seq1 = pF1KB5634.tfa, 2352 bp
seq2 = pF1KB5634/gi568815582f_66279338.tfa (gi568815582f:66279338_66503166), 223829 bp

>pF1KB5634 2352
>gi568815582f:66279338_66503166 (Chr16)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-499  (107472-107760)   100% ->
500-616  (108987-109103)   100% ->
617-781  (110021-110185)   100% ->
782-969  (111066-111253)   100% ->
970-1217  (112799-113046)   100% ->
1218-1360  (116722-116864)   100% ->
1361-1485  (118645-118769)   100% ->
1486-1591  (119119-119224)   100% ->
1592-1837  (121434-121679)   100% ->
1838-2352  (123315-123829)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGGCTCATGATGCTCCTCGCCACATCGGGCGCCTGCCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGGCTCATGATGCTCCTCGCCACATCGGGCGCCTGCCTGGGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGCAGTGGCAGCAGTGGCAGCAGCAGGTGCTAACCCTGCCCAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGCAGTGGCAGCAGTGGCAGCAGCAGGTGCTAACCCTGCCCAACGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACCCACAGCCTGCTGCCCACCCACCGGCGCCAAAAGAGAGATTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACCCACAGCCTGCTGCCCACCCACCGGCGCCAAAAGAGAGATTGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGAACCAGATGCACATTGATGAAGAGAAAAACACCTCACTTCCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGAACCAGATGCACATTGATGAAGAGAAAAACACCTCACTTCCCCATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTAGGCAAG         ATCAAGTCAAGCGTGAGTCGCAAGAATGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTAGGCAAGGTA...TAGATCAAGTCAAGCGTGAGTCGCAAGAATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTACCTGCTCAAAGGAGAATATGTGGGCAAGGTCTTCCGGGTCGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107503 AGTACCTGCTCAAAGGAGAATATGTGGGCAAGGTCTTCCGGGTCGATGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGACAGGAGACGTGTTCGCCATTGAGAGGCTGGACCGGGAGAATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107553 GAGACAGGAGACGTGTTCGCCATTGAGAGGCTGGACCGGGAGAATATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAGTACCACCTCACTGCTGTCATTGTGGACAAGGACACTGGCGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107603 AGAGTACCACCTCACTGCTGTCATTGTGGACAAGGACACTGGCGAAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGAGACTCCTTCCAGCTTCACCATCAAAGTTCATGACGTGAACGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107653 TGGAGACTCCTTCCAGCTTCACCATCAAAGTTCATGACGTGAACGACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGGCCTGTGTTCACGCATCGGTTGTTCAATGCGTCCGTGCCTGAGTCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107703 TGGCCTGTGTTCACGCATCGGTTGTTCAATGCGTCCGTGCCTGAGTCGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCTGTGG         GGACCTCAGTCATCTCTGTGACAGCAGTGGATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107753 GGCTGTGGGTA...CAGGGACCTCAGTCATCTCTGTGACAGCAGTGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGACGACCCCACTGTGGGAGACCACGCCTCTGTCATGTACCAAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109020 CAGACGACCCCACTGTGGGAGACCACGCCTCTGTCATGTACCAAATCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGGGGAAAGAGTATTTTGCCATCGATAATTCTG         GACGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109070 AAGGGGAAAGAGTATTTTGCCATCGATAATTCTGGTC...CAGGACGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATCACAATAACGAAAAGCTTGGACCGAGAGAAGCAGGCCAGGTATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110028 TATCACAATAACGAAAAGCTTGGACCGAGAGAAGCAGGCCAGGTATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCGTGGTGGAAGCGCGAGATGCCCAGGGCCTCCGGGGGGACTCGGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110078 TCGTGGTGGAAGCGCGAGATGCCCAGGGCCTCCGGGGGGACTCGGGCACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCACCGTGCTGGTCACTCTGCAAGACATCAATGACAACTTCCCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110128 GCCACCGTGCTGGTCACTCTGCAAGACATCAATGACAACTTCCCCTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACCCAGA         CCAAGTACACATTTGTCGTGCCTGAAGACACCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 110178 CACCCAGAGTG...CAGCCAAGTACACATTTGTCGTGCCTGAAGACACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGTGGGCACCTCTGTGGGCTCTCTGTTTGTTGAGGACCCAGATGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111099 GTGTGGGCACCTCTGTGGGCTCTCTGTTTGTTGAGGACCCAGATGAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGAACCGGATGACCAAGTACAGCATCTTGCGGGGCGACTACCAGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111149 CAGAACCGGATGACCAAGTACAGCATCTTGCGGGGCGACTACCAGGACGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTCACCATTGAGACAAACCCCGCCCACAACGAGGGCATCATCAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111199 TTTCACCATTGAGACAAACCCCGCCCACAACGAGGGCATCATCAAGCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGAAG         CCTCTGGATTATGAATACATCCAGCAATACAGCTTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111249 TGAAGGTT...CAGCCTCTGGATTATGAATACATCCAGCAATACAGCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATCGTCGAGGCCACAGACCCCACCATCGACCTCCGATACATGAGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112835 ATCGTCGAGGCCACAGACCCCACCATCGACCTCCGATACATGAGCCCTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CGCGGGAAACAGAGCCCAGGTCATTATCAACATCACAGATGTGGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112885 CGCGGGAAACAGAGCCCAGGTCATTATCAACATCACAGATGTGGACGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCCCCATTTTCCAGCAGCCTTTCTACCACTTCCAGCTGAAGGAAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112935 