seq1 = pF1KB5685.tfa, 1206 bp
seq2 = pF1KB5685/gi568815591f_101028394.tfa (gi568815591f:101028394_101237439), 209046 bp

>pF1KB5685 1206
>gi568815591f:101028394_101237439 (Chr7)

1-271  (100001-100271)   100% ->
272-505  (102028-102261)   100% ->
506-700  (103482-103676)   100% ->
701-899  (105302-105500)   100% ->
900-1000  (107101-107201)   100% ->
1001-1087  (107322-107408)   100% ->
1088-1171  (108608-108691)   100% ->
1172-1206  (109012-109046)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGATGTCTCCAGCCCTCACCTGCCTAGTCCTGGGCCTGGCCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGATGTCTCCAGCCCTCACCTGCCTAGTCCTGGGCCTGGCCCTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGGTGAAGGGTCTGCTGTGCACCATCCCCCATCCTACGTGGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTGGTGAAGGGTCTGCTGTGCACCATCCCCCATCCTACGTGGCCCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCTCAGACTTCGGGGTGAGGGTGTTTCAGCAGGTGGCGCAGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCTCAGACTTCGGGGTGAGGGTGTTTCAGCAGGTGGCGCAGGCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGACCGCAACGTGGTTTTCTCACCCTATGGGGTGGCCTCGGTGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGACCGCAACGTGGTTTTCTCACCCTATGGGGTGGCCTCGGTGTTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATGCTCCAGCTGACAACAGGAGGAGAAACCCAGCAGCAGATTCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATGCTCCAGCTGACAACAGGAGGAGAAACCCAGCAGCAGATTCAAGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTATGGGATTCAAGATTGATG         ACAAGGGCATGGCCCCCGCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100251 CTATGGGATTCAAGATTGATGGTG...CAGACAAGGGCATGGCCCCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCGGCATCTGTACAAGGAGCTCATGGGGCCATGGAACAAGGATGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102048 CTCCGGCATCTGTACAAGGAGCTCATGGGGCCATGGAACAAGGATGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGCACCACAGACGCGATCTTCGTCCAGCGGGATCTGAAGCTGGTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102098 CAGCACCACAGACGCGATCTTCGTCCAGCGGGATCTGAAGCTGGTCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTTCATGCCCCACTTCTTCAGGCTGTTCCGGAGCACGGTCAAGCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102148 GCTTCATGCCCCACTTCTTCAGGCTGTTCCGGAGCACGGTCAAGCAAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACTTTTCAGAGGTGGAGAGAGCCAGATTCATCATCAATGACTGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102198 GACTTTTCAGAGGTGGAGAGAGCCAGATTCATCATCAATGACTGGGTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GACACACACAAAAG         GTATGATCAGCAACTTGCTTGGGAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102248 GACACACACAAAAGGTG...TAGGTATGATCAGCAACTTGCTTGGGAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGCCGTGGACCAGCTGACACGGCTGGTGCTGGTGAATGCCCTCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103509 GAGCCGTGGACCAGCTGACACGGCTGGTGCTGGTGAATGCCCTCTACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACGGCCAGTGGAAGACTCCCTTCCCCGACTCCAGCACCCACCGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103559 AACGGCCAGTGGAAGACTCCCTTCCCCGACTCCAGCACCCACCGCCGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTTCCACAAATCAGACGGCAGCACTGTCTCTGTGCCCATGATGGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103609 CTTCCACAAATCAGACGGCAGCACTGTCTCTGTGCCCATGATGGCTCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAACAAGTTCAACTATA         CTGAGTTCACCACGCCCGATGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103659 CCAACAAGTTCAACTATAGTA...CAGCTGAGTTCACCACGCCCGATGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CATTACTACGACATCCTGGAACTGCCCTACCACGGGGACACCCTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105325 CATTACTACGACATCCTGGAACTGCCCTACCACGGGGACACCCTCAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTTCATTGCTGCCCCTTATGAAAAAGAGGTGCCTCTCTCTGCCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105375 GTTCATTGCTGCCCCTTATGAAAAAGAGGTGCCTCTCTCTGCCCTCACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACATTCTGAGTGCCCAGCTCATCAGCCACTGGAAAGGCAACATGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105425 ACATTCTGAGTGCCCAGCTCATCAGCCACTGGAAAGGCAACATGACCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTGCCCCGCCTCCTGGTTCTGCCCAA         GTTCTCCCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105475 CTGCCCCGCCTCCTGGTTCTGCCCAAGTA...CAGGTTCTCCCTGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGAAGTCGACCTCAGGAAGCCCCTAGAGAACCTGGGAATGACCGACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107116 TGAAGTCGACCTCAGGAAGCCCCTAGAGAACCTGGGAATGACCGACATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCAGACAGTTTCAGGCTGACTTCACGAGTCTTTCAG         ACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107166 TCAGACAGTTTCAGGCTGACTTCACGAGTCTTTCAGGTA...CAGACCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGCCTCTCCACGTCGCGCAGGCGCTGCAGAAAGTGAAGATCGAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107327 GAGCCTCTCCACGTCGCGCAGGCGCTGCAGAAAGTGAAGATCGAGGTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGAGAGTGGCACGGTGGCCTCCTCATCCACAG         CTGTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107377 CGAGAGTGGCACGGTGGCCTCCTCATCCACAGGTG...CAGCTGTCATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCTCAGCCCGCATGGCCCCCGAGGAGATCATCATGGACAGACCCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108617 TCTCAGCCCGCATGGCCCCCGAGGAGATCATCATGGACAGACCCTTCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTTGTGGTCCGGCACAACCCCACAG         GAACAGTCCTTTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108667 TTTGTGGTCCGGCACAACCCCACAGGTG...CAGGAACAGTCCTTTTCAT

   1250     .    :    .
   1188 GGGCCAAGTGATGGAACCC
        |||||||||||||||||||
 109028 GGGCCAAGTGATGGAACCC