seq1 = pF1KB5606.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KB5606/gi568815595f_188306121.tfa (gi568815595f:188306121_188974476), 668356 bp

>pF1KB5606 1836
>gi568815595f:188306121_188974476 (Chr3)

1-193  (100001-100193)   100% ->
194-306  (178472-178584)   100% ->
307-429  (218545-218667)   100% ->
430-1113  (303041-303724)   100% ->
1114-1240  (402147-402273)   100% ->
1241-1410  (453993-454162)   100% ->
1411-1589  (560080-560258)   100% ->
1590-1710  (566523-566643)   99% ->
1711-1836  (568231-568356)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCACCCATCTTGGCTGCCACCCAAAAGCACTGGTGAGCCCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCACCCATCTTGGCTGCCACCCAAAAGCACTGGTGAGCCCCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATGTGCCTGCACGGATGGAGACCACCCATTCCTTTGGGAACCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCATGTGCCTGCACGGATGGAGACCACCCATTCCTTTGGGAACCCCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTCAGTGTCTACACAACAGCCACCCAAAAAGTTTGCCCCGGTAGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTCAGTGTCTACACAACAGCCACCCAAAAAGTTTGCCCCGGTAGTTGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAAAACCTAAGTACAACCCATACAAACAACCTGGAGGTGAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100151 CCAAAACCTAAGTACAACCCATACAAACAACCTGGAGGTGAGGGTA...T

