seq1 = pF1KB5702.tfa, 2718 bp
seq2 = pF1KB5702/gi568815593f_138681925.tfa (gi568815593f:138681925_139034086), 352162 bp

>pF1KB5702 2718
>gi568815593f:138681925_139034086 (Chr5)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-301  (101253-101448)   100% ->
302-468  (128114-128280)   100% ->
469-588  (130259-130378)   100% ->
589-858  (142606-142875)   100% ->
859-1062  (145591-145794)   100% ->
1063-1143  (204288-204368)   100% ->
1144-1296  (205566-205718)   100% ->
1297-1389  (222425-222517)   100% ->
1390-1546  (235818-235974)   100% ->
1547-1747  (242586-242786)   100% ->
1748-1899  (243332-243483)   100% ->
1900-2010  (247322-247432)   100% ->
2011-2192  (248549-248730)   100% ->
2193-2298  (248906-249011)   99% ->
2299-2433  (250654-250788)   100% ->
2434-2718  (251878-252162)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCTGTCCATGCAGGCAACATAAACTTCAAGTGGGATCCTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCTGTCCATGCAGGCAACATAAACTTCAAGTGGGATCCTAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTAGAGATCAGGACTCTGGCAGTTGAGAGACTGTTGGAGCCTCTTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTAGAGATCAGGACTCTGGCAGTTGAGAGACTGTTGGAGCCTCTTGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACAG         GTTACAACCCTTGTAAACACCAATAGTAAAGGGCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACAGGTA...TAGGTTACAACCCTTGTAAACACCAATAGTAAAGGGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTAATAAGAAGAGAGGTCGTTCTAAGAAGGCCCATGTTTTGGCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101289 TCTAATAAGAAGAGAGGTCGTTCTAAGAAGGCCCATGTTTTGGCTGCATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTGAACAAGCAACTGAGAATTTCTTGGAGAAGGGGGATAAAATTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 TGTTGAACAAGCAACTGAGAATTTCTTGGAGAAGGGGGATAAAATTGCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGAGCCAGTTTCTCAAGGAGGAGCTTGTGGCTGCTGTAGAAGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 AGGAGAGCCAGTTTCTCAAGGAGGAGCTTGTGGCTGCTGTAGAAGATGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGAAAACAAG         GTGATTTGATGAAGGCTGCTGCAGGAGAGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 CGAAAACAAGGTA...CAGGTGATTTGATGAAGGCTGCTGCAGGAGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGCAGATGATCCCTGCTCTTCTGTGAAGCGAGGCAACATGGTTCGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128145 CGCAGATGATCCCTGCTCTTCTGTGAAGCGAGGCAACATGGTTCGGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCGAGCTTTGCTCTCTGCTGTTACCCGGTTGCTGATTTTGGCTGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128195 CTCGAGCTTTGCTCTCTGCTGTTACCCGGTTGCTGATTTTGGCTGACATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGATGTCTACAAATTACTTGTTCAGCTGAAAGTT         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 128245 GCAGATGTCTACAAATTACTTGTTCAGCTGAAAGTTGTA...TAGGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATGGTATCTTGAAGTTGAGGAATGCTGGCAATGAACAAGACTTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130264 AGATGGTATCTTGAAGTTGAGGAATGCTGGCAATGAACAAGACTTAGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCAGTATAAAGCCCTAAAACCTGAAGTGGATAAGCTGAACATTATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130314 TCCAGTATAAAGCCCTAAAACCTGAAGTGGATAAGCTGAACATTATGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCAAAAGACAACAG         GAATTGAAAGATGTTGGCCATCGTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 130364 GCCAAAAGACAACAGGTA...TAGGAATTGAAAGATGTTGGCCATCGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAGATGGCTGCAGCTAGAGGAATCCTGCAGAAGAACGTTCCGATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142632 TCAGATGGCTGCAGCTAGAGGAATCCTGCAGAAGAACGTTCCGATCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATACTGCATCCCAGGCATGCCTACAGCACCCTGATGTCGCAGCCTATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142682 ATACTGCATCCCAGGCATGCCTACAGCACCCTGATGTCGCAGCCTATAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCAACAGGGACCTGATATACAAGCAGCTGCAGCAGGCGGTCACAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142732 GCCAACAGGGACCTGATATACAAGCAGCTGCAGCAGGCGGTCACAGGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTCCAATGCAGCCCAGGCCACTGCCTCAGACGATGCCTCACAGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142782 