seq1 = pF1KB5659.tfa, 924 bp
seq2 = pF1KB5659/gi568815595r_120296955.tfa (gi568815595r:120296955_120550746), 253792 bp

>pF1KB5659 924
>gi568815595r:120296955_120550746 (Chr3)

(complement)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-168  (134720-134824)   100% ->
169-298  (138764-138893)   100% ->
299-331  (139763-139795)   100% ->
332-462  (141085-141215)   100% ->
463-581  (145776-145894)   100% ->
582-694  (147393-147505)   100% ->
695-805  (147829-147939)   100% ->
806-882  (150788-150864)   100% ->
883-924  (153751-153792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAAACGCTGGCTCGCGCTCGCGCTCGCGCTGGTGGCGGTCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAAACGCTGGCTCGCGCTCGCGCTCGCGCTGGTGGCGGTCGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCGCGCCGAG         GAAGAGCTAAGGAGCAAATCCAAGATCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCGCGCCGAGGTA...TAGGAAGAGCTAAGGAGCAAATCCAAGATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCCAATGTGTTTTGTGGAGCCGGCCGGGAATGTGCAGTCACAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134748 GTGCCAATGTGTTTTGTGGAGCCGGCCGGGAATGTGCAGTCACAGAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAACCCACCTGTCTCTGCATTGAG         CAATGCAAACCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 134798 GGGGAACCCACCTGTCTCTGCATTGAGGTA...CAGCAATGCAAACCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGAGGCCTGTGTGTGGCAGTAATGGCAAGACCTACCTCAACCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138778 CAAGAGGCCTGTGTGTGGCAGTAATGGCAAGACCTACCTCAACCACTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTGCATCGAGATGCCTGCCTCACTGGATCCAAAATCCAGGTTGATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138828 AACTGCATCGAGATGCCTGCCTCACTGGATCCAAAATCCAGGTTGATTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGGACACTGCAAAG         AGAAGAAATCCGTAAGTCCATCTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 138878 GATGGACACTGCAAAGGTA...CAGAGAAGAAATCCGTAAGTCCATCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCCCAG         TTGTTTGCTATCAGTCCAACCGTGATGAGCTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 139788 CAGCCCAGGTG...CAGTTGTTTGCTATCAGTCCAACCGTGATGAGCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GACGTCGCATCATCCAGTGGCTGGAAGCTGAGATCATTCCAGATGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141118 GACGTCGCATCATCCAGTGGCTGGAAGCTGAGATCATTCCAGATGGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCTCTAAAGGCAGCAACTACAGTGAAATCCTAGACAAGTATTTTAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 141168 TTCTCTAAAGGCAGCAACTACAGTGAAATCCTAGACAAGTATTTTAAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        AACTTTGATAATGGTGATTCTCGCCTGGACTCCAGTGAATTCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141218 A...TAGAACTTTGATAATGGTGATTCTCGCCTGGACTCCAGTGAATTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAAGTTTGTGGAACAGAATGAAACTGCCATCAATATTACAACGTATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145819 TGAAGTTTGTGGAACAGAATGAAACTGCCATCAATATTACAACGTATCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACCAGGAGAACAACAAGTTGCTTAG         GGGACTCTGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 145869 GACCAGGAGAACAACAAGTTGCTTAGGTG...CAGGGGACTCTGTGTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCTCTCATTGAACTGTCTGATGAAAATGCTGATTGGAAACTCAGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147408 TGCTCTCATTGAACTGTCTGATGAAAATGCTGATTGGAAACTCAGCTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AAGAGTTTCTCAAGTGCCTCAACCCATCTTTCAACCCTCCTGAGAAGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 147458 AAGAGTTTCTCAAGTGCCTCAACCCATCTTTCAACCCTCCTGAGAAGAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695        AGTGTGCCCTGGAGGATGAAACGTATGCAGATGGAGCTGAGAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147508 A...CAGAGTGTGCCCTGGAGGATGAAACGTATGCAGATGGAGCTGAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGAGGTGGACTGTAACCGCTGTGTCTGTGCCTGTGGAAATTGGGTCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147872 CGAGGTGGACTGTAACCGCTGTGTCTGTGCCTGTGGAAATTGGGTCTGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAGCCATGACCTGTGACG         GAAAGAATCAGAAGGGGGCCCAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 147922 CAGCCATGACCTGTGACGGTG...CAGGAAAGAATCAGAAGGGGGCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACCCAGACAGAGGAGGAGATGACCAGATATGTCCAGGAGCTCCAAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150811 ACCCAGACAGAGGAGGAGATGACCAGATATGTCCAGGAGCTCCAAAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCAG         GAAACAGCTGAAAAGACCAAGAGAGTGAGCACCAAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150861 TCAGGTG...AAGGAAACAGCTGAAAAGACCAAGAGAGTGAGCACCAAAG

   1000     .
    920 AGATC
        |||||
 153788 AGATC