seq1 = pF1KB5654.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB5654/gi568815597r_150633049.tfa (gi568815597r:150633049_150864763), 231715 bp

>pF1KB5654 993
>gi568815597r:150633049_150864763 (Chr1)

(complement)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-249  (106784-106906)   100% ->
250-399  (109614-109763)   99% ->
400-627  (112756-112983)   100% ->
628-793  (114593-114758)   100% ->
794-896  (116885-116987)   100% ->
897-993  (131619-131715)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACGGCTGGTTTGTGTGCTCTTGGTGTGCTCCTCTGCAGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACGGCTGGTTTGTGTGCTCTTGGTGTGCTCCTCTGCAGTGGCACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTGCATAAAGATCCTACCCTGGATCACCACTGGCATCTCTGGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTGCATAAAGATCCTACCCTGGATCACCACTGGCATCTCTGGAAGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTATGGCAAACAATACAAGGAAAAG         AATGAAGAAGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CCTATGGCAAACAATACAAGGAAAAGGTA...TAGAATGAAGAAGCAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGACGTCTCATCTGGGAAAAGAATCTAAAGTTTGTGATGCTTCACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106799 CGACGTCTCATCTGGGAAAAGAATCTAAAGTTTGTGATGCTTCACAACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCATTCAATGGGAATGCACTCATACGATCTGGGCATGAACCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106849 GGAGCATTCAATGGGAATGCACTCATACGATCTGGGCATGAACCACCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAGACATG         ACCAGTGAAGAAGTGATGTCTTTGATGAGTTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106899 GAGACATGGTA...TAGACCAGTGAAGAAGTGATGTCTTTGATGAGTTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGAGAGTTCCCAGCCAGTGGCAGAGAAATATCACATATAAGTCAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109647 CTGAGAGTTCCCAGCCAGTGGCAGAGAAATATCACATATAAGTCAAACCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAATTGGATATTGCCTGATTCTGTGGACTGGAGAGAGAAAGGGTGTGTTA
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109697 TAATCGGATATTGCCTGATTCTGTGGACTGGAGAGAGAAAGGGTGTGTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGAAGTGAAATATCAA         GGTTCTTGTGGTGCTTGCTGGGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109747 CTGAAGTGAAATATCAAGTG...TAGGGTTCTTGTGGTGCTTGCTGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCAGTGCTGTGGGGGCCCTGGAAGCACAGCTGAAGCTGAAAACAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112780 TTCAGTGCTGTGGGGGCCCTGGAAGCACAGCTGAAGCTGAAAACAGGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGGTGTCTCTCAGTGCCCAGAACCTGGTGGATTGCTCAACTGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112830 GCTGGTGTCTCTCAGTGCCCAGAACCTGGTGGATTGCTCAACTGAAAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATGGAAACAAAGGCTGCAATGGTGGCTTCATGACAACGGCTTTCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112880 ATGGAAACAAAGGCTGCAATGGTGGCTTCATGACAACGGCTTTCCAGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCATTGATAACAAGGGCATCGACTCAGACGCTTCCTATCCCTACAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112930 ATCATTGATAACAAGGGCATCGACTCAGACGCTTCCTATCCCTACAAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATG         GATCAGAAATGTCAATATGACTCAAAATATCGTGCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112980 CATGGTG...CAGGATCAGAAATGTCAATATGACTCAAAATATCGTGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCACATGTTCAAAGTACACTGAACTTCCTTATGGCAGAGAAGATGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114630 CCACATGTTCAAAGTACACTGAACTTCCTTATGGCAGAGAAGATGTCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAGAAGCTGTGGCCAATAAAGGCCCAGTGTCTGTTGGTGTAGATGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114680 AAAGAAGCTGTGGCCAATAAAGGCCCAGTGTCTGTTGGTGTAGATGCGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCATCCTTCTTTCTTCCTCTACAGAAGTG         GTGTCTACTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114730 TCATCCTTCTTTCTTCCTCTACAGAAGTGGTA...CAGGTGTCTACTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACCATCCTGTACTCAGAATGTGAATCATGGTGTACTTGTGGTTGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116897 AACCATCCTGTACTCAGAATGTGAATCATGGTGTACTTGTGGTTGGCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGTGATCTTAATGGGAAAGAATACTGGCTTGTGAAAAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116947 GGTGATCTTAATGGGAAAGAATACTGGCTTGTGAAAAACAGGTA...AAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGGGGCCACAACTTTGGTGAAGAAGGATATATTCGGATGGCAAGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131619 CTGGGGCCACAACTTTGGTGAAGAAGGATATATTCGGATGGCAAGAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    947 AAGGAAATCATTGTGGGATTGCTAGCTTTCCCTCTTACCCAGAAATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131669 AAGGAAATCATTGTGGGATTGCTAGCTTTCCCTCTTACCCAGAAATC