seq1 = pF1KB5673.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KB5673/gi568815597f_179202685.tfa (gi568815597f:179202685_179453638), 250954 bp

>pF1KB5673 1650
>gi568815597f:179202685_179453638 (Chr1)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-177  (120753-120811)   100% ->
178-329  (132822-132973)   100% ->
330-389  (135153-135212)   100% ->
390-497  (136754-136861)   100% ->
498-780  (138344-138626)   100% ->
781-859  (139430-139508)   100% ->
860-941  (140178-140259)   100% ->
942-987  (140906-140951)   100% ->
988-1117  (142263-142392)   100% ->
1118-1215  (144916-145013)   100% ->
1216-1314  (146160-146258)   100% ->
1315-1450  (147612-147747)   100% ->
1451-1596  (148633-148778)   100% ->
1597-1650  (150901-150954)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGGTGAAGAGAAGATGTCTCTAAGAAACCGGCTGTCAAAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGGTGAAGAGAAGATGTCTCTAAGAAACCGGCTGTCAAAGTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAAATCCTGAGGAAGATGAAGACCAGAGAAACCCTGCAAAGGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAAATCCTGAGGAAGATGAAGACCAGAGAAACCCTGCAAAGGAGTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAGACACCTAGTAATG         GTCGAATTGACATAAAACAGTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TAGAGACACCTAGTAATGGTG...TAGGTCGAATTGACATAAAACAGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAGCAAAGAAGATAAAGTTGACAGCAGAGGCAGAG         GAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120776 ATAGCAAAGAAGATAAAGTTGACAGCAGAGGCAGAGGCA...TAGGAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGCCATTTTTTATGAAGGAAGTTGGCAGTCACTTTGATGATTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132827 GAAGCCATTTTTTATGAAGGAAGTTGGCAGTCACTTTGATGATTTTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAATCTCATTGAAAAGTCAGCATCATTAGATAATGGTGGGTGCGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132877 CCAATCTCATTGAAAAGTCAGCATCATTAGATAATGGTGGGTGCGCTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAACCTTTTCTGTTCTTGAAGGAGAGAAAAACAACCATAGAGCGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 132927 ACAACCTTTTCTGTTCTTGAAGGAGAGAAAAACAACCATAGAGCGAAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330       GGATTTGAGAGCACCTCCAGAACAAGGAAAGATTTTTATTGCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132977 ...CAGGGATTTGAGAGCACCTCCAGAACAAGGAAAGATTTTTATTGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCGCTCTCTCTTAGA         TGAACTGCTTGAAGTGGACCACATC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 135197 GGCGCTCTCTCTTAGAGTG...CAGTGAACTGCTTGAAGTGGACCACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAACAATATATCACATGTTTATTGCCCTCCTCATTCTCTTTATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136779 AGAACAATATATCACATGTTTATTGCCCTCCTCATTCTCTTTATCCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACACTTGTAGTAGATTACATTGATGAAGGAAG         GCTGGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136829 CACACTTGTAGTAGATTACATTGATGAAGGAAGGTA...CAGGCTGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGAGTTCAGCCTCCTGTCTTATGCTTTTGGCAAATTTCCTACCGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138352 TTGAGTTCAGCCTCCTGTCTTATGCTTTTGGCAAATTTCCTACCGTTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGGACCTGGTGGATCATGTTCCTGTCTACATTTTCAGTTCCCTATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138402 TGGACCTGGTGGATCATGTTCCTGTCTACATTTTCAGTTCCCTATTTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTTCAACATTGGGCCACTGGCTATAGCAAGAGTTCTCATCCGCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138452 GTTTCAACATTGGGCCACTGGCTATAGCAAGAGTTCTCATCCGCTGATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTCTCTCTTCCATGGCTTTCTTTTCATGATCTTCCAGATTGGAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138502 GTTCTCTCTTCCATGGCTTTCTTTTCATGATCTTCCAGATTGGAGTTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGTTTTGGACCAACATATGTTGTGTTAGCATATACACTGCCACCAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138552 GGTTTTGGACCAACATATGTTGTGTTAGCATATACACTGCCACCAGCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGGTTCATCATTATATTCGAGCAG         ATTCGTTTTGTAATGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138602 CCGGTTCATCATTATATTCGAGCAGGTA...TAGATTCGTTTTGTAATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGCCCACTCATTTGTCAGAGAGAACGTGCCTCGGGTACTAAATTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139446 AGGCCCACTCATTTGTCAGAGAGAACGTGCCTCGGGTACTAAATTCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGGAGAAATCAA         GCACTGTTCCAATACCTACAGTCAACCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 139496 AAGGAGAAATCAAGTA...TAGGCACTGTTCCAATACCTACAGTCAACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTATTTGTACTTCTTATTTGCTCCTACCCTTATCTACCGTGACAGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140206 GTATTTGTACTTCTTATTTGCTCCTACCCTTATCTACCGTGACAGCTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCAG         GAATCCCACTGTAAGATGGGGTTATGTCGCTATGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140256 CCAGGTA...CAGGAATCCCACTGTAAGATGGGGTTATGTCGCTATGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTGCACAG         GTCTTTGGTTGCTTTTTCTATGTGTACTACAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 140943 TTTGCACAGGTA...CAGGTCTTTGGTTGCTTTTTCTATGTGTACTACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTTGAAAGGCTTTGTGCCCCCTTGTTTCGGAATATCAAACAGGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142295 CTTTGAAAGGCTTTGTGCCCCCTTGTTTCGGAATATCAAACAGGAGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCAGCGCTCGTGTTCTGGTCCTATGTGTATTTAACTCCATCTTGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 142345 TCAGCGCTCGTGTTCTGGTCCTATGTGTATTTAACTCCATCTTGCCAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1118        GTGTGCTGATTCTCTTCCTTACTTTTTTTGCCTTTTTGCACTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142395 A...TAGGTGTGCTGATTCTCTTCCTTACTTTTTTTGCCTTTTTGCACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTGGCTCAATGCCTTTGCTGAGATGTTACGCTTTGGTGACAGGATGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144959 CTGGCTCAATGCCTTTGCTGAGATGTTACGCTTTGGTGACAGGATGTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATAAG         GATTGGTGGAACTCCACGTCATACTCCAACTATTAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145009 ATAAGGTA...CAGGATTGGTGGAACTCCACGTCATACTCCAACTATTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AGAACCTGGAATGTGGTGGTCCATGACTGGCTATATTACTATGCTTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146196 AGAACCTGGAATGTGGTGGTCCATGACTGGCTATATTACTATGCTTACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGACTTTCTCTGG         TTTTTCTCCAAGAGATTCAAATCTGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 146246 GGACTTTCTCTGGGTA...TAGTTTTTCTCCAAGAGATTCAAATCTGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCATGTTAGCTGTCTTTGCTGTATCTGCTGTAGTACACGAATATGCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147640 CCATGTTAGCTGTCTTTGCTGTATCTGCTGTAGTACACGAATATGCCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCTGTTTGCTTGAGCTTTTTCTATCCCGTGCTCTTCGTGCTCTTCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147690 GCTGTTTGCTTGAGCTTTTTCTATCCCGTGCTCTTCGTGCTCTTCATGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTTTGGAA         TGGCTTTCAACTTCATTGTCAATGATAGTCGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 147740 CTTTGGAAGTA...TAGTGGCTTTCAACTTCATTGTCAATGATAGTCGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AAAAGCCGATTTGGAATGTTCTGATGTGGACTTCTCTTTTCTTGGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148666 AAAAGCCGATTTGGAATGTTCTGATGTGGACTTCTCTTTTCTTGGGCAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GGAGTCTTACTCTGCTTTTATTCTCAAGAATGGTATGCACGTCAGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148716 GGAGTCTTACTCTGCTTTTATTCTCAAGAATGGTATGCACGTCAGCACTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCCTCTGAAAAAT         CCCACATTTTTGGATTATGTCCGGCCAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 148766 TCCTCTGAAAAATGTG...CAGCCCACATTTTTGGATTATGTCCGGCCAC

   1750     .    :    .    :    .
   1625 GTTCCTGGACTTGTCGTTACGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||
 150929 GTTCCTGGACTTGTCGTTACGTGTTT