seq1 = pF1KB5639.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB5639/gi568815590r_22922674.tfa (gi568815590r:22922674_23168894), 246221 bp

>pF1KB5639 1320
>gi568815590r:22922674_23168894 (Chr8)

(complement)

1-144  (100001-100144)   99% ->
145-250  (125652-125757)   100% ->
251-364  (138023-138136)   100% ->
365-476  (139174-139285)   100% ->
477-748  (140293-140564)   99% ->
749-780  (141142-141173)   100% ->
781-936  (141607-141762)   100% ->
937-1009  (144635-144707)   100% ->
1010-1320  (145911-146221)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACAACGGGGACAGAACGCCCCGGCCGCTTCGGGGGCCCGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACAACGGGGACAGAACGCCCCGGCCGCTTCGGGGGCCCGGAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACGGCCCAGGACCCAGGGAGGCGCGGGGAGCCAGGCCTGGGCTCCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100051 GCACGGCCCAGGACCCAGGGAGGCGCGGGGAGCCAGGCCTGGGCCCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCCCAAGACCCTTGTGCTCGTTGTCGCCGCGGTCCTGCTGTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 TCCCCAAGACCCTTGTGCTCGTTGTCGCCGCGGTCCTGCTGTTGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GTCTCAGCTGAGTCTGCTCTGATCACCCAACAAGACCTAGCTCCCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125649 CAGGTCTCAGCTGAGTCTGCTCTGATCACCCAACAAGACCTAGCTCCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGAGAGCGGCCCCACAACAAAAGAGGTCCAGCCCCTCAGAGGGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125699 GCAGAGAGCGGCCCCACAACAAAAGAGGTCCAGCCCCTCAGAGGGATTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCCACCTG         GACACCATATCTCAGAAGACGGTAGAGATTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125749 GTCCACCTGGTA...CAGGACACCATATCTCAGAAGACGGTAGAGATTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTCCTGCAAATATGGACAGGACTATAGCACTCACTGGAATGACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138055 ATCTCCTGCAAATATGGACAGGACTATAGCACTCACTGGAATGACCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTCTGCTTGCGCTGCACCAGGTGTGATTCAG         GTGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 138105 TTTCTGCTTGCGCTGCACCAGGTGTGATTCAGGTA...CAGGTGAAGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTAAGTCCCTGCACCACGACCAGAAACACAGTGTGTCAGTGCGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139183 AGCTAAGTCCCTGCACCACGACCAGAAACACAGTGTGTCAGTGCGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCACCTTCCGGGAAGAAGATTCTCCTGAGATGTGCCGGAAGTGCCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139233 GGCACCTTCCGGGAAGAAGATTCTCCTGAGATGTGCCGGAAGTGCCGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGG         GTGTCCCAGAGGGATGGTCAAGGTCGGTGATTGTACAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139283 AGGGTG...CAGGTGTCCCAGAGGGATGGTCAAGGTCGGTGATTGTACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTGGAGTGACATCGAATGTGTCCACAAAGAATCAGGTACAAAGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140331 CCTGGAGTGACATCGAATGTGTCCACAAAGAATCAGGTACAAAGCACAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGAAGCCCCAGCTGTGGAGGAGACGGTGACCTCCAGCCCAGGGACTCC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140381 GGGGAAGTCCCAGCTGTGGAGGAGACGGTGACCTCCAGCCCAGGGACTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCCTCTCCCTGTTCTCTCTCAGGCATCATCATAGGAGTCACAGTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140431 TGCCTCTCCCTGTTCTCTCTCAGGCATCATCATAGGAGTCACAGTTGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCGTAGTCTTGATTGTGGCTGTGTTTGTTTGCAAGTCTTTACTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140481 CCGTAGTCTTGATTGTGGCTGTGTTTGTTTGCAAGTCTTTACTGTGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAAGTCCTTCCTTACCTGAAAGGCATCTGCTCAG         GTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140531 AAAGTCCTTCCTTACCTGAAAGGCATCTGCTCAGGTA...TAGGTGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGGGACCCTGAGCGTGTGGACAGA         AGCTCACAACGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 141149 TGGGGACCCTGAGCGTGTGGACAGAGTG...CAGAGCTCACAACGACCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGCTGAGGACAATGTCCTCAATGAGATCGTGAGTATCTTGCAGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141623 GGGCTGAGGACAATGTCCTCAATGAGATCGTGAGTATCTTGCAGCCCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGTCCCTGAGCAGGAAATGGAAGTCCAGGAGCCAGCAGAGCCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141673 CAGGTCCCTGAGCAGGAAATGGAAGTCCAGGAGCCAGCAGAGCCAACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCAACATGTTGTCCCCCGGGGAGTCAGAGCATCTGCTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 141723 TGTCAACATGTTGTCCCCCGGGGAGTCAGAGCATCTGCTGGTG...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AACCGGCAGAAGCTGAAAGGTCTCAGAGGAGGAGGCTGCTGGTTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144636 AACCGGCAGAAGCTGAAAGGTCTCAGAGGAGGAGGCTGCTGGTTCCAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATGAAGGTGATCCCACTGAGA         CTCTGAGACAGTGCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 144686 AATGAAGGTGATCCCACTGAGAGTA...CAGCTCTGAGACAGTGCTTCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGACTTTGCAGACTTGGTGCCCTTTGACTCCTGGGAGCCGCTCATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145930 TGACTTTGCAGACTTGGTGCCCTTTGACTCCTGGGAGCCGCTCATGAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGTTGGGCCTCATGGACAATGAGATAAAGGTGGCTAAAGCTGAGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145980 AGTTGGGCCTCATGGACAATGAGATAAAGGTGGCTAAAGCTGAGGCAGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGCCACAGGGACACCTTGTACACGATGCTGATAAAGTGGGTCAACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146030 GGCCACAGGGACACCTTGTACACGATGCTGATAAAGTGGGTCAACAAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGGGCGAGATGCCTCTGTCCACACCCTGCTGGATGCCTTGGAGACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146080 CGGGCGAGATGCCTCTGTCCACACCCTGCTGGATGCCTTGGAGACGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GAGAGAGACTTGCCAAGCAGAAGATTGAGGACCACTTGTTGAGCTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146130 GAGAGAGACTTGCCAAGCAGAAGATTGAGGACCACTTGTTGAGCTCTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGTTCATGTATCTAGAAGGTAATGCAGACTCTGCCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146180 AAGTTCATGTATCTAGAAGGTAATGCAGACTCTGCCATGTCC