seq1 = pF1KB5687.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KB5687/gi568815596r_150369990.tfa (gi568815596r:150369990_150587417), 217428 bp

>pF1KB5687 732
>gi568815596r:150369990_150587417 (Chr2)

(complement)

1-150  (100001-100150)   100% ->
151-238  (100637-100724)   100% ->
239-348  (112434-112543)   100% ->
349-483  (115657-115791)   100% ->
484-732  (117180-117428)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGAGAAGAGCCAGCCAGAAATTATCCAGCAAATCTATCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGAGAAGAGCCAGCCAGAAATTATCCAGCAAATCTATCATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTAATCAGAACGTGAAATGCAAGATAGTTGTGGTGGGAGACAGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTAATCAGAACGTGAAATGCAAGATAGTTGTGGTGGGAGACAGTCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGGAAAAACTGCGCTGCTCCATGTCTTCGCCAAGGACTGCTTCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGGAAAAACTGCGCTGCTCCATGTCTTCGCCAAGGACTGCTTCCCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151          AATTACGTTCCTACAGTGTTTGAGAATTACACGGCCAGTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTG...CAGAATTACGTTCCTACAGTGTTTGAGAATTACACGGCCAGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAATCGACACACAAAGAATAGAGTTGAGCCTGTGGGACACTTCGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100678 TGAAATCGACACACAAAGAATAGAGTTGAGCCTGTGGGACACTTCGGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GTTCTCCTTACTATGACAATGTCCGCCCCCTCTCTTACCCTGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 ...CAGGTTCTCCTTACTATGACAATGTCCGCCCCCTCTCTTACCCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCGGATGCTGTGCTGATTTGCTTTGACATCAGTAGACCAGAGACCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112478 TCGGATGCTGTGCTGATTTGCTTTGACATCAGTAGACCAGAGACCCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGTGTCCTCAAAAAG         TGGAAAGGTGAAATCCAGGAATTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112528 CAGTGTCCTCAAAAAGGCA...TAGTGGAAAGGTGAAATCCAGGAATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCCAAATACCAAAATGCTCTTGGTCGGCTGCAAGTCTGATCTGCGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115682 GTCCAAATACCAAAATGCTCTTGGTCGGCTGCAAGTCTGATCTGCGGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGTTAGTACATTAGTAGAGCTCTCCAATCACAGGCAGACGCCAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115732 GATGTTAGTACATTAGTAGAGCTCTCCAATCACAGGCAGACGCCAGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTATGACCAG         GGGGCAAATATGGCCAAACAGATTGGAGCAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115782 CTATGACCAGGTA...CAGGGGGCAAATATGGCCAAACAGATTGGAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTACTTATATCGAATGCTCAGCTTTACAGTCGGAAAATAGCGTCAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117211 CTACTTATATCGAATGCTCAGCTTTACAGTCGGAAAATAGCGTCAGAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTTTTCACGTTGCCACCTTGGCATGTGTAAATAAGACAAATAAAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117261 ATTTTTCACGTTGCCACCTTGGCATGTGTAAATAAGACAAATAAAAACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TAAGCGGAACAAATCACAGAGAGCCACAAAGCGGATTTCACACATGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117311 TAAGCGGAACAAATCACAGAGAGCCACAAAGCGGATTTCACACATGCCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAGACCAGAACTCTCGGCAGTTGCTACGGACTTACGAAAGGACAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117361 GCAGACCAGAACTCTCGGCAGTTGCTACGGACTTACGAAAGGACAAAGCG

    750     .    :    .
    715 AAGAGCTGCACTGTGATG
        ||||||||||||||||||
 117411 AAGAGCTGCACTGTGATG