seq1 = pF1KB5691.tfa, 2580 bp
seq2 = pF1KB5691/gi568815597f_167836912.tfa (gi568815597f:167836912_168175432), 338521 bp

>pF1KB5691 2580
>gi568815597f:167836912_168175432 (Chr1)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-159  (114889-114950)   100% ->
160-252  (129718-129810)   100% ->
253-438  (137919-138104)   100% ->
439-552  (150584-150697)   100% ->
553-688  (154293-154428)   100% ->
689-903  (156315-156529)   100% ->
904-997  (165571-165664)   100% ->
998-1117  (166959-167078)   100% ->
1118-1378  (167622-167882)   100% ->
1379-1496  (201460-201577)   100% ->
1497-1612  (206114-206229)   100% ->
1613-1699  (207674-207760)   98% ->
1700-2027  (207989-208316)   100% ->
2028-2166  (226710-226848)   100% ->
2167-2323  (228679-228835)   100% ->
2324-2412  (229466-229554)   100% ->
2413-2518  (231447-231552)   100% ->
2519-2580  (238460-238521)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCGGGGTGGCTCCTACCCACACCTGTTGTGGGACGTGAGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCGGGGTGGCTCCTACCCACACCTGTTGTGGGACGTGAGGAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCCTCGGGCTGGAGGACCCGTCCCGGCTGCGGAGTCGCTACCTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 GTCCCTCGGGCTGGAGGACCCGTCCCGGCTGCGGAGTCGCTACCTGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       GAAGAAGAGAATTTATCCAAAGATTAAAACTTGAAGCAACCCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGGAAGAAGAGAATTTATCCAAAGATTAAAACTTGAAGCAACCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGTGCATGATGGTTGT         GTTAATACAATCTGTTGGAATGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114933 AATGTGCATGATGGTTGTGTA...TAGGTTAATACAATCTGTTGGAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACTGGAGAATATATTTTATCTGGCTCAGATGACACCAAATTAGTAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129741 CACTGGAGAATATATTTTATCTGGCTCAGATGACACCAAATTAGTAATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTAATCCTTACAGCAGAAAG         GTTTTGACAACAATTCGTTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 129791 GTAATCCTTACAGCAGAAAGGTA...TAGGTTTTGACAACAATTCGTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGGCACCGAGCAAACATATTTAGTGCAAAGTTCTTACCTTGTACAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137940 GGGCACCGAGCAAACATATTTAGTGCAAAGTTCTTACCTTGTACAAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAAACAGATTGTATCCTGCTCTGGAGATGGAGTAATATTTTATACCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137990 TAAACAGATTGTATCCTGCTCTGGAGATGGAGTAATATTTTATACCAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAGCAAGATGCAGAAACCAACAGACAATGCCAATTTACGTGTCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138040 TTGAGCAAGATGCAGAAACCAACAGACAATGCCAATTTACGTGTCATTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAACTACTTATGAG         ATTATGACTGTACCCAATGACCCTTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 138090 GGAACTACTTATGAGGTA...CAGATTATGACTGTACCCAATGACCCTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACTTTTCTCTCTTGTGGTGAAGATGGAACTGTTAGGTGGTTTGATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150610 CACTTTTCTCTCTTGTGGTGAAGATGGAACTGTTAGGTGGTTTGATACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCATCAAAACTAGCTGCACAAAAGAAGATTGTAAAGAT         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 150660 GCATCAAAACTAGCTGCACAAAAGAAGATTGTAAAGATGTA...TAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATTTTAATTAACTGTCGACGTGCTGCCACGTCTGTTGCTATTTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154296 ATTTTAATTAACTGTCGACGTGCTGCCACGTCTGTTGCTATTTGCCCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATACCATATTACCTTGCTGTTGGTTGTTCTGACAGCTCAGTACGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154346 AATACCATATTACCTTGCTGTTGGTTGTTCTGACAGCTCAGTACGAATAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGATCGGCGAATGCTGGGCACAAGAGCTACAG         GGAATTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 154396 ATGATCGGCGAATGCTGGGCACAAGAGCTACAGGTA...TAGGGAATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCAGGTCGAGGGACTACTGGAATGGTTGCCCGTTTTATTCCTTCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156323 