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194   GTGATTTTCTTCCACCCCCACCTCCACCTCTAGATGATTCCAGTGCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178470 AGGTGATTTTCTTCCACCCCCACCTCCACCTCTAGATGATTCCAGTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCCATCTATCTCTGGAAACTTTCCTCCTCCACCACCTCTTGATGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178520 TTCCATCTATCTCTGGAAACTTTCCTCCTCCACCACCTCTTGATGAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTTTCAAAGTACAG         GGGAATCCCGGAGGCAAGACACTTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 178570 GCTTTCAAAGTACAGGTA...CAGGGGAATCCCGGAGGCAAGACACTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGAGGCGCTCCAGCCTGGACGCTGAGATTGACTCCTTGACCAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218571 GGAGAGGCGCTCCAGCCTGGACGCTGAGATTGACTCCTTGACCAGCATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCTGACCTTGAGTGCAGCTCCCCCTATAAGCCTCGGCCTCCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 218621 TGGCTGACCTTGAGTGCAGCTCCCCCTATAAGCCTCGGCCTCCACAGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       AGCTCCACTGGTTCAACAGCCTCTCCTCCAGTTTCGACCCCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218671 ...TAGAGCTCCACTGGTTCAACAGCCTCTCCTCCAGTTTCGACCCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CACAGGACACAAGAGAATGGTCATCCCGAACCAACCCCCTCTAACAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303085 CACAGGACACAAGAGAATGGTCATCCCGAACCAACCCCCTCTAACAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCAAGAAGTCTACATTGAAACCACAGCCTGCACCCCAGGCTGGACCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303135 CCAAGAAGTCTACATTGAAACCACAGCCTGCACCCCAGGCTGGACCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTGTGGCTCCAATCGGAACACTCAAACCCCAGCCTCAGCCAGTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303185 CCTGTGGCTCCAATCGGAACACTCAAACCCCAGCCTCAGCCAGTCCCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTCCTACACCACGGCCTCCACTTCTTCAAGGCCTACCTTTAATGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303235 CTCCTACACCACGGCCTCCACTTCTTCAAGGCCTACCTTTAATGTGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAAGTCAGCCCAGCCCAGCCCTCATTATATGGCTGCCCCTTCATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303285 TGAAGTCAGCCCAGCCCAGCCCTCATTATATGGCTGCCCCTTCATCAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAAATTTATGGCTCAGGGCCCCAGGGCTATAACACTCAGCCAGTTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303335 CAAATTTATGGCTCAGGGCCCCAGGGCTATAACACTCAGCCAGTTCCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTCTGGGCAGTGTCCACCTCCTTCAACACGGGGAGGCATGGATTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303385 CTCTGGGCAGTGTCCACCTCCTTCAACACGGGGAGGCATGGATTATGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACATTCCACCACCAGGACTTCAGCCGGAGCCTGGGTATGGGTATGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303435 ACATTCCACCACCAGGACTTCAGCCGGAGCCTGGGTATGGGTATGCCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AACCAGGGACGCTATTATGAAGGCTACTATGCAGCAGGGCCAGGCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303485 AACCAGGGACGCTATTATGAAGGCTACTATGCAGCAGGGCCAGGCTATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGGCAGAAATGACTCTGACCCTACCTATGGTCAACAAGGTCACCCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303535 GGGCAGAAATGACTCTGACCCTACCTATGGTCAACAAGGTCACCCAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCTGGAAACGGGAACCAGGGTACACTCCTCCTGGAGCAGGGAACCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303585 CCTGGAAACGGGAACCAGGGTACACTCCTCCTGGAGCAGGGAACCAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCTCCTGGGATGTATCCAGTCACTGGTCCCAAGAAGACCTATATCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303635 CCTCCTGGGATGTATCCAGTCACTGGTCCCAAGAAGACCTATATCACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCCTGTTTCAGCCCCCTGTGCGCCACCATTGCAGCCAAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 303685 TCCTGTTTCAGCCCCCTGTGCGCCACCATTGCAGCCAAAGGTA...CAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTGGCCATTCAGGGCAACTGGGGCCTTCGTCAGTTGCCCCTTCATTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402148 GTGGCCATTCAGGGCAACTGGGGCCTTCGTCAGTTGCCCCTTCATTCCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CCAGAGGATGAGCTTGAGCACCTGACCAAAAAGATGCTGTATGACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402198 CCAGAGGATGAGCTTGAGCACCTGACCAAAAAGATGCTGTATGACATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAATCCACCTGCTGACGAATACTTTG         GCCGCTGTGCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 402248 AAATCCACCTGCTGACGAATACTTTGGTG...CAGGCCGCTGTGCTCGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GTGGAGAAAACGTAGTTGGGGAAGGTACAGGATGCACTGCCATGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454008 GTGGAGAAAACGTAGTTGGGGAAGGTACAGGATGCACTGCCATGGATCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GTCTTCCACGTGGATTGTTTTACCTGCATCATCTGCAACAACAAGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454058 GTCTTCCACGTGGATTGTTTTACCTGCATCATCTGCAACAACAAGCTCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AGGGCAGCCATTCTATGCTGTGGAAAAGAAAGCATACTGCGAGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454108 AGGGCAGCCATTCTATGCTGTGGAAAAGAAAGCATACTGCGAGCCCTGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACATT         AATACTCTGGAGCAGTGCAATGTGTGTTCCAAGCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 454158 ACATTGTA...CAGAATACTCTGGAGCAGTGCAATGTGTGTTCCAAGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 ATCATGGAGCGGATTCTCCGAGCCACCGGGAAGGCCTATCATCCTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 560116 ATCATGGAGCGGATTCTCCGAGCCACCGGGAAGGCCTATCATCCTCACTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TTTCACCTGCGTGATGTGCCACCGCAGCCTGGATGGGATCCCATTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 560166 TTTCACCTGCGTGATGTGCCACCGCAGCCTGGATGGGATCCCATTCACTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TGGATGCTGGCGGGCTCATTCACTGCATTGAGGACTTCCACAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 560216 TGGATGCTGGCGGGCTCATTCACTGCATTGAGGACTTCCACAAGTA...C

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1590   GAAATTTGCCCCGCGGTGTTCTGTGTGCAAGGAGCCTATTATGCCAGC
        >>||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 566521 AGGAAATTTGCCCCGCGATGTTCTGTGTGCAAGGAGCCTATTATGCCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CCCGGGCCAGGAGGAGACTGTCCGTATTGTGGCTTTGGATCGAGATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 566571 CCCGGGCCAGGAGGAGACTGTCCGTATTGTGGCTTTGGATCGAGATTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ATGTTCACTGCTACCGATGCGAG         GATTGCGGTGGTCTCCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 566621 ATGTTCACTGCTACCGATGCGAGGTC...TAGGATTGCGGTGGTCTCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 TCTGAAGGAGATAACCAAGGCTGCTACCCCTTGGATGGGCACATCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568249 TCTGAAGGAGATAACCAAGGCTGCTACCCCTTGGATGGGCACATCCTCTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CAAGACCTGCAACTCTGCCCGCATCAGGGTGTTGACCGCCAAGGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 568299 CAAGACCTGCAACTCTGCCCGCATCAGGGTGTTGACCGCCAAGGCGAGCA

   1900     .
   1829 CTGACCTT
        ||||||||
 568349 CTGACCTT