seq1 = pF1KB5632.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KB5632/gi568815597f_167622152.tfa (gi568815597f:167622152_167887918), 265767 bp

>pF1KB5632 807
>gi568815597f:167622152_167887918 (Chr1)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-258  (143432-143598)   100% ->
259-472  (150124-150337)   100% ->
473-605  (151085-151217)   100% ->
606-708  (153913-154015)   100% ->
709-807  (165669-165767)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGTCCGCCGGAGCCGGGGCGGTGATTGCAGCCCCAGACAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCGTCCGCCGGAGCCGGGGCGGTGATTGCAGCCCCAGACAGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTGGCTGTGGTCGGTGCTGGCGGCGGCGCTTGGGCTCT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GCGCTGGCTGTGGTCGGTGCTGGCGGCGGCGCTTGGGCTCTGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGACAGCTGGAGTATCAGCCTTGGAAGTATATACGCCAAAAGAAATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143432 TGACAGCTGGAGTATCAGCCTTGGAAGTATATACGCCAAAAGAAATCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGCAAATGGTACACAAGGGAAGCTGACCTGCAAGTTCAAGTCTACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143482 GTGGCAAATGGTACACAAGGGAAGCTGACCTGCAAGTTCAAGTCTACTAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACGACTGGCGGGTTGACCTCAGTCTCCTGGAGCTTCCAGCCAGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143532 TACGACTGGCGGGTTGACCTCAGTCTCCTGGAGCTTCCAGCCAGAGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGACACTACTGTGTCG         TTTTTCCACTACTCCCAAGGGCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 143582 CCGACACTACTGTGTCGGTA...CAGTTTTTCCACTACTCCCAAGGGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTACCTTGGGAATTATCCACCATTTAAAGACAGAATCAGCTGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150148 GTGTACCTTGGGAATTATCCACCATTTAAAGACAGAATCAGCTGGGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACCTTGACAAGAAAGATGCATCAATCAACATAGAAAATATGCAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150198 AGACCTTGACAAGAAAGATGCATCAATCAACATAGAAAATATGCAGTTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACACAATGGCACCTATATCTGTGATGTCAAAAACCCTCCTGACATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150248 TACACAATGGCACCTATATCTGTGATGTCAAAAACCCTCCTGACATCGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTCCAGCCTGGACACATTAGGCTCTATGTCGTAGAAAAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 150298 GTCCAGCCTGGACACATTAGGCTCTATGTCGTAGAAAAAGGTA...TAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAATTTGCCTGTGTTTCCAGTTTGGGTAGTGGTGGGCATAGTTACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151086 GAATTTGCCTGTGTTTCCAGTTTGGGTAGTGGTGGGCATAGTTACTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTCCTAGGTCTCACTCTGCTCATCAGCATGATTCTGGCTGTCCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151136 TGGTCCTAGGTCTCACTCTGCTCATCAGCATGATTCTGGCTGTCCTCTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGAAGGAAAAACTCTAAACGGGATTACACTGG         CTGCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 151186 AGAAGGAAAAACTCTAAACGGGATTACACTGGGTA...CAGCTGCAGTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCAGAGAGTTTGTCACCAGTTAAGCAGGCTCCTCGGAAGTCCCCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153922 ATCAGAGAGTTTGTCACCAGTTAAGCAGGCTCCTCGGAAGTCCCCCTCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACACTGAGGGTCTTGTAAAGAGTCTGCCTTCTGGATCTCACCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 153972 ACACTGAGGGTCTTGTAAAGAGTCTGCCTTCTGGATCTCACCAGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709    GGCCCAGTCATATATGCACAGTTAGACCACTCCGGCGGACATCACAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165666 CAGGGCCCAGTCATATATGCACAGTTAGACCACTCCGGCGGACATCACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACAAGATTAACAAGTCAGAGTCTGTGGTGTATGCGGATATCCGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165716 TGACAAGATTAACAAGTCAGAGTCTGTGGTGTATGCGGATATCCGAAAGA

    850 
    806 AT
        ||
 165766 AT