seq1 = pF1KB5646.tfa, 1464 bp
seq2 = pF1KB5646/gi568815594r_79807432.tfa (gi568815594r:79807432_80172560), 365129 bp

>pF1KB5646 1464
>gi568815594r:79807432_80172560 (Chr4)

(complement)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-224  (100907-100978)   100% ->
225-296  (103054-103125)   100% ->
297-378  (116548-116629)   100% ->
379-486  (117094-117201)   100% ->
487-555  (117343-117411)   100% ->
556-636  (118209-118289)   100% ->
637-697  (136529-136589)   100% ->
698-796  (138991-139089)   100% ->
797-866  (140869-140938)   100% ->
867-945  (153585-153663)   100% ->
946-1041  (163945-164040)   100% ->
1042-1086  (187698-187742)   97% ->
1087-1179  (188591-188683)   100% ->
1180-1347  (194387-194554)   100% ->
1348-1428  (194860-194940)   100% ->
1429-1464  (265094-265129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCGGAGCGGTCCCCGGCCCGCAGCCCCGGGAGCTGGCTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCGGAGCGGTCCCCGGCCCGCAGCCCCGGGAGCTGGCTGTTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCTGTGGCTGTTGGTGCTCAGCGGTCCCGGGGGGCTGCTGCGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCTGTGGCTGTTGGTGCTCAGCGGTCCCGGGGGGCTGCTGCGCGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGAGCAGCCCTCCTGCAGAAGAGCCTTTGATCTCTACTTCGTCCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGAGCAGCCCTCCTGCAGAAGAGCCTTTGATCTCTACTTCGTCCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AA         GTCTGGGAGTGTGGCAAATAACTGGATTGAAATTTATAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGTG...CAGGTCTGGGAGTGTGGCAAATAACTGGATTGAAATTTATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTCGTACAGCAACTTGCGGAGAGATTTGTGAG         CCCTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100946 TTTCGTACAGCAACTTGCGGAGAGATTTGTGAGGTA...CAGCCCTGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGAGATTATCTTTCATTGTGTTTTCTTCTCAAGCAACTATTATTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103062 TGAGATTATCTTTCATTGTGTTTTCTTCTCAAGCAACTATTATTTTGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAACTGGAGACAG         AGGCAAAATCAGTAAAGGCTTGGAGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103112 TTAACTGGAGACAGGTT...CAGAGGCAAAATCAGTAAAGGCTTGGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTAAAACGTGTTAGTCCAGTAGGAGAGACATATATCCATGAAGGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116575 TTTAAAACGTGTTAGTCCAGTAGGAGAGACATATATCCATGAAGGACTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTA         GCGAATGAACAAATTCAGAAAGCAGGAGGCTTGAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116625 AGCTAGTA...CAGGCGAATGAACAAATTCAGAAAGCAGGAGGCTTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACCTCCAGTATCATAATTGCTCTGACAGATGGCAAGTTGGACGGTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117130 ACCTCCAGTATCATAATTGCTCTGACAGATGGCAAGTTGGACGGTCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCCATCATATGCAGAGAAAGAG         GCAAAGATATCCAGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117180 GCCATCATATGCAGAGAAAGAGGTG...TAGGCAAAGATATCCAGGTCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGGGGCTAGTGTTTATTGTGTTGGTGTCCTTGATTTTGAACAAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117362 TTGGGGCTAGTGTTTATTGTGTTGGTGTCCTTGATTTTGAACAAGCACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556          CTTGAAAGAATTGCTGATTCCAAGGAGCAAGTTTTCCCTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117412 GTA...AAGCTTGAAAGAATTGCTGATTCCAAGGAGCAAGTTTTCCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CAAAGGTGGATTTCAGGCTCTTAAAGGAATAATTAATTCT         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 118250 CAAAGGTGGATTTCAGGCTCTTAAAGGAATAATTAATTCTGTG...TAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TACTAGCTCAGTCATGTACTGAAATCCTAGAATTGCAGCCCTCAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136530 