seq1 = pF1KB5647.tfa, 951 bp
seq2 = pF1KB5647/gi568815597f_236426071.tfa (gi568815597f:236426071_236648158), 222088 bp

>pF1KB5647 951
>gi568815597f:236426071_236648158 (Chr1)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-134  (111427-111515)   96% ->
135-345  (112809-113019)   98% ->
346-465  (114494-114613)   100% ->
466-522  (115584-115640)   100% ->
523-549  (116691-116717)   100% ->
550-638  (117490-117578)   98% ->
639-804  (118680-118845)   100% ->
805-951  (121942-122088)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTTGTCCTTAAACAACCTACAGAATATCATCTATAACCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGATGTTGTCCTTAAACAACCTACAGAATATCATCTATAACCCGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTAATCCCGTATGTTGGCACCATTCCCGATCAGCTGGATCCTGGAA
        .>>>|||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100051 .TAGGTAATCCCGTTTGTTGGCACCATTCCTGATCAGCTGGATCCTGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTGATTGTGATATGTGGGCATGTTCCTAGTGACGCAGACAG       
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111473 CTTTGATTGTGATACGTGGGCATGTTCCTAGTGACGCAGACAGGTA...T

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   ATTCCAGGTGGATCTGCAGAATGGCAGCAGTGTGAAACCTCGAGCCGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||
 112807 AGATTCCAGGTGGATCTGCAGAATGGCAGCAGCATGAAACCTCGAGCCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGGCCTTTCATTTCAATCCTCGTTTCAAAAGGGCCGGCTGCATTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112857 TGTGGCCTTTCATTTCAATCCTCGTTTCAAAAGGGCCGGCTGCATTGTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAATACTTTGATAAATGAAAAATGGGGACGGGAAGAGATCACCTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112907 GCAATACTTTGATAAATGAAAAATGGGGACGGGAAGAGATCACCTATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGCCTTTCAAAAGAGAAAAGTCTTTTGAGATCGTGATTATGGTGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 112957 ACGCCTTTCAAAAGAGAAAAGTCTTTTGAGATCGTGATTATGGTGCTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACAAATTCCAG         GTGGCTGTAAATGGAAAACATACTCTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113007 GGACAAATTCCAGGTA...TAGGTGGCTGTAAATGGAAAACATACTCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCTATGGCCACAGGATCGGCCCAGAGAAAATAGACACTCTGGGCATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114522 TCTATGGCCACAGGATCGGCCCAGAGAAAATAGACACTCTGGGCATTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAAAGTGAATATTCACTCAATTGGTTTTAGCTTCAGCTCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114572 GGCAAAGTGAATATTCACTCAATTGGTTTTAGCTTCAGCTCGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GACTTACAAAGTACCCAAGCATCTAGTCTGGAACTGACAGAGATAAGTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115583 GGACTTACAAAGTACCCAAGCATCTAGTCTGGAACTGACAGAGATAAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGAAAAT         GTTCCAAAGTCTGGCACGCCCCAGCTT      
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...
 115633 GAGAAAATGTA...TAGGTTCCAAAGTCTGGCACGCCCCAGCTTGTG...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550    AGCCTGCCATTCGCTGCAAGGTTGAACACCCCCATGGGCCCTGGACG
        >>>|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117487 CAGAGGCTGCCATTCGCTGCAAGGTTGAACACCCCCATGGGCCCTGGACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AACTGTCGTCGTTAAAGGAGAAGTGAATGCAAATGCCAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117537 AACTGTCGTCGTTAAAGGAGAAGTGAATGCAAATGCCAAAAGGTC...AA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    639  CTTTAATGTTGACCTACTAGCAGGAAAATCAAAGGATATTGCTCTACAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118679 GCTTTAATGTTGACCTACTAGCAGGAAAATCAAAGGATATTGCTCTACAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTGAACCCACGCCTGAATATTAAAGCATTTGTAAGAAATTCTTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118729 TTGAACCCACGCCTGAATATTAAAGCATTTGTAAGAAATTCTTTTCTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGAGTCCTGGGGAGAAGAAGAGAGAAATATTACCTCTTTCCCATTTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118779 GGAGTCCTGGGGAGAAGAAGAGAGAAATATTACCTCTTTCCCATTTAGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTGGGATGTACTTTGAG         ATGATAATTTACTGTGATGTTAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||| ||||||||||||
 118829 CTGGGATGTACTTTGAGGTG...CAGATGATAATTTATTGTGATGTTAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAATTCAAGGTTGCAGTAAATGGCGTACACAGCCTGGAGTACAAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121966 GAATTCAAGGTTGCAGTAAATGGCGTACACAGCCTGGAGTACAAACACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATTTAAAGAGCTCAGCAGTATTGACACGCTGGAAATTAATGGAGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122016 ATTTAAAGAGCTCAGCAGTATTGACACGCTGGAAATTAATGGAGACATCC

   1000     .    :    .    :
    929 ACTTACTGGAAGTAAGGAGCTGG
        |||||||||||||||||||||||
 122066 ACTTACTGGAAGTAAGGAGCTGG