seq1 = pF1KB5649.tfa, 2217 bp
seq2 = pF1KB5649/gi568815593f_149877653.tfa (gi568815593f:149877653_150081810), 204158 bp

>pF1KB5649 2217
>gi568815593f:149877653_150081810 (Chr5)

1-699  (100001-100699)   100% ->
700-2217  (102641-104158)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTCAGAAAGTAAAGAGCAACATAACGTTTCACCCAGAGACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTCAGAAAGTAAAGAGCAACATAACGTTTCACCCAGAGACTCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGGAAATGACAGTTATCCATCTGGGATCCATCTGGAACTTCAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGGAAATGACAGTTATCCATCTGGGATCCATCTGGAACTTCAAAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATCAAGTACTGACTTCAAGCAATTTGAGACCAATGATCAATGCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATCAAGTACTGACTTCAAGCAATTTGAGACCAATGATCAATGCAGACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATCATAGGATCCTTATTGAGCGTCAAGAGAAATCAGATACAAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATCATAGGATCCTTATTGAGCGTCAAGAGAAATCAGATACAAACTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGTTTGTTATTAAAAAGCTGCAGAAGAATTGCCAGTGCAGTCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGTTTGTTATTAAAAAGCTGCAGAAGAATTGCCAGTGCAGTCCAGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AAGCCAAAAATATGATTTTAGGTTTCCTTCCTGTTTTGCAGTGGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AAGCCAAAAATATGATTTTAGGTTTCCTTCCTGTTTTGCAGTGGCTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAATACGACCTAAAGAAAAACATTTTAGGGGATGTGATGTCAGGCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAATACGACCTAAAGAAAAACATTTTAGGGGATGTGATGTCAGGCTTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTGGGCATATTATTGGTGCCCCAGTCCATTGCTTATTCCCTGCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTGGGCATATTATTGGTGCCCCAGTCCATTGCTTATTCCCTGCTGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCAAGAACCTGTCTATGGTCTGTACACATCTTTTTTTGCCAGCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCAAGAACCTGTCTATGGTCTGTACACATCTTTTTTTGCCAGCATCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATTTTCTCTTGGGTACCTCCCGTCACATCTCTGTGGGCATTTTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATTTTCTCTTGGGTACCTCCCGTCACATCTCTGTGGGCATTTTTGGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ACTGTGCCTTATGATTGGTGAGACAGTTGACCGAGAACTACAGAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ACTGTGCCTTATGATTGGTGAGACAGTTGACCGAGAACTACAGAAAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCTATGACAATGCCCATAGTGCTCCTTCCTTAGGAATGGTTTCAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCTATGACAATGCCCATAGTGCTCCTTCCTTAGGAATGGTTTCAAATGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCACATTATTAAATCATACATCAGACAGGATATGTGACAAAAGTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGCACATTATTAAATCATACATCAGACAGGATATGTGACAAAAGTTGCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCAATTATGGTTGGCAGCACTGTAACCTTTATAGCTGGAGTTTATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100651 TGCAATTATGGTTGGCAGCACTGTAACCTTTATAGCTGGAGTTTATCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700         GTAGCGATGGGCTTCTTTCAAGTGGGTTTTGTTTCTGTCTAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TA...CAGGTAGCGATGGGCTTCTTTCAAGTGGGTTTTGTTTCTGTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTCTCAGATGCCTTGCTGAGTGGATTTGTCACTGGTGCCTCCTTCACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102683 CTCTCAGATGCCTTGCTGAGTGGATTTGTCACTGGTGCCTCCTTCACTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TCTTACATCTCAGGCCAAGTATCTTCTTGGGCTCAACCTTCCTCGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102733 TCTTACATCTCAGGCCAAGTATCTTCTTGGGCTCAACCTTCCTCGGACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATGGTGTGGGCTCACTCATCACTACCTGGATACATGTCTTCAGAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102783 ATGGTGTGGGCTCACTCATCACTACCTGGATACATGTCTTCAGAAACATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CATAAGACCAATCTCTGTGATCTTATCACCAGCCTTTTGTGCCTTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102833 CATAAGACCAATCTCTGTGATCTTATCACCAGCCTTTTGTGCCTTTTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCTTTTGCCAACCAAAGAACTCAATGAACACTTCAAATCCAAGCTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102883 TCTTTTGCCAACCAAAGAACTCAATGAACACTTCAAATCCAAGCTTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CACCGATTCCTATTGAACTTGTTGTTGTTGTAGCAGCCACATTAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102933 CACCGATTCCTATTGAACTTGTTGTTGTTGTAGCAGCCACATTAGCCTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CATTTTGGAAAACTACATGAAAATTATAATTCTAGTATTGCTGGACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102983 