seq1 = pF1KB5662.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB5662/gi568815590f_125330903.tfa (gi568815590f:125330903_125536468), 205566 bp

>pF1KB5662 1116
>gi568815590f:125330903_125536468 (Chr8)

1-360  (100001-100360)   100% ->
361-653  (102415-102707)   100% ->
654-1116  (105104-105566)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGTCGGTCCGGTGCGCTCTGCCATGAGCGGCGCCTCGCAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGTCGGTCCGGTGCGCTCTGCCATGAGCGGCGCCTCGCAGCCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCCCGGCCCTGCTCTTCCCAGCCACCCGAGGCGTCCCGGCCAAACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCCCGGCCCTGCTCTTCCCAGCCACCCGAGGCGTCCCGGCCAAACGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGACGCCGACGACGCGGCGGCTGTGGCGGCCAAGTGCCCGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGACGCCGACGACGCGGCGGCTGTGGCGGCCAAGTGCCCGCGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGAGTGCTCCAGCCCCCCGGACTACCTCAGCCCCCCCGGCTCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGAGTGCTCCAGCCCCCCGGACTACCTCAGCCCCCCCGGCTCGCCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCCGCAGCCCCCGCCTGCCGCTCCGGGGGCCGGCGGAGGCTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCCGCAGCCCCCGCCTGCCGCTCCGGGGGCCGGCGGAGGCTCCGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGCGCCGGGGCCCAGCCGCATCGCCGACTACCTGCTGCTGCCCCTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGCGCCGGGGCCCAGCCGCATCGCCGACTACCTGCTGCTGCCCCTAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGCGCGAGCATGTGTCCCGGGCGCTGTGCATCCACACTGGACGCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGCGCGAGCATGTGTCCCGGGCGCTGTGCATCCACACTGGACGCGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCGCTGCAAG         GTGTTTCCCATTAAACACTACCAGGACAAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCGCTGCAAGGTA...CAGGTGTTTCCCATTAAACACTACCAGGACAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAGGCCTTACATCCAGCTGCCATCGCACAGCAACATTACTGGCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102446 TCAGGCCTTACATCCAGCTGCCATCGCACAGCAACATTACTGGCATTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAGTGATCCTTGGGGAAACCAAGGCCTATGTCTTCTTTGAGAAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102496 GAAGTGATCCTTGGGGAAACCAAGGCCTATGTCTTCTTTGAGAAGGACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGGGGACATGCACTCCTATGTGCGAAGCCGGAAGAGGCTGCGGGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102546 TGGGGACATGCACTCCTATGTGCGAAGCCGGAAGAGGCTGCGGGAAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGCCGCCCGGCTCTTCAAGCAGATTGTCTCCGCCGTCGCCCACTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102596 AAGCCGCCCGGCTCTTCAAGCAGATTGTCTCCGCCGTCGCCCACTGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGTCAGCCATCGTGCTGGGGGACCTGAAGCTTAGGAAGTTCGTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102646 CAGTCAGCCATCGTGCTGGGGGACCTGAAGCTTAGGAAGTTCGTCTTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CACGGAGGAGAG         AACCCAGCTTAGACTAGAAAGTCTAGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102696 CACGGAGGAGAGGTG...CAGAACCCAGCTTAGACTAGAAAGTCTAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACACACACATAATGAAGGGGGAAGATGATGCTTTGTCAGACAAACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105133 ACACACACATAATGAAGGGGGAAGATGATGCTTTGTCAGACAAACATGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGCCCAGCCTACGTGAGCCCTGAGATCCTCAACACCACTGGGACCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105183 TGCCCAGCCTACGTGAGCCCTGAGATCCTCAACACCACTGGGACCTACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CGGAAAGGCTGCGGACGTTTGGAGCCTGGGGGTGATGCTCTACACCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105233 CGGAAAGGCTGCGGACGTTTGGAGCCTGGGGGTGATGCTCTACACCCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGTTGGACGATACCCCTTCCATGACTCAGACCCCAGTGCCCTTTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105283 TGGTTGGACGATACCCCTTCCATGACTCAGACCCCAGTGCCCTTTTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AAAATTCGGCGTGGACAGTTCTGCATTCCTGAGCACATTTCCCCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105333 AAAATTCGGCGTGGACAGTTCTGCATTCCTGAGCACATTTCCCCCAAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CAGGTGCCTCATTCGCAGCCTCTTGAGACGGGAGCCCTCCGAGAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105383 CAGGTGCCTCATTCGCAGCCTCTTGAGACGGGAGCCCTCCGAGAGACTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTGCCCCCGAGATCCTACTGCACCCCTGGTTTGAGTCCGTCTTGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105433 CTGCCCCCGAGATCCTACTGCACCCCTGGTTTGAGTCCGTCTTGGAACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGGTACATCGACTCAGAAATAGGAACTTCAGACCAGATTGTTCCAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105483 GGGTACATCGACTCAGAAATAGGAACTTCAGACCAGATTGTTCCAGAGTA

   1100     .    :    .    :    .    :
   1083 CCAGGAGGACAGTGACATTAGTTCCTTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105533 CCAGGAGGACAGTGACATTAGTTCCTTCTTCTGC