seq1 = pF1KB5623.tfa, 2937 bp
seq2 = pF1KB5623/gi568815593f_38769045.tfa (gi568815593f:38769045_39033441), 264397 bp

>pF1KB5623 2937
>gi568815593f:38769045_39033441 (Chr5)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-246  (107157-107329)   100% ->
247-418  (112549-112720)   100% ->
419-703  (114783-115067)   100% ->
704-839  (116305-116440)   100% ->
840-991  (116995-117146)   100% ->
992-1134  (134838-134980)   100% ->
1135-1285  (135309-135459)   100% ->
1286-1362  (148502-148578)   100% ->
1363-1585  (149796-150018)   100% ->
1586-1765  (152571-152750)   100% ->
1766-1870  (154106-154210)   100% ->
1871-2044  (155378-155551)   100% ->
2045-2212  (156160-156327)   100% ->
2213-2294  (162839-162920)   100% ->
2295-2367  (163419-163491)   100% ->
2368-2937  (163828-164397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTATTTGCAGTCTTTCAGACAACATTCTTCTTAACATTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTATTTGCAGTCTTTCAGACAACATTCTTCTTAACATTGCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGAGGACTTACCAGAGTGAAG         TCTTGGCTGAACGTTTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CTTGAGGACTTACCAGAGTGAAGGTA...CAGTCTTGGCTGAACGTTTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CATTGACTCCTGTATCACTTAAAGTTTCCACCAATTCTACGCGTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107175 CATTGACTCCTGTATCACTTAAAGTTTCCACCAATTCTACGCGTCAGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGCACTTACAATGGACTGTCCACAACCTTCCTTATCATCAGGAATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107225 TTGCACTTACAATGGACTGTCCACAACCTTCCTTATCATCAGGAATTGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATGGTATTTCAGATCCAGATCAGTAGGATTGAAACATCCAATGTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107275 AATGGTATTTCAGATCCAGATCAGTAGGATTGAAACATCCAATGTCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGTG         GGGAATTACAGCACCACTGTGAAGTGGAACCAGGTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107325 GGGTGGTA...TAGGGGAATTACAGCACCACTGTGAAGTGGAACCAGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCATTGGAGCTGGGAATCTGAGCTCCCTTTGGAATGTGCCACACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112585 CTGCATTGGAGCTGGGAATCTGAGCTCCCTTTGGAATGTGCCACACACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTAAGAATAAAGAGTTTGGTGGACGATGCCAAGTTCCCTGAGCCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112635 TGTAAGAATAAAGAGTTTGGTGGACGATGCCAAGTTCCCTGAGCCAAATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTGGAGCAACTGGAGTTCCTGGGAGGAAGTCAGTG         TACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 112685 TCTGGAGCAACTGGAGTTCCTGGGAGGAAGTCAGTGGTA...CAGTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATTCTACTGGACAGGATATATTGTTCGTTTTCCCTAAAGATAAGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114788 GATTCTACTGGACAGGATATATTGTTCGTTTTCCCTAAAGATAAGCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAGAAGGCACCAATGTTACCATTTGTTACGTTTCTAGGAACATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114838 GGAAGAAGGCACCAATGTTACCATTTGTTACGTTTCTAGGAACATTCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATAATGTATCCTGTTATTTGGAAGGGAAACAGATTCATGGAGAACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114888 ATAATGTATCCTGTTATTTGGAAGGGAAACAGATTCATGGAGAACAACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GATCCACATGTAACTGCATTCAACTTGAATAGTGTGCCTTTCATTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114938 GATCCACATGTAACTGCATTCAACTTGAATAGTGTGCCTTTCATTAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAAAGGGACAAATATCTATTGTGAGGCAAGTCAAGGAAATGTCAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114988 TAAAGGGACAAATATCTATTGTGAGGCAAGTCAAGGAAATGTCAGTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCATGAAAGGCATCGTTCTTTTTGTCTCAA         AAGTACTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115038 GCATGAAAGGCATCGTTCTTTTTGTCTCAAGTA...CAGAAGTACTTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGCCCAAGGACTTTTCTTGTGAAACCGAGGACTTCAAGACTTTGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116316 GAGCCCAAGGACTTTTCTTGTGAAACCGAGGACTTCAAGACTTTGCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACTTGGGATCCTGGGACGGACACTGCCTTGGGGTGGTCTAAACAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116366 TACTTGGGATCCTGGGACGGACACTGCCTTGGGGTGGTCTAAACAACCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCAAAGCTACACTTTATTTGAATC         ATTTTCTGGGGAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 116416 CCCAAAGCTACACTTTATTTGAATCGTA...AAGATTTTCTGGGGAAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAACTTTGTACACACAAAAACTGGTGTAATTGGCAAATAACTCAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117011 