CATTTTGGAAAACTACATGAAAATTATAATTCTAGTATTGCTGGACATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TCCCACTGGGTTTATGCCACCCAAAGTACCAGAATGGAACCTAATTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 TCCCACTGGGTTTATGCCACCCAAAGTACCAGAATGGAACCTAATTCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GTGTGGCTGTAGATGCAATAGCTATTTCCATCATTGGTTTTGCTATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 GTGTGGCTGTAGATGCAATAGCTATTTCCATCATTGGTTTTGCTATCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GTATCACTTTCTGAGATGTTTGCCAAGAAACATGGTTACACAGTCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 GTATCACTTTCTGAGATGTTTGCCAAGAAACATGGTTACACAGTCAAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AAACCAGGAAATGTATGCCATTGGCTTTTGTAATATCATCCCTTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103183 AAACCAGGAAATGTATGCCATTGGCTTTTGTAATATCATCCCTTCCTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCCACTGTTTTACTACTAGTGCAGCTCTTGCAAAGACATTGGTTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103233 TCCACTGTTTTACTACTAGTGCAGCTCTTGCAAAGACATTGGTTAAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCAACAGGCTGCCATACTCAGCTTTCTGGTGTGGTAACAGCCCTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103283 TCAACAGGCTGCCATACTCAGCTTTCTGGTGTGGTAACAGCCCTGGTTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TTTGTTGGTCCTCCTAGTAATAGCTCCTTTGTTCTATTCCCTTCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103333 TTTGTTGGTCCTCCTAGTAATAGCTCCTTTGTTCTATTCCCTTCAAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 GTGTCCTTGGTGTGATCACAATTGTAAATCTACGGGGAGCCCTTCGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103383 GTGTCCTTGGTGTGATCACAATTGTAAATCTACGGGGAGCCCTTCGTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TTTAGGGATCTTCCCAAAATGTGGAGTATTAGTAGAATGGATACAGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103433 TTTAGGGATCTTCCCAAAATGTGGAGTATTAGTAGAATGGATACAGTTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CTGGTTTGTTACTATGCTGTCCTCTGCACTGCTAAGTACTGAAATAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103483 CTGGTTTGTTACTATGCTGTCCTCTGCACTGCTAAGTACTGAAATAGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TACTTGTTGGGGTTTGTTTTTCTATATTTTGTGTCATCCTCCGCACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103533 TACTTGTTGGGGTTTGTTTTTCTATATTTTGTGTCATCCTCCGCACTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 AAGCCAAAGAGTTCACTGCTTGGCTTGGTGGAAGAGTCTGAGGTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103583 AAGCCAAAGAGTTCACTGCTTGGCTTGGTGGAAGAGTCTGAGGTCTTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 ATCTGTGTCTGCTTACAAGAACCTTCAGACTAAGCCAGGCATCAAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 103633 ATCTGTGTCTGCTTACAAGAACCTTCAGATTAAGCCAGGCATCAAGATTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TCCGCTTTGTAGCCCCTCTCTACTACATAAACAAAGAATGCTTTAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103683 TCCGCTTTGTAGCCCCTCTCTACTACATAAACAAAGAATGCTTTAAATCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GCTTTATACAAACAAACTGTCAACCCAATCTTAATAAAGGTGGCTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103733 GCTTTATACAAACAAACTGTCAACCCAATCTTAATAAAGGTGGCTTGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 GAAGGCAGCAAAGAGAAAGATCAAAGAAAAAGTAGTGACTCTTGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103783 GAAGGCAGCAAAGAGAAAGATCAAAGAAAAAGTAGTGACTCTTGGTGGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 TCCAGGATGAAATGTCAGTGCAACTTTCCCATGATCCCTTGGAGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 TCCAGGATGAAATGTCAGTGCAACTTTCCCATGATCCCTTGGAGCTGCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 ACTATAGTGATTGACTGCAGTGCAATTCAATTTTTAGATACAGCAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103883 ACTATAGTGATTGACTGCAGTGCAATTCAATTTTTAGATACAGCAGGGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1992 CCACACACTGAAAGAAGTTCGCAGAGATTATGAAGCCATTGGAATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103933 CCACACACTGAAAGAAGTTCGCAGAGATTATGAAGCCATTGGAATCCAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 TTCTGCTGGCTCAGTGCAATCCCACTGTGAGGGATTCCCTAACCAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103983 TTCTGCTGGCTCAGTGCAATCCCACTGTGAGGGATTCCCTAACCAACGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 GAATATTGCAAAAAGGAAGAAGAAAACCTTCTCTTCTATAGTGTGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104033 GAATATTGCAAAAAGGAAGAAGAAAACCTTCTCTTCTATAGTGTGTATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2142 AGCGATGGCTTTTGCAGAAGTATCTAAAAATCAGAAAGGAGTATGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104083 AGCGATGGCTTTTGCAGAAGTATCTAAAAATCAGAAAGGAGTATGTGTTC

   2200     .    :    .    :    .
   2192 CCAATGGTCTGAGTCTTAGTAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||
 104133 CCAATGGTCTGAGTCTTAGTAGTGAT