seq1 = pF1KB5626.tfa, 1386 bp
seq2 = pF1KB5626/gi568815590f_32448727.tfa (gi568815590f:32448727_32863335), 414609 bp

>pF1KB5626 1386
>gi568815590f:32448727_32863335 (Chr8)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-278  (147102-147279)   100% ->
279-400  (156836-156957)   100% ->
401-451  (165788-165838)   100% ->
452-502  (168109-168159)   100% ->
503-632  (279223-279352)   100% ->
633-700  (293282-293349)   100% ->
701-803  (305646-305748)   100% ->
804-930  (307677-307803)   100% ->
931-1061  (310580-310710)   100% ->
1062-1268  (311474-311680)   100% ->
1269-1386  (314492-314609)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGAGCGCAAAGAAGGCAGAGGCAAAGGGAAGGGCAAGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGAGCGCAAAGAAGGCAGAGGCAAAGGGAAGGGCAAGAAGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGAGGCTCCGGCAAGAAGCCGGAGTCCGCGGCGGGCAGCCAGAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGAGGCTCCGGCAAGAAGCCGGAGTCCGCGGCGGGCAGCCAGAGCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          CCTTGCCTCCCCGATTGAAAGAGATGAAAAGCCAGGAATCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTG...TAGCCTTGCCTCCCCGATTGAAAGAGATGAAAAGCCAGGAATCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGCAGGTTCCAAACTAGTCCTTCGGTGTGAAACCAGTTCTGAATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147143 GCTGCAGGTTCCAAACTAGTCCTTCGGTGTGAAACCAGTTCTGAATACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCTCTCAGATTCAAGTGGTTCAAGAATGGGAATGAATTGAATCGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147193 CTCTCTCAGATTCAAGTGGTTCAAGAATGGGAATGAATTGAATCGAAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAACCACAAAATATCAAGATACAAAAAAAGCCAGG         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 147243 ACAAACCACAAAATATCAAGATACAAAAAAAGCCAGGGTA...TAGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGAACTTCGCATTAACAAAGCATCACTGGCTGATTCTGGAGAGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156840 TCAGAACTTCGCATTAACAAAGCATCACTGGCTGATTCTGGAGAGTATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGCAAAGTGATCAGCAAATTAGGAAATGACAGTGCCTCTGCCAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156890 GTGCAAAGTGATCAGCAAATTAGGAAATGACAGTGCCTCTGCCAATATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCATCGTGGAATCAAACG         AGATCATCACTGGTATGCCAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 156940 CCATCGTGGAATCAAACGGTA...CAGAGATCATCACTGGTATGCCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAACTGAAGGAGCATATGTGTCTTCAG         AGTCTCCCATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 165811 TCAACTGAAGGAGCATATGTGTCTTCAGGTA...TAGAGTCTCCCATTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATATCAGTATCCACAGAAGGAGCAAATACTTCTTCAT         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 168122 AATATCAGTATCCACAGAAGGAGCAAATACTTCTTCATGTA...CAGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CATCTACATCCACCACTGGGACAAGCCATCTTGTAAAATGTGCGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279226 CATCTACATCCACCACTGGGACAAGCCATCTTGTAAAATGTGCGGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAGAAAACTTTCTGTGTGAATGGAGGGGAGTGCTTCATGGTGAAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 279276 GAGAAAACTTTCTGTGTGAATGGAGGGGAGTGCTTCATGGTGAAAGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTCAAACCCCTCGAGATACTTGTGCAA         GTGCCAACCTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 279326 TTCAAACCCCTCGAGATACTTGTGCAAGTA...TAGGTGCCAACCTGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCACTGGAGCAAGATGTACTGAGAATGTGCCCATGAAAGTCCAAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293296 TCACTGGAGCAAGATGTACTGAGAATGTGCCCATGAAAGTCCAAAACCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAA         AGGCGGAGGAGCTGTACCAGAAGAGAGTGCTGACCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 293346 GAAAGTA...CAGAGGCGGAGGAGCTGTACCAGAAGAGAGTGCTGACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACCGGCATCTGCATCGCCCTCCTTGTGGTCGGCATCATGTGTGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 305683 AACCGGCATCTGCATCGCCCTCCTTGTGGTCGGCATCATGTGTGTGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTACTGCAAAACCAA         GAAACAGCGGAAAAAGCTGCATGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 305733 CCTACTGCAAAACCAAGTA...CAGGAAACAGCGGAAAAAGCTGCATGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGTCTTCGGCAGAGCCTTCGGTCTGAACGAAACAATATGATGAACATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307702 CGTCTTCGGCAGAGCCTTCGGTCTGAACGAAACAATATGATGAACATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAATGGGCCTCACCATCCTAACCCACCCCCCGAGAATGTCCAGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307752 CAATGGGCCTCACCATCCTAACCCACCCCCCGAGAATGTCCAGCTGGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AT         CAATACGTATCTAAAAACGTCATCTCCAGTGAGCATATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307802 ATGTA...CAGCAATACGTATCTAAAAACGTCATCTCCAGTGAGCATATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GTTGAGAGAGAAGCAGAGACATCCTTTTCCACCAGTCACTATACTTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310619 GTTGAGAGAGAAGCAGAGACATCCTTTTCCACCAGTCACTATACTTCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCCCATCACTCCACTACTGTCACCCAGACTCCTAGCCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 310669 AGCCCATCACTCCACTACTGTCACCCAGACTCCTAGCCACAGGTA...CA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062  CTGGAGCAACGGACACACTGAAAGCATCCTTTCCGAAAGCCACTCTGTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311473 GCTGGAGCAACGGACACACTGAAAGCATCCTTTCCGAAAGCCACTCTGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCGTGATGTCATCCGTAGAAAACAGTAGGCACAGCAGCCCAACTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311523 ATCGTGATGTCATCCGTAGAAAACAGTAGGCACAGCAGCCCAACTGGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CCCAAGAGGACGTCTTAATGGCACAGGAGGCCCTCGTGAATGTAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311573 CCCAAGAGGACGTCTTAATGGCACAGGAGGCCCTCGTGAATGTAACAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCTCAGGCATGCCAGAGAAACCCCTGATTCCTACCGAGACTCTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311623 TCCTCAGGCATGCCAGAGAAACCCCTGATTCCTACCGAGACTCTCCTCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGTGAAAG         ACATAACCTTATAGCTGAGCTAAGGAGAAACAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 311673 AGTGAAAGGTA...AAGACATAACCTTATAGCTGAGCTAAGGAGAAACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCACACAGATCCAAATGCATGCAGATCCAGCTATCAGCAACTCATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314525 GGCACACAGATCCAAATGCATGCAGATCCAGCTATCAGCAACTCATCTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1352 GATCTTCTTCCATTCCCCATTTGGGCTTCATTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314575 GATCTTCTTCCATTCCCCATTTGGGCTTCATTCTC