seq1 = pF1KB5642.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KB5642/gi568815597r_150477378.tfa (gi568815597r:150477378_150679530), 202153 bp

>pF1KB5642 1050
>gi568815597r:150477378_150679530 (Chr1)

(complement)

1-688  (100001-100688)   100% ->
689-936  (101040-101287)   100% ->
937-1050  (102040-102153)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGGCCTCAAAAGAAACGCGGTAATCGGACTCAACCTCTACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTGGCCTCAAAAGAAACGCGGTAATCGGACTCAACCTCTACTGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGCCGGCTTGGGGGCCGGCAGCGGCGGCGCCACCCGCCCGGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGCCGGCTTGGGGGCCGGCAGCGGCGGCGCCACCCGCCCGGGAGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACTTTTGGCTACGGAGAAGGAGGCCTCGGCCCGGCGAGAGATAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACTTTTGGCTACGGAGAAGGAGGCCTCGGCCCGGCGAGAGATAGGGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGAGGCCGGCGCGGTGATTGGCGGAAGCGCCGGCGCAAGCCCCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGAGGCCGGCGCGGTGATTGGCGGAAGCGCCGGCGCAAGCCCCCCGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCCTCACGCCAGACTCCCGGAGGGTCGCGCGGCCGCCGCCCATTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCCTCACGCCAGACTCCCGGAGGGTCGCGCGGCCGCCGCCCATTGGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAGGTCCCCGACGTCACCGCGACCCCCGCGAGGCTGCTTTTCTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGAGGTCCCCGACGTCACCGCGACCCCCGCGAGGCTGCTTTTCTTCGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCACCCGCCGCGCGGCGCCGCTTGAGGAGATGGAAGCCCCGGCCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCACCCGCCGCGCGGCGCCGCTTGAGGAGATGGAAGCCCCGGCCGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCCATCATGTCGCCCGAAGAGGAGCTGGACGGGTACGAGCCGGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCCATCATGTCGCCCGAAGAGGAGCTGGACGGGTACGAGCCGGAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCGGGAAGCGGCCGGCTGTCCTGCCGCTGCTGGAGTTGGTCGGGGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCGGGAAGCGGCCGGCTGTCCTGCCGCTGCTGGAGTTGGTCGGGGAATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTAATAACACCAGTACGGACGGGTCACTACCCTCGACGCCGCCGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTAATAACACCAGTACGGACGGGTCACTACCCTCGACGCCGCCGCCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAGGAGGAGGAGGACGAGTTGTACCGGCAGTCGCTGGAGATTATCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAGGAGGAGGAGGACGAGTTGTACCGGCAGTCGCTGGAGATTATCTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GGTACCTTCGGGAGCAGGCCACCGGCGCCAAGGACACAAAGCCAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GGTACCTTCGGGAGCAGGCCACCGGCGCCAAGGACACAAAGCCAATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGTCTGGGGCCACCAGCAGGAAGGCGCTGGAGACCTTACGACGGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGTCTGGGGCCACCAGCAGGAAGGCGCTGGAGACCTTACGACGGGTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGATGGCGTGCAGCGCAACCACGAGACGGCCTTCCAAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100651 GGATGGCGTGCAGCGCAACCACGAGACGGCCTTCCAAGGTA...CAGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCTTCGGAAACTGGACATCAAAAACGAAGACGATGTGAAATCGTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101043 TGCTTCGGAAACTGGACATCAAAAACGAAGACGATGTGAAATCGTTGTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGAGTGATGATCCATGTTTTCAGCGACGGCGTAACAAACTGGGGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 CGAGTGATGATCCATGTTTTCAGCGACGGCGTAACAAACTGGGGCAGGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGTGACTCTCATTTCTTTTGGTGCCTTTGTGGCTAAACACTTGAAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101143 TGTGACTCTCATTTCTTTTGGTGCCTTTGTGGCTAAACACTTGAAGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TAAACCAAGAAAGCTGCATCGAACCATTAGCAGAAAGTATCACAGACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 TAAACCAAGAAAGCTGCATCGAACCATTAGCAGAAAGTATCACAGACGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTCGTAAGGACAAAACGGGACTGGCTAGTTAAACAAAGAGGCTGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101243 CTCGTAAGGACAAAACGGGACTGGCTAGTTAAACAAAGAGGCTGGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    937     GATGGGTTTGTGGAGTTCTTCCATGTAGAGGACCTAGAAGGTGGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 .TAGGATGGGTTTGTGGAGTTCTTCCATGTAGAGGACCTAGAAGGTGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAGGAATGTGCTGCTGGCTTTTGCAGGTGTTGCTGGAGTAGGAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102086 TCAGGAATGTGCTGCTGGCTTTTGCAGGTGTTGCTGGAGTAGGAGCTGGT

   1050     .    :    .
   1033 TTGGCATATCTAATAAGA
        ||||||||||||||||||
 102136 TTGGCATATCTAATAAGA