seq1 = pF1KB5611.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KB5611/gi568815584f_60182704.tfa (gi568815584f:60182704_60391455), 208752 bp

>pF1KB5611 1146
>gi568815584f:60182704_60391455 (Chr14)

1-834  (100001-100834)   100% ->
835-952  (102921-103038)   100% ->
953-1061  (107103-107211)   100% ->
1062-1119  (108694-108751)   100% ->
1120-1146  (109750-109776)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGCATTTTTAGACAAGCCAAAGATGGAAAAGCATAATGCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGCATTTTTAGACAAGCCAAAGATGGAAAAGCATAATGCCCAGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGGTAATGGGTTGCGATATGGGCTAAGCAGCATGCAAGGCTGGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGGTAATGGGTTGCGATATGGGCTAAGCAGCATGCAAGGCTGGCGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGAAATGGAGGATGCACATACGGCTGTGATCGGTTTGCCAAGTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGAAATGGAGGATGCACATACGGCTGTGATCGGTTTGCCAAGTGGACTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAATCGTGGTCATTCTTTGCTGTGTATGATGGGCATGCTGGTTCTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAATCGTGGTCATTCTTTGCTGTGTATGATGGGCATGCTGGTTCTCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCAAATACTGCTGTGAGCATTTGTTAGATCACATCACCAATAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCAAATACTGCTGTGAGCATTTGTTAGATCACATCACCAATAACCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATTTTAAAGGGTCTGCAGGAGCACCTTCTGTGGAAAATGTAAAGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATTTTAAAGGGTCTGCAGGAGCACCTTCTGTGGAAAATGTAAAGAATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATCAGAACAGGTTTTCTGGAGATTGATGAACACATGAGAGTTATGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATCAGAACAGGTTTTCTGGAGATTGATGAACACATGAGAGTTATGTCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGAAACATGGTGCAGATAGAAGTGGGTCAACAGCTGTAGGTGTCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGAAACATGGTGCAGATAGAAGTGGGTCAACAGCTGTAGGTGTCTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTTCTCCCCAACATACTTATTTCATTAACTGTGGAGACTCAAGAGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTTCTCCCCAACATACTTATTTCATTAACTGTGGAGACTCAAGAGGTTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTTTGTAGGAACAGGAAAGTTCATTTCTTCACACAAGATCACAAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTTTGTAGGAACAGGAAAGTTCATTTCTTCACACAAGATCACAAACCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAATCCGCTGGAGAAAGAACGAATTCAGAATGCAGGTGGCTCTGTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAATCCGCTGGAGAAAGAACGAATTCAGAATGCAGGTGGCTCTGTAATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTCAGCGTGTGAATGGCTCTCTGGCTGTATCGAGGGCCCTTGGGGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTCAGCGTGTGAATGGCTCTCTGGCTGTATCGAGGGCCCTTGGGGATTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GATTACAAATGTGTCCATGGAAAAGGTCCTACTGAGCAGCTTGTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GATTACAAATGTGTCCATGGAAAAGGTCCTACTGAGCAGCTTGTCTCACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAGCCTGAAGTCCATGATATTGAAAGATCTGAAGAAGATGATCAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAGCCTGAAGTCCATGATATTGAAAGATCTGAAGAAGATGATCAGTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTATCCTTGCATGTGATGGTATCTGGGATGTTATGGGAAATGAAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTATCCTTGCATGTGATGGTATCTGGGATGTTATGGGAAATGAAGAGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTGATTTTGTAAGATCCAGACTTGAAGTCACTGATGACCTTGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTGATTTTGTAAGATCCAGACTTGAAGTCACTGATGACCTTGAGAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTGCAATGAAGTAGTCGACACCTGTTTGTATAAG         GGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100801 TTGCAATGAAGTAGTCGACACCTGTTTGTATAAGGTA...CAGGGAAGTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAGACAACATGAGTGTGATTTTGATCTGTTTTCCAAATGCACCCAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102928 GAGACAACATGAGTGTGATTTTGATCTGTTTTCCAAATGCACCCAAAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCGCCAGAAGCAGTGAAGAAGGAGGCAGAGTTGGACAAGTACCTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102978 TCGCCAGAAGCAGTGAAGAAGGAGGCAGAGTTGGACAAGTACCTGGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGAGTAGAAG         AAATCATAAAGAAGCAGGGGGAAGGCGTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103028 CAGAGTAGAAGGTG...CAGAAATCATAAAGAAGCAGGGGGAAGGCGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCGACTTAGTCCATGTGATGCGCACATTAGCGAGTGAGAACATCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107133 CCGACTTAGTCCATGTGATGCGCACATTAGCGAGTGAGAACATCCCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTCCCACCAGGGGGTGAATTGGCAAGCAA         GAGGAATGTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 107183 CTCCCACCAGGGGGTGAATTGGCAAGCAAGTA...TAGGAGGAATGTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAAGCCGTTTACAATAGACTGAATCCTTACAAAAATGACGACACT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108706 TGAAGCCGTTTACAATAGACTGAATCCTTACAAAAATGACGACACTGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :
   1120      GACTCTACATCAACAGATGATATGTGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108756 ..AAGGACTCTACATCAACAGATGATATGTGG