seq1 = pF1KB5648.tfa, 2478 bp
seq2 = pF1KB5648/gi568815584f_61620382.tfa (gi568815584f:61620382_61847082), 226701 bp

>pF1KB5648 2478
>gi568815584f:61620382_61847082 (Chr14)

1-35  (75424-75458)   100% ->
36-226  (100001-100191)   100% ->
227-372  (101128-101273)   100% ->
373-457  (101358-101442)   100% ->
458-570  (106325-106437)   100% ->
571-773  (107072-107274)   100% ->
774-880  (112037-112143)   100% ->
881-1028  (113757-113904)   100% ->
1029-1249  (116508-116728)   100% ->
1250-1536  (117706-117992)   100% ->
1537-1659  (120124-120246)   100% ->
1660-2093  (120374-120807)   100% ->
2094-2202  (124324-124432)   100% ->
2203-2329  (125310-125436)   100% ->
2330-2478  (126553-126701)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCGCCGGCGGCGCGAACGACAAGAAAAA         GATAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  75424 ATGGAGGGCGCCGGCGGCGCGAACGACAAGAAAAAGTA...TAGGATAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTCTGAACGTCGAAAAGAAAAGTCTCGAGATGCAGCCAGATCTCGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 TTCTGAACGTCGAAAAGAAAAGTCTCGAGATGCAGCCAGATCTCGGCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAAAGAATCTGAAGTTTTTTATGAGCTTGCTCATCAGTTGCCACTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 GTAAAGAATCTGAAGTTTTTTATGAGCTTGCTCATCAGTTGCCACTTCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATAATGTGAGTTCGCATCTTGATAAGGCCTCTGTGATGAGGCTTACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 CATAATGTGAGTTCGCATCTTGATAAGGCCTCTGTGATGAGGCTTACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCTATTTGCGTGTGAGGAAACTTCTGGATGCTG         GTGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100157 CAGCTATTTGCGTGTGAGGAAACTTCTGGATGCTGGTG...TAGGTGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGATATTGAAGATGACATGAAAGCACAGATGAATTGCTTTTATTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101134 TGGATATTGAAGATGACATGAAAGCACAGATGAATTGCTTTTATTTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTTGGATGGTTTTGTTATGGTTCTCACAGATGATGGTGACATGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101184 GCCTTGGATGGTTTTGTTATGGTTCTCACAGATGATGGTGACATGATTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTTCTGATAATGTGAACAAATACATGGGATTAACTCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 101234 CATTTCTGATAATGTGAACAAATACATGGGATTAACTCAGGTA...CAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGAACTAACTGGACACAGTGTGTTTGATTTTACTCATCCATGTGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 TTGAACTAACTGGACACAGTGTGTTTGATTTTACTCATCCATGTGACCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGAAATGAGAGAAATGCTTACACACAGAAATG         GCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101409 GAGGAAATGAGAGAAATGCTTACACACAGAAATGGTA...TAGGCCTTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAAAAAGGGTAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCTTTTTTCTCAGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106332 GAAAAAGGGTAAAGAACAAAACACACAGCGAAGCTTTTTTCTCAGAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTGTACCCTAACTAGCCGAGGAAGAACTATGAACATAAAGTCTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106382 AGTGTACCCTAACTAGCCGAGGAAGAACTATGAACATAAAGTCTGCAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGGAAG         GTATTGCACTGCACAGGCCACATTCACGTATATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106432 TGGAAGGTA...CAGGTATTGCACTGCACAGGCCACATTCACGTATATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACCAACAGTAACCAACCTCAGTGTGGGTATAAGAAACCACCTATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107107 TACCAACAGTAACCAACCTCAGTGTGGGTATAAGAAACCACCTATGACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTTGGTGCTGATTTGTGAACCCATTCCTCACCCATCAAATATTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107157 GCTTGGTGCTGATTTGTGAACCCATTCCTCACCCATCAAATATTGAAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTTTAGATAGCAAGACTTTCCTCAGTCGACACAGCCTGGATATGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107207 CCTTTAGATAGCAAGACTTTCCTCAGTCGACACAGCCTGGATATGAAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCTTATTGTGATGAAAG         AATTACCGAATTGATGGGATATG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107257 TTCTTATTGTGATGAAAGGTA...CAGAATTACCGAATTGATGGGATATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCCAGAAGAACTTTTAGGCCGCTCAATTTATGAATATTATCATGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112060 AGCCAGAAGAACTTTTAGGCCGCTCAATTTATGAATATTATCATGCTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACTCTGATCATCTGACCAAAACTCATCATGATA         TGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112110 GACTCTGATCATCTGACCAAAACTCATCATGATAGTA...TAGTGTTTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAAGGACAAGTCACCACAGGACAGTACAGGATGCTTGCCAAAAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113764 TAAAGGACAAGTCACCACAGGACAGTACAGGATGCTTGCCAAAAGAGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GATATGTCTGGGTTGAAACTCAAGCAACTGTCATATATAACACCAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113814 GATATGTCTGGGTTGAAACTCAAGCAACTGTCATATATAACACCAAGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCTCAACCACAGTGCATTGTATGTGTGAATTACGTTGTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113864 TCTCAACCACAGTGCATTGTATGTGTGAATTACGTTGTGAGGTA...