seq1 = pF1KB5709.tfa, 2352 bp
seq2 = pF1KB5709/gi568815595r_14973785.tfa (gi568815595r:14973785_15196120), 222336 bp

>pF1KB5709 2352
>gi568815595r:14973785_15196120 (Chr3)

(complement)

1-148  (100001-100148)   100% ->
149-289  (105582-105722)   100% ->
290-390  (110160-110260)   100% ->
391-436  (111076-111121)   100% ->
437-598  (111225-111386)   100% ->
599-840  (113513-113754)   100% ->
841-911  (115319-115389)   100% ->
912-998  (117960-118046)   100% ->
999-1101  (118957-119059)   100% ->
1102-1206  (120411-120515)   100% ->
1207-2352  (121191-122336)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCTCTGGACGACCCAGGGGAAGTGAGGGAGGGCTTCCTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCTCTGGACGACCCAGGGGAAGTGAGGGAGGGCTTCCTCTGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGTGCCTGAAGGATCTGCAGTCTTTCTATCAGCTTCACTCACATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGTGCCTGAAGGATCTGCAGTCTTTCTATCAGCTTCACTCACATTACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAAGAACACTCAGGGGAAGACCGTGATGTCAAAGGGCAAATTAAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 AGGAAGAACACTCAGGGGAAGACCGTGATGTCAAAGGGCAAATTAAAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149        GTCTTGTCCAGAAGGCTAAAAAAGCAAAGGACAGGTTGTTGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 A...AAGGTCTTGTCCAGAAGGCTAAAAAAGCAAAGGACAGGTTGTTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACGAGAAGGGGATGATCGAGCAGAGTCAGGGACCCAAGGATATGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105625 ACGAGAAGGGGATGATCGAGCAGAGTCAGGGACCCAAGGATATGAGTCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAGCTATGGAGGGGTTGATCCTTACATGTGGGAACCCCAGGAGCTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105675 TCAGCTATGGAGGGGTTGATCCTTACATGTGGGAACCCCAGGAGCTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290        GTGCTGTGAGAAGCCATCTTTCCGACTTCAAAAAACACCGAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105725 A...TAGGTGCTGTGAGAAGCCATCTTTCCGACTTCAAAAAACACCGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCTAGAATTGACCACTATGTTGTGGAAGTCAATAAACTAATAATCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110203 TGCTAGAATTGACCACTATGTTGTGGAAGTCAATAAACTAATAATCAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGAGAAG         CTCACTGCATTTGACAGAACAAATACTGAGTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110253 TAGAGAAGGTA...CAGCTCACTGCATTTGACAGAACAAATACTGAGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAAAGATTCGAG         CAATAGAAAAGTCTGTGGTGCCTTGGGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111109 GCAAAGATTCGAGGTA...AAGCAATAGAAAAGTCTGTGGTGCCTTGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACGACCAGGATGTCCCTTTCTGTCCAGACTGTGGGAATAAGTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111253 CAACGACCAGGATGTCCCTTTCTGTCCAGACTGTGGGAATAAGTTCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCGGAACCGCCGCCACCACTGCCGCCTCTGCGGGTCTATTATGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111303 TCCGGAACCGCCGCCACCACTGCCGCCTCTGCGGGTCTATTATGTGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGTGTATGGAGCTCATCAGCCTTCCCTTGGCAA         ACAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111353 AAGTGTATGGAGCTCATCAGCCTTCCCTTGGCAAGTA...CAGACAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CACCAGTGCCAGCAAGGAGTCCCTGAGCACCCACACCAGCCCCAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113520 CACCAGTGCCAGCAAGGAGTCCCTGAGCACCCACACCAGCCCCAGCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACCCAACAGTGTCCATGGCTCCCGCCGAGGCAGCATCAGCAGCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113570 CACCCAACAGTGTCCATGGCTCCCGCCGAGGCAGCATCAGCAGCATGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGTCAGCTCGGTCCTGGATGAGAAGGACGATGACCGGATCCGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113620 AGTGTCAGCTCGGTCCTGGATGAGAAGGACGATGACCGGATCCGCTGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TACACACTGCAAGGACACGCTGCTCAAGAGAGAGCAGCAGATTGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113670 TACACACTGCAAGGACACGCTGCTCAAGAGAGAGCAGCAGATTGATGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGAGCACACACCTGACATCGTGAAGCTCTACGAG         AAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 113720 AGGAGCACACACCTGACATCGTGAAGCTCTACGAGGTG...TAGAAATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGACTTTGCATGGAGAAAGTTGACCAGAAAGCTCCAGAATACATCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115325 CGACTTTGCATGGAGAAAGTTGACCAGAAAGCTCCAGAATACATCAGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGCAGCATCATTAAA         TGCTGGGGAGACAACCTACAGTCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115375 GGCAGCATCATTAAAGTA...TAGTGCTGGGGAGACAACCTACAGTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AACATGCCAGTGACCTTCGAGTGGAAGTGCAGAAAGTGTATGAGCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117986 AACATGCCAGTGACCTTCGAGTGGAAGTGCAGAAAGTGTATGAGCTGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GACGCTTTAAG         TAAGAAGATCTTAACCTTGGGCTTGAACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118036 GACGCTTTAAGGTA...CAGTAAGAAGATCTTAACCTTGGGCTTGAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGACCCTCCACCACATCCAAGCAATTTGCGGCTGCAGAGAATGATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118987 GGACCCTCCACCACATCCAAGCAATTTGCGGCTGCAGAGAATGATCAGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTCAGCTACACTTTTTGTGCAG         GAAAAGTTGCTTGGTTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119037 ACTCAGCTACACTTTTTGTGCAGGTA...CAGGAAAAGTTGCTTGGTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATGTCACTGCCAACCAAAGAACAGTTTGAGGAACTGAAAAAGAAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120429 ATGTCACTGCCAACCAAAGAACAGTTTGAGGAACTGAAAAAGAAAAGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAGGAAATGGAGAGGAAGAGGGCCGTGGAGAGACAA         GCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 120479 GGAGGAAATGGAGAGGAAGAGGGCCGTGGAGAGACAAGTG...CAGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCCTGGAGTCCCAGCGAAGGCTTGAGGAAAGGCAGAGTGGCCTGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121195 CCCTGGAGTCCCAGCGAAGGCTTGAGGAAAGGCAGAGTGGCCTGGCTTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGAGCGGCCAACGGGGAGGTGGCATCTCTCCGCAGGGGCCCTGCCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121245 CGAGCGGCCAACGGGGAGGTGGCATCTCTCCGCAGGGGCCCTGCCCCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGAAAGGCTGAGGGCTGGCTCCCACTGTCAGGAGGTCAGGGGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121295 GAGAAAGGCTGAGGGCTGGCTCCCACTGTCAGGAGGTCAGGGGCAGAGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGGACTCAGACCCGCTCCTCCAGCAGATCCACAACATCACATCATTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121345 AGGACTCAGACCCGCTCCTCCAGCAGATCCACAACATCACATCATTCATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGGCAGGCCAAGGCCGCGGGCCGCATGGATGAAGTGCGCACTCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121395 AGGCAGGCCAAGGCCGCGGGCCGCATGGATGAAGTGCGCACTCTGCAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GAACCTGCGGCAGCTGCAGGACGAGTATGACCAGCAGCAGACAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121445 GAACCTGCGGCAGCTGCAGGACGAGTATGACCAGCAGCAGACAGAGAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCATCGAGCTGTCCCGGAGGCAGGCTGAGGAGGAGGACCTGCAGCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121495 CCATCGAGCTGTCCCGGAGGCAGGCTGAGGAGGAGGACCTGCAGCGGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CAGCTGCAGATGTTGCGTGAACGGGAGTTGGAACGAGAAAGGGAGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121545 CAGCTGCAGATGTTGCGTGAACGGGAGTTGGAACGAGAAAGGGAGCAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCGGGTGGCATCCCTGCACACACGGACTCGGTCCCTGGACTTCAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121595 TCGGGTGGCATCCCTGCACACACGGACTCGGTCCCTGGACTTCAGAGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TCGGCCCTTTTCAGCTGGAGCCCAGCAGAGAGCCTCGCACCCACCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121645 TCGGCCCTTTTCAGCTGGAGCCCAGCAGAGAGCCTCGCACCCACCTTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TATGCTTTGGATCTAGGCTCTTCCCCAGTTCCAAGCAGCACAGCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121695 TATGCTTTGGATCTAGGCTCTTCCCCAGTTCCAAGCAGCACAGCTCCCAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GACCCCTTCACTTAGCTCAACTCAACCCACCAGAGTGTGGTCTGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121745 GACCCCTTCACTTAGCTCAACTCAACCCACCAGAGTGTGGTCTGGGCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CAGCCGTTGGCCAGGAGCGCTTACCCCAGAGCAGCATGCCACAGCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121795 CAGCCGTTGGCCAGGAGCGCTTACCCCAGAGCAGCATGCCACAGCAACAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GAGGGGCCCTCCTTAAACCCCTTTGATGAGGAAGACCTCTCCAGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121845 GAGGGGCCCTCCTTAAACCCCTTTGATGAGGAAGACCTCTCCAGCCCCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GGAAGAGGCCACTACTGGTCCTCCTGCTGCAGGGGTTTCCTTAGACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121895 GGAAGAGGCCACTACTGGTCCTCCTGCTGCAGGGGTTTCCTTAGACCCTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 CAGCCCGCATCCTGAAAGAGTACAATCCTTTCGAGGAAGAGGACGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121945 CAGCCCGCATCCTGAAAGAGTACAATCCTTTCGAGGAAGAGGACGAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GAGGAAGCAGTGGCAGGGAATCCATTCATTCAGCCAGACAGCCCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121995 GAGGAAGCAGTGGCAGGGAATCCATTCATTCAGCCAGACAGCCCAGCTCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 TAACCCCTTCAGTGAGGAAGACGAACATCCCCAGCAGAGGCTCTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122045 TAACCCCTTCAGTGAGGAAGACGAACATCCCCAGCAGAGGCTCTCAAGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 CTCTGGTTCCTGGTAACCCCTTTGAGGAACCCACCTGTATCAACCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122095 CTCTGGTTCCTGGTAACCCCTTTGAGGAACCCACCTGTATCAACCCCTTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GAGATGGACAGTGACAGTGGGCCAGAGGCTGAGGAGCCCATAGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122145 GAGATGGACAGTGACAGTGGGCCAGAGGCTGAGGAGCCCATAGAGGAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 GCTCCTCCTGCAGCAGATCGATAACATCAAGGCATACATCTTTGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122195 GCTCCTCCTGCAGCAGATCGATAACATCAAGGCATACATCTTTGATGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 AGCAGTGCGGCCGCCTGGATGAGGTAGAGGTGCTGACAGAGAATCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122245 AGCAGTGCGGCCGCCTGGATGAGGTAGAGGTGCTGACAGAGAATCTGCGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 GAGCTGAAGCACACCCTGGCCAAGCAGAAGGGGGGCACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122295 GAGCTGAAGCACACCCTGGCCAAGCAGAAGGGGGGCACTGAC