seq1 = pF1KB5682.tfa, 1656 bp
seq2 = pF1KB5682/gi568815580f_50947047.tfa (gi568815580f:50947047_51178464), 231418 bp

>pF1KB5682 1656
>gi568815580f:50947047_51178464 (Chr18)

1-249  (100001-100249)   100% ->
250-424  (101640-101814)   100% ->
425-454  (102249-102278)   100% ->
455-667  (107735-107947)   100% ->
668-787  (111079-111198)   100% ->
788-904  (111294-111410)   100% ->
905-955  (112820-112870)   100% ->
956-1139  (118377-118560)   100% ->
1140-1308  (119973-120141)   100% ->
1309-1447  (129592-129730)   100% ->
1448-1656  (131210-131418)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAATATGTCTATTACGAATACACCAACAAGTAATGATGCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAATATGTCTATTACGAATACACCAACAAGTAATGATGCCTGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCATTGTGCATAGTTTGATGTGCCATAGACAAGGTGGAGAGAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCATTGTGCATAGTTTGATGTGCCATAGACAAGGTGGAGAGAGTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATTTGCAAAAAGAGCAATTGAAAGTTTGGTAAAGAAGCTGAAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATTTGCAAAAAGAGCAATTGAAAGTTTGGTAAAGAAGCTGAAGGAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGATGAATTGGATTCTTTAATAACAGCTATAACTACAAATGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGATGAATTGGATTCTTTAATAACAGCTATAACTACAAATGGAGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCTAGTAAATGTGTTACCATACAGAGAACATTGGATGGGAGGCTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100201 TCCTAGTAAATGTGTTACCATACAGAGAACATTGGATGGGAGGCTTCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         GTGGCTGGTCGGAAAGGATTTCCTCATGTGATCTATGCCCGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TT...TAGGTGGCTGGTCGGAAAGGATTTCCTCATGTGATCTATGCCCGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCTGGAGGTGGCCTGATCTTCACAAAAATGAACTAAAACATGTTAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 CTCTGGAGGTGGCCTGATCTTCACAAAAATGAACTAAAACATGTTAAATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTGTCAGTATGCGTTTGACTTAAAATGTGATAGTGTCTGTGTGAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101732 TTGTCAGTATGCGTTTGACTTAAAATGTGATAGTGTCTGTGTGAATCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCACTACGAACGAGTTGTATCACCTGGAATTG         ATCTCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101782 ATCACTACGAACGAGTTGTATCACCTGGAATTGGTA...AAGATCTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGATTAACACTGCAGAGTAATG         CTCCATCAAGTATGATGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102257 GGATTAACACTGCAGAGTAATGGTA...TAGCTCCATCAAGTATGATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGGATGAATATGTGCATGACTTTGAGGGACAGCCATCGTTGTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107754 GAAGGATGAATATGTGCATGACTTTGAGGGACAGCCATCGTTGTCCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGGACATTCAATTCAAACCATCCAGCATCCACCAAGTAATCGTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107804 AAGGACATTCAATTCAAACCATCCAGCATCCACCAAGTAATCGTGCATCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACAGAGACATACAGCACCCCAGCTCTGTTAGCCCCATCTGAGTCTAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107854 ACAGAGACATACAGCACCCCAGCTCTGTTAGCCCCATCTGAGTCTAATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TACCAGCACTGCCAACTTTCCCAACATTCCTGTGGCTTCCACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107904 TACCAGCACTGCCAACTTTCCCAACATTCCTGTGGCTTCCACAAGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668    GTCAGCCTGCCAGTATACTGGGGGGCAGCCATAGTGAAGGACTGTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111076 TAGGTCAGCCTGCCAGTATACTGGGGGGCAGCCATAGTGAAGGACTGTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGATAGCATCAGGGCCTCAGCCAGGACAGCAGCAGAATGGATTTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111126 CAGATAGCATCAGGGCCTCAGCCAGGACAGCAGCAGAATGGATTTACTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCAGCCAGCTACTTACCATCATA         ACAGCACTACCACCTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111176 TCAGCCAGCTACTTACCATCATAGTA...TAGACAGCACTACCACCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGGAAGTAGGACTGCACCATACACACCTAATTTGCCTCACCACCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111312 CTGGAAGTAGGACTGCACCATACACACCTAATTTGCCTCACCACCAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCCATCTTCAGCACCACCCGCCTATGCCGCCCCATCCCGGACATTACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111362 GGCCATCTTCAGCACCACCCGCCTATGCCGCCCCATCCCGGACATTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905         GGCCTGTTCACAATGAGCTTGCATTCCAGCCTCCCATTTCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111412 TA...TAGGGCCTGTTCACAATGAGCTTGCATTCCAGCCTCCCATTTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATCATCCTG         CTCCTGAGTATTGGTGTTCCATTGCTTACTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112862 ATCATCCTGGTA...TAGCTCCTGAGTATTGGTGTTCCATTGCTTACTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAATGGATGTTCAGGTAGGAGAGACATTTAAGGTTCCTTCAAGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118409 GAAATGGATGTTCAGGTAGGAGAGACATTTAAGGTTCCTTCAAGCTGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TATTGTTACTGTTGATGGATACGTGGACCCTTCTGGAGGAGATCGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118459 TATTGTTACTGTTGATGGATACGTGGACCCTTCTGGAGGAGATCGCTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTTTGGGTCAACTCTCCAATGTCCACAGGACAGAAGCCATTGAGAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118509 GTTTGGGTCAACTCTCCAATGTCCACAGGACAGAAGCCATTGAGAGAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AG         GTTGCACATAGGCAAAGGTGTGCAGTTGGAATGTAAAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118559 AGGTA...AAGGTTGCACATAGGCAAAGGTGTGCAGTTGGAATGTAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAAGGTGATGTTTGGGTCAGGTGCCTTAGTGACCACGCGGTCTTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120012 TGAAGGTGATGTTTGGGTCAGGTGCCTTAGTGACCACGCGGTCTTTGTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAGTTACTACTTAGACAGAGAAGCTGGGCGTGCACCTGGAGATGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120062 AGAGTTACTACTTAGACAGAGAAGCTGGGCGTGCACCTGGAGATGCTGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CATAAGATCTACCCAAGTGCATATATAAAG         GTCTTTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120112 CATAAGATCTACCCAAGTGCATATATAAAGGTT...AAGGTCTTTGATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCGTCAGTGTCATCGACAGATGCAGCAGCAGGCGGCTACTGCACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129603 GCGTCAGTGTCATCGACAGATGCAGCAGCAGGCGGCTACTGCACAAGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGCAGCTGCCCAGGCAGCAGCCGTGGCAGGAAACATCCCTGGCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129653 CAGCAGCTGCCCAGGCAGCAGCCGTGGCAGGAAACATCCCTGGCCCAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCAGTAGGTGGAATAGCTCCAGCTATCA         GTCTGTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 129703 TCAGTAGGTGGAATAGCTCCAGCTATCAGTA...TAGGTCTGTCAGCTGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGCTGGAATTGGTGTTGATGACCTTCGTCGCTTATGCATACTCAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131223 TGCTGGAATTGGTGTTGATGACCTTCGTCGCTTATGCATACTCAGGATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTTTTGTGAAAGGCTGGGGACCGGATTACCCAAGACAGAGCATCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131273 GTTTTGTGAAAGGCTGGGGACCGGATTACCCAAGACAGAGCATCAAAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ACACCTTGCTGGATTGAAATTCACTTACACCGGGCCCTCCAGCTCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131323 ACACCTTGCTGGATTGAAATTCACTTACACCGGGCCCTCCAGCTCCTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1611 CGAAGTACTTCATACCATGCCGATTGCAGACCCACAACCTTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131373 CGAAGTACTTCATACCATGCCGATTGCAGACCCACAACCTTTAGAC