seq1 = pF1KB5690.tfa, 1554 bp
seq2 = pF1KB5690/gi568815577f_41068264.tfa (gi568815577f:41068264_41375621), 307358 bp

>pF1KB5690 1554
>gi568815577f:41068264_41375621 (Chr21)

1-312  (100001-100312)   100% ->
313-401  (158003-158091)   100% ->
402-618  (169250-169466)   100% ->
619-747  (173556-173684)   100% ->
748-882  (175113-175247)   100% ->
883-984  (177699-177800)   100% ->
985-1134  (182489-182638)   99% ->
1135-1303  (188895-189063)   100% ->
1304-1554  (207108-207358)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCACTGGCCCGGGCGCTGCTGCTGCCTCTGCTGGCCCAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCACTGGCCCGGGCGCTGCTGCTGCCTCTGCTGGCCCAGTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCGCGCCGCCCCGGAGCTGGCCCCCGCGCCCTTCACGCTGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCGCGCCGCCCCGGAGCTGGCCCCCGCGCCCTTCACGCTGCCCCTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGTGGCCGCGGCCACGAACCGCGTAGTTGCGCCCACCCCGGGACCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGTGGCCGCGGCCACGAACCGCGTAGTTGCGCCCACCCCGGGACCCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCCTGCCGAGCGCCACGCCGACGGCTTGGCGCTCGCCCTGGAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCCCTGCCGAGCGCCACGCCGACGGCTTGGCGCTCGCCCTGGAGCCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGCGTCCCCCGCGGGCGCCGCCAACTTCTTGGCCATGGTAGACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGCGTCCCCCGCGGGCGCCGCCAACTTCTTGGCCATGGTAGACAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGGGGGACTCTGGCCGCGGCTACTACCTGGAGATGCTGATCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAGGGGGACTCTGGCCGCGGCTACTACCTGGAGATGCTGATCGGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCCGCAGAAG         CTACAGATTCTCGTTGACACTGGAAGCAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCCGCAGAAGGTA...AAGCTACAGATTCTCGTTGACACTGGAAGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TAACTTTGCCGTGGCAGGAACCCCGCACTCCTACATAGACACGTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158032 TAACTTTGCCGTGGCAGGAACCCCGCACTCCTACATAGACACGTACTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACAGAGAG         GTCTAGCACATACCGCTCCAAGGGCTTTGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 158082 ACACAGAGAGGTA...CAGGTCTAGCACATACCGCTCCAAGGGCTTTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCACAGTGAAGTACACACAAGGAAGCTGGACGGGCTTCGTTGGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169281 GTCACAGTGAAGTACACACAAGGAAGCTGGACGGGCTTCGTTGGGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTCGTCACCATCCCCAAAGGCTTCAATACTTCTTTTCTTGTCAACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169331 CCTCGTCACCATCCCCAAAGGCTTCAATACTTCTTTTCTTGTCAACATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCACTATTTTTGAATCAGAGAATTTCTTTTTGCCTGGGATTAAATGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169381 CCACTATTTTTGAATCAGAGAATTTCTTTTTGCCTGGGATTAAATGGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAATACTTGGCCTAGCTTATGCCACACTTGCCAAG         CCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 169431 GGAATACTTGGCCTAGCTTATGCCACACTTGCCAAGGTA...CAGCCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAGTTCTCTGGAGACCTTCTTCGACTCCCTGGTGACACAAGCAAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173561 AAGTTCTCTGGAGACCTTCTTCGACTCCCTGGTGACACAAGCAAACATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCAACGTTTTCTCCATGCAGATGTGTGGAGCCGGCTTGCCCGTTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173611 CCAACGTTTTCTCCATGCAGATGTGTGGAGCCGGCTTGCCCGTTGCTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTGGGACCAACGGAGGTAGTCTT         GTCTTGGGTGGAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 173661 TCTGGGACCAACGGAGGTAGTCTTGTG...CAGGTCTTGGGTGGAATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACCAAGTTTGTATAAAGGAGACATCTGGTATACCCCTATTAAGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175130 ACCAAGTTTGTATAAAGGAGACATCTGGTATACCCCTATTAAGGAAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGTACTACCAGATAGAAATTCTGAAATTGGAAATTGGAGGCCAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175180 GGTACTACCAGATAGAAATTCTGAAATTGGAAATTGGAGGCCAAAGCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 AATCTGGACTGCAGAGAG         TATAACGCAGACAAGGCCATCGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 175230 AATCTGGACTGCAGAGAGGTA...AAGTATAACGCAGACAAGGCCATCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGACAGTGGCACCACGCTGCTGCGCCTGCCCCAGAAGGTGTTTGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177722 GGACAGTGGCACCACGCTGCTGCGCCTGCCCCAGAAGGTGTTTGATGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGTGGAAGCTGTGGCCCGCGCATCTCTG         ATTCCAGAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 177772 TGGTGGAAGCTGTGGCCCGCGCATCTCTGGTG...TAGATTCCAGAATTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTGATGGTTTCTGGACTGGGTCCCAGCTGGCGTGCTGGACGAATTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182501 TCTGATGGTTTCTGGACTGGGTCCCAGCTGGCGTGCTGGACGAATTCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AACACCTTGGTCTTACTTCCCTAAAATCTCCATCTACCTGAGAGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 182551 AACACCTTGGTCTTACTTCCCTAAAATCTCCATCTACCTGAGAGACGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACTCCAGCAGGTCATTCCGTATCACAATCCTGCCTCAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 182601 ACTCCAGCAGGTCATTCCGTATCACAATCCTGCCTCAGGTA...CAGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TACATTCAGCCCATGATGGGGGCCGGCCTGAATTATGAATGTTACCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188898 TACATTCAGCCCATGATGGGGGCCGGCCTGAATTATGAATGTTACCGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CGGCATTTCCCCATCCACAAATGCGCTGGTGATCGGTGCCACGGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188948 CGGCATTTCCCCATCCACAAATGCGCTGGTGATCGGTGCCACGGTGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGGCTTCTACGTCATCTTCGACAGAGCCCAGAAGAGGGTGGGCTTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188998 AGGGCTTCTACGTCATCTTCGACAGAGCCCAGAAGAGGGTGGGCTTCGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCGAGCCCCTGTGCAG         AAATTGCAGGTGCTGCAGTGTCTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 189048 GCGAGCCCCTGTGCAGGTG...CAGAAATTGCAGGTGCTGCAGTGTCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AATTTCCGGGCCTTTCTCAACAGAGGATGTAGCCAGCAACTGTGTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207133 AATTTCCGGGCCTTTCTCAACAGAGGATGTAGCCAGCAACTGTGTCCCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTCAGTCTTTGAGCGAGCCCATTTTGTGGATTGTGTCCTATGCGCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207183 CTCAGTCTTTGAGCGAGCCCATTTTGTGGATTGTGTCCTATGCGCTCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AGCGTCTGTGGAGCCATCCTCCTTGTCTTAATCGTCCTGCTGCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207233 AGCGTCTGTGGAGCCATCCTCCTTGTCTTAATCGTCCTGCTGCTGCTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTTCCGGTGTCAGCGTCGCCCCCGTGACCCTGAGGTCGTCAATGATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207283 GTTCCGGTGTCAGCGTCGCCCCCGTGACCCTGAGGTCGTCAATGATGAGT

   1600     .    :    .    :    .
   1529 CCTCTCTGGTCAGACATCGCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||
 207333 CCTCTCTGGTCAGACATCGCTGGAAA