seq1 = pF1KB5592.tfa, 1482 bp
seq2 = pF1KB5592/gi568815585f_101352834.tfa (gi568815585f:101352834_101815651), 462818 bp

>pF1KB5592 1482
>gi568815585f:101352834_101815651 (Chr13)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-316  (101050-101267)   100% ->
317-463  (214866-215012)   100% ->
464-586  (222591-222713)   99% ->
587-727  (226454-226594)   100% ->
728-868  (230383-230523)   100% ->
869-1015  (245320-245466)   100% ->
1016-1132  (339752-339868)   100% ->
1133-1279  (353923-354069)   100% ->
1280-1393  (361605-361718)   100% ->
1394-1482  (362730-362818)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTCCCCCAGGCTTCAGGAACTTCTTGCTGCTGGCGTCCTCCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTCCCCCAGGCTTCAGGAACTTCTTGCTGCTGGCGTCCTCCCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTGCTGGGTTGTCAGCTGTTCCTCAAAGCTTCTCGCCATCTCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 CTTTGCTGGGTTGTCAGCTGTTCCTCAAAGCTTCTCGCCATCTCTGAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        GAGCTGGCCGGGCGCCGCCTGCAGGCTGTCCCGGGCCGAGTCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 A...CAGGAGCTGGCCGGGCGCCGCCTGCAGGCTGTCCCGGGCCGAGTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCGACGCTGCCGCGCACCTGGGCAGCCCCCGGGGGCCGCGCTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 GAGCGACGCTGCCGCGCACCTGGGCAGCCCCCGGGGGCCGCGCTGTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGCCGGGGCCGCTGCGACTGCGGCGTCTGCATCTGCCACGTGACTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101143 CGGCCGGGGCCGCTGCGACTGCGGCGTCTGCATCTGCCACGTGACTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGGGCATGTTCTTCGGGCCCCTGTGTGAGTGCCATGAGTGGGTGTGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 CGGGCATGTTCTTCGGGCCCCTGTGTGAGTGCCATGAGTGGGTGTGCGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCTACGACGGGAGCACCTGTGCAG         GCCATGGTAAGTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101243 ACCTACGACGGGAGCACCTGTGCAGGTA...CAGGCCATGGTAAGTGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTGGCAAGTGCAAGTGTGACCAGGGATGGTATGGGGATGCTTGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214882 CTGTGGCAAGTGCAAGTGTGACCAGGGATGGTATGGGGATGCTTGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACCCAACTAACTGTGACTTGACAAAGAAGAAAAGTAACCAAATGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214932 ACCCAACTAACTGTGACTTGACAAAGAAGAAAAGTAACCAAATGTGCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATTCACAAGACATCATCTGCTCTAATGCAG         GTACATGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 214982 AATTCACAAGACATCATCTGCTCTAATGCAGGTA...TAGGTACATGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGTGGCAGGTGTAAGTGTGATAATTCAGATGGAAGTGGACTTGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222601 CTGTGGCAGGTGTAAGTGTGATAATTCAGATGGAAGTGGACTTGTGTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTAAATTTTGTGAGTGTGACGATAGAGAATGCATAGATGATGAAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 222651 GTAAATTTTGTGAGTGTGACGATAGAGAATGCATAGACGATGAAACAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAATATGTGGAG         GCCATGGGAAGTGTTACTGTGGAAACTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 222701 GAAATATGTGGAGGTA...AAGGCCATGGGAAGTGTTACTGTGGAAACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTACTGCAAGGCTGGTTGGCATGGAGATAAATGTGAATTCCAGTGCGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226482 CTACTGCAAGGCTGGTTGGCATGGAGATAAATGTGAATTCCAGTGCGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCACCCCCTGGGAAAGCAAGCGAAGATGCACGTCTCCAGATGGCAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226532 TCACCCCCTGGGAAAGCAAGCGAAGATGCACGTCTCCAGATGGCAAAATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCAGTAACAGAG         GGACTTGTGTATGTGGTGAATGTACCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 226582 TGCAGTAACAGAGGTG...TAGGGACTTGTGTATGTGGTGAATGTACCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCACGATGTTGATCCGACTGGGGACTGGGGAGATATTCATGGGGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230411 TCACGATGTTGATCCGACTGGGGACTGGGGAGATATTCATGGGGACACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGAATGTGATGAGAGGGACTGTAGAGCTGTCTATGACCGATATTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230461 GTGAATGTGATGAGAGGGACTGTAGAGCTGTCTATGACCGATATTCTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACTTCTGTTCAG         GTCATGGACAGTGTAATTGCGGAAGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 230511 GACTTCTGTTCAGGTA...AAGGTCATGGACAGTGTAATTGCGGAAGATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGACTGCAAAGCAGGCTGGTATGGGAAGAAGTGTGAGCACCCACAGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245348 TGACTGCAAAGCAGGCTGGTATGGGAAGAAGTGTGAGCACCCACAGTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCACGCTGTCAGCTGAGGAGAGCATCAGGAAGTGCCAGGGAAGCTCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245398 GCACGCTGTCAGCTGAGGAGAGCATCAGGAAGTGCCAGGGAAGCTCGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCCTTGCTCTGGGAGGG         GTAAATGTGAATGTGGCAAATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 245448 CTGCCTTGCTCTGGGAGGGGTA...CAGGTAAATGTGAATGTGGCAAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACCTGCTATCCTCCAGGAGATCGCCGGGTGTATGGCAAGACTTGTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339774 CACCTGCTATCCTCCAGGAGATCGCCGGGTGTATGGCAAGACTTGTGAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTGATGATCGCCGCTGTGAAGACCTCGATGGTGTGGTCTGTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 339824 GTGATGATCGCCGCTGTGAAGACCTCGATGGTGTGGTCTGTGGAGGTA..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133     GCCACGGCACATGTTCCTGTGGTCGCTGTGTTTGTGAGAGAGGATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339874 .CAGGCCACGGCACATGTTCCTGTGGTCGCTGTGTTTGTGAGAGAGGATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTTTGGAAAGCTCTGCCAACATCCGCGGAAGTGTAACATGACGGAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353969 GTTTGGAAAGCTCTGCCAACATCCGCGGAAGTGTAACATGACGGAAGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AAAGCAAGAATCTGTGTGAATCAGCAGATGGCATATTGTGCTCGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354019 AAAGCAAGAATCTGTGTGAATCAGCAGATGGCATATTGTGCTCGGGGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 G         GTTCTTGTCATTGTGGGAAGTGCATTTGTTCTGCTGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354069 GGTG...CAGGTTCTTGTCATTGTGGGAAGTGCATTTGTTCTGCTGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTGGTATATTTCTGGGGAGTTCTGTGACTGTGATGACAGAGACTGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361645 GTGGTATATTTCTGGGGAGTTCTGTGACTGTGATGACAGAGACTGCGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AACATGATGGTCTCATTTGTACAG         GGAATGGAATATGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 361695 AACATGATGGTCTCATTTGTACAGGTG...CAGGGAATGGAATATGTAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGTGGAAACTGTGAATGCTGGGATGGATGGAATGGAAATGCATGTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362747 TGTGGAAACTGTGAATGCTGGGATGGATGGAATGGAAATGCATGTGAAAT

   1550     .    :    .    :
   1461 CTGGCTTGGCTCAGAATATCCT
        ||||||||||||||||||||||
 362797 CTGGCTTGGCTCAGAATATCCT