AAACTTTGTACACACAAAAACTGGTGTAATTGGCAAATAACTCAAGACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACAAGAAACCTATAACTTCACACTCATAGCTGAAAATTACTTAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117061 ACAAGAAACCTATAACTTCACACTCATAGCTGAAAATTACTTAAGGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GAAGTGTCAATATCCTTTTTAACCTGACTCATCGAG         TTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117111 GAAGTGTCAATATCCTTTTTAACCTGACTCATCGAGGTG...CAGTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTAATGAATCCTTTTAGTGTCAACTTTGAAAATGTAAATGCCACAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134843 TTAATGAATCCTTTTAGTGTCAACTTTGAAAATGTAAATGCCACAAATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATCATGACCTGGAAGGTGCACTCCATAAGGAATAATTTCACATATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134893 CATCATGACCTGGAAGGTGCACTCCATAAGGAATAATTTCACATATTTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTCAGATTGAACTCCATGGTGAAGGAAAAATGATGCAA         TAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134943 GTCAGATTGAACTCCATGGTGAAGGAAAAATGATGCAAGTA...CAGTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AATGTTTCCATCAAGGTGAACGGTGAGTACTTCTTAAGTGAACTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135312 AATGTTTCCATCAAGGTGAACGGTGAGTACTTCTTAAGTGAACTGGAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGCCACAGAGTACATGGCGCGAGTACGGTGTGCTGATGCCAGCCACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135362 TGCCACAGAGTACATGGCGCGAGTACGGTGTGCTGATGCCAGCCACTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGAAATGGAGTGAATGGAGTGGTCAGAACTTCACCACACTTGAAGCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 135412 GGAAATGGAGTGAATGGAGTGGTCAGAACTTCACCACACTTGAAGCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286        CTCCCTCAGAGGCCCCTGATGTCTGGAGAATTGTGAGCTTGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135462 A...CAGCTCCCTCAGAGGCCCCTGATGTCTGGAGAATTGTGAGCTTGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GCCAGGAAATCATACTGTGACCTTATTCTGGAAG         CCATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 148545 GCCAGGAAATCATACTGTGACCTTATTCTGGAAGGTA...CAGCCATTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAAAACTGCATGCCAATGGAAAGATCCTGTTCTATAATGTAGTTGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149803 CAAAACTGCATGCCAATGGAAAGATCCTGTTCTATAATGTAGTTGTAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AACCTAGACAAACCATCCAGTTCAGAGCTCCATTCCATTCCAGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149853 AACCTAGACAAACCATCCAGTTCAGAGCTCCATTCCATTCCAGCACCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAACAGCACAAAACTAATCCTTGACAGGTGTTCCTACCAAATCTGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149903 CAACAGCACAAAACTAATCCTTGACAGGTGTTCCTACCAAATCTGCGTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TAGCCAACAACAGTGTGGGTGCTTCTCCTGCTTCTGTAATAGTCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149953 TAGCCAACAACAGTGTGGGTGCTTCTCCTGCTTCTGTAATAGTCATCTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCAGACCCCGAAAACA         AAGAGGTTGAGGAAGAAAGAATTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 150003 GCAGACCCCGAAAACAGTG...CAGAAGAGGTTGAGGAAGAAAGAATTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGGCACAGAGGGTGGATTCTCTCTGTCTTGGAAACCCCAACCTGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152596 AGGCACAGAGGGTGGATTCTCTCTGTCTTGGAAACCCCAACCTGGAGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTATAGGCTATGTTGTGGACTGGTGTGACCATACCCAGGATGTGCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152646 TTATAGGCTATGTTGTGGACTGGTGTGACCATACCCAGGATGTGCTCGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GATTTCCAGTGGAAGAATGTAGGTCCCAATACCACAAGCACAGTCATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152696 GATTTCCAGTGGAAGAATGTAGGTCCCAATACCACAAGCACAGTCATTAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CACAG         ATGCTTTTAGGCCAGGAGTTCGATATGACTTCAGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152746 CACAGGTA...TAGATGCTTTTAGGCCAGGAGTTCGATATGACTTCAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TTTATGGGTTATCTACAAAAAGGATTGCTTGTTTATTAGAGAAAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154142 TTTATGGGTTATCTACAAAAAGGATTGCTTGTTTATTAGAGAAAAAAACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGATACTCTCAGGAACTTG         CTCCTTCAGACAACCCTCACGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 154192 GGATACTCTCAGGAACTTGGTA...TAGCTCCTTCAGACAACCCTCACGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 