seq1 = pF1KB5707.tfa, 2346 bp
seq2 = pF1KB5707/gi568815578f_18042661.tfa (gi568815578f:18042661_18287456), 244796 bp

>pF1KB5707 2346
>gi568815578f:18042661_18287456 (Chr20)

1-259  (100001-100259)   100% ->
260-378  (102573-102691)   100% ->
379-500  (108161-108282)   100% ->
501-682  (116424-116605)   100% ->
683-1102  (119160-119579)   99% ->
1103-1671  (119717-120285)   99% ->
1672-1808  (139050-139186)   100% ->
1809-1984  (140463-140638)   100% ->
1985-2175  (141942-142132)   100% ->
2176-2346  (144626-144796)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGTAGCATCCACCTGAGTAGTCTGATCAGTCGGCATGATGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATAGTAGCATCCACCTGAGTAGTCTGATCAGTCGGCATGATGACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCACGAGAACATCGACCTCAGAAGGACTGGAGGAAGGTGAAGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCACGAGAACATCGACCTCAGAAGGACTGGAGGAAGGTGAAGTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGAGACGCTCCTGATCGTCGAATCCGAGGATCAGGCATCAGTGGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGAGACGCTCCTGATCGTCGAATCCGAGGATCAGGCATCAGTGGACTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCACGACCAGAGTGGGGATTCCCTCAACAGTGATGAAGGAGACGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGCACGACCAGAGTGGGGATTCCCTCAACAGTGATGAAGGAGACGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTGGATGGAGGAGCAGCTGTCCTACTTCTGTGACAAGTGCCAAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTGGATGGAGGAGCAGCTGTCCTACTTCTGTGACAAGTGCCAAAAATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TACCAGCCA         GTCAGCTGAGGGAACAGCTCAGTTACCTTAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TACCAGCCAGTA...TAGGTCAGCTGAGGGAACAGCTCAGTTACCTTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTGATAATTTTTTTAGGTTTACTTGTTCGGATTGCTCAGCAGATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102605 GGTGATAATTTTTTTAGGTTTACTTGTTCGGATTGCTCAGCAGATGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGAGCAGTATGAAAGGCTGAAGCTGACATGGCAGCAA         GTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102655 GGAGCAGTATGAAAGGCTGAAGCTGACATGGCAGCAAGTG...CAGGTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATGTTGGCAATGTACAACTTGTCTCTGGAAGGAAGTGGACGTCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108165 TCATGTTGGCAATGTACAACTTGTCTCTGGAAGGAAGTGGACGTCAAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TATTTCAGGTGGAAAGAAGATATCTGTGCTTTTATTGAGAAACATTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108215 TATTTCAGGTGGAAAGAAGATATCTGTGCTTTTATTGAGAAACATTGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTTTTACTAGGGAATAG         GAAAAAGACGTCTACCTGGTGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108265 TTTTTTACTAGGGAATAGGTA...TAGGAAAAAGACGTCTACCTGGTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCACCGTGGCAGGTTGCCTCAGCGTGGGAAGTCCCATGTACTTCCGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116447 GCACCGTGGCAGGTTGCCTCAGCGTGGGAAGTCCCATGTACTTCCGTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGTGCTCAGGAATTTGGAGAGCCAGGATGGTGGAAACTTGTTCATAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116497 GGTGCTCAGGAATTTGGAGAGCCAGGATGGTGGAAACTTGTTCATAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCCCAACGATGAAACCTGAAGGAGAGAAGTTGTCTGCCTCTACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116547 GCCCCCAACGATGAAACCTGAAGGAGAGAAGTTGTCTGCCTCTACTTTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAATAAAAG         CAGCCTCAAAACCAACTTTAGATCCCATCATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116597 AAATAAAAGGTA...TAGCAGCCTCAAAACCAACTTTAGATCCCATCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACTGTTGAGGGACTTAGAAAACGAGCAAGTCGGAATCCTGTGGAATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119192 ACTGTTGAGGGACTTAGAAAACGAGCAAGTCGGAATCCTGTGGAATCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CATGGAATTAAAAGAGAAGAGGTCTCGAACTCAGGAAGCAAAAGACATTA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 119242 CATGGAATTAAAAGAGAAAAGGTCTCGAACTCAGGAAGCAAAAGACATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAAGAGCCCAGAAGGAGGCCGCTGGCTTTCTTGACAGGAGCACATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119292 GAAGAGCCCAGAAGGAGGCCGCTGGCTTTCTTGACAGGAGCACATCTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACCCCTGTAAAATTCATAAGCCGAGGCCGCAGGCCAGATGTGATTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119342 ACCCCTGTAAAATTCATAAGCCGAGGCCGCAGGCCAGATGTGATTCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AAAAGGCGAAGTGATTGACTTTTCCTCCTTGAGCTCCTCTGACCGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119392 AAAAGGCGAAGTGATTGACTTTTCCTCCTTGAGCTCCTCTGACCGCACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CGCTGACAAGCCCATCTCCTTCTCCTTCTCTGGATTTCTCTGCCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119442 CGCTGACAAGCCCATCTCCTTCTCCTTCTCTGGATTTCTCTGCCCCTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACACCTGCCTCTCATTCTGCCACACCTAGCTTGCTTTCAGAAGCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119492 ACACCTGCCTCTCATTCTGCCACACCTAGCTTGCTTTCAGAAGCAGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GATTCCAGATGTGATGCCCCCACAAGCCTTGTTTCATG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119542 GATTCCAGATGTGATGCCCCCACAAGCCTTGTTTCATGGTA...CAGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACGATGAGATGGAAGGCGATGGAGTCATAGACCCAGGGATGGAGTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119720 