CCCCCATTTTCCAGCAGCCTTTCTACCACTTCCAGCTGAAGGAAAACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAGAAGCCTCTGATTGGCACAGTGCTGGCCATGGACCCTGATGCGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112985 AAGAAGCCTCTGATTGGCACAGTGCTGGCCATGGACCCTGATGCGGCTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCATAGCATTGG         ATACTCCATCCGCAGGACCAGTGACAAGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113035 GCATAGCATTGGGTA...CAGATACTCCATCCGCAGGACCAGTGACAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GCCAGTTCTTCCGAGTCACAAAAAAGGGGGACATTTACAATGAGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116751 GCCAGTTCTTCCGAGTCACAAAAAAGGGGGACATTTACAATGAGAAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTGGACAGAGAAGTCTACCCCTGGTATAACCTGACTGTGGAGGCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116801 CTGGACAGAGAAGTCTACCCCTGGTATAACCTGACTGTGGAGGCCAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ACTGGATTCCACTG         GAACCCCCACAGGAAAAGAATCCATTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 116851 ACTGGATTCCACTGGTG...CAGGAACCCCCACAGGAAAAGAATCCATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGCAAGTCCACATTGAAGTTTTGGATGAGAATGACAATGCCCCGGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118672 TGCAAGTCCACATTGAAGTTTTGGATGAGAATGACAATGCCCCGGAGTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GCCAAGCCCTACCAGCCCAAAGTGTGTGAGAACGCTGTCCATGGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118722 GCCAAGCCCTACCAGCCCAAAGTGTGTGAGAACGCTGTCCATGGCCAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486        CTGGTCCTGCAGATCTCCGCAATAGACAAGGACATAACACCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118772 G...CAGCTGGTCCTGCAGATCTCCGCAATAGACAAGGACATAACACCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GAAACGTGAAGTTCAAATTCATCTTGAATACTGAGAACAACTTTACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119162 GAAACGTGAAGTTCAAATTCATCTTGAATACTGAGAACAACTTTACCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ACGGATAATCACG         ATAACACGGCCAACATCACAGTCAAGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 119212 ACGGATAATCACGGTA...CAGATAACACGGCCAACATCACAGTCAAGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGGCAGTTTGACCGGGAGCATACCAAGGTCCACTTCCTACCCGTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121462 TGGGCAGTTTGACCGGGAGCATACCAAGGTCCACTTCCTACCCGTGGTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCTCAGACAATGGGATGCCAAGTCGCACGGGCACCAGCACGCTGACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121512 TCTCAGACAATGGGATGCCAAGTCGCACGGGCACCAGCACGCTGACCGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GCCGTGTGCAAGTGCAACGAGCAGGGCGAGTTCACCTTCTGCGAGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121562 GCCGTGTGCAAGTGCAACGAGCAGGGCGAGTTCACCTTCTGCGAGGATAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGCCGCCCAGGTGGGCGTGAGCATCCAGGCAGTGGTAGCCATCTTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121612 GGCCGCCCAGGTGGGCGTGAGCATCCAGGCAGTGGTAGCCATCTTACTCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 GCATCCTCACCATCACAG         TGATCACCCTGCTCATCTTCCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 121662 GCATCCTCACCATCACAGGTC...CAGTGATCACCCTGCTCATCTTCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CGGCGGCGGCTCCGGAAGCAGGCCCGCGCGCACGGCAAGAGCGTGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123338 CGGCGGCGGCTCCGGAAGCAGGCCCGCGCGCACGGCAAGAGCGTGCCGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GATCCACGAGCAGCTGGTCACCTACGACGAGGAGGGCGGCGGCGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123388 GATCCACGAGCAGCTGGTCACCTACGACGAGGAGGGCGGCGGCGAGATGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 ACACCACCAGCTACGATGTGTCGGTGCTCAACTCGGTGCGCCGCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123438 ACACCACCAGCTACGATGTGTCGGTGCTCAACTCGGTGCGCCGCGGCGGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GCCAAGCCCCCGCGGCCCGCGCTGGACGCCCGGCCTTCCCTCTATGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123488 GCCAAGCCCCCGCGGCCCGCGCTGGACGCCCGGCCTTCCCTCTATGCGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GGTGCAGAAGCCACCGAGGCACGCGCCTGGGGCACACGGAGGGCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123538 GGTGCAGAAGCCACCGAGGCACGCGCCTGGGGCACACGGAGGGCCCGGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 AGATGGCAGCCATGATCGAGGTGAAGAAGGACGAGGCGGACCACGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123588 AGATGGCAGCCATGATCGAGGTGAAGAAGGACGAGGCGGACCACGACGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GACGGCCCCCCCTACGACACGCTGCACATCTACGGCTACGAGGGCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123638 GACGGCCCCCCCTACGACACGCTGCACATCTACGGCTACGAGGGCTCCGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 GTCCATAGCCGAGTCCCTCAGCTCCCTGGGCACCGACTCATCCGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123688 GTCCATAGCCGAGTCCCTCAGCTCCCTGGGCACCGACTCATCCGACTCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 ACGTGGATTACGACTTCCTTAACGACTGGGGACCCAGGTTTAAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123738 ACGTGGATTACGACTTCCTTAACGACTGGGGACCCAGGTTTAAGATGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 GCTGAGCTGTACGGCTCGGACCCCCGGGAGGAGCTGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123788 GCTGAGCTGTACGGCTCGGACCCCCGGGAGGAGCTGCTGTAT