seq1 = pF1KB5712.tfa, 2160 bp
seq2 = pF1KB5712/gi568815597f_26077548.tfa (gi568815597f:26077548_26289545), 211998 bp

>pF1KB5712 2160
>gi568815597f:26077548_26289545 (Chr1)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-210  (102906-103063)   100% ->
211-392  (103168-103349)   100% ->
393-477  (104310-104394)   100% ->
478-519  (104814-104855)   100% ->
520-624  (104933-105037)   100% ->
625-684  (105650-105709)   100% ->
685-774  (105799-105888)   100% ->
775-876  (106182-106283)   100% ->
877-947  (106524-106594)   100% ->
948-1021  (106667-106740)   100% ->
1022-1128  (106854-106960)   100% ->
1129-1156  (107038-107065)   100% ->
1157-1329  (107467-107639)   100% ->
1330-1403  (109621-109694)   100% ->
1404-1475  (109864-109935)   100% ->
1476-1549  (110687-110760)   100% ->
1550-1611  (110895-110956)   100% ->
1612-1711  (111051-111150)   100% ->
1712-1893  (111225-111406)   100% ->
1894-2160  (111732-111998)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACCGGTAGAGACCTGGACCCCCGGAAAGGTGGCAACTTGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACCGGTAGAGACCTGGACCCCCGGAAAGGTGGCAACTTGGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GTCTTGACGACTCCCTGCAGGACTATCCCTTTGAGGACT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGGTCTTGACGACTCCCTGCAGGACTATCCCTTTGAGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAGCTGCCTGGCAAGAACCTGCTCCAGCTCTGCCCCCAAAGCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102945 GGCAGCTGCCTGGCAAGAACCTGCTCCAGCTCTGCCCCCAAAGCCTCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCTGGCTGTGCGGTCTCTGGGACACCAGGAGCTCATCCTGGGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102995 GCTCTGGCTGTGCGGTCTCTGGGACACCAGGAGCTCATCCTGGGCGGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAACAGCTCCAGGCCCTG         AGCTCCAGGCTACAGACAGAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103045 GGAACAGCTCCAGGCCCTGGTG...CAGAGCTCCAGGCTACAGACAGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCTGCAAAGCCTGACAGAGGGACTTCTGGGGGCAACCCATGACTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103190 ACCTGCAAAGCCTGACAGAGGGACTTCTGGGGGCAACCCATGACTTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCATAGTCCAAGGCTGCCTGGGGGACTGTGCCAAGACCCCTATTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103240 AGCATAGTCCAAGGCTGCCTGGGGGACTGTGCCAAGACCCCTATTGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTCTGTGCAGCTGTGGAGCTGTTGCATGAAGCTGACGCCCTCCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103290 CCTCTGTGCAGCTGTGGAGCTGTTGCATGAAGCTGACGCCCTCCTCTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCTCAGCAG         GTACCTCTTCTCCCACTTAAATGATTTCTCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103340 GGCTCAGCAGGTA...CAGGTACCTCTTCTCCCACTTAAATGATTTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCATGCCAGGAGATCCGAGACTTGTTGGAGGAGCTGAGCCAGGTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104341 GCATGCCAGGAGATCCGAGACTTGTTGGAGGAGCTGAGCCAGGTCTTGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAG         GATGGTCCAGCGGCTGAGAAGGAGGGCACAGTCCTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104391 TGAGGTA...CAGGATGGTCCAGCGGCTGAGAAGGAGGGCACAGTCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGATC         TGCAGCCACGTGGCTGGGATCTGCCACAACATCCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104851 GGATCGTG...CAGTGCAGCCACGTGGCTGGGATCTGCCACAACATCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTCTGCTGCCCCAAGGAGCTGCTGGAACAGAAGGCCGTGCTCGAGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104969 GTCTGCTGCCCCAAGGAGCTGCTGGAACAGAAGGCCGTGCTCGAGCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGCTGGACAGTCCATTG         GGCCTAGAAATTCACACCACCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105019 GCAGCTGGACAGTCCATTGGTG...CAGGGCCTAGAAATTCACACCACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCAATTGCCAGCACTTTGTGTCCCAAGTGGACACCCAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105672 GCAATTGCCAGCACTTTGTGTCCCAAGTGGACACCCAGGTG...CAGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CCCACTGACTCCCGACTGCAGATCCAGCCTGGAGACGAGGTTGTCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105802 CCCACTGACTCCCGACTGCAGATCCAGCCTGGAGACGAGGTTGTCCAGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAACGAGCAGGTGGTGGTGCGTGAGGAGAGGGACATG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105852 CAACGAGCAGGTGGTGGTGCGTGAGGAGAGGGACATGGTA...CAGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GATGGCCCCGTAAGAACATGGTGAGGGAACTGCTGCGGGAGCCAGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106186 GATGGCCCCGTAAGAACATGGTGAGGGAACTGCTGCGGGAGCCAGCCGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTCAGCTTAGTGCTGAAGAAGATCCCGATACCGGAGACCCCCCCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106236 CTCAGCTTAGTGCTGAAGAAGATCCCGATACCGGAGACCCCCCCACAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877        ACGCCCCCTCAGGTCCTGGACTCCCCGCACCAGAGGAGCCCAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106286 A...CAGACGCCCCCTCAGGTCCTGGACTCCCCGCACCAGAGGAGCCCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CACTGTCTCTGGCCCCACTGTCTCCCAG         GGCCCCATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106567 CACTGTCTCTGGCCCCACTGTCTCCCAGGTA...CAGGGCCCCATCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GACGTCTTTGCCTTTGACCTGTCTTCAAACCCCAGTCCCGGACCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106680 