seq1 = pF1KB5613.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KB5613/gi568815594r_138071959.tfa (gi568815594r:138071959_138342069), 270111 bp

>pF1KB5613 1503
>gi568815594r:138071959_138342069 (Chr4)

(complement)

1-277  (100001-100277)   100% ->
278-404  (105619-105745)   100% ->
405-520  (109688-109803)   100% ->
521-646  (118746-118871)   100% ->
647-746  (122705-122804)   100% ->
747-791  (127441-127485)   100% ->
792-915  (156826-156949)   100% ->
916-1019  (158765-158868)   100% ->
1020-1116  (159677-159773)   100% ->
1117-1266  (161280-161429)   100% ->
1267-1444  (162676-162853)   99% ->
1445-1503  (170053-170111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCAGAAAGCCTGTTGTGTCCACCATCTCCAAAGGAGGTTACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCAGAAAGCCTGTTGTGTCCACCATCTCCAAAGGAGGTTACCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAAATGTTAACGGGAGGCTGCCTTCCCTGGGCAACAAGGAGCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAAATGTTAACGGGAGGCTGCCTTCCCTGGGCAACAAGGAGCCACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCAGGAGAAAGTGCAGCTGAAGAGGAAAGTCACTTTACTGAGGGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCAGGAGAAAGTGCAGCTGAAGAGGAAAGTCACTTTACTGAGGGGAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCATTATCATTGGCACCATCATTGGAGCAGGAATCTTCATCTCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCATTATCATTGGCACCATCATTGGAGCAGGAATCTTCATCTCTCCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGTGCTCCAGAACACGGGCAGCGTGGGCATGTCTCTGACCATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGTGCTCCAGAACACGGGCAGCGTGGGCATGTCTCTGACCATCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGTGTGTGGGGTCCTGTCACTATTTG         GAGCTTTGTCTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100251 CGGTGTGTGGGGTCCTGTCACTATTTGGTG...CAGGAGCTTTGTCTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGAATTGGGAACAACTATAAAGAAATCTGGAGGTCATTACACATATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105633 GCTGAATTGGGAACAACTATAAAGAAATCTGGAGGTCATTACACATATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTGGAAGTCTTTGGTCCATTACCAGCTTTTGTACGAGTCTGGGTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105683 TTTGGAAGTCTTTGGTCCATTACCAGCTTTTGTACGAGTCTGGGTGGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCTCATAATACG         CCCTGCAGCTACTGCTGTGATATCCCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105733 TCCTCATAATACGGTA...TAGCCCTGCAGCTACTGCTGTGATATCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCATTTGGACGCTACATTCTGGAACCATTTTTTATTCAATGTGAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109716 GCATTTGGACGCTACATTCTGGAACCATTTTTTATTCAATGTGAAATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAACTTGCGATCAAGCTCATTACAGCTGTGGGCATAA         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109766 TGAACTTGCGATCAAGCTCATTACAGCTGTGGGCATAAGTG...CAGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGTGATGGTCCTAAATAGCATGAGTGTCAGCTGGAGCGCCCGGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118749 TAGTGATGGTCCTAAATAGCATGAGTGTCAGCTGGAGCGCCCGGATCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTTTCTTAACCTTTTGCAAGCTCACAGCAATTCTGATAATTATAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118799 ATTTTCTTAACCTTTTGCAAGCTCACAGCAATTCTGATAATTATAGTCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGGAGTTATGCAGCTAATTAAAG         GTCAAACGCAGAACTTTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118849 TGGAGTTATGCAGCTAATTAAAGGTA...CAGGTCAAACGCAGAACTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGACGCCTTTTCAGGAAGAGATTCAAGTATTACGCGGTTGCCACTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122723 AAGACGCCTTTTCAGGAAGAGATTCAAGTATTACGCGGTTGCCACTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTTATTATGGAATGTATGCATATGCTGGCTG         GTTTTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122773 TTTTATTATGGAATGTATGCATATGCTGGCTGGTA...TAGGTTTTACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAACTTTGTTACTGAAGAAGTAGAAAACCCTGAAAA         AACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 127450 CAACTTTGTTACTGAAGAAGTAGAAAACCCTGAAAAGTA...CAGAACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCCCTTGCAATATGTATATCCATGGCCATTGTCACCATTGGCTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156831 TTCCCCTTGCAATATGTATATCCATGGCCATTGTCACCATTGGCTATGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGACAAATGTGGCCTACTTTACGACCATTAATGCTGAGGAGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156881 CTGACAAATGTGGCCTACTTTACGACCATTAATGCTGAGGAGCTGCTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTCAAATGCAGTGGCAGTG         ACCTTTTCTGAGCGGCTACTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 156931 TTCAAATGCAGTGGCAGTGGTA...TAGACCTTTTCTGAGCGGCTACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAAATTTCTCATTAGCAGTTCCGATCTTTGTTGCCCTCTCCTGCTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158787 GAAATTTCTCATTAGCAGTTCCGATCTTTGTTGCCCTCTCCTGCTTTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCCATGAACGGTGGTGTGTTTGCTGTCTCCAG         GTTATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 158837 TCCATGAACGGTGGTGTGTTTGCTGTCTCCAGGTG...CAGGTTATTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTTGCGTCTCGAGAGGGTCACCTTCCAGAAATCCTCTCCATGATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159686 TGTTGCGTCTCGAGAGGGTCACCTTCCAGAAATCCTCTCCATGATTCATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCGCAAGCACACTCCTCTACCAGCTGTTATTGTTTTG         CAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 159736 TCCGCAAGCACACTCCTCTACCAGCTGTTATTGTTTTGGTA...CAGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCTTTGACAATGATAATGCTCTTCTCTGGAGACCTCGACAGTCTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161283 CCTTTGACAATGATAATGCTCTTCTCTGGAGACCTCGACAGTCTTTTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTTCCTCAGTTTTGCCAGGTGGCTTTTTATTGGGCTGGCAGTTGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161333 TTTCCTCAGTTTTGCCAGGTGGCTTTTTATTGGGCTGGCAGTTGCTGGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGATTTATCTTCGATACAAATGCCCAGATATGCATCGTCCTTTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 161383 TGATTTATCTTCGATACAAATGCCCAGATATGCATCGTCCTTTCAAGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267       GTGCCACTGTTCATCCCAGCTTTGTTTTCCTTCACATGCCTCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161433 ...CAGGTGCCACTGTTCATCCCAGCTTTGTTTTCCTTCACATGCCTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CATGGTTGCCCTTTCCCTCTATTCGGACCCATTTAGTACAGGGATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162720 CATGGTTGCCCTTTCCCTCTATTCGGACCCATTTAGTACAGGGATTGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCGTCATCACTCTGACTGGAGTCCCTGCGTATTATCTCTTTATTATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162770 TCGTCATCACTCTGACTGGAGTCCCTGCGTATTATCTCTTTATTATATGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GACAAGAAACCCAGGTGGTTTAGAATAATGTCAG         AGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||
 162820 GACAAGAAACCCAGGTGGTTTAGAATAATGTCGGGTA...TAGAGAAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AACCAGAACATTACAAATAATACTGGAAGTTGTACCAGAAGAAGATAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170060 AACCAGAACATTACAAATAATACTGGAAGTTGTACCAGAAGAAGATAAGT

   1600 
   1502 TA
        ||
 170110 TA