seq1 = pF1KB5680.tfa, 1440 bp
seq2 = pF1KB5680/gi568815584r_104670344.tfa (gi568815584r:104670344_104892643), 222300 bp

>pF1KB5680 1440
>gi568815584r:104670344_104892643 (Chr14)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-175  (112428-112556)   100% ->
176-287  (115874-115985)   100% ->
288-435  (116845-116992)   100% ->
436-567  (117437-117568)   100% ->
568-633  (117641-117706)   100% ->
634-702  (118664-118732)   100% ->
703-828  (119064-119189)   100% ->
829-957  (119265-119393)   100% ->
958-1172  (119552-119766)   100% ->
1173-1260  (120192-120279)   100% ->
1261-1363  (121797-121899)   100% ->
1364-1440  (122224-122300)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGACGTGGCTATTGTGAAGGAGGGTTGGCTGCACAAACGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAGCGACGTGGCTATTGTGAAGGAGGGTTGGCTGCACAAACGAGGTT.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GGGAGTACATCAAGACCTGGCGGCCACGCTACTTCCTCCTCAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..TAGGGGAGTACATCAAGACCTGGCGGCCACGCTACTTCCTCCTCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGATGGCACCTTCATTGGCTACAAGGAGCGGCCGCAGGATGTGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112473 ATGATGGCACCTTCATTGGCTACAAGGAGCGGCCGCAGGATGTGGACCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTGAGGCTCCCCTCAACAACTTCTCTGTGGCGC         AGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112523 CGTGAGGCTCCCCTCAACAACTTCTCTGTGGCGCGTA...CAGAGTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGATGAAGACGGAGCGGCCCCGGCCCAACACCTTCATCATCCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115881 GCTGATGAAGACGGAGCGGCCCCGGCCCAACACCTTCATCATCCGCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGTGGACCACTGTCATCGAACGCACCTTCCATGTGGAGACTCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115931 TGCAGTGGACCACTGTCATCGAACGCACCTTCCATGTGGAGACTCCTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGCG         GGAGGAGTGGACAACCGCCATCCAGACTGTGGCTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115981 GAGCGGTA...CAGGGAGGAGTGGACAACCGCCATCCAGACTGTGGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGCCTCAAGAAGCAGGAGGAGGAGGAGATGGACTTCCGGTCGGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116881 CGGCCTCAAGAAGCAGGAGGAGGAGGAGATGGACTTCCGGTCGGGCTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGTGACAACTCAGGGGCTGAAGAGATGGAGGTGTCCCTGGCCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116931 CCAGTGACAACTCAGGGGCTGAAGAGATGGAGGTGTCCCTGGCCAAGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGCACCGCGTG         ACCATGAACGAGTTTGAGTACCTGAAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116981 AAGCACCGCGTGGTG...TAGACCATGAACGAGTTTGAGTACCTGAAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTGGGCAAGGGCACTTTCGGCAAGGTGATCCTGGTGAAGGAGAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117466 GCTGGGCAAGGGCACTTTCGGCAAGGTGATCCTGGTGAAGGAGAAGGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGCCGCTACTACGCCATGAAGATCCTCAAGAAGGAAGTCATCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117516 CAGGCCGCTACTACGCCATGAAGATCCTCAAGAAGGAAGTCATCGTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAG         GACGAGGTGGCCCACACACTCACCGAGAACCGCGTCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117566 AAGGTG...CAGGACGAGGTGGCCCACACACTCACCGAGAACCGCGTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGAACTCCAGGCACCCCTTCCTCACA         GCCCTGAAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117679 GCAGAACTCCAGGCACCCCTTCCTCACAGTG...CAGGCCCTGAAGTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTTTCCAGACCCACGACCGCCTCTGCTTTGTCATGGAGTACGCCAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118677 CTTTCCAGACCCACGACCGCCTCTGCTTTGTCATGGAGTACGCCAACGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCGAG         CTGTTCTTCCACCTGTCCCGGGAGCGTGTGTTCTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118727 GGCGAGGTA...CAGCTGTTCTTCCACCTGTCCCGGGAGCGTGTGTTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGAGGACCGGGCCCGCTTCTATGGCGCTGAGATTGTGTCAGCCCTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119099 CGAGGACCGGGCCCGCTTCTATGGCGCTGAGATTGTGTCAGCCCTGGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCTGCACTCGGAGAAGAACGTGGTGTACCGGGACCTCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 119149 ACCTGCACTCGGAGAAGAACGTGGTGTACCGGGACCTCAAGGTG...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGGAGAACCTCATGCTGGACAAGGACGGGCACATTAAGATCACAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119265 CTGGAGAACCTCATGCTGGACAAGGACGGGCACATTAAGATCACAGACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGGGCTGTGCAAGGAGGGGATCAAGGACGGTGCCACCATGAAGACCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119315 CGGGCTGTGCAAGGAGGGGATCAAGGACGGTGCCACCATGAAGACCTTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCGGCACACCTGAGTACCTGGCCCCCGAG         GTGCTGGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119365 GCGGCACACCTGAGTACCTGGCCCCCGAGGTG...CAGGTGCTGGAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATGACTACGGCCGTGCAGTGGACTGGTGGGGGCTGGGCGTGGTCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119564 AATGACTACGGCCGTGCAGTGGACTGGTGGGGGCTGGGCGTGGTCATGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CGAGATGATGTGCGGTCGCCTGCCCTTCTACAACCAGGACCATGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119614 CGAGATGATGTGCGGTCGCCTGCCCTTCTACAACCAGGACCATGAGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTTTTGAGCTCATCCTCATGGAGGAGATCCGCTTCCCGCGCACGCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119664 TTTTTGAGCTCATCCTCATGGAGGAGATCCGCTTCCCGCGCACGCTTGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCCGAGGCCAAGTCCTTGCTTTCAGGGCTGCTCAAGAAGGACCCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119714 CCCGAGGCCAAGTCCTTGCTTTCAGGGCTGCTCAAGAAGGACCCCAAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAG         GCTTGGCGGGGGCTCCGAGGACGCCAAGGAGATCATGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119764 GAGGTG...CAGGCTTGGCGGGGGCTCCGAGGACGCCAAGGAGATCATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGCATCGCTTCTTTGCCGGTATCGTGTGGCAGCACGTGTACGAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120230 AGCATCGCTTCTTTGCCGGTATCGTGTGGCAGCACGTGTACGAGAAGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261          CTCAGCCCACCCTTCAAGCCCCAGGTCACGTCGGAGACTGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120280 GTG...CAGCTCAGCCCACCCTTCAAGCCCCAGGTCACGTCGGAGACTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CACCAGGTATTTTGATGAGGAGTTCACGGCCCAGATGATCACCATCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121838 CACCAGGTATTTTGATGAGGAGTTCACGGCCCAGATGATCACCATCACAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CACCTGACCAAG         ATGACAGCATGGAGTGTGTGGACAGCGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 121888 CACCTGACCAAGGTG...CAGATGACAGCATGGAGTGTGTGGACAGCGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1393 CGCAGGCCCCACTTCCCCCAGTTCTCCTACTCGGCCAGCGGCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122253 CGCAGGCCCCACTTCCCCCAGTTCTCCTACTCGGCCAGCGGCACGGCC