seq1 = pF1KB5641.tfa, 2277 bp
seq2 = pF1KB5641/gi568815594r_40716095.tfa (gi568815594r:40716095_41114402), 398308 bp

>pF1KB5641 2277
>gi568815594r:40716095_41114402 (Chr4)

(complement)

1-19  (81149-81167)   100% ->
20-835  (100005-100820)   99% ->
836-1044  (169330-169538)   100% ->
1045-1107  (179264-179326)   100% ->
1108-1193  (179704-179789)   100% ->
1194-1254  (179887-179947)   100% ->
1255-1401  (220992-221138)   100% ->
1402-1529  (223912-224039)   100% ->
1530-1644  (283826-283940)   100% ->
1645-1732  (287184-287271)   100% ->
1733-1816  (288433-288516)   100% ->
1817-1932  (290644-290759)   100% ->
1933-2112  (292353-292532)   100% ->
2113-2277  (298144-298308)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGAAGTACTTCCAG         CTGACTCAGGTGTTGACACCTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  81149 ATGTCAGAAGTACTTCCAGGTC...CAGCTGACTCAGGTGTTGACACCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCAGTGTTTATGGCCAGCAGCGGAACTACAGACGTCACAAATCGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100027 GGCAGTGTTTATGGCCAGCAGCGGAACTACAGACGTCACAAATCGGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCAGCCACACCACCAAACACCCTTAACCTCCGATCCTCCCACAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100077 GCCCAGCCACACCACCAAACACCCTTAACCTCCGATCCTCCCACAATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTTGAACGCTGAAATAAAACACACAGAAACCAAGAACAGCACACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100127 CTGTTGAACGCTGAAATAAAACACACAGAAACCAAGAACAGCACACCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAATGCAGGAAAAAATATGCACTAACTAACATCCAGGCGGCCATGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100177 CAAATGCAGGAAAAAATATGCACTAACTAACATCCAGGCGGCCATGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCGGATCCAGCTGCACAGCCCCTGCTGGGAAATGGCTCTGCCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100227 TCTCGGATCCAGCTGCACAGCCCCTGCTGGGAAATGGCTCTGCCAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCTGGTGAAAAATGGGGAGAACCAGCTCCGTAAGGCTGCAGAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100277 AAGCTGGTGAAAAATGGGGAGAACCAGCTCCGTAAGGCTGCAGAGCAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGCAGGACCCCAACAAAAACCTGAGCCCCACTGCAGTCATCAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 GCAGCAGGACCCCAACAAAAACCTGAGCCCCACTGCAGTCATCAACATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTCTGAGAAGTTAGAGGGTAAAGAGCCCCACCCACAGGATTCCTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100377 CTTCTGAGAAGTTAGAGGGTAAAGAGCCCCACCCACAGGATTCCTCGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGTGAGATTTTACCCTCCCAGCCCAGGAGAACTAAGAGCTTCCTAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100427 TGTGAGATTTTACCCTCCCAGCCCAGGAGAACTAAGAGCTTCCTAAATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTATGCAGATCTGGAAACCTCAGCCAGAGAACTAGAGCAGAACCAAGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100477 CTATGCAGATCTGGAAACCTCAGCCAGAGAACTAGAGCAGAACCGAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATCACCATGGGACTGCGGAAGAGAAATCCCAGCCAGTCCAGGGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100527 ATCACCATGGGACTGCGGAAGAGAAATCCCAGCCAGTCCAGGGCCAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TCCACCATCATTGGGAATGGAGATTTGCTGCTGCAGAAACCAAACAGACC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100577 TCCACCATCATTGGGAATGGCGATTTGCTGCTGCAGAAACCAAACAGACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCAGTCCAGCCCTGAAGACGGCCAAGTAGCCACAGTGTCATCCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100627 CCAGTCCAGCCCTGAAGACGGCCAAGTAGCCACAGTGTCATCCAGCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAACCAAGAAGGATCATCCGAAAACAGGGGCCAAAACCGACTGTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100677 AAACCAAGAAGGATCATCCGAAAACAGGGGCCAAAACCGACTGTGCACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CACCGGATCCAGAACCTGGCACCGAGCGATGAGGAGTCCAGCTGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100727 CACCGGATCCAGAACCTGGCACCGAGCGATGAGGAGTCCAGCTGGACAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTTGTCCCAAGACAGTGCCTCACCCAGCTCCCCGGATGAAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100777 GTTGTCCCAAGACAGTGCCTCACCCAGCTCCCCGGATGAAACAGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836    CAGATATATGGAGTGATCACTCATTTCAGACTGATCCAGATTTGCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169327 CAGCAGATATATGGAGTGATCACTCATTTCAGACTGATCCAGATTTGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTGGCTGGAAAAGAGTCAGTGACATTGCCGGGACCTATTATTGGCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169377 CCTGGCTGGAAAAGAGTCAGTGACATTGCCGGGACCTATTATTGGCACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CCCAACAGGAACGACTCAGTGGGAACGGCCCGTCTCCATCCCAGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169427 CCCAACAGGAACGACTCAGTGGGAACGGCCCGTCTCCATCCCAGCAGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCCAGGGTTCTAGGAAAGGGTCACTTAGTTCTGTAACGCCATCTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169477 TCCAGGGTTCTAGGAAAGGGTCACTTAGTTCTGTAACGCCATCTCCCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCAGAGAACGAG         AAACAGCCATGGAGTGATTTTGCTGTTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 169527 CCAGAGAACGAGGTA...TAGAAACAGCCATGGAGTGATTTTGCTGTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GAATGGGGGAAAGATTAATAGTGACATTTGGAAG         GATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 179293 GAATGGGGGAAAGATTAATAGTGACATTTGGAAGGCA...TAGGATTTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ATGCAGCCACTGTTAACCCGGACCCCAGTTTAAAAGAGTTTGAAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179711 ATGCAGCCACTGTTAACCCGGACCCCAGTTTAAAAGAGTTTGAAGGAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACCCTACGCTATGCATCTTTGAAACTCAG         AAATGCCCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 179761 ACCCTACGCTATGCATCTTTGAAACTCAGGTA...TAGAAATGCCCCACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CCCTGATGATGATGATTCTTGTAGTATCAACAGTGACCCAGAAGCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 179899 CCCTGATGATGATGATTCTTGTAGTATCAACAGTGACCCAGAAGCCAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1255         TGTTTTGCTGTGCGTTCTCTGGGATGGGTAGAGATGGCAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179949 TT...CAGTGTTTTGCTGTGCGTTCTCTGGGATGGGTAGAGATGGCAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAGGACCTCGCCCCCGGTAAAAGTAGTGTTGCGGTCAACAACTGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221034 GAGGACCTCGCCCCCGGTAAAAGTAGTGTTGCGGTCAACAACTGCATCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCAACTTTCCTACTGCAAAAATGACATCCGAGACACAGTCGGGATTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221084 GCAACTTTCCTACTGCAAAAATGACATCCGAGACACAGTCGGGATTTGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GAGAG         GGGAAAGACATGTACCTGATCCTGGAGAATGACATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221134 GAGAGGTA...CAGGGGAAAGACATGTACCTGATCCTGGAGAATGACATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTCAGCCTGGTGGACCCCATGGACCGCAGCGTGCTGCACTCGCAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223948 CTCAGCCTGGTGGACCCCATGGACCGCAGCGTGCTGCACTCGCAGCCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CGTCAGCATCCGCGTGTGGGGCGTGGGCCGCGACAATGGCCG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 223998 CGTCAGCATCCGCGTGTGGGGCGTGGGCCGCGACAATGGCCGGTG...CA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530  GGATTTTGCTTATGTAGCAAGAGATAAAGATACAAGAATTTTGAAATGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283825 GGGATTTTGCTTATGTAGCAAGAGATAAAGATACAAGAATTTTGAAATGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CATGTATTTCGATGTGACACACCAGCAAAAGCCATTGCCACAAGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 283875 CATGTATTTCGATGTGACACACCAGCAAAAGCCATTGCCACAAGTCTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CGAGATCTGCTCCAAG         ATTATGGCTGAACGGAAGAATGCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 283925 CGAGATCTGCTCCAAGGTA...TAGATTATGGCTGAACGGAAGAATGCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AAGCGCTGGCCTGCAGCTCCTTACAGGAAAGGGCCAATGTGAACCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287209 AAGCGCTGGCCTGCAGCTCCTTACAGGAAAGGGCCAATGTGAACCTCGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GTCCCTTTGCAAG         TAGATTTTCCAACACCAAAGACTGAGCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 287259 GTCCCTTTGCAAGGTA...TAGTAGATTTTCCAACACCAAAGACTGAGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGTCCAGAAGTTCCACGTGCAGTACTTGGGCATGTTACCTGTAGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288461 GGTCCAGAAGTTCCACGTGCAGTACTTGGGCATGTTACCTGTAGACAAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CAGTCG         GAATGGATATTTTGAACAGTGCCATAGAAAATCTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288511 CAGTCGGTA...CAGGAATGGATATTTTGAACAGTGCCATAGAAAATCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ATGACCTCATCCAACAAGGAGGACTGGCTGTCAGTGAACATGAACGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290679 ATGACCTCATCCAACAAGGAGGACTGGCTGTCAGTGAACATGAACGTGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGATGCCACTGTGACTGTCATCAGTGAAAAG         AATGAAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 290729 TGATGCCACTGTGACTGTCATCAGTGAAAAGGTG...CAGAATGAAGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 AAGTCTTAGTGGAATGTCGTGTGCGATTCCTGTCCTTCATGGGTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292363 AAGTCTTAGTGGAATGTCGTGTGCGATTCCTGTCCTTCATGGGTGTTGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AAGGACGTCCACACATTTGCCTTCATCATGGACACGGGGAACCAGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292413 AAGGACGTCCACACATTTGCCTTCATCATGGACACGGGGAACCAGCGCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TGAGTGCCACGTTTTCTGGTGCGAGCCTAATGCTGGTAACGTGTCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 292463 TGAGTGCCACGTTTTCTGGTGCGAGCCTAATGCTGGTAACGTGTCTGAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CGGTGCAGGCCGCCTGCATG         TTACGATATCAGAAGTGCTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 292513 CGGTGCAGGCCGCCTGCATGGTG...CAGTTACGATATCAGAAGTGCTTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GTAGCCAGGCCGCCTTCTCAGAAAGTTCGACCACCTCCACCGCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298165 GTAGCCAGGCCGCCTTCTCAGAAAGTTCGACCACCTCCACCGCCAGCAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TTCAGTAACCAGAAGAGTCACAACCAATGTAAAACGAGGGGTCTTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298215 TTCAGTAACCAGAAGAGTCACAACCAATGTAAAACGAGGGGTCTTATCCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TCATTGACACTTTGAAACAGAAACGCCCTGTCACCGAAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298265 TCATTGACACTTTGAAACAGAAACGCCCTGTCACCGAAATGCCA