TACTAGCTCAGTCATGTACTGAAATCCTAGAATTGCAGCCCTCAAGTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TGTGTGGGGG         AGGAATTTCAGATTGTCTTAAGTGGAAGAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 136580 TGTGTGGGGGGTA...TAGAGGAATTTCAGATTGTCTTAAGTGGAAGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 ATTCATGCTGGGCAGTCGGAATGGCAGTGTTCTCTGCACTTACACTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139022 ATTCATGCTGGGCAGTCGGAATGGCAGTGTTCTCTGCACTTACACTGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGAAACATATACAACGA         GTGTAAAACCAGTAAGTGTACAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 139072 ATGAAACATATACAACGAGTA...TAGGTGTAAAACCAGTAAGTGTACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CTTAATTCTATGCTTTGTCCTGCACCTATCCTGAATAAAGCTGGAGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 140892 CTTAATTCTATGCTTTGTCCTGCACCTATCCTGAATAAAGCTGGAGAGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    867       AACTCTTGATGTTTCAGTGAGCTTTAATGGAGGAAAATCTGTCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140942 ...CAGAACTCTTGATGTTTCAGTGAGCTTTAATGGAGGAAAATCTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 TTTCAGGATCATTAATTGTCACAGCCACAGAATGT         TCTAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 153629 TTTCAGGATCATTAATTGTCACAGCCACAGAATGTGTA...TAGTCTAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGGATCGCAGCCATCATTGTTATTTTGGTGTTACTGCTACTCCTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163951 GGGATCGCAGCCATCATTGTTATTTTGGTGTTACTGCTACTCCTGGGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CGGTTTGATGTGGTGGTTTTGGCCCCTTTGCTGCAAAGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 164001 CGGTTTGATGTGGTGGTTTTGGCCCCTTTGCTGCAAAGTGGTG...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 TTATTAAGGATCCTCCACCACCACCCCCCCCTGCACCAAAAGAG      
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...
 187699 TTATTAAGGATCCTCCACCACCACCCGCCCCTGCACCAAAAGAGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087    GAGGAAGAAGAACCTTTGCCTACTAAAAAGTGGCCAACTGTGGATGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188588 CAGGAGGAAGAAGAACCTTTGCCTACTAAAAAGTGGCCAACTGTGGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TTCCTATTATGGTGGTCGAGGGGTTGGAGGAATTAAAAGAATGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 188638 TTCCTATTATGGTGGTCGAGGGGTTGGAGGAATTAAAAGAATGGAGGTT.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1180      GTTCGTTGGGGTGATAAAGGATCTACTGAGGAAGGTGCAAGGCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188688 ..CAGGTTCGTTGGGGTGATAAAGGATCTACTGAGGAAGGTGCAAGGCTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225 GAGAAAGCCAAAAATGCTGTGGTGAAGATTCCTGAAGAAACAGAGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194432 GAGAAAGCCAAAAATGCTGTGGTGAAGATTCCTGAAGAAACAGAGGAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CATCAGGCCTAGACCACCTCGACCCAAACCCACACACCAGCCTCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194482 CATCAGGCCTAGACCACCTCGACCCAAACCCACACACCAGCCTCCTCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CAAAATGGTACACCCCAATTAAG         GGTCGTCTTGATGCTCTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 194532 CAAAATGGTACACCCCAATTAAGGTA...TAGGGTCGTCTTGATGCTCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 TGGGCTTTGTTGAGGCGGCAGTATGACCGGGTTTCTTTGATGCGACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194878 TGGGCTTTGTTGAGGCGGCAGTATGACCGGGTTTCTTTGATGCGACCTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GGAAGGAGATGAG         GGCCGGTGCATAAACTTCTCCCGAGTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 194928 GGAAGGAGATGAGGTT...CAGGGCCGGTGCATAAACTTCTCCCGAGTTC

   1600     .
   1457 CATCTCAG
        ||||||||
 265122 CATCTCAG