GCAGGTCGAGGGACTACTGGAATGGTTGCCCGTTTTATTCCTTCCCATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAATAATAAGTCCTGCAGAGTGACATCTCTGTGTTACAGTGAAGATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156373 TAATAATAAGTCCTGCAGAGTGACATCTCTGTGTTACAGTGAAGATGGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGAGATTCTCGTTAGTTACTCTTCAGATTACATATATCTTTTTGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156423 AAGAGATTCTCGTTAGTTACTCTTCAGATTACATATATCTTTTTGACCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGATGATACAGCACGAGAACTTAAAACTCCTTCTGCGGAAGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156473 AAAGATGATACAGCACGAGAACTTAAAACTCCTTCTGCGGAAGAGAGAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAGAG         TTGCGACAACCACCAGTTAAGCGTTTGAGACTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156523 AGAAGAGGTA...TAGTTGCGACAACCACCAGTTAAGCGTTTGAGACTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGTGATTGGTCAGATACTGGACCCAGAGCAAGGCCGGAGAGTGAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165605 GTGGTGATTGGTCAGATACTGGACCCAGAGCAAGGCCGGAGAGTGAACGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAACGAGATG         GAGAGCAGAGTCCCAATGTGTCATTGATGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 165655 GAACGAGATGGTA...TAGGAGAGCAGAGTCCCAATGTGTCATTGATGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGAATGTCTGATATGTTATCAAGATGGTTTGAAGAAGCAAGTGAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166990 GAGAATGTCTGATATGTTATCAAGATGGTTTGAAGAAGCAAGTGAGGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACAAAGCAATAGAGGACGAGGAAGATCTCGACCCAGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 167040 CACAAAGCAATAGAGGACGAGGAAGATCTCGACCCAGAGGTA...AAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGAACAAGTCAATCAGATATTTCAACTCTTCCTACGGTCCCATCAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167624 GGAACAAGTCAATCAGATATTTCAACTCTTCCTACGGTCCCATCAAGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGATTTGGAAGTGAGTGAAACTGCAATGGAAGTAGATACTCCAGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167674 TGATTTGGAAGTGAGTGAAACTGCAATGGAAGTAGATACTCCAGCTGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AATTTCTTCAGCCTTCTACATCCTCTACAATGTCAGCTCAGGCTCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167724 AATTTCTTCAGCCTTCTACATCCTCTACAATGTCAGCTCAGGCTCATTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACATCATCTCCCACAGAAAGCCCTCATTCTACTCCTTTGCTATCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167774 ACATCATCTCCCACAGAAAGCCCTCATTCTACTCCTTTGCTATCTTCTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGACAGTGAACAAAGGCAGTCTGTTGAGGCATCTGGACACCACACACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167824 AGACAGTGAACAAAGGCAGTCTGTTGAGGCATCTGGACACCACACACATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATCAGTCTG         ATAACAATAATGAAAAGCTGAGCCCCAAACCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 167874 ATCAGTCTGGTG...CAGATAACAATAATGAAAAGCTGAGCCCCAAACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGGACAGGTGAACCAGTTTTAAGTTTGCACTACAGCACAGAAGGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201492 GGGACAGGTGAACCAGTTTTAAGTTTGCACTACAGCACAGAAGGAACAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TACAAGCACAATAAAACTGAACTTTACAGATGAATG         GAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 201542 TACAAGCACAATAAAACTGAACTTTACAGATGAATGGTA...TAGGAGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GTATAGCATCAAGTTCTAGAGGAATTGGGAGCCATTGCAAATCTGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206119 GTATAGCATCAAGTTCTAGAGGAATTGGGAGCCATTGCAAATCTGAGGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CAGGAGGAATCTTTCGTCCCACAGAGCTCAGTGCAACCACCAGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206169 CAGGAGGAATCTTTCGTCCCACAGAGCTCAGTGCAACCACCAGAAGGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CAGTGAAACAA         AAGCTCCTGAAGAATCATCAGAGGATGCGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||| ||
