGAAGAGGAAAAAGAGCAGGAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAAGAAGACCCATATACTTTTGCTGAGATTGATGACAGTGAATATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339205 GAAGAAGACCCATATACTTTTGCTGAGATTGATGACAGTGAATATGACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GATATTGGCCAATCTGAGTATAAAGAAAAAAACTGGGAGTCGGTCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339255 GATATTGGCCAATCTGAGTATAAAGAAAAAAACTGGGAGTCGGTCTTTCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TTATAAATAGACCTCCTGCCCCCACACCCCGACCCACAAGTATACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339305 TTATAAATAGACCTCCTGCCCCCACACCCCGACCCACAAGTATACCTCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 AAAGAGGAAACTACACCTTACATAGCTCAAG         TGTTTCAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 339355 AAAGAGGAAACTACACCTTACATAGCTCAAGGTA...CAGTGTTTCAACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 AAAGACAGCCAGAAGACAATCTGATGATGACAAGTTCCGTGGTCTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 352969 AAAGACAGCCAGAAGACAATCTGATGATGACAAGTTCTGTGGTCTTCCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AGAAACAAG         ACAGAGCTCGGATAGAGAGTCCAGCCTTTTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 353019 AGAAACAAGGTA...TAGACAGAGCTCGGATAGAGAGTCCAGCCTTTTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 ACTCTCAGGGGCTGTCTAACTGATGGTCAGGAAGAACTCATCCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369363 ACTCTCAGGGGCTGTCTAACTGATGGTCAGGAAGAACTCATCCTCCTGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 GGAGAAAGTAAAGAATGGGAAAATGTCTATGGATGAAGCTCTGGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369413 GGAGAAAGTAAAGAATGGGAAAATGTCTATGGATGAAGCTCTGGAGAAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TTAAACACTGGCAGATGGGAAAAAGTGGCCTGGAAATGATTCAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 369463 TTAAACACTGGCAGATGGGAAAAAGTGGCCTGGAAATGATTCAGCAGGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2149       GAGAAATTACGACAACTACGAGACTGCATTATTGGGAAAAGGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 369513 ...AAGGAGAAATTACGACAACTACGAGACTGCATTATTGGGAAAAGGCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 AGAAGAAGAAAATGTCTATA         ATAAACTCACCATTGTGCACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 372239 AGAAGAAGAAAATGTCTATAGTA...CAGATAAACTCACCATTGTGCACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 ATCCAGGTG         GTAAGGAAACTGCCCACAATGAAAATAAGTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 380416 ATCCAGGTGGTA...TAGGTAAGGAAACTGCCCACAATGAAAATAAGTTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 TATAATGTACACTTCAGCAATAAG         CTTCCTGCTCGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 381497 TATAATGTACACTTCAGCAATAAGGTA...CAGCTTCCTGCTCGACCCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 AGTTGAAAAGGAATTTGGTTTCTGTTGCAAGAAAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 382821 AGTTGAAAAGGAATTTGGTTTCTGTTGCAAGAAAGATCAT