seq1 = pF1KB5686.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB5686/gi568815582f_4325882.tfa (gi568815582f:4325882_4554911), 229030 bp

>pF1KB5686 1440
>gi568815582f:4325882_4554911 (Chr16)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-345  (108503-108636)   100% ->
346-429  (111521-111604)   100% ->
430-630  (115494-115694)   100% ->
631-783  (116387-116539)   100% ->
784-931  (117136-117283)   100% ->
932-996  (118783-118847)   100% ->
997-1125  (121005-121133)   100% ->
1126-1241  (122852-122967)   100% ->
1242-1339  (124519-124616)   100% ->
1340-1440  (128930-129030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGCGGTGCTCCACACGCTGGTTGCTGGTGGTTGTGGGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCGCGGTGCTCCACACGCTGGTTGCTGGTGGTTGTGGGGACCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGCTGCCGGCTATATCGGGTAGAGGGGCCCGGCCGCCCAGGGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGCTGCCGGCTATATCGGGTAGAGGGGCCCGGCCGCCCAGGGAGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGGGGGCATGGCTGAGCCGCAAGCTGAGCGTCCCCGCCTTTGCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGGGGGCATGGCTGAGCCGCAAGCTGAGCGTCCCCGCCTTTGCGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCTGACCTCTTGCGGCCCCCGAGCGCTGCTGACATTGAGACCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCTGACCTCTTGCGGCCCCCGAGCGCTGCTGACATTGAGACCTGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCTTACAG         GAACAAAACATAACCCTTTCATTTGTACTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCTTACAGGTG...TAGGAACAAAACATAACCCTTTCATTTGTACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTCCTTCCACACGAGTGCCCCTTTGGCCAAAGAAGATTATTATCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108533 CCTCCTTCCACACGAGTGCCCCTTTGGCCAAAGAAGATTATTATCAGATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTAGGAGTGCCTCGAAATGCCAGCCAGAAAGAGATCAAGAAAGCCTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108583 TTAGGAGTGCCTCGAAATGCCAGCCAGAAAGAGATCAAGAAAGCCTATTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAG         CTTGCCAAGAAGTATCACCCTGACACAAATAAGGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108633 TCAGGTC...TAGCTTGCCAAGAAGTATCACCCTGACACAAATAAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATCCCAAAGCCAAGGAGAAGTTCTCCCAGCTGGCAGAAGCCTATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111558 ATCCCAAAGCCAAGGAGAAGTTCTCCCAGCTGGCAGAAGCCTATGAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       GTTTTGAGTGATGAGGTGAAGAGGAAGCAGTACGATGCCTACGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111608 ...TAGGTTTTGAGTGATGAGGTGAAGAGGAAGCAGTACGATGCCTACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTGCAGGCTTCGATCCTGGGGCCAGCGGCTCCCAGCATAGCTACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115538 CTCTGCAGGCTTCGATCCTGGGGCCAGCGGCTCCCAGCATAGCTACTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGGAGGCCCCACTGTGGACCCCGAGGAGCTGTTCAGGAAGATCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115588 AGGGAGGCCCCACTGTGGACCCCGAGGAGCTGTTCAGGAAGATCTTTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGTTCTCATCCTCTTCATTTGGAGATTTCCAGACCGTGTTTGATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115638 GAGTTCTCATCCTCTTCATTTGGAGATTTCCAGACCGTGTTTGATCAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAGGAA         TACTTCATGGAGTTGACATTCAATCAAGCTGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115688 TCAGGAAGTA...TAGTACTTCATGGAGTTGACATTCAATCAAGCTGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGGGGTCAACAAGGAGTTCACCGTGAACATCATGGACACGTGTGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116421 AGGGGGTCAACAAGGAGTTCACCGTGAACATCATGGACACGTGTGAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCAACGGCAAGGGGAACGAGCCCGGCACCAAGGTGCAGCATTGCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116471 TGCAACGGCAAGGGGAACGAGCCCGGCACCAAGGTGCAGCATTGCCACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTGTGGCGGCTCCGGCATG         GAAACCATCAACACAGGCCCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116521 CTGTGGCGGCTCCGGCATGGTA...CAGGAAACCATCAACACAGGCCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTGTGATGCGTTCCACGTGTAGGAGATGTGGTGGCCGCGGCTCCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117158 TTGTGATGCGTTCCACGTGTAGGAGATGTGGTGGCCGCGGCTCCATCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATATCGCCCTGTGTGGTCTGCAGGGGAGCAGGACAAGCCAAGCAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117208 ATATCGCCCTGTGTGGTCTGCAGGGGAGCAGGACAAGCCAAGCAGAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCGAGTGATGATCCCTGTGCCTGCAG         GAGTCGAGGATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117258 GCGAGTGATGATCCCTGTGCCTGCAGGTG...TAGGAGTCGAGGATGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGACCGTGAGGATGCCTGTGGGAAAAAGGGAAATTTTCATTACGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118798 AGACCGTGAGGATGCCTGTGGGAAAAAGGGAAATTTTCATTACGTTCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997          GTGCAGAAAAGCCCTGTGTTCCGGAGGGACGGCGCAGACAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118848 GTA...TAGGTGCAGAAAAGCCCTGTGTTCCGGAGGGACGGCGCAGACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCACTCCGACCTCTTTATTTCTATAGCTCAGGCTCTTCTTGGGGGTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121046 CCACTCCGACCTCTTTATTTCTATAGCTCAGGCTCTTCTTGGGGGTACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAGAGCCCAGGGCCTGTACGAGACGATCAACGTGACG         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121096 CCAGAGCCCAGGGCCTGTACGAGACGATCAACGTGACGGTA...TAGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCCCCTGGGACTCAGACAGACCAGAAGATTCGGATGGGTGGGAAAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122855 CCCCCTGGGACTCAGACAGACCAGAAGATTCGGATGGGTGGGAAAGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCCCCGGATTAACAGCTACGGCTACGGAGACCACTACATCCACATCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122905 CCCCCGGATTAACAGCTACGGCTACGGAGACCACTACATCCACATCAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TACGAGTTCCAAA         GAGGCTAACGAGCCGGCAGCAGAGCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 122955 TACGAGTTCCAAAGTA...CAGGAGGCTAACGAGCCGGCAGCAGAGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATCCTGAGCTACGCCGAGGACGAGACAGATGTGGAGGGGACGGTGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124547 ATCCTGAGCTACGCCGAGGACGAGACAGATGTGGAGGGGACGGTGAACGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CGTCACCCTCACCAGCTCTG         GTGGCAGCACCATGGATAGCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 124597 CGTCACCCTCACCAGCTCTGGTA...CAGGTGGCAGCACCATGGATAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCGCAGGAAGCAAGGCTAGGCGTGAGGCTGGGGAGGACGAGGAGGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128951 CCGCAGGAAGCAAGGCTAGGCGTGAGGCTGGGGAGGACGAGGAGGGATTC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1411 CTTTCCAAACTTAAGAAAATGTTTACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 129001 CTTTCCAAACTTAAGAAAATGTTTACCTCA