 206219 CAGTGAAACAAGTA...CAGAAGCTCCTGAAGAATCATCAGAGGATGTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CAAAATATCAGGAAGGAGTATCTGCAGAAAACCCAGTTGAGAACCATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207704 CAAAATATCAGGAAGGAGTATCTGCAGAAAACCCAGTTGAGAACCATATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AATATAA         CACAATCAGATAAGTTCACAGCCAAGCCATTGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207754 AATATAAGTG...CAGCACAATCAGATAAGTTCACAGCCAAGCCATTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TTCCAACTCAGGAGAAAGAAATGACCTCAATCTTGATCGCTCTTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208023 TTCCAACTCAGGAGAAAGAAATGACCTCAATCTTGATCGCTCTTGTGGGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTCCAGAAGAATCTGCTTCATCTGAAAAAGCCAAGGAACCAGAAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208073 TTCCAGAAGAATCTGCTTCATCTGAAAAAGCCAAGGAACCAGAAACTTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GATCAGACTAGCACTGAGAGTGCTACCAATGAAAATAACACCAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208123 GATCAGACTAGCACTGAGAGTGCTACCAATGAAAATAACACCAATCCTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCCTCAGTTCCAAACAGAAGCCACTGGGCCTTCAGCTCATGAAGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208173 GCCTCAGTTCCAAACAGAAGCCACTGGGCCTTCAGCTCATGAAGAAACAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CCACCAGGGACTCTGCTCTTCAGGACACAGATGACAGTGATGATGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208223 CCACCAGGGACTCTGCTCTTCAGGACACAGATGACAGTGATGATGACCCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GTCCTGATCCCAGGTGCAAGGTATCGAGCAGGACCTGGTGATAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 208273 GTCCTGATCCCAGGTGCAAGGTATCGAGCAGGACCTGGTGATAGGTT...

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2028    ACGCTCTGCTGTTGCCCGTATTCAGGAGTTCTTCAGACGGAGAAAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226707 TAGACGCTCTGCTGTTGCCCGTATTCAGGAGTTCTTCAGACGGAGAAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AAAGGAAAGAAATGGAAGAATTGGATACTTTGAACATTAGAAGGCCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226757 AAAGGAAAGAAATGGAAGAATTGGATACTTTGAACATTAGAAGGCCGCTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GTAAAAATGGTTTATAAAGGCCATCGCAACTCCAGGACAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 226807 GTAAAAATGGTTTATAAAGGCCATCGCAACTCCAGGACAATGGTA...TA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2167  ATAAAAGAAGCCAATTTCTGGGGTGCTAACTTTGTAATGAGTGGTTCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228678 GATAAAAGAAGCCAATTTCTGGGGTGCTAACTTTGTAATGAGTGGTTCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 ACTGTGGCCACATTTTCATCTGGGATCGGCACACTGCTGAGCATTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228728 ACTGTGGCCACATTTTCATCTGGGATCGGCACACTGCTGAGCATTTGATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CTTCTGGAAGCTGATAATCATGTGGTAAACTGCCTGCAGCCACATCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228778 CTTCTGGAAGCTGATAATCATGTGGTAAACTGCCTGCAGCCACATCCGTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGACCCAA         TTTTAGCCTCATCTGGCATAGATTATGACATAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 228828 TGACCCAAGTA...TAGTTTTAGCCTCATCTGGCATAGATTATGACATAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 AGATCTGGTCACCATTAGAAGAGTCAAGGATTTTTAACCGAAAACTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229499 AGATCTGGTCACCATTAGAAGAGTCAAGGATTTTTAACCGAAAACTTGCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GATGAA         GTTATAACTCGAAACGAACTCATGCTGGAAGAAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229549 GATGAAGTA...TAGGTTATAACTCGAAACGAACTCATGCTGGAAGAAAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TAGAAACACCATTACAGTTCCAGCCTCTTTCATGTTGAGGATGTTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231482 TAGAAACACCATTACAGTTCCAGCCTCTTTCATGTTGAGGATGTTGGCTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 CACTTAATCATATCCGAGCTG         ACCGGTTGGAGGGTGACAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 231532 CACTTAATCATATCCGAGCTGGTA...CAGACCGGTTGGAGGGTGACAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 TCAGAAGGCTCTGGTCAAGAGAATGAAAATGAGGATGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238480 TCAGAAGGCTCTGGTCAAGAGAATGAAAATGAGGATGAGGAA