seq1 = pF1KB5651.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KB5651/gi568815595r_149420808.tfa (gi568815595r:149420808_149757306), 336499 bp

>pF1KB5651 1200
>gi568815595r:149420808_149757306 (Chr3)

(complement)

1-431  (100001-100431)   100% ->
432-568  (184307-184443)   100% ->
569-771  (214770-214972)   100% ->
772-905  (229338-229471)   100% ->
906-1018  (231182-231294)   100% ->
1019-1200  (236318-236499)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCCGGCCTCGGCGCCCCCTCCGCTCCCGCCGCCTGGGCAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATCCGGCCTCGGCGCCCCCTCCGCTCCCGCCGCCTGGGCAGCAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCACGTCACGCAGGACCTAGACACAGACCTCGAAGCCCTCTTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCACGTCACGCAGGACCTAGACACAGACCTCGAAGCCCTCTTCAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTCATGAATCCGAAGCCTAGCTCGTGGCGGAAGAAGATCCTGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTCATGAATCCGAAGCCTAGCTCGTGGCGGAAGAAGATCCTGCCGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTTTCTTTAAGGAGCCTGATTCGGGCTCGCACTCGCGCCAGTCCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTTTCTTTAAGGAGCCTGATTCGGGCTCGCACTCGCGCCAGTCCAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACTCGTCGGGCGGCCACCCGGGGCCTCGACTGGCTGGGGGTGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGACTCGTCGGGCGGCCACCCGGGGCCTCGACTGGCTGGGGGTGCCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTCCGCTCGCACTCGTCGCCCGCGTCCCTGCAGCTGGGCACCGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTCCGCTCGCACTCGTCGCCCGCGTCCCTGCAGCTGGGCACCGGCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTGCTGCGGGTAGCCCCGCGCAGCAGCACGCGCACCTCCGCCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTGCTGCGGGTAGCCCCGCGCAGCAGCACGCGCACCTCCGCCAGCAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACGACGTGACCGACGAGCTGCCACTGCCCCCGGGCTGGGAGATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACGACGTGACCGACGAGCTGCCACTGCCCCCGGGCTGGGAGATGACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACGGCCACTGGCCAGAGGTACTTCCTCAA         TCACATAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100401 TCACGGCCACTGGCCAGAGGTACTTCCTCAAGTA...TAGTCACATAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAAATCACCACATGGCAAGACCCTAGGAAGGCGATGAATCAGCCTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184317 AAAATCACCACATGGCAAGACCCTAGGAAGGCGATGAATCAGCCTCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCATATGAACCTCCACCCTGCCGTCAGTTCCACACCAGTGCCTCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184367 TCATATGAACCTCCACCCTGCCGTCAGTTCCACACCAGTGCCTCAGAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCATGGCAGTATCCCAGCCAAATCTCG         TGATGAATCACCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 184417 CCATGGCAGTATCCCAGCCAAATCTCGGTA...CAGTGATGAATCACCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CACCAGCAGCAGATGGCCCCCAGTACCCTGAGCCAGCAGAACCACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214784 CACCAGCAGCAGATGGCCCCCAGTACCCTGAGCCAGCAGAACCACCCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCAGAACCCACCCGCAGGGCTCATGAGTATGCCCAATGCGCTGACCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214834 TCAGAACCCACCCGCAGGGCTCATGAGTATGCCCAATGCGCTGACCACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCAGCAGCAGCAGCAGAAACTGCGGCTTCAGAGAATCCAGATGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214884 AGCAGCAGCAGCAGCAGAAACTGCGGCTTCAGAGAATCCAGATGGAGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAAAGGATTCGAATGCGCCAAGAGGAGCTCATGAGGCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 214934 GAAAGGATTCGAATGCGCCAAGAGGAGCTCATGAGGCAGGTA...TAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AGCTGCCCTCTGTCGACAGCTCCCCATGGAAGCTGAGACTCTTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229340 AGCTGCCCTCTGTCGACAGCTCCCCATGGAAGCTGAGACTCTTGCCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTCAGGCTGCTGTCAACCCACCCACGATGACCCCAGACATGAGATCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229390 TTCAGGCTGCTGTCAACCCACCCACGATGACCCCAGACATGAGATCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACTAATAATAGCTCAGATCCTTTCCTCAATGG         AGGGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 229440 ACTAATAATAGCTCAGATCCTTTCCTCAATGGGTA...CAGAGGGCCATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCATTCGAGGGAGCAGAGCACTGACAGTGGCCTGGGGTTAGGGTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231191 TCATTCGAGGGAGCAGAGCACTGACAGTGGCCTGGGGTTAGGGTGCTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GTGTCCCCACAACTCCGGAGGACTTCCTCAGCAATGTGGATGAGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231241 GTGTCCCCACAACTCCGGAGGACTTCCTCAGCAATGTGGATGAGATGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACAG         GAGAAAACGCAGGACAAACACCCATGAACATCAATCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231291 ACAGGTA...TAGGAGAAAACGCAGGACAAACACCCATGAACATCAATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAACAGACCCGTTTCCCTGATTTCCTTGACTGTCTTCCAGGAACAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236355 CCAACAGACCCGTTTCCCTGATTTCCTTGACTGTCTTCCAGGAACAAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGACTTAGGAACTTTGGAATCTGAAGACCTGATCCCCCTCTTCAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236405 TTGACTTAGGAACTTTGGAATCTGAAGACCTGATCCCCCTCTTCAATGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1156 GTAGAGTCTGCTCTGAACAAAAGTGAGCCCTTTCTAACCTGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236455 GTAGAGTCTGCTCTGAACAAAAGTGAGCCCTTTCTAACCTGGCTG