ACGATGAGATGGAAGGCGATGGAGTCATAGACCCAGGGATGGAGTACGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CCACCCCCTGCTGGGTCAGTAGCTTCTGGGCCAGTGGTTGGGGGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 119770 CCACCCCCTGCTGGGTCAGTAGCTTCTGGGCCAGTGGTTGGGGTCAGAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GAAGGTCAGAGGCCCTGAACAGATAAAGCAGGAGGTAGAGAGTGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119820 GAAGGTCAGAGGCCCTGAACAGATAAAGCAGGAGGTAGAGAGTGAGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AAAAACCCGACAGGATGGATATTGACAGTGAAGACACAGATTCAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119870 AAAAACCCGACAGGATGGATATTGACAGTGAAGACACAGATTCAAACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TCTTTGCAAACAAGGGCTAGAGAAAAGAGGAAGCCTCAGCTGGAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119920 TCTTTGCAAACAAGGGCTAGAGAAAAGAGGAAGCCTCAGCTGGAGAAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CACAAAGCCGAAAGAGCCCAGGTATACTCCCGTGAGCATCTACGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119970 CACAAAGCCGAAAGAGCCCAGGTATACTCCCGTGAGCATCTACGAGGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGCTGCTGCTCAAGAGGCTGGAAGCTTGTCCCGGTGCTGTTGCCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120020 AGCTGCTGCTCAAGAGGCTGGAAGCTTGTCCCGGTGCTGTTGCCATGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CCGGAAGCTCGGAGACTGAAACGCAAACTGATTGTCAGACAAGCGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120070 CCGGAAGCTCGGAGACTGAAACGCAAACTGATTGTCAGACAAGCGAAAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GGATAGGGGATTACCACTTTTTGACTTGGATCAAGTTGTTAATGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120120 GGATAGGGGATTACCACTTTTTGACTTGGATCAAGTTGTTAATGCTGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TTTTGTTAGTTGACGGGATTTATGGAGCCAAAGAAGGAGGAATTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120170 TTTTGTTAGTTGACGGGATTTATGGAGCCAAAGAAGGAGGAATTTCCAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CTTCCAGCTGGACAAGCCACGTACAGAACCACCTGTCAGGACTTCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120220 CTTCCAGCTGGACAAGCCACGTACAGAACCACCTGTCAGGACTTCAGAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCTTGACCGATACCAG         ACTTCCTTGCCGTCCAGGAAGGGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120270 CCTTGACCGATACCAGGTG...TAGACTTCCTTGCCGTCCAGGAAGGGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TTCGACACCAGACCACCAAGTTTTTGTATCGCTTGGTAGGATCAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139075 TTCGACACCAGACCACCAAGTTTTTGTATCGCTTGGTAGGATCAGAAGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 ATGGCTGTGGACCAGAGTATTGTCAGCCCTTATACCTCTCGGATCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139125 ATGGCTGTGGACCAGAGTATTGTCAGCCCTTATACCTCTCGGATCTTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 ACCTTATATCAG         GCGTGATTATGAAACAAAGCCACCCAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 139175 ACCTTATATCAGGTA...GAGGCGTGATTATGAAACAAAGCCACCCAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TGCAGCTCCTGTCACAGATTCGTTCCCACCTGCACAGGAGCGACCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140492 TGCAGCTCCTGTCACAGATTCGTTCCCACCTGCACAGGAGCGACCCTCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 TGGACGCCGGAGCCCGACGCACCTCTCGATTACTGTTATGTGCGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140542 TGGACGCCGGAGCCCGACGCACCTCTCGATTACTGTTATGTGCGGCCAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TCACATCCCAACGATCAACTCCATGTGTCAGGAGTTTTTTTGGCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 140592 TCACATCCCAACGATCAACTCCATGTGTCAGGAGTTTTTTTGGCCTGGTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1985       GCATTGACCTGTCTGAGTGTCTGCAGTACCCAGACTTCAGTGTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140642 ...TAGGCATTGACCTGTCTGAGTGTCTGCAGTACCCAGACTTCAGTGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 GTTGTTCTTTATAAAAAAGTCATCATTGCCTTTGGCTTCATGGTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141986 GTTGTTCTTTATAAAAAAGTCATCATTGCCTTTGGCTTCATGGTTCCTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 TGTGAAATACAATGAAGCTTACATTTCATTTCTGTTCGTCCACCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142036 TGTGAAATACAATGAAGCTTACATTTCATTTCTGTTCGTCCACCCTGAAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 GGAGAAGAGCAGGGATTGCAACTTTCATGATCTATCATCTGATTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 142086 GGAGAAGAGCAGGGATTGCAACTTTCATGATCTATCATCTGATTCAGGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2176       ACCTGCATGGGCAAGGACGTAACCCTTCACGTCTCAGCAAGCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142136 ...CAGACCTGCATGGGCAAGGACGTAACCCTTCACGTCTCAGCAAGCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 CCCCGCTATGCTACTGTACCAGAAGTTTGGATTCAAGACTGAAGAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144670 CCCCGCTATGCTACTGTACCAGAAGTTTGGATTCAAGACTGAAGAATATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TATTAGATTTCTATGATAAATATTACCCATTGGAGAGTACAGAGTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144720 TATTAGATTTCTATGATAAATATTACCCATTGGAGAGTACAGAGTGTAAA

   2400     .    :    .    :    .
   2320 CACGCATTCTTTCTGAGGCTCCGGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||
 144770 CACGCATTCTTTCTGAGGCTCCGGCGC