GCTGGTGGATACATTGACATCCCACTCCTTCACTCTGAGTTGGAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155400 GCTGGTGGATACATTGACATCCCACTCCTTCACTCTGAGTTGGAAAGATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 ACTCTACTGAATCTCAACCTGGTTTTATACAAGGGTACCATGTCTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155450 ACTCTACTGAATCTCAACCTGGTTTTATACAAGGGTACCATGTCTATCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AAATCCAAGGCGAGGCAGTGCCACCCACGATTTGAAAAGGCAGTTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155500 AAATCCAAGGCGAGGCAGTGCCACCCACGATTTGAAAAGGCAGTTCTTTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 AG         ATGGTTCAGAATGTTGCAAATACAAAATTGACAACCCGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155550 AGGTG...CAGATGGTTCAGAATGTTGCAAATACAAAATTGACAACCCGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AAGAAAAGGCATTGATTGTGGACAACCTAAAGCCAGAATCCTTCTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156199 AAGAAAAGGCATTGATTGTGGACAACCTAAAGCCAGAATCCTTCTATGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 TTTTTCATCACTCCATTCACTAGTGCTGGTGAAGGCCCCAGTGCTACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156249 TTTTTCATCACTCCATTCACTAGTGCTGGTGAAGGCCCCAGTGCTACGTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CACGAAGGTCACGACTCCGGATGAACACT         CCTCGATGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 156299 CACGAAGGTCACGACTCCGGATGAACACTGTG...CAGCCTCGATGCTGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TTCATATCCTACTGCCCATGGTTTTCTGCGTCTTGCTCATCATGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162851 TTCATATCCTACTGCCCATGGTTTTCTGCGTCTTGCTCATCATGGTCATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 TGCTACTTGAAAAGTCAGTG         GATCAAGGAGACCTGTTATCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 162901 TGCTACTTGAAAAGTCAGTGGTA...TAGGATCAAGGAGACCTGTTATCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 TGACATCCCTGACCCTTACAAGAGCAGCATCCTGTCATTAATAAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163440 TGACATCCCTGACCCTTACAAGAGCAGCATCCTGTCATTAATAAAATTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2366 AG         GAGAACCCTCACCTAATAATAATGAATGTCAGTGACTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163490 AGGTA...TAGGAGAACCCTCACCTAATAATAATGAATGTCAGTGACTGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 ATCCCAGATGCTATTGAAGTTGTAAGCAAGCCAGAAGGGACAAAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163867 ATCCCAGATGCTATTGAAGTTGTAAGCAAGCCAGAAGGGACAAAGATACA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 GTTCCTAGGCACTAGGAAGTCACTCACAGAAACCGAGTTGACTAAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163917 GTTCCTAGGCACTAGGAAGTCACTCACAGAAACCGAGTTGACTAAGCCTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ACTACCTTTATCTCCTTCCAACAGAAAAGAATCACTCTGGCCCTGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163967 ACTACCTTTATCTCCTTCCAACAGAAAAGAATCACTCTGGCCCTGGCCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 TGCATCTGTTTTGAGAACTTGACCTATAACCAGGCAGCTTCTGACTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164017 TGCATCTGTTTTGAGAACTTGACCTATAACCAGGCAGCTTCTGACTCTGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 CTCTTGTGGCCATGTTCCAGTATCCCCAAAAGCCCCAAGTATGCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164067 CTCTTGTGGCCATGTTCCAGTATCCCCAAAAGCCCCAAGTATGCTGGGAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 TAATGACCTCACCTGAAAATGTACTAAAGGCACTAGAAAAAAACTACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164117 TAATGACCTCACCTGAAAATGTACTAAAGGCACTAGAAAAAAACTACATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 AACTCCCTGGGAGAAATCCCAGCTGGAGAAACAAGTTTGAATTATGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164167 AACTCCCTGGGAGAAATCCCAGCTGGAGAAACAAGTTTGAATTATGTGTC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2757 CCAGTTGGCTTCACCCATGTTTGGAGACAAGGACAGTCTCCCAACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164217 CCAGTTGGCTTCACCCATGTTTGGAGACAAGGACAGTCTCCCAACAAACC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 CAGTAGAGGCACCACACTGTTCAGAGTATAAAATGCAAATGGCAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164267 CAGTAGAGGCACCACACTGTTCAGAGTATAAAATGCAAATGGCAGTCTCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2857 CTGCGTCTTGCCTTGCCTCCCCCGACCGAGAATAGCAGCCTCTCCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164317 CTGCGTCTTGCCTTGCCTCCCCCGACCGAGAATAGCAGCCTCTCCTCAAT

   3050     .    :    .    :    .    :
   2907 TACCCTTTTAGATCCAGGTGAACACTACTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 164367 TACCCTTTTAGATCCAGGTGAACACTACTGC