seq1 = pF1KB5677.tfa, 1011 bp
seq2 = pF1KB5677/gi568815597f_77905111.tfa (gi568815597f:77905111_78116244), 211134 bp

>pF1KB5677 1011
>gi568815597f:77905111_78116244 (Chr1)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-780  (107941-108509)   99% ->
781-1011  (110904-111134)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAAGACTATTATTGCATTTTGGGAATTGAGAAAGGAGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAAGACTATTATTGCATTTTGGGAATTGAGAAAGGAGCTTCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGATATTAAAAAGGCTTACCGAAAACAAGCCCTCAAATTTCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGATATTAAAAAGGCTTACCGAAAACAAGCCCTCAAATTTCATCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAAGAACAAATCTCCTCAGGCAGAGGAAAAATTTAAAGAGGTCGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAAGAACAAATCTCCTCAGGCAGAGGAAAAATTTAAAGAGGTCGCAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTATGAAGTATTGAGTGATCCTAAAAAGAGAGAAATATATGATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTTATGAAGTATTGAGTGATCCTAAAAAGAGAGAAATATATGATCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGGGAGGAAG         GGTTGAAAGGAGGAGCAGGAGGTACTGATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGGGAGGAAGGTA...TAGGGTTGAAAGGAGGAGCAGGAGGTACTGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GACAAGGAGGTACCTTCCGGTACACCTTTCATGGCGATCCTCATGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107971 GACAAGGAGGTACCTTCCGGTACACCTTTCATGGCGATCCTCATGCTACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGCTGCATTTTTCGGAGGGTCCAACCCCTTTGAAATTTTCTTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108021 TTTGCTGCATTTTTCGGAGGGTCCAACCCCTTTGAAATTTTCTTTGGAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACGAATGGGTGGTGGTAGAGATTCTGAAGAAATGGAAATAGATGGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108071 ACGAATGGGTGGTGGTAGAGATTCTGAAGAAATGGAAATAGATGGTGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTTAGTGCCTTTGGTTTCAGCATGAATGGATATCCAAGAGACAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108121 CTTTTAGTGCCTTTGGTTTCAGCATGAATGGATATCCAAGAGACAGGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTGTGGGGCCATCCCGCCTCAAACAAGATCCTCCAGTTATTCATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108171 TCTGTGGGGCCATCCCGCCTCAAACAAGATCCTCCAGTTATTCATGAACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAGAGTATCACTTGAAGAGATATATAGTGGTTGTACCAAACGGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108221 TAGAGTATCACTTGAAGAGATATATAGTGGTTGTACCAAACGGATGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTCTCGAAAAAGGCTAAACGCTGATGGAAGGAGTTACAGATCTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108271 TTTCTCGAAAAAGGCTAAACGCTGATGGAAGGAGTTACAGATCTGAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAAATTCTTACCATTGAGATTAAAAAAGGGCGGAAAGAAGGCACCAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 108321 AAAATTCTTACCATTGAGATTAAAAAAGGGTGGAAAGAAGGCACCAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TACTTTTCCAAGAGAAGGAGATGAAACACCAAATAGTATTCCAGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108371 TACTTTTCCAAGAGAAGGAGATGAAACACCAAATAGTATTCCAGCAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTGTTTTTATCATTAAAGACAAAGATCATCCAAAATTTAAAAGGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108421 TTGTTTTTATCATTAAAGACAAAGATCATCCAAAATTTAAAAGGGATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCAAATATAATTTATACTGCTAAAATTAGTTTACGAGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108471 TCAAATATAATTTATACTGCTAAAATTAGTTTACGAGAGGTA...TAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATTGTGTGGCTGCTCAATTAATGTACCAACACTGGATGGAAGAAACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110906 ATTGTGTGGCTGCTCAATTAATGTACCAACACTGGATGGAAGAAACATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTATGTCAGTAAATGATATTGTGAAACCCGGAATGAGGAGAAGAATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110956 CTATGTCAGTAAATGATATTGTGAAACCCGGAATGAGGAGAAGAATTATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGATATGGGCTGCCATTTCCAAAAAATCCTGACCAACGTGGTGACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111006 GGATATGGGCTGCCATTTCCAAAAAATCCTGACCAACGTGGTGACCTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AATAGAATTTGAGGTGTCCTTCCCAGATACTATATCTTCTTCATCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111056 AATAGAATTTGAGGTGTCCTTCCCAGATACTATATCTTCTTCATCCAAAG

   1000     .    :    .    :    .
    983 AAGTACTTAGGAAACATCTTCCTGCCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||
 111106 AAGTACTTAGGAAACATCTTCCTGCCTCA