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGGTATTATTCAGCACGACTTGATTTTCTCCCTTCAACAAACAGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116508 TGGTATTATTCAGCACGACTTGATTTTCTCCCTTCAACAAACAGAATGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCTTAAACCGGTTGAATCTTCAGATATGAAAATGACTCAGCTATTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116558 TCCTTAAACCGGTTGAATCTTCAGATATGAAAATGACTCAGCTATTCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAAGTTGAATCAGAAGATACAAGTAGCCTCTTTGACAAACTTAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116608 AAAGTTGAATCAGAAGATACAAGTAGCCTCTTTGACAAACTTAAGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACCTGATGCTTTAACTTTGCTGGCCCCAGCCGCTGGAGACACAATCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116658 ACCTGATGCTTTAACTTTGCTGGCCCCAGCCGCTGGAGACACAATCATAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTTTAGATTTTGGCAGCAACG         ACACAGAAACTGATGACCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116708 CTTTAGATTTTGGCAGCAACGGTG...CAGACACAGAAACTGATGACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAACTTGAGGAAGTACCATTATATAATGATGTAATGCTCCCCTCACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117726 CAACTTGAGGAAGTACCATTATATAATGATGTAATGCTCCCCTCACCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CGAAAAATTACAGAATATAAATTTGGCAATGTCTCCATTACCCACCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117776 CGAAAAATTACAGAATATAAATTTGGCAATGTCTCCATTACCCACCGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAACGCCAAAGCCACTTCGAAGTAGTGCTGACCCTGCACTCAATCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117826 AAACGCCAAAGCCACTTCGAAGTAGTGCTGACCCTGCACTCAATCAAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTTGCATTAAAATTAGAACCAAATCCAGAGTCACTGGAACTTTCTTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117876 GTTGCATTAAAATTAGAACCAAATCCAGAGTCACTGGAACTTTCTTTTAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CATGCCCCAGATTCAGGATCAGACACCTAGTCCTTCCGATGGAAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117926 CATGCCCCAGATTCAGGATCAGACACCTAGTCCTTCCGATGGAAGCACTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GACAAAGTTCACCTGAG         CCTAATAGTCCCAGTGAATATTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117976 GACAAAGTTCACCTGAGGTA...CAGCCTAATAGTCCCAGTGAATATTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTTTATGTGGATAGTGATATGGTCAATGAATTCAAGTTGGAATTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120148 TTTTATGTGGATAGTGATATGGTCAATGAATTCAAGTTGGAATTGGTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AAAACTTTTTGCTGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCATTTTCTACTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120198 AAAACTTTTTGCTGAAGACACAGAAGCAAAGAACCCATTTTCTACTCAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1660         GACACAGATTTAGACTTGGAGATGTTAGCTCCCTATATCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120248 TA...AAGGACACAGATTTAGACTTGGAGATGTTAGCTCCCTATATCCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATGGATGATGACTTCCAGTTACGTTCCTTCGATCAGTTGTCACCATTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120416 ATGGATGATGACTTCCAGTTACGTTCCTTCGATCAGTTGTCACCATTAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AAGCAGTTCCGCAAGCCCTGAAAGCGCAAGTCCTCAAAGCACAGTTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120466 AAGCAGTTCCGCAAGCCCTGAAAGCGCAAGTCCTCAAAGCACAGTTACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TATTCCAGCAGACTCAAATACAAGAACCTACTGCTAATGCCACCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120516 TATTCCAGCAGACTCAAATACAAGAACCTACTGCTAATGCCACCACTACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ACTGCCACCACTGATGAATTAAAAACAGTGACAAAAGACCGTATGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120566 ACTGCCACCACTGATGAATTAAAAACAGTGACAAAAGACCGTATGGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CATTAAAATATTGATTGCATCTCCATCTCCTACCCACATACATAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120616 CATTAAAATATTGATTGCATCTCCATCTCCTACCCACATACATAAAGAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CTACTAGTGCCACATCATCACCATATAGAGATACTCAAAGTCGGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120666 CTACTAGTGCCACATCATCACCATATAGAGATACTCAAAGTCGGACAGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGTCATAGAACAGACAGAAAAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120716 TCACCAAACAGAGCAGGAAAAGGAGTCATAGAACAGACAGAAAAATCTCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TCCAAGAAGCCCTAACGTGTTATCTGTCGCTTTGAGTCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120766 TCCAAGAAGCCCTAACGTGTTATCTGTCGCTTTGAGTCAAAGGTA...CA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2094  AACTACAGTTCCTGAGGAAGAACTAAATCCAAAGATACTAGCTTTGCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124323 GAACTACAGTTCCTGAGGAAGAACTAAATCCAAAGATACTAGCTTTGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 AATGCTCAGAGAAAGCGAAAAATGGAACATGATGGTTCACTTTTTCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124373 AATGCTCAGAGAAAGCGAAAAATGGAACATGATGGTTCACTTTTTCAAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 AGTAGGAATT         GGAACATTATTACAGCAGCCAGACGATCATG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 124423 AGTAGGAATTGTA...TAGGGAACATTATTACAGCAGCCAGACGATCATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 CAGCTACTACATCACTTTCTTGGAAACGTGTAAAAGGATGCAAATCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125341 CAGCTACTACATCACTTTCTTGGAAACGTGTAAAAGGATGCAAATCTAGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 GAACAGAATGGAATGGAGCAAAAGACAATTATTTTAATACCCTCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 125391 GAACAGAATGGAATGGAGCAAAAGACAATTATTTTAATACCCTCTGGTT.

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330      ATTTAGCATGTAGACTGCTGGGGCAATCAATGGATGAAAGTGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125441 ..CAGATTTAGCATGTAGACTGCTGGGGCAATCAATGGATGAAAGTGGAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 TACCACAGCTGACCAGTTATGATTGTGAAGTTAATGCTCCTATACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126598 TACCACAGCTGACCAGTTATGATTGTGAAGTTAATGCTCCTATACAAGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 AGCAGAAACCTACTGCAGGGTGAAGAATTACTCAGAGCTTTGGATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126648 AGCAGAAACCTACTGCAGGGTGAAGAATTACTCAGAGCTTTGGATCAAGT

   2600 
   2475 TAAC
        ||||
 126698 TAAC