GACGTCTTTGCCTTTGACCTGTCTTCAAACCCCAGTCCCGGACCCAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGCCTGGACAG         ACTCTGCCTCCCTTGGCCCTGAGCCCCTGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 106730 TGCCTGGACAGGTA...CAGACTCTGCCTCCCTTGGCCCTGAGCCCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCATCCCCCCGGAACCCCCAGCCATACTCCCAGCAGGGGTAGCAGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106884 CCATCCCCCCGGAACCCCCAGCCATACTCCCAGCAGGGGTAGCAGGGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCAGGGCTCCCTGAATCCCCTGACAAG         AGTCCTGTTGGTCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106934 CCAGGGCTCCCTGAATCCCCTGACAAGGTA...CAGAGTCCTGTTGGTCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GAAGAAATCAAAAG         GCCTGGCGACCCGGCTGAGCCGCCGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107052 GAAGAAATCAAAAGGTA...CAGGCCTGGCGACCCGGCTGAGCCGCCGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 GGGTGTCATGCCGTGAGCTGGGCCGGCCGGACTGTGACGGCTGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107494 GGGTGTCATGCCGTGAGCTGGGCCGGCCGGACTGTGACGGCTGGCTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TTGCGAAAGGCACCGGGCGGCTTCATGGGCCCGCGCTGGCGCCGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107544 TTGCGAAAGGCACCGGGCGGCTTCATGGGCCCGCGCTGGCGCCGCCGCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GTTTGTGCTCAAGGGACACACGCTCTACTGGTACCGCCAGCCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107594 GTTTGTGCTCAAGGGACACACGCTCTACTGGTACCGCCAGCCCCAGGTA.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330      GATGAGAAGGCTGAGGGCCTCATCAATGTCTCCAACTATAGTCTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107644 ..CAGGATGAGAAGGCTGAGGGCCTCATCAATGTCTCCAACTATAGTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GAAAGTGGACATGATCAGAAGAAGAAATA         TGTGTTTCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109666 GAAAGTGGACATGATCAGAAGAAGAAATAGTT...CAGTGTGTTTCAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CACCCATGATGTGTACAAACCCTTCATCTTCGCTGCTGATACCCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109876 CACCCATGATGTGTACAAACCCTTCATCTTCGCTGCTGATACCCTGACAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 ATCTGAGCAT         GTGGGTGCGTCATCTCATTACCTGCATCTCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109926 ATCTGAGCATGTG...TAGGTGGGTGCGTCATCTCATTACCTGCATCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 AAGTACCAGTCTCCAGGCCGGGCCCCCCCACCCCGAGAGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 110718 AAGTACCAGTCTCCAGGCCGGGCCCCCCCACCCCGAGAGGAAGGTA...C

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550   ACTGCTACAGTGAGACCGAAGCAGAGGACCCGGACGATGAGGCTGGGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110893 AGACTGCTACAGTGAGACCGAAGCAGAGGACCCGGACGATGAGGCTGGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1598 CCCACTCAGCCTCG         CCCAGCCCTGCTCAAGCTGGGAGTCCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110943 CCCACTCAGCCTCGGTG...CAGCCCAGCCCTGCTCAAGCTGGGAGTCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1639 CTCCATGGAGACACATCACCTGCAGCCACCCCCACACAGCGCAGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111078 CTCCATGGAGACACATCACCTGCAGCCACCCCCACACAGCGCAGCCCACG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1689 GACCTCCTTTGGCTCTCTGACAG         ACAGCAGTGAAGAGGCAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111128 GACCTCCTTTGGCTCTCTGACAGGTG...CAGACAGCAGTGAAGAGGCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1730 TGGAAGGAATGGTACGGGGGCTGAGGCAGGGTGGCGTGTCCCTCCTAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111243 TGGAAGGAATGGTACGGGGGCTGAGGCAGGGTGGCGTGTCCCTCCTAGGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1780 CAGCCACAGCCCCTGACCCAGGAACAGTGGCGGAGCTCTTTCATGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111293 CAGCCACAGCCCCTGACCCAGGAACAGTGGCGGAGCTCTTTCATGCGGCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1830 CAACCGAGACCCTCAGCTCAATGAGCGAGTGCACCGTGTGCGGGCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111343 CAACCGAGACCCTCAGCTCAATGAGCGAGTGCACCGTGTGCGGGCGCTAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1880 AGAGCACACTCAAG         GCAAAGCTGCAGGAGCTGCAGGTCCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111393 AGAGCACACTCAAGGTC...CAGGCAAAGCTGCAGGAGCTGCAGGTCCTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1921 GAAGAAGTGCTGGGTGACCCTGAGCTGACAGGAGAGAAGTTCCGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111759 GAAGAAGTGCTGGGTGACCCTGAGCTGACAGGAGAGAAGTTCCGCCAGTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971 GAAGGAGCAGAACCGGGAGCTGTACTCAGAGGGCCTGGGGGCCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111809 GAAGGAGCAGAACCGGGAGCTGTACTCAGAGGGCCTGGGGGCCTGGGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2021 TGGCACAGGCTGAAGGCAGCTCCCACATCTTGACCTCTGACTCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111859 TGGCACAGGCTGAAGGCAGCTCCCACATCTTGACCTCTGACTCCACAGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 CAGTCCCCCCACTCCCTGCCCTCTGACCCTGAAGAGCACTCCCATCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111909 CAGTCCCCCCACTCCCTGCCCTCTGACCCTGAAGAGCACTCCCATCTCTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CCCCCTGACCTCAGAGAGCAGCCTCCGACCTCCTGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111959 CCCCCTGACCTCAGAGAGCAGCCTCCGACCTCCTGACCTC