seq1 = pF1KB5636.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB5636/gi568815597r_47119723.tfa (gi568815597r:47119723_47325888), 206166 bp

>pF1KB5636 993
>gi568815597r:47119723_47325888 (Chr1)

(complement)

1-446  (100001-100446)   100% ->
447-541  (101791-101885)   100% ->
542-993  (105715-106166)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAGCGGCCGCCGAGCGAGGCGGCTCGCAGTGACCCCCAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAGCGGCCGCCGAGCGAGGCGGCTCGCAGTGACCCCCAGCTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGACGGGACGCGGCCGAGGCCAGCATGGCCCCCCCGCACCTGGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGACGGGACGCGGCCGAGGCCAGCATGGCCCCCCCGCACCTGGTCCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAACGGCGTCGCCAAGGAGACGAGCCGCGCGGCCGCAGCGGAGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAACGGCGTCGCCAAGGAGACGAGCCGCGCGGCCGCAGCGGAGCCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATCGAACTGGGCGCGCGCGGAGGCCCGGGGGGCGGCCCTGCCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCATCGAACTGGGCGCGCGCGGAGGCCCGGGGGGCGGCCCTGCCGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGGCGCCGCGAGAGACTTAAAGGGCCGCGACGCGGCGACGGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGGCGCCGCGAGAGACTTAAAGGGCCGCGACGCGGCGACGGCCGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCGCCATCGGGTGCCCACCACCGAGCTGTGCAGACCTCCCGGGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCGCCATCGGGTGCCCACCACCGAGCTGTGCAGACCTCCCGGGCCCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGCCCCCGCGCCCGCCTCGGTTACAGCGGAGCTGCCCGGCGACGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGCCCCCGCGCCCGCCTCGGTTACAGCGGAGCTGCCCGGCGACGGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGTGCAGCTGAGTCCTCCCGCGCTGGCTGCCCCCGCCGCCCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGTGCAGCTGAGTCCTCCCGCGCTGGCTGCCCCCGCCGCCCCCGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCGCTGCTCTACAGCCTCAGCCAGCCGCTGGCCTCTCTCGGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100401 GCGCGCTGCTCTACAGCCTCAGCCAGCCGCTGGCCTCTCTCGGCAGGTC.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447      CGGGTTCTTTGGGGAGCCGGATGCCTTCCCTATGTTCACCACCAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ..CAGCGGGTTCTTTGGGGAGCCGGATGCCTTCCCTATGTTCACCACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAATCGAGTGAAGAGGAGACCTTCCCCCTATGAGATGGAGATTACTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101836 CAATCGAGTGAAGAGGAGACCTTCCCCCTATGAGATGGAGATTACTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542          GTCCCCACACCAAAGTTGTGCGGCGTATCTTCACCAACAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101886 GTG...CAGGTCCCCACACCAAAGTTGTGCGGCGTATCTTCACCAACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGGGAGCGATGGCGGCAGCAGAATGTGAACGGGGCCTTTGCCGAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105756 CGGGAGCGATGGCGGCAGCAGAATGTGAACGGGGCCTTTGCCGAGCTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAGCTGATCCCCACACATCCCCCGGACAAGAAGCTCAGCAAGAATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105806 CAAGCTGATCCCCACACATCCCCCGGACAAGAAGCTCAGCAAGAATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCTCCGCCTGGCCATGAAGTATATCAACTTCTTGGCCAAGCTGCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105856 TCCTCCGCCTGGCCATGAAGTATATCAACTTCTTGGCCAAGCTGCTCAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GACCAGGAGGAGGAGGGCACCCAGCGGGCCAAGACTGGCAAGGACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105906 GACCAGGAGGAGGAGGGCACCCAGCGGGCCAAGACTGGCAAGGACCCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGTGGGGGCTGGTGGGGGTGGAGGTGGGGGAGGGGGCGGCGCGCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105956 GGTGGGGGCTGGTGGGGGTGGAGGTGGGGGAGGGGGCGGCGCGCCCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATGACCTCCTGCAAGACGTGCTTTCCCCCAACTCCAGCTGCGGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106006 ATGACCTCCTGCAAGACGTGCTTTCCCCCAACTCCAGCTGCGGCAGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGGATGGGGCAGCCAGCCCGGACAGCTACACGGAGGAGCCCGCGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106056 CTGGATGGGGCAGCCAGCCCGGACAGCTACACGGAGGAGCCCGCGCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCACACGGCCCGCAGCCTCCATCCTGCCATGCTGCCTGCCGCCGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106106 GCACACGGCCCGCAGCCTCCATCCTGCCATGCTGCCTGCCGCCGATGGAG

   1000     .    :
    983 CCGGCCCTCGG
        |||||||||||
 106156 CCGGCCCTCGG