TTCCAATGCAGCCCAGGCCACTGCCTCAGACGATGCCTCACAGCACCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGGAGGAGGAGGAGAACTGGCATATGCACTCAATAACTTTGAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 142832 GTGGAGGAGGAGGAGAACTGGCATATGCACTCAATAACTTTGACGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859    AAACAAATCATTGTGGACCCCTTGAGCTTCAGCGAGGAGCGCTTTAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145588 CAGAAACAAATCATTGTGGACCCCTTGAGCTTCAGCGAGGAGCGCTTTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCTTCCCTGGAGGAGCGTCTGGAAAGCATCATTAGTGGGGCTGCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145638 GCCTTCCCTGGAGGAGCGTCTGGAAAGCATCATTAGTGGGGCTGCCTTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGCCGACTCGTCCTGCACGCGTGATGACCGTCGTGAGCGAATTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145688 TGGCCGACTCGTCCTGCACGCGTGATGACCGTCGTGAGCGAATTGTGGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGTGTAATGCTGTCCGCCAGGCCCTGCAGGACCTGCTTTCGGAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145738 GAGTGTAATGCTGTCCGCCAGGCCCTGCAGGACCTGCTTTCGGAGTACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGGCAAT         GCTGGACGTAAAGAAAGAAGTGATGCACTCAATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145788 GGGCAATGTG...CAGGCTGGACGTAAAGAAAGAAGTGATGCACTCAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTGCAATAGATAAAATGACCAAGAAGACCAGGGACTTGCGTAGACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 204322 CTGCAATAGATAAAATGACCAAGAAGACCAGGGACTTGCGTAGACAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144       CTCCGCAAAGCTGTCATGGACCACGTTTCAGATTCTTTCCTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204372 ...TAGCTCCGCAAAGCTGTCATGGACCACGTTTCAGATTCTTTCCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AACCAATGTTCCACTTTTGGTATTGATTGAAGCTGCAAAGAATGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205610 AACCAATGTTCCACTTTTGGTATTGATTGAAGCTGCAAAGAATGGAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGAAAGAAGTTAAGGAGTATGCCCAAGTTTTCCGTGAACATGCCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205660 AGAAAGAAGTTAAGGAGTATGCCCAAGTTTTCCGTGAACATGCCAACAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTGATTGAG         GTTGCCAACTTGGCCTGTTCCATCTCAAATAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 205710 TTGATTGAGGTA...TAGGTTGCCAACTTGGCCTGTTCCATCTCAAATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGAAGAAGGTGTAAAGCTTGTTCGAATGTCTGCAAGCCAGTTAGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222457 TGAAGAAGGTGTAAAGCTTGTTCGAATGTCTGCAAGCCAGTTAGAAGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCTGTCCTCAG         GTTATTAATGCTGCACTGGCTTTAGCAGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 222507 TCTGTCCTCAGGTA...CAGGTTATTAATGCTGCACTGGCTTTAGCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AAACCACAGAGTAAACTGGCCCAAGAGAACATGGATCTTTTTAAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235848 AAACCACAGAGTAAACTGGCCCAAGAGAACATGGATCTTTTTAAAGAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ATGGGAAAAACAAGTCCGTGTTCTCACAGATGCTGTCGATGACATTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235898 ATGGGAAAAACAAGTCCGTGTTCTCACAGATGCTGTCGATGACATTACTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCATTGATGACTTCTTGGCTGTCTCAG         AGAATCACATTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 235948 CCATTGATGACTTCTTGGCTGTCTCAGGTA...CAGAGAATCACATTTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GAAGATGTGAACAAATGTGTCATTGCTCTCCAAGAGAAGGATGTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242600 GAAGATGTGAACAAATGTGTCATTGCTCTCCAAGAGAAGGATGTGGATGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CCTGGACCGCACAGCTGGTGCAATTCGAGGCCGGGCAGCCCGGGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242650 CCTGGACCGCACAGCTGGTGCAATTCGAGGCCGGGCAGCCCGGGTCATTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ACGTAGTCACCTCAGAGATGGACAACTATGAGCCAGGAGTCTACACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242700 ACGTAGTCACCTCAGAGATGGACAACTATGAGCCAGGAGTCTACACAGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AAGGTTCTGGAAGCCACTAAGCTGCTCTCCAACACAG         TCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 242750 AAGGTTCTGGAAGCCACTAAGCTGCTCTCCAACACAGGTA...CAGTCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCCACGTTTTACTGAGCAAGTAGAAGCAGCCGTGGAAGCCCTCAGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243336 GCCACGTTTTACTGAGCAAGTAGAAGCAGCCGTGGAAGCCCTCAGCTCGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ACCCTGCCCAGCCCATGGATGAGAATGAGTTTATCGATGCTTCCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243386 ACCCTGCCCAGCCCATGGATGAGAATGAGTTTATCGATGCTTCCCGCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GTATATGATGGCATCCGGGACATCAGGAAAGCAGTGCTGATGATAAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 243436 GTATATGATGGCATCCGGGACATCAGGAAAGCAGTGCTGATGATAAGGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1900        ACCCCTGAGGAGTTGGATGACTCTGACTTTGAGACAGAAGATT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243486 G...CAGACCCCTGAGGAGTTGGATGACTCTGACTTTGAGACAGAAGATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TTGATGTCAGAAGCAGGACGAGCGTCCAGACAGAAGACGATCAGCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247365 TTGATGTCAGAAGCAGGACGAGCGTCCAGACAGAAGACGATCAGCTGATA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GCTGGCCAGAGTGCCCGG         GCGATCATGGCTCAGCTTCCCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 247415 GCTGGCCAGAGTGCCCGGGTA...CAGGCGATCATGGCTCAGCTTCCCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GGAGCAAAAAGCGAAGATTGCGGAACAGGTGGCCAGCTTCCAGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248572 GGAGCAAAAAGCGAAGATTGCGGAACAGGTGGCCAGCTTCCAGGAAGAAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AGAGCAAGCTGGATGCTGAAGTGTCCAAATGGGACGACAGTGGCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248622 AGAGCAAGCTGGATGCTGAAGTGTCCAAATGGGACGACAGTGGCAATGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 ATCATTGTGCTGGCCAAGCAGATGTGCATGATTATGATGGAGATGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248672 ATCATTGTGCTGGCCAAGCAGATGTGCATGATTATGATGGAGATGACAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CTTTACCCG         AGGTAAAGGACCACTCAAAAATACATCAGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||| ||||
 248722 CTTTACCCGGTG...CAGAGGTAAAGGACCACTCAAAAATACATCGGATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TCATCAGTGCTGCCAAGAAAATTGCTGAGGCAGGATCCAGGATGGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248938 TCATCAGTGCTGCCAAGAAAATTGCTGAGGCAGGATCCAGGATGGACAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CTTGGCCGCACCATTGCAGACCAT         TGCCCCGACTCGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 248988 CTTGGCCGCACCATTGCAGACCATGTA...CAGTGCCCCGACTCGGCTTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CAAGCAGGACCTGCTGGCCTACCTGCAACGCATCGCCCTCTACTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250671 CAAGCAGGACCTGCTGGCCTACCTGCAACGCATCGCCCTCTACTGCCACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AGCTGAACATCTGCAGCAAGGTCAAGGCCGAGGTGCAGAATCTCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250721 AGCTGAACATCTGCAGCAAGGTCAAGGCCGAGGTGCAGAATCTCGGCGGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GAGCTTGTTGTCTCTGGG         GTGGACAGCGCCATGTCCCTGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 250771 GAGCTTGTTGTCTCTGGGGTA...TAGGTGGACAGCGCCATGTCCCTGAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 CCAGGCAGCCAAGAACTTGATGAATGCTGTGGTGCAGACAGTGAAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251901 CCAGGCAGCCAAGAACTTGATGAATGCTGTGGTGCAGACAGTGAAGGCAT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CCTACGTCGCCTCTACCAAATACCAAAAGTCACAGGGTATGGCTTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 251951 CCTACGTCGCCTCTACCAAATACCAAAAGTCACAGGGTATGGCTTCCCTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 AACCTTCCTGCTGTGTCATGGAAGATGAAGGCACCAGAGAAAAAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252001 AACCTTCCTGCTGTGTCATGGAAGATGAAGGCACCAGAGAAAAAGCCATT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 GGTGAAGAGAGAGAAACAGGATGAGACACAGACCAAGATTAAACGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252051 GGTGAAGAGAGAGAAACAGGATGAGACACAGACCAAGATTAAACGGGCAT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CTCAGAAGAAGCACGTGAACCCGGTGCAGGCCCTCAGCGAGTTCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252101 CTCAGAAGAAGCACGTGAACCCGGTGCAGGCCCTCAGCGAGTTCAAAGCT

   2850     .    :
   2707 ATGGACAGCATC
        ||||||||||||
 252